BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-252L01
Chromosome15 (Build37)
Map Location 90,205,903 - 90,341,913
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCpne8
Upstream geneEcgf1, 2010001J22Rik, Klhdc7b, 1700007E06Rik, Cpt1b, Chkb, C730034F03Rik, Mapk8ip2, Arsa, Shank3, Acr, Rabl2a, LOC676575, Syt10, Alg10b
Downstream geneEG627342, LOC100042462, LOC100042471, EG667682, Tcea1-ps1, Spn-ps, Kif21a, EG635871, Abcd2, LOC545126, Slc2a13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-252L01.bB6Ng01-252L01.g
ACCGA059618GA059619
length1,1251,174
definitionB6Ng01-252L01.b B6Ng01-252L01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,205,903 - 90,207,013)(90,340,741 - 90,341,913)
sequence
gaattctcaccctgcacattctgctcctgcacacagaaaagattaactgg
atgcagaaaagctttgttaatgcctccaatcaaaagcaataactcctgcg
ctgtgtgtctcctcttccagagcctttgtagctacattgtcaaatatccc
agtgtgaatgggaaccttgacatgattagtctaaatacttagcccatatg
tttgtgctaagggggggcaacgagttttagcacatagactatatttatac
ctaataaatattctataaatcagtggttctcaaccttcctaatgctgaga
acctttaacacagttcctgttgtggtgactcacaaccataaaattatttc
attgctacttcataactataattttgctaccattatgaattataatgtaa
ataaatatctaatatgtggaccccatgggggttatgacccacaggtttag
caccactgctataaatgttggctataataaacaataattgtggttgttgg
gataaattcactcaacacataatgtagattataatatcaaattttcatgt
agtggggatagagaaagatgtgcagagaattagtatttaagtcagatcac
gtttcatataattaagagcatcaatcatgagctctttgttaaaagaaacg
ttggtttctgaaattggggaaatgttcaagtaagcaaaacaaagactata
atggaggcatacatgttaagaagagagagcacctaaacttttaaaaagta
ttaaatcaagtttgcgagaggaaataacaaggataacaataaggtaatgt
gtaataattaagagaatcaatacaacttgaagaggatggagagcagggct
aagagggcccttttaatttctacaagaaaaaagtaatagtatgcagggca
gaaggtattggtagttaagcaaaggagctacttgctagcagattacattg
gtgctgaaagcgattggcggaagttattataatattttttaaagtatgcc
ttgttttattatcattttgggatcagttgcaaattctactgtgcttatac
ctggaactaagattatgtatacctcctggtcagggtgcaagaaaggcaaa
ttcctcaaataaatttattactgtg
gaattcaataagcttccgttgtaaatgatcagttattgtgactttctatg
aagaattatgaatactagaattgccaatatttaaatacgtttaaattatg
ctccttatgtcttttcatttatctataatttcatgtgtaccccacttcca
gaggtgaagctaaattgccctaacttgagatgactgctctttatgcctca
gtcttagcagatagggtggaggagagaccgtgctgaagctactgggacct
tgtcttgctctctctgtttagtcattctggggaagctggctgccatgtca
ttggaagcaaccctatggcacattcatgtgctttgtactttagctcacat
caggcttttgaatgactgcgagtcacaccagcatctccacctggcacaac
atcatgcactctcctgctagagaacaacttaccttagcttctctggaatt
cccacaaatggaggagacgatgaagatttctgtttgatgccaagatagaa
aggagtaaatgctgtagaaatttttaaccccaatctggaatttctacccc
agttaaaagacacacacaacctttatatttacaataagccttaatcagca
caagagctgggcagatatctgttctctatgctattatgtctatctcccag
ccaatcattccattatataatttgccatgtttcctctgggctgctcttag
cctacccctatggccatgtttttatggctcacctaacctgtagtagcttc
ttcttccattcaccttcatctcccccttttggttctgaccccaaacctgg
gaaccctaaaccctgcctatacctcttctgcccagctattggtggctttc
agcatctttattcaccaatcaaaaataacttaggggcacagtcacatagt
gtcacttgggactctctcatctctaggaaaaccaggttttggggcaccgg
tacttagcattacaataccataagcaaggaccaaaccttcataggcaaag
cactagaaacaacccagtaggattaatcagtaattaacatggttctttac
ttgaataacttgtgaattgtggaccaggaaattacctttgacagtactgg
ggcaatggtgatgtgagaatgcagaatgcgtctcatgctacatgttccag
aaatatagacatgctactaaccag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_90205903_90207013
seq2: B6Ng01-252L01.b_48_1172

seq1  GAATTCTCACCCTGCACATTCTGCTCCTGCACACAGAAAAGATTAACTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACCCTGCACATTCTGCTCCTGCACACAGAAAAGATTAACTGG  50

seq1  ATGCAGAAAAGCTTTGTTAATGCCTCCAATCAAAAGCAATAACTCCTGCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGAAAAGCTTTGTTAATGCCTCCAATCAAAAGCAATAACTCCTGCG  100

seq1  CTGTGTGTCTCCTCTTCCAGAGCCTTTGTAGCTACATTGTCAAATATCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGTCTCCTCTTCCAGAGCCTTTGTAGCTACATTGTCAAATATCCC  150

seq1  AGTGTGAATGGGAACCTTGACATGATTAGTCTAAATACTTAGCCCATATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGAATGGGAACCTTGACATGATTAGTCTAAATACTTAGCCCATATG  200

seq1  TTTGTGCTAAGGGGGGGCAACGAGTTTTAGCACATAGACTATATTTATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGCTAAGGGGGGGCAACGAGTTTTAGCACATAGACTATATTTATAC  250

seq1  CTAATAAATATTCTATAAATCAGTGGTTCTCAACCTTCCTAATGCTGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAAATATTCTATAAATCAGTGGTTCTCAACCTTCCTAATGCTGAGA  300

seq1  ACCTTTAACACAGTTCCTGTTGTGGTGACTCACAACCATAAAATTATTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTAACACAGTTCCTGTTGTGGTGACTCACAACCATAAAATTATTTC  350

seq1  ATTGCTACTTCATAACTATAATTTTGCTACCATTATGAATTATAATGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTACTTCATAACTATAATTTTGCTACCATTATGAATTATAATGTAA  400

seq1  ATAAATATCTAATATGTGGACCCCATGGGGGTTATGACCCACAGGTTTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATATCTAATATGTGGACCCCATGGGGGTTATGACCCACAGGTTTAG  450

seq1  CACCACTGCTATAAATGTTGGCTATAATAAACAATAATTGTGGTTGTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACTGCTATAAATGTTGGCTATAATAAACAATAATTGTGGTTGTTGG  500

seq1  GATAAATTCACTCAACACATAATGTAGATTATAATATCAAATTTTCATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATTCACTCAACACATAATGTAGATTATAATATCAAATTTTCATGT  550

seq1  AGTGGGGATAGAGAAAGATGTGCAGAGAATTAGTATTTAAGTCAGATCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGGATAGAGAAAGATGTGCAGAGAATTAGTATTTAAGTCAGATCAC  600

seq1  GTTTCATATAATTAAGAGCATCAATCATGAGCTCTTTGTTAAAAGAAACG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCATATAATTAAGAGCATCAATCATGAGCTCTTTGTTAAAAGAAACG  650

seq1  TTGGTTTCTGAAATTGGGGAAATGTTCAAGTAAGCAAAACAAAGACTATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTCTGAAATTGGGGAAATGTTCAAGTAAGCAAAACAAAGACTATA  700

seq1  ATGGAGGCATACATGTTAAGAAGAGAGAGCACCTAAACTTTTAAAAAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGGCATACATGTTAAGAAGAGAGAGCACCTAAACTTTTAAAAAGTA  750

seq1  TTAAATCAAGTTTGCGAGAGGAAATAACAAGGATAACAATAAGGTAATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATCAAGTTTGCGAGAGGAAATAACAAGGATAACAATAAGGTAATGT  800

seq1  GTAATAATTAAGAGAATCAATACAACTTGAAGAGGATGGAGAGCAGGGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAATTAAGAGAATCAATACAACTTGAAGAGGATGGAGAGCAGGGCT  850

seq1  AAGAGGG-CCTTTTAA-TTCTAC-AGAAAAAAGTAATAGTATGCAGGGCA  897
      ||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGCCCTTTTAATTTCTACAAGAAAAAAGTAATAGTATGCAGGGCA  900

seq1  GAA-GTATTGGTAG-TAAGCAAAGGAGCTACTTGCTAGCAGATTACA-TG  944
      ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GAAGGTATTGGTAGTTAAGCAAAGGAGCTACTTGCTAGCAGATTACATTG  950

seq1  GTGCTGAAAGCGA-TGGC-GAAGTTA-TATAATA-TTTTTAAAGTATG-C  989
      ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| |
seq2  GTGCTGAAAGCGATTGGCGGAAGTTATTATAATATTTTTTAAAGTATGCC  1000

seq1  TTGTTTTA-TATCATTTT-GGATCAGGTTGCAAATTCTACTGTGC-TATA  1036
      |||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTGTTTTATTATCATTTTGGGATCA-GTTGCAAATTCTACTGTGCTTATA  1049

seq1  CCTGAAACTAAGATAATGTATACCTC--TGTCA-GGTGCAAAGAAAGGCA  1083
      |||| ||||||||| |||||||||||   |||| ||||| ||||||||||
seq2  CCTGGAACTAAGATTATGTATACCTCCTGGTCAGGGTGC-AAGAAAGGCA  1098

seq1  AATTTCTCAAATAAAATTAATTACTGTG  1111
      |||| ||||||| ||||| |||||||||
seq2  AATTCCTCAAAT-AAATTTATTACTGTG  1125

seq1: chr15_90340741_90341913
seq2: B6Ng01-252L01.g_69_1242 (reverse)

seq1  CTGGTTAGTAGCAAGTCCTTATTCTGGGAACAGTGTTGGCATGGAGACCG  50
      ||||||||||||| |||  ||||   |||||| || | |||| |||| ||
seq2  CTGGTTAGTAGCATGTCTATATTTCTGGAACA-TG-TAGCAT-GAGA-CG  46

seq1  CATTCTTCCTTTCTCACATCACCCATGCCCAGGTACTGTC-AAGGTTAAT  99
      ||||| | | |||||||||||||  |||||  |||||||| ||||| | |
seq2  CATTC-TGCATTCTCACATCACCATTGCCCCAGTACTGTCAAAGGTAATT  95

seq1  TCCTGGTCCACATTTCACAAGTTATTCAAGTAA--GACCATGTTAATTAC  147
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||
seq2  TCCTGGTCCACAATTCACAAGTTATTCAAGTAAAGAACCATGTTAATTAC  145

seq1  TGATTTAT-CTACTGGGTTGTTTCTAGTGCTTTGCCTATGGAGGTTTGGT  196
      ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGATTAATCCTACTGGGTTGTTTCTAGTGCTTTGCCTATGAAGGTTTGGT  195

seq1  CTTTTGCTAT-GTATTGTAATGCTAAGTA-CGGTGCCCCAAAACCTGGTT  244
      | ||   ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCTTATGGTATTGTAATGCTAAGTACCGGTGCCCCAAAACCTGGTT  245

seq1  GTCCTAGAGATGAGAGAGTCCCAAGTGACACTATGTGACTGTGCCCCTAA  294
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAGAGATGAGAGAGTCCCAAGTGACACTATGTGACTGTGCCCCTAA  295

seq1  GTTATTTTTGATTGGTGAATAAAGATGCTGAAAGCCACCAATAGCTGGGC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTTTTGATTGGTGAATAAAGATGCTGAAAGCCACCAATAGCTGGGC  345

seq1  AGAAGAGGTATAGGCAGGGTTTAGGGTTCCCAGGTTTGGGGTCAGAACCA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGGTATAGGCAGGGTTTAGGGTTCCCAGGTTTGGGGTCAGAACCA  395

seq1  AAAGGGGGAGATGAAGGTGAATGGAAGAAGAAGCTACTACAGGTTAGGTG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGGGAGATGAAGGTGAATGGAAGAAGAAGCTACTACAGGTTAGGTG  445

seq1  AGCCATAAAAACATGGCCATAGGGGTAGGCTAAGAGCAGCCCAGAGGAAA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATAAAAACATGGCCATAGGGGTAGGCTAAGAGCAGCCCAGAGGAAA  495

seq1  CATGGCAAATTATATAATGGAATGATTGGCTGGGAGATAGACATAATAGC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCAAATTATATAATGGAATGATTGGCTGGGAGATAGACATAATAGC  545

seq1  ATAGAGAACAGATATCTGCCCAGCTCTTGTGCTGATTAAGGCTTATTGTA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGAACAGATATCTGCCCAGCTCTTGTGCTGATTAAGGCTTATTGTA  595

seq1  AATATAAAGGTTGTGTGTGTCTTTTAACTGGGGTAGAAATTCCAGATTGG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAAAGGTTGTGTGTGTCTTTTAACTGGGGTAGAAATTCCAGATTGG  645

seq1  GGTTAAAAATTTCTACAGCATTTACTCCTTTCTATCTTGGCATCAAACAG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAAAAATTTCTACAGCATTTACTCCTTTCTATCTTGGCATCAAACAG  695

seq1  AAATCTTCATCGTCTCCTCCATTTGTGGGAATTCCAGAGAAGCTAAGGTA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTCATCGTCTCCTCCATTTGTGGGAATTCCAGAGAAGCTAAGGTA  745

seq1  AGTTGTTCTCTAGCAGGAGAGTGCATGATGTTGTGCCAGGTGGAGATGCT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTTCTCTAGCAGGAGAGTGCATGATGTTGTGCCAGGTGGAGATGCT  795

seq1  GGTGTGACTCGCAGTCATTCAAAAGCCTGATGTGAGCTAAAGTACAAAGC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGACTCGCAGTCATTCAAAAGCCTGATGTGAGCTAAAGTACAAAGC  845

seq1  ACATGAATGTGCCATAGGGTTGCTTCCAATGACATGGCAGCCAGCTTCCC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAATGTGCCATAGGGTTGCTTCCAATGACATGGCAGCCAGCTTCCC  895

seq1  CAGAATGACTAAACAGAGAGAGCAAGACAAGGTCCCAGTAGCTTCAGCAC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGACTAAACAGAGAGAGCAAGACAAGGTCCCAGTAGCTTCAGCAC  945

seq1  GGTCTCTCCTCCACCCTATCTGCTAAGACTGAGGCATAAAGAGCAGTCAT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCTCCTCCACCCTATCTGCTAAGACTGAGGCATAAAGAGCAGTCAT  995

seq1  CTCAAGTTAGGGCAATTTAGCTTCACCTCTGGAAGTGGGGTACACATGAA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGTTAGGGCAATTTAGCTTCACCTCTGGAAGTGGGGTACACATGAA  1045

seq1  ATTATAGATAAATGAAAAGACATAAGGAGCATAATTTAAACGTATTTAAA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAGATAAATGAAAAGACATAAGGAGCATAATTTAAACGTATTTAAA  1095

seq1  TATTGGCAATTCTAGTATTCATAATTCTTCATAGAAAGTCACAATAACTG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGCAATTCTAGTATTCATAATTCTTCATAGAAAGTCACAATAACTG  1145

seq1  ATCATTTACAACGGAAGCTTATTGAATTC  1173
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTACAACGGAAGCTTATTGAATTC  1174