BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-253M10
Chromosome15 (Build37)
Map Location 52,922,963 - 53,045,507
singlet/doubletdoublet
Overlap geneExt1
Upstream geneLOC665219, Slc30a8, LOC100039748, Thrap6, LOC100039745
Downstream geneSamd12, EG665097, EG621631
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-253M10.bB6Ng01-253M10.g
ACCGA060414GA060415
length1,1521,127
definitionB6Ng01-253M10.b B6Ng01-253M10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,044,339 - 53,045,507)(52,922,963 - 52,924,113)
sequence
gaattctttgtcctgcttattgggcaggtgacttaataatatctttgtac
ggtcttcttaagttattgaaactctctcttcactgtcctaaggaatggca
gcaaccatgaatagacatcaataaatgtcaaatacaatgggtcctgttag
caacagcaatggtagcagctcattattgcaggggatagtgggcctagtta
ctacatgttcacctcttttggtttgtggagttacccacagtttcataagc
atttaacttttatccttggaatgtaactagttagatttaatcttacgttt
gatatttctgttattttgtttttcccaattcttagccagttttttttgtg
gttttcatcttgaacgtattctccgatgataactgaggtaaaattttgag
agtgccgtttaaggaccccctgtttaggacttttctttttaatttcatga
ctccttatggttctgtgtgagaggaaagggaatttatttccttggccacc
gttcaaaacaaagactaatgacacaaatgagcagaaacagtgactttgtg
agtgacaggtggggcctagccacagctctcccttcctcagagttttcagg
tacattctgggaaagttagctgaattcaaaagactcaccttggtggggtc
acctctccgtgcccagcacaaaacggcaaggagcttttccatcccataat
tctccctttcatgattttctcagctggattcttcaaaggcttatttgtaa
agacctttatggtgtgttatgatttaatcagatgtagctcaaatttccca
agatgtgttaattatccttgtcatgcaagtgcagccgaggaagcaaaatg
cttttcatttggatgggttgagggtttgtttaaaatgtacttagggccat
tagatcaaatcaaaacatagtgcatggtaattatgtatggaataaaagat
tacctgccgttaagtagccagttcccgatcagattgcagcaaagtctgag
agaaaattggcatccctcatagcagtagatacagagataccttatttaga
catagtgactacactagttctacactagcacgaaggtagtttttatttat
aaaacttatagtgatgtcatcgacaatcctaaacaaagttcagcttcatc
tt

gaattccacatggtcctcccaacaagtccggtttacattaaatggttatt
cactgctgatgaatactttaggcccgaaacttcagtctcacttcgtgggt
ttcaaactaagtatgtacaatttaagaagggtgaaggtgttttggagcac
attcatatagaataggaccaccctgagtctttatcatagcagtctgaaag
ataccttactgccccacattttctaaacgctgtaactctgagctaacgtg
tcgctgatgccactgacatgagagcgtctggggctccaactatggcaatg
cctgcggtaggaacatcagcctctgtggagctgtatctctgtgctcccat
ccttcaccccactgagatcaagtcaaagctgcttgtgagtacagattcta
ccaaaccttcaaacatctagcctgccattagctctgtgtaggagagggcc
atactaaaccctggaagaatgcatcaattcttccttgacacatcatctta
gttatttcttatttctccttcttaattcaggtttttctaaatgtacataa
agagaagtgagattatgaaaaaaatcatggagatatacacacacgggcat
acctatatacatacacagacacacatatatattaagtttatacttaatcg
cttctcatgttcaaaatgatctataatttaagaacatttctcaatgaagt
ctaccaaatgtacaggatagctgctcagatgagaaagaaggcttcctgtc
ttttttgttttctaatactctgttgtatttacaattctttaaagggggct
cagacaacaatctcccaccctggctattgggaagaataaccactttgggg
gggggtaatcaaaatgattcacttacctaaattagcatagtagtaaggga
aatctcccaggtaagatgaatactgcggtaggacgacaatcctccaggat
gtttgttcatattaaactgttacgtgatatgtgcttgaatattctgtctg
atatctagaagcaaagcagcatgtgtgagtgagtcgagatgatactcaga
atgtctgctccacccagatcgatgatgatgtgaaagaatcgcattcactg
gtcctcctcagttcccactgataggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_53044339_53045507
seq2: B6Ng01-253M10.b_48_1199 (reverse)

seq1  AAGATGAAGCTGATACTTTTGTTTAAGATTGTCGATGACATCCACTTATA  50
      ||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||| ||| ||||
seq2  AAGATGAAGCTGA-AC-TTTGTTTAGGATTGTCGATGACAT-CAC-TATA  46

seq1  ATTTTAATAATAAAAACCTACTTTTCTTTTCTATTTTGTAG-ACTAGTGT  99
      | ||| ||||  |||| |||| ||    | |||   ||||| ||||||||
seq2  AGTTTTATAAATAAAAACTACCTT--CGTGCTA--GTGTAGAACTAGTGT  92

seq1  AGTTCACTATGTTCCTTAAATAAGGTATTCTCCTGTATTCTACTGCTATG  149
      || |||||||||    ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||
seq2  AG-TCACTATGT---CTAAATAAGGTA-TCT-CTGTA-TCTACTGCTATG  135

seq1  -GGGATGCCAATTTTCTCTCAAGACTTTGCTGCAATCTGATCGGGAAACT  198
       ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGGGATGCCAATTTTCTCTC-AGACTTTGCTGCAATCTGATCGGG-AACT  183

seq1  GGCTACTTAAACGGCAGGTAATCTTTTATTCCATACATAATTACCATGCA  248
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACTT-AACGGCAGGTAATCTTTTATTCCATACATAATTACCATGCA  232

seq1  CTATGTTTTGATTTGATCCTAATGGCCCTAAGTACATTTTAAACAAACCC  298
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTTTTGATTTGAT-CTAATGGCCCTAAGTACATTTTAAACAAACCC  281

seq1  TCAACCCATCCAAATGAAAAGCATTTTGCTTCCTCGGCTGCACTTGCATG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCCATCCAAATGAAAAGCATTTTGCTTCCTCGGCTGCACTTGCATG  331

seq1  ACAAGGATAATTAACACATCTTGGGAAATTTGAGCTACATCTGATTAAAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGATAATTAACACATCTTGGGAAATTTGAGCTACATCTGATTAAAT  381

seq1  CATAACACACCATAAAGGTCTTTACAAATAAGCCTTTGAAGAATCCAGCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACACACCATAAAGGTCTTTACAAATAAGCCTTTGAAGAATCCAGCT  431

seq1  GAGAAAATCATGAAAGGGAGAATTATGGGATGGAAAAGCTCCTTGCCGTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAATCATGAAAGGGAGAATTATGGGATGGAAAAGCTCCTTGCCGTT  481

seq1  TTGTGCTGGGCACGGAGAGGTGACCCCACCAAGGTGAGTCTTTTGAATTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTGGGCACGGAGAGGTGACCCCACCAAGGTGAGTCTTTTGAATTC  531

seq1  AGCTAACTTTCCCAGAATGTACCTGAAAACTCTGAGGAAGGGAGAGCTGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAACTTTCCCAGAATGTACCTGAAAACTCTGAGGAAGGGAGAGCTGT  581

seq1  GGCTAGGCCCCACCTGTCACTCACAAAGTCACTGTTTCTGCTCATTTGTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGGCCCCACCTGTCACTCACAAAGTCACTGTTTCTGCTCATTTGTG  631

seq1  TCATTAGTCTTTGTTTTGAACGGTGGCCAAGGAAATAAATTCCCTTTCCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAGTCTTTGTTTTGAACGGTGGCCAAGGAAATAAATTCCCTTTCCT  681

seq1  CTCACACAGAACCATAAGGAGTCATGAAATTAAAAAGAAAAGTCCTAAAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACAGAACCATAAGGAGTCATGAAATTAAAAAGAAAAGTCCTAAAC  731

seq1  AGGGGGTCCTTAAACGGCACTCTCAAAATTTTACCTCAGTTATCATCGGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGTCCTTAAACGGCACTCTCAAAATTTTACCTCAGTTATCATCGGA  781

seq1  GAATACGTTCAAGATGAAAACCACAAAAAAAACTGGCTAAGAATTGGGAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACGTTCAAGATGAAAACCACAAAAAAAACTGGCTAAGAATTGGGAA  831

seq1  AAACAAAATAACAGAAATATCAAACGTAAGATTAAATCTAACTAGTTACA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAATAACAGAAATATCAAACGTAAGATTAAATCTAACTAGTTACA  881

seq1  TTCCAAGGATAAAAGTTAAATGCTTATGAAACTGTGGGTAACTCCACAAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAGGATAAAAGTTAAATGCTTATGAAACTGTGGGTAACTCCACAAA  931

seq1  CCAAAAGAGGTGAACATGTAGTAACTAGGCCCACTATCCCCTGCAATAAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAGAGGTGAACATGTAGTAACTAGGCCCACTATCCCCTGCAATAAT  981

seq1  GAGCTGCTACCATTGCTGTTGCTAACAGGACCCATTGTATTTGACATTTA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGCTACCATTGCTGTTGCTAACAGGACCCATTGTATTTGACATTTA  1031

seq1  TTGATGTCTATTCATGGTTGCTGCCATTCCTTAGGACAGTGAAGAGAGAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGTCTATTCATGGTTGCTGCCATTCCTTAGGACAGTGAAGAGAGAG  1081

seq1  TTTCAATAACTTAAGAAGACCGTACAAAGATATTATTAAGTCACCTGCCC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATAACTTAAGAAGACCGTACAAAGATATTATTAAGTCACCTGCCC  1131

seq1  AATAAGCAGGACAAAGAATTC  1169
      |||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGCAGGACAAAGAATTC  1152


seq1: chr15_52922963_52924113
seq2: B6Ng01-253M10.g_64_1190

seq1  GAATTCCACATGGTCCTCCCAACAAGTCCGGTTTACATTAAATGGTTATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACATGGTCCTCCCAACAAGTCCGGTTTACATTAAATGGTTATT  50

seq1  CACTGCTGATGAATACTTTAGGCCCGAAACTTCAGTCTCACTTCGTGGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCTGATGAATACTTTAGGCCCGAAACTTCAGTCTCACTTCGTGGGT  100

seq1  TTCAAACTAAGTATGTACAATTTAAGAAGGGTGAAGGTGTTTTGGAGCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACTAAGTATGTACAATTTAAGAAGGGTGAAGGTGTTTTGGAGCAC  150

seq1  ATTCATATAGAATAGGACCACCCTGAGTCTTTATCATAGCAGTCTGAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATATAGAATAGGACCACCCTGAGTCTTTATCATAGCAGTCTGAAAG  200

seq1  ATACCTTACTGCCCCACATTTTCTAAACGCTGTAACTCTGAGCTAACGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTTACTGCCCCACATTTTCTAAACGCTGTAACTCTGAGCTAACGTG  250

seq1  TCGCTGATGCCACTGACATGAGAGCGTCTGGGGCTCCAACTATGGCAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTGATGCCACTGACATGAGAGCGTCTGGGGCTCCAACTATGGCAATG  300

seq1  CCTGCGGTAGGAACATCAGCCTCTGTGGAGCTGTATCTCTGTGCTCCCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCGGTAGGAACATCAGCCTCTGTGGAGCTGTATCTCTGTGCTCCCAT  350

seq1  CCTTCACCCCACTGAGATCAAGTCAAAGCTGCTTGTGAGTACAGATTCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCACCCCACTGAGATCAAGTCAAAGCTGCTTGTGAGTACAGATTCTA  400

seq1  CCAAACCTTCAAACATCTAGCCTGCCATTAGCTCTGTGTAGGAGAGGGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACCTTCAAACATCTAGCCTGCCATTAGCTCTGTGTAGGAGAGGGCC  450

seq1  ATACTAAACCCTGGAAGAATGCATCAATTCTTCCTTGACACATCATCTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTAAACCCTGGAAGAATGCATCAATTCTTCCTTGACACATCATCTTA  500

seq1  GTTATTTCTTATTTCTCCTTCTTAATTCAGGTTTTTCTAAATGTACATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTTCTTATTTCTCCTTCTTAATTCAGGTTTTTCTAAATGTACATAA  550

seq1  AGAGAAGTGAGATTATGAAAAAAATCATGGAGATATACACACACGGGCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGTGAGATTATGAAAAAAATCATGGAGATATACACACACGGGCAT  600

seq1  ACCTATATACATACACAGACACACATATATATTAAGTTTATACTTAATCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATATACATACACAGACACACATATATATTAAGTTTATACTTAATCG  650

seq1  CTTCTCATGTTCAAAATGATCTATAATTTAAGAACATTTCTCAATGAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCATGTTCAAAATGATCTATAATTTAAGAACATTTCTCAATGAAGT  700

seq1  CTACCAAATGTACAGGATAGCTGCTCAGATGAGAAAGAAGGCTTCCTGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCAAATGTACAGGATAGCTGCTCAGATGAGAAAGAAGGCTTCCTGTC  750

seq1  TTTTTTGTTTTCTAATACTCTGTTGTATTTACAATTCTTTAAAGGGGGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTGTTTTCTAATACTCTGTTGTATTTACAATTCTTTAAAGGGGGCT  800

seq1  CAGACAACAATCTCCCACCCTGGCTATTGGGAAGAATAACCACTTT-GGG  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CAGACAACAATCTCCCACCCTGGCTATTGGGAAGAATAACCACTTTGGGG  850

seq1  GGGGGTAATCAAAAGGATTCACTTACCTAAATTAGCATAGTAGTAAGGGA  899
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTAATCAAAATGATTCACTTACCTAAATTAGCATAGTAGTAAGGGA  900

seq1  AATCTCCCAGGTAAGATGAATACTGCGGTAGGACGAACAATCCTCCAGGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AATCTCCCAGGTAAGATGAATACTGCGGTAGGACG-ACAATCCTCCAGGA  949

seq1  TGTTTGTTCCATATTAAACTGTTACGTGATATGTGCTTGAATATTCTGTC  999
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGTTTGTT-CATATTAAACTGTTACGTGATATGTGCTTGAATATTCTGT-  997

seq1  CTGAATAATCTAGAAAGCAAAGCAGCAGGTGGTGAGGTTGAGTCGAGATG  1049
      ||||   |||||| ||||||||||||| || |||||  ||||||||||||
seq2  CTGA--TATCTAG-AAGCAAAGCAGCATGT-GTGAG--TGAGTCGAGATG  1041

seq1  ATACTCAGAAAGGGTCTTGGCTCACCCAAGATAGGGAATGATGATGTTGA  1099
      ||||||||||   ||||  ||||  || |||| |   ||||||||||   
seq2  ATACTCAGAA--TGTCT--GCTCCACCCAGATCG---ATGATGATGT--G  1082

seq1  AAAGACATCGCACATTCTAACTGCTCCTCCTCCAAGTCCCCACTGATAGG  1149
      ||||| ||||  |||||  |||| ||||||||  ||| ||||||||||||
seq2  AAAGA-ATCG--CATTC--ACTGGTCCTCCTC--AGTTCCCACTGATAGG  1125

seq1  AA  1151
      ||
seq2  AA  1127


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |