BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-246N18
Chromosome15 (Build37)
Map Location 69,200,859 - 69,354,458
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG665945, EG633752, Khdrbs3
Downstream geneLOC383050
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-246N18.bB6Ng01-246N18.g
ACCGA055356GA055357
length1,1271,107
definitionB6Ng01-246N18.b B6Ng01-246N18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,353,338 - 69,354,458)(69,200,859 - 69,201,983)
sequence
gaattccagttaaggaaagtggctatggtcatcaaccagggctttgcaca
tgatctaccaatgagctataccacagcccaccttgaaacgtcttctaagc
aatgaatacaatgctgtttcttaaaaaatgggactgtattaaaataactc
tattttctaatgtaaaagtttccaaaatatttactattgtaagtgaatta
tgttttgtttacatatagaaggtaaagtatctatatatcaaaatctctcc
tctttgtttattatatttgtttccagtataatgaatttacatgtaaattt
ataggacatggtgattgataatgattttaacagtgtaatttccaacatat
ggctcttctaatttcaaatcgttagaaaactccagaggaaaagttcataa
gaggatctgagaagggtcttttaagacaaaagaagcaacaaatcatgtca
ttttcaaaggagttgatgactttatgtaaggacagatataaaagccctgt
atatacagaccattggaaagtaattagattacaagctaagatggagaggc
aaaccaaagccatacttagccactgggcaggccatatgcctatactcaaa
aggtcatctatctatgcccatataagtccttttcctttagcaaagtgatt
tcacctgtcttcttacttttaattgtgagaatatgtagcatggcatttac
caccttaactattcatcacattcatctcttacttgctttggattatggag
aaattactcttttaaaattacttttgacaattacaaccatgcagagaaca
tattttgttcacgttcactcccactgctctctctcatacctcagccaaat
ggtgctgtctgccctcctctctccatatatttgtctatgtatgcagtagc
cacagctgatgtatccatgacttcaatagccaggacatatccataagaca
tttcataggacttctcctccatccttcagcttttttctgttccaattcaa
ttaggaataggtggtaagttgagctctattagtttacctaggaccagaga
ccatggtgcttccctaacatgatattctgtaaatctttttgtaagaaaaa
tgttaccttattatcctggagaacact

gaattcaattcattgttggagagtccccatggtcgtcattggaacctcta
ttcttggactgccacatgttcataaacatagaggaagaaagtcaaggcag
aggggtaggaatccctccttgtttggatttagggtagagggtcctcacca
gcattgcaaagcaggaccacccagagagtctttaaaacccccaaagctga
gttccaatacagaccaattcagtatgagtttcttgaggcaatattgggat
tgcagggctcttataagcctcaagtagtgattctgtatgtacccaagttt
gagacctaggggtttccagtgttggcagatacccgcttcctcaccctgct
ccccaacaaattcatgtttttgtggagacctgagggtttgggatgactgg
agatcctatatgtattctaagttcatctcattgtttcccaaacttgattg
atttcaagaaactggtatttgtgaaatatctctaggatatatagctaggg
gtatgatatggtcttgagactatggtgttttaatactgatttgtaggtga
ttctcctgctgcatcagtttaggaaagacagcttcacctatctcaagaac
aaatatgcttggaggggaatgctgaatttctgtgactgaccatttactta
gtagctcaatcaggaggatcacaagttgtcttctaaaacgttggaaggat
cacctagtcctaccctcttttgatcgtgttagtaaattgaggctcagagg
aaagtaatgtcttcaaggtaacattaaatctaaatttactctatcacaag
ctgagaagctgtgcctcagtcctttgtctccccccatccccattgtatgc
tcttcaatccctgtaggatgggaaacactccacaaacttgaatcatcaag
cagcctgagcaggcaacagaaattgcttctccataatgcatccttatgac
agctggttggtgtaaacaagttcttgagaacataaatgtgctccccttca
gtcccactggtgacagctattcatttggtagtcagctcctctctgctcaa
acactcagatctctccattccgtataggtcatagtcaccatagccagagc
attactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_69353338_69354458
seq2: B6Ng01-246N18.b_50_1176 (reverse)

seq1  AGTGTTCTC--AGATAATA--GT-ACATTTTTTTCTACAAAAAGA-TTAC  44
      |||||||||   |||||||  || |||||||| | |||||||||| ||||
seq2  AGTGTTCTCCAGGATAATAAGGTAACATTTTTCT-TACAAAAAGATTTAC  49

seq1  AG-ATATCATG-TAAGGAAGCACCATGGTCTCTGGTCCTAGGTAACCTTA  92
      || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||  
seq2  AGAATATCATGTTAGGGAAGCACCATGGTCTCTGGTCCTAGGTAAACT--  97

seq1  ATTAGAGCTCCAACCTTACCACCTATTCCTAATTGAATTGG-ACAG-AAA  140
      | ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
seq2  AATAGAGCTC--AACTTACCACCTATTCCTAATTGAATTGGAACAGAAAA  145

seq1  AAGCTGAAGGATGGA-GAGAAGTCCTATGAAATGTCTTATGGATATGTCC  189
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGAAGGATGGAGGAGAAGTCCTATGAAATGTCTTATGGATATGTCC  195

seq1  TGGCTATTGAAGTCATGGATACATCAGCTGTGGCTACTGCATACATAGAC  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTATTGAAGTCATGGATACATCAGCTGTGGCTACTGCATACATAGAC  245

seq1  AAATATATGGAGAGAGGAGGGCAGACAGCACCATTTGGCTGAGGTATGAG  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATATGGAGAGAGGAGGGCAGACAGCACCATTTGGCTGAGGTATGAG  295

seq1  AGAGAGCAGTGGGAGTGAACGTGAACAAAATATGTTCTCTGCATGGTTGT  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGCAGTGGGAGTGAACGTGAACAAAATATGTTCTCTGCATGGTTGT  345

seq1  AATTGTCAAAAGTAATTTTAAAAGAGTAATTTCTCCATAATCCAAAGCAA  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTCAAAAGTAATTTTAAAAGAGTAATTTCTCCATAATCCAAAGCAA  395

seq1  GTAAGAGATGAATGTGATGAATAGTTAAGGTGGTAAATGCCATGCTACAT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAGATGAATGTGATGAATAGTTAAGGTGGTAAATGCCATGCTACAT  445

seq1  ATTCTCACAATTAAAAGTAAGAAGACAGGTGAAATCACTTTGCTAAAGGA  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCACAATTAAAAGTAAGAAGACAGGTGAAATCACTTTGCTAAAGGA  495

seq1  AAAGGACTTATATGGGCATAGATAGATGACCTTTTGAGTATAGGCATATG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGACTTATATGGGCATAGATAGATGACCTTTTGAGTATAGGCATATG  545

seq1  GCCTGCCCAGTGGCTAAGTATGGCTTTGGTTTGCCTCTCCATCTTAGCTT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCCCAGTGGCTAAGTATGGCTTTGGTTTGCCTCTCCATCTTAGCTT  595

seq1  GTAATCTAATTACTTTCCAATGGTCTGTATATACAGGGCTTTTATATCTG  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCTAATTACTTTCCAATGGTCTGTATATACAGGGCTTTTATATCTG  645

seq1  TCCTTACATAAAGTCATCAACTCCTTTGAAAATGACATGATTTGTTGCTT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTACATAAAGTCATCAACTCCTTTGAAAATGACATGATTTGTTGCTT  695

seq1  CTTTTGTCTTAAAAGACCCTTCTCAGATCCTCTTATGAACTTTTCCTCTG  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTCTTAAAAGACCCTTCTCAGATCCTCTTATGAACTTTTCCTCTG  745

seq1  GAGTTTTCTAACGATTTGAAATTAGAAGAGCCATATGTTGGAAATTACAC  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTTCTAACGATTTGAAATTAGAAGAGCCATATGTTGGAAATTACAC  795

seq1  TGTTAAAATCATTATCAATCACCATGTCCTATAAATTTACATGTAAATTC  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAAATCATTATCAATCACCATGTCCTATAAATTTACATGTAAATTC  845

seq1  ATTATACTGGAAACAAATATAATAAACAAAGAGGAGAGATTTTGATATAT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATACTGGAAACAAATATAATAAACAAAGAGGAGAGATTTTGATATAT  895

seq1  AGATACTTTACCTTCTATATGTAAACAAAACATAATTCACTTACAATAGT  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACTTTACCTTCTATATGTAAACAAAACATAATTCACTTACAATAGT  945

seq1  AAATATTTTGGAAACTTTTACATTAGAAAATAGAGTTATTTTAATACAGT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTTGGAAACTTTTACATTAGAAAATAGAGTTATTTTAATACAGT  995

seq1  CCCATTTTTTAAGAAACAGCATTGTATTCATTGCTTAGAAGACGTTTCAA  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTTTTTAAGAAACAGCATTGTATTCATTGCTTAGAAGACGTTTCAA  1045

seq1  GGTGGGCTGTGGTATAGCTCATTGGTAGATCATGTGCAAAGCCCTGGTTG  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGCTGTGGTATAGCTCATTGGTAGATCATGTGCAAAGCCCTGGTTG  1095

seq1  ATGACCATAGCCACTTTCCTTAACTGGAATTC  1121
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCATAGCCACTTTCCTTAACTGGAATTC  1127


seq1: chr15_69200859_69201983
seq2: B6Ng01-246N18.g_68_1174

seq1  GAATTCAATTCATTGTTGGAGAGTCCCCATGGTCGTCATTGGAACCTCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTCATTGTTGGAGAGTCCCCATGGTCGTCATTGGAACCTCTA  50

seq1  TTCTTGGACTGCCACATGTTCATAAACATAGAGGAAGAAAGTCAAGGCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGACTGCCACATGTTCATAAACATAGAGGAAGAAAGTCAAGGCAG  100

seq1  AGGGGTAGGAATCCCTCCTTGTTTGGATTTAGGGTAGAGGGTCCTCACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTAGGAATCCCTCCTTGTTTGGATTTAGGGTAGAGGGTCCTCACCA  150

seq1  GCATTGCAAAGCAGGACCACCCAGAGAGTCTTTAAAACCCCCAAAGCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGCAAAGCAGGACCACCCAGAGAGTCTTTAAAACCCCCAAAGCTGA  200

seq1  GTTCCAATACAGACCAATTCAGTATGAGTTTCTTGAGGCAATATTGGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAATACAGACCAATTCAGTATGAGTTTCTTGAGGCAATATTGGGAT  250

seq1  TGCAGGGCTCTTATAAGCCTCAAGTAGTGATTCTGTATGTACCCAAGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGCTCTTATAAGCCTCAAGTAGTGATTCTGTATGTACCCAAGTTT  300

seq1  GAGACCTAGGGGTTTCCAGTGTTGGCAGATACCCGCTTCCTCACCCTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCTAGGGGTTTCCAGTGTTGGCAGATACCCGCTTCCTCACCCTGCT  350

seq1  CCCCAACAAATTCATGTTTTTGTGGAGACCTGAGGGTTTGGGATGACTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAACAAATTCATGTTTTTGTGGAGACCTGAGGGTTTGGGATGACTGG  400

seq1  AGATCCTATATGTATTCTAAGTTCATCTCATTGTTTCCCAAACTTGATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCTATATGTATTCTAAGTTCATCTCATTGTTTCCCAAACTTGATTG  450

seq1  ATTTCAAGAAACTGGTATTTGTGAAATATCTCTAGGATATATAGCTAGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAAGAAACTGGTATTTGTGAAATATCTCTAGGATATATAGCTAGGG  500

seq1  GTATGATATGGTCTTGAGACTATGGTGTTTTAATACTGATTTGTAGGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGATATGGTCTTGAGACTATGGTGTTTTAATACTGATTTGTAGGTGA  550

seq1  TTCTCCTGCTGCATCAGTTTAGGAAAGACAGCTTCACCTATCTCAAGAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTGCTGCATCAGTTTAGGAAAGACAGCTTCACCTATCTCAAGAAC  600

seq1  AAATATGCTTGGAGGGGAATGCTGAATTTCTGTGACTGACCATTTACTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGCTTGGAGGGGAATGCTGAATTTCTGTGACTGACCATTTACTTA  650

seq1  GTAGCTCAATCAGGAGGATCACAAGTTGTCTTCTAAAACGTTGGAAGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTCAATCAGGAGGATCACAAGTTGTCTTCTAAAACGTTGGAAGGAT  700

seq1  CACCTAGTCCTACCCTCTTTTGATCGTGTTAGTAAATTGAGGCTCAGAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTAGTCCTACCCTCTTTTGATCGTGTTAGTAAATTGAGGCTCAGAGG  750

seq1  AAAGTAATGTCTTCAAGGTAACATTAAATCTAAATTTACTCTATCACAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAATGTCTTCAAGGTAACATTAAATCTAAATTTACTCTATCACAAG  800

seq1  CTGAGAAGCTGTGCCTCAGTCCTTTGTCTCCCCCCATCCCCATTGTATGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAAGCTGTGCCTCAGTCCTTTGTCTCCCCCCATCCCCATTGTATGC  850

seq1  TCTTCAATCCCTGTAGGATGGGAAACACTCCACAAACTTGAATCATCAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAATCCCTGTAGGATGGGAAACACTCCACAAACTTGAATCATCAAG  900

seq1  CAGCCTGAGCAGGCAACAGAAATTGCTTCTCCATAATGCATCCTTATGAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTGAGCAGGCAACAGAAATTGCTTCTCCATAATGCATCCTTATGAC  950

seq1  AAGCTGGTTGGTGTAAACAAGGTCCTTGGAGGAACATAAAATGGTGCTCC  1000
       ||||||||||||||||||| || ||||   |||||||||   |||||||
seq2  -AGCTGGTTGGTGTAAACAA-GTTCTTG--AGAACATAAA--TGTGCTCC  994

seq1  CC-TCAGGGCCCCACCTGGTGAACCAGCCTAATCCATTTTGGTAGTCAGC  1049
      || |||  | |||| |||||||  ||| ||| ||   |||||||||||||
seq2  CCTTCA--GTCCCA-CTGGTGA--CAG-CTATTC--ATTTGGTAGTCAGC  1036

seq1  TCCTCTCTGCTCAAACACCCAGAACCTCTCATCTCCGTTATTAAGTCATT  1099
      |||||||||||||||||| ||| | |||||   |||||   || |||| |
seq2  TCCTCTCTGCTCAAACACTCAG-ATCTCTCCATTCCGT--ATAGGTCA-T  1082

seq1  AGTCACCATAGCAAGAGGCATTACTG  1125
      |||||||||||| ||| |||||||||
seq2  AGTCACCATAGCCAGA-GCATTACTG  1107


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |