BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-245C22
Chromosome15 (Build37)
Map Location 53,137,057 - 53,309,212
singlet/doubletdoublet
Overlap geneExt1, Samd12
Upstream geneSlc30a8, LOC100039748, Thrap6, LOC100039745
Downstream geneEG665097, EG621631, Tnfrsf11b, LOC665280, EG383032, Colec10
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-245C22.bB6Ng01-245C22.g
ACCGA054132GA054133
length8301,091
definitionB6Ng01-245C22.b B6Ng01-245C22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,137,057 - 53,137,886)(53,308,108 - 53,309,212)
sequence
gaattcctgctggagaacagtcttacagaactaacaccctctcctctcaa
tgctttcccattgggcagagaaggagacataaacaacactatttggatag
agggctgcaggaaccaaatggacaccaagaaagaaaaaaaaaaaaagtct
gagcagccaatttcacctccagagtgaagtccacaccagagctagctgaa
gcatcgtttaaggatccgttctctacttactgttctacagcatgccaaat
acaacagggtgatcccaggaagagacaggccgaaagcctgcctctaagaa
caatgcactaataccaatatcattttgtaaagagtagctataaccccaga
acaaatacagaaaatttacaacaatactcctgcagggtagattcacaaac
cccctttacccatgaaaatgaggcttctaggcaaaagtgtgttcatgtgt
aaagggaagtcaatggcagatgtaactaattatgtccaagtttaaagtgc
ttacagaagaaaccttagatttgtggctgaacttcagtggtctctgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgcgcgcgcgcgtgtgtgtatacacatg
tgtgtgtacacatgtgtgtgtgtacatgtgtgtgtgtacaggatagacac
acacacaaacagagagaaggatatgtctatttttaaaggtatctatgaaa
atagagaaatttcttttccagtacatttttgtttcatatcctcaaattaa
actaatcttttgggctaagagtattttaggggcttaagatacagctcagc
atttagaacattagctttttctatcaccaa

gaattccttatcataactgtaaacatcaatgagcatacctccacttcctc
atgtctcaggaatcttgcccttacttatgtacaggacattgtaagtcatg
gactcgccgtgaatgtttctcagtgcacctggaactgcctgaggataaga
gcaagggttaggtgacattcctttttcatgtatccagtgtttagtatggt
gactgagatggcaatcaagaaatgacattgaggggctggtgagatggctc
agtgggtaagagcacccgactgctcttccaaaggtcaggagttcaaatcc
ccgcaaccacatggtggctcataaccatccgtaatgagatctgactccct
cttctggagtgtctgaggacagctacagtgtactttaaataaataaatct
ttaaaaaaaaaaaaaagaaatgacattgaggctataagaggtagtacatg
actcagtcccagccttgtgaagcagagacagtagactcatgagttcaagc
acagcctgtgctatatagaaaaattgtaggaaggatggaaagaagggaga
aaaccgtgttggagggcatggagctcaatggtcaattgcaccgtggatga
aaataaagattattctctctattcattcaacagaatgaatacagagttcc
agagcaaatcaaggaggctttagcaagaatatgtgacatcttcttggcta
taaacagactgactatctcagctatccttgtaagaaaggtaaaactaggc
agagaagcatagcacgaagcagaggttggcatttaaccaacttctctatg
atgtattgtggtgaaggccaagtaaagatgttgaggtattctgggctgga
gagatcactcggtggtctagagttcttacatcgcttctgcagtactcagc
actcatgtcagacagctcatacccactataacgaactccagtccatgtga
ccttccatacatatactggtacagccgtacatgtcatatgttataggtga
ctcctgggatcataatatatcagagtctgtcctagaaaatgatctcccac
tcagaacactgatgcctgtagcttaacctcattcagttgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_53137057_53137886
seq2: B6Ng01-245C22.b_46_875

seq1  GAATTCCTGCTGGAGAACAGTCTTACAGAACTAACACCCTCTCCTCTCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCTGGAGAACAGTCTTACAGAACTAACACCCTCTCCTCTCAA  50

seq1  TGCTTTCCCATTGGGCAGAGAAGGAGACATAAACAACACTATTTGGATAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTCCCATTGGGCAGAGAAGGAGACATAAACAACACTATTTGGATAG  100

seq1  AGGGCTGCAGGAACCAAATGGACACCAAGAAAGAAAAAAAAAAAAAGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTGCAGGAACCAAATGGACACCAAGAAAGAAAAAAAAAAAAAGTCT  150

seq1  GAGCAGCCAATTTCACCTCCAGAGTGAAGTCCACACCAGAGCTAGCTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGCCAATTTCACCTCCAGAGTGAAGTCCACACCAGAGCTAGCTGAA  200

seq1  GCATCGTTTAAGGATCCGTTCTCTACTTACTGTTCTACAGCATGCCAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCGTTTAAGGATCCGTTCTCTACTTACTGTTCTACAGCATGCCAAAT  250

seq1  ACAACAGGGTGATCCCAGGAAGAGACAGGCCGAAAGCCTGCCTCTAAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGGGTGATCCCAGGAAGAGACAGGCCGAAAGCCTGCCTCTAAGAA  300

seq1  CAATGCACTAATACCAATATCATTTTGTAAAGAGTAGCTATAACCCCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCACTAATACCAATATCATTTTGTAAAGAGTAGCTATAACCCCAGA  350

seq1  ACAAATACAGAAAATTTACAACAATACTCCTGCAGGGTAGATTCACAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATACAGAAAATTTACAACAATACTCCTGCAGGGTAGATTCACAAAC  400

seq1  CCCCTTTACCCATGAAAATGAGGCTTCTAGGCAAAAGTGTGTTCATGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTTACCCATGAAAATGAGGCTTCTAGGCAAAAGTGTGTTCATGTGT  450

seq1  AAAGGGAAGTCAATGGCAGATGTAACTAATTATGTCCAAGTTTAAAGTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGAAGTCAATGGCAGATGTAACTAATTATGTCCAAGTTTAAAGTGC  500

seq1  TTACAGAAGAAACCTTAGATTTGTGGCTGAACTTCAGTGGTCTCTGTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGAAGAAACCTTAGATTTGTGGCTGAACTTCAGTGGTCTCTGTGTG  550

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGCGCGTGTGTGTATACACATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGCGCGTGTGTGTATACACATG  600

seq1  TGTGTGTACACATGTGTGTGTGTACATGTGTGTGTGTACAGGATAGACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTACACATGTGTGTGTGTACATGTGTGTGTGTACAGGATAGACAC  650

seq1  ACACACAAACAGAGAGAAGGATATGTCTATTTTTAAAGGTATCTATGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAAACAGAGAGAAGGATATGTCTATTTTTAAAGGTATCTATGAAA  700

seq1  ATAAGAGAAATT--CTTTCCAGTACAATTATGTTTCAATATCCTCAAAAT  748
      || |||||||||   ||||||||||| || |||||| |||||||| ||||
seq2  AT-AGAGAAATTTCTTTTCCAGTACATTTTTGTTTC-ATATCCTC-AAAT  747

seq1  AAAACTAATC-TTTGGTCTAAGAGTATTTTAAGGGCTGAAGATACAGCTC  797
       ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  TAAACTAATCTTTTGGGCTAAGAGTATTTTAGGGGCTTAAGATACAGCTC  797

seq1  AGCAATTAAGAACATTAGC-TTCTCTATCACCAA  830
      ||| ||| ||||||||||| || |||||||||||
seq2  AGC-ATTTAGAACATTAGCTTTTTCTATCACCAA  830


seq1: chr15_53308108_53309212
seq2: B6Ng01-245C22.g_68_1158 (reverse)

seq1  CACAACTGGATGAAGAGTTAGCTACAGGCAACCAGTGGTTTCTGAGTGGG  50
      |||||||| ||| ||  | |||||||||| | |||||  |||||||||||
seq2  CACAACTGAATG-AGGTTAAGCTACAGGC-ATCAGTG--TTCTGAGTGGG  46

seq1  AGAATCAATTTTTCTAGGGACAAGACTCCTGATATATTATTGAATCCCAA  100
      || ||||  ||||||| |||| ||||| ||||||||||||   ||||| |
seq2  AG-ATCA--TTTTCTA-GGAC-AGACT-CTGATATATTAT--GATCCC-A  87

seq1  GAAGTCACCTATAAACATATGACATGTACGGCTGTACCAGTATATGTATG  150
      | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCACCTAT-AACATATGACATGTACGGCTGTACCAGTATATGTATG  136

seq1  G-AGGTCACATGGACTGGAGTTCGTTATAGGTGGGTATGAGCTGTCTGAC  199
      | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTCACATGGACTGGAGTTCGTTATA-GTGGGTATGAGCTGTCTGAC  185

seq1  ATGAGTGCTGAGTACTGCAGAAGCGATGTAAGAACTCTAGACCACCGAGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTGCTGAGTACTGCAGAAGCGATGTAAGAACTCTAGACCACCGAGT  235

seq1  GATCTCTCCAGCCCAGAATACCTCAACATCTTTACTTGGCCTTCACCACA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCTCCAGCCCAGAATACCTCAACATCTTTACTTGGCCTTCACCACA  285

seq1  ATACATCATAGAGAAGTTGGTTAAATGCCAACCTCTGCTTCCTGCTATGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATACATCATAGAGAAGTTGGTTAAATGCCAACCTCTGCTTCGTGCTATGC  335

seq1  TTCTCTGCCTAGTTTTACCTTTCTTACAAGGATAGCTGAGATAGTCAGTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGCCTAGTTTTACCTTTCTTACAAGGATAGCTGAGATAGTCAGTC  385

seq1  TGTTTATAGCCAAGAAGATGTCACATATTCTTGCTAAAGCCTCCTTGATT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATAGCCAAGAAGATGTCACATATTCTTGCTAAAGCCTCCTTGATT  435

seq1  TGCTCTGGAACTCTGTATTCATTCTGTTGAATGAATAGAGAGAATAATCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGGAACTCTGTATTCATTCTGTTGAATGAATAGAGAGAATAATCT  485

seq1  TTATTTTCATCCACGGTGCAATTGACCATTGAGCTCCATGCCCTCCAACA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTCATCCACGGTGCAATTGACCATTGAGCTCCATGCCCTCCAACA  535

seq1  CGGTTTTCTCCCTTCTTTCCATCCTTCCTACAATTTTTCTATATAGCACA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTTTTCTCCCTTCTTTCCATCCTTCCTACAATTTTTCTATATAGCACA  585

seq1  GGCTGTGCTTGAACTCATGAGTCTACTGTCTCTGCTTCACAAGGCTGGGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGCTTGAACTCATGAGTCTACTGTCTCTGCTTCACAAGGCTGGGA  635

seq1  CTGAGTCATGTACTACCTCTTATAGCCTCAATGTCATTTCTTTTTTTTTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTCATGTACTACCTCTTATAGCCTCAATGTCATTTCTTTTTTTTTT  685

seq1  TTTTAAAGATTTATTTATTTAAAGTACACTGTAGCTGTCCTCAGACACTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAGATTTATTTATTTAAAGTACACTGTAGCTGTCCTCAGACACTC  735

seq1  CAGAAGAGGGAGTCAGATCTCATTACGGATGGTTATGAGCCACCATGTGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAGGGAGTCAGATCTCATTACGGATGGTTATGAGCCACCATGTGG  785

seq1  TTGCGGGGATTTGAACTCCTGACCTTTGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCGGGGATTTGAACTCCTGACCTTTGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTA  835

seq1  CCCACTGAGCCATCTCACCAGCCCCTCAATGTCATTTCTTGATTGCCATC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTGAGCCATCTCACCAGCCCCTCAATGTCATTTCTTGATTGCCATC  885

seq1  TCAGTCACCATACTAAACACTGGATACATGAAAAAGGAATGTCACCTAAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCACCATACTAAACACTGGATACATGAAAAAGGAATGTCACCTAAC  935

seq1  CCTTGCTCTTATCCTCAGGCAGTTCCAGGTGCACTGAGAAACATTCACGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCTCTTATCCTCAGGCAGTTCCAGGTGCACTGAGAAACATTCACGG  985

seq1  CGAGTCCATGACTTACAATGTCCTGTACATAAGTAAGGGCAAGATTCCTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTCCATGACTTACAATGTCCTGTACATAAGTAAGGGCAAGATTCCTG  1035

seq1  AGACATGAGGAAGTGGAGGTATGCTCATTGATGTTTACAGTTATGATAAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATGAGGAAGTGGAGGTATGCTCATTGATGTTTACAGTTATGATAAG  1085

seq1  GAATTC  1105
      ||||||
seq2  GAATTC  1091


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |