BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-258C03
Chromosome15 (Build37)
Map Location 12,088,607 - 12,229,257
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfr, LOC100040052, LOC100040066, Mtmr12, LOC100039846
Upstream geneAdamts12, Tars, LOC100039772, Npr3, LOC381002, Sub1, LOC100040027
Downstream geneGolph3, Pdzd2, LOC100040109, 6030458C11Rik, Rnasen, Cdh6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-258C03.bB6Ng01-258C03.g
ACCGA063651GA063652
length1,1751,170
definitionB6Ng01-258C03.b B6Ng01-258C03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,228,083 - 12,229,257)(12,088,607 - 12,089,787)
sequence
gaattccagggcagccagtcttgaaaacaaacaaacaggattggcaagat
ggctcaatgggtaacagcactgactattctaacgaaggtcctgtgttcaa
atcccagccacatggtggctcacaaccacctgtaatgagatctgatgccc
tcttctgggcatctgaagacagctacaatatacctatatataataataaa
taaatcgttgggcccaagtgagcagggactgagtgagcagagttgaccgg
agtgagcggggctgaccagatcgagcagaggtcctaaaaaatttcaattc
ccaacaacacgtgaaggctcacaaccatctgtacatctacagtgcactca
tatacataaaataagtaaatctttaaaaaaagaaagcaagcaaacaaaaa
acataaacaaaaagaaaagttattcccatggtggtacatacatgcaaccc
cagcttatgtggcaatcgatagcagacagaaggctggggctagcctagtc
acaaagttagtaagatcctgcttcaaaataagactgttttaaagggctgg
gtataacctcagcagaatcgcacttaacataatcaaggccttggtttgat
cccagtatttcaaccaaccaatcaaaatgattccctaaaagatacatcac
aaacacacatcgtggaattcccccagcaacctgccaaggcaagggctgct
ccagagagacctcaaggtcaaactgagaaagaaagctctgcttggccctc
aaaactgtgccttttacacaaaactctcaagacaccttggactccctcgg
agcaccgtgagggtgtgaagacctggccactctcttcttccactgtagaa
catcttcccctcaaagctcacctcaacacctgtcctagcacctcttgtcc
ttgggccacaaaggaaaggtgagtcgatggttacaggatatcaaccacag
aatactgtttggacttggggttaagccaataggaagtctttgttagccat
ctgcactatactgggtcaggatcccagtgcagcaccgagtctttcctcag
gtgagcctttaaagagcaaggtccattatctggctcgacatacttcaggt
tacaaagaacagtcaggctagaaggcggacctacgagcccaacaagcaag
aataggtaatttagggacttcccga
gaattctctggaacctgtggacaagctagcctggcatgtgccccagcaaa
acacacacacacacaaaagaaaagcaataggatgtctcatgatggaaagt
cctgcatatggagactgtggcatgtgcacacactcccatcatgctcacaa
acgtatacatgtacacacaaacagtttttttttaaagacaaaaagaaaaa
tatacaagaagtgagttcatttctttgaggacatgaaataaatgcctgaa
cttactgtgtatgaagtgcttcttgcatatacattatatgttaggcatcc
tcatctgtaggtatttggatttacaatccttaccttaagtaattagaata
aactgaggtgtctgttttctgttacactttgttcttgtgtgaaattttat
tctccttttctcattattttctctagtttttttaattcttttttttttta
gattattttttttatgtatataaatactctgtagctgtcttcagacacac
cagaagagggcatcagatcccattacagatggttgtgagccaccgtgtgg
gtgctgggaattgaactcagctcttaaccgctaagacatctctccagccc
cttgtctctagtttttatttcgtttacttctcaatgaaaattaaataatg
gaaataaggtaaaagtactaaagtgatttagaataggttttatgtagttg
ttgatggaagttcttaagctctgggggtgcttgtttgtatgcatcagacg
ttatgaagaagacatgtactggagaagaatggaggaagagcagcatcatt
gggatgatcgcagacgaatgcctgatggcggctatcctcatggtcctccc
ggcccactaggtcttttgggagtccgaccaggcatgcctccccagccgca
gggtcctgccgtgagtatctgctctgcttatctaagggtgaaaatttaag
cctcattcacattagatgatgtttatgagccaaattctagatttaatatg
tcatcagttttcatgtgattatatttttagtcctcttaaagattcttaaa
gtgatgtcttttatacatagacttagtcaagtttctttactctttcttat
tacaaaccttgcaaaatctgcataaagtcttactttgaataaatattttt
accgtaagaaaccttcctta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_12228083_12229257
seq2: B6Ng01-258C03.b_44_1218 (reverse)

seq1  TCGGAAAGTTCCTAAATGTACTAATCTTGCTTGTTTGGCTTCTGTAGTTC  50
      |||| |||| |||||||   ||| ||||||||||| ||||   |||| ||
seq2  TCGGGAAGTCCCTAAATTACCTATTCTTGCTTGTTGGGCT--CGTAGGTC  48

seq1  TG-CTTCTAG-CTGACTGTTC-TTGTTAACTGAAGTATGTCGAGCCAAGA  97
       | ||||||| |||||||||| |||| | ||||||||||||||||| |||
seq2  CGCCTTCTAGCCTGACTGTTCTTTGTAACCTGAAGTATGTCGAGCC-AGA  97

seq1  T-ATGGACCTTGCTCTTTAAA-GCTCACCCTGA-GAAAGACTCGGTGCTG  144
      | ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||
seq2  TAATGGACCTTGCTCTTTAAAGGCTCA-CCTGAGGAAAGACTCGGTGCTG  146

seq1  CACTGGGATCCTGACCCAGTATAGTTGCCAGATGGCTAACAAAGACTTCC  194
      |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGGATCCTGACCCAGTATAGT--GCAGATGGCTAACAAAGACTTCC  194

seq1  TATTGGCTTAACCCCAAGTCCAAACAGTATTCTGTGGTTGATATCCTGTA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGCTTAACCCCAAGTCCAAACAGTATTCTGTGGTTGATATCCTGTA  244

seq1  ACCATCGACTCACCTTTCCTTTGTGGCCCAAGGACAAGAGGTGCTAGGAC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCGACTCACCTTTCCTTTGTGGCCCAAGGACAAGAGGTGCTAGGAC  294

seq1  AGGTGTTGAGGTGAGCTTTGAGGGGAAGATGTTCTACAGTGGAAGAAGAG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTTGAGGTGAGCTTTGAGGGGAAGATGTTCTACAGTGGAAGAAGAG  344

seq1  AGTGGCCAGGTCTTCACACCCTCACGGTGCTCCGAGGGAGTCCAAGGTGT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCCAGGTCTTCACACCCTCACGGTGCTCCGAGGGAGTCCAAGGTGT  394

seq1  CTTGAGAGTTTTGTGTAAAAGGCACAGTTTTGAGGGCCAAGCAGAGCTTT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGAGTTTTGTGTAAAAGGCACAGTTTTGAGGGCCAAGCAGAGCTTT  444

seq1  CTTTCTCAGTTTGACCTTGAGGTCTCTCTGGAGCAGCCCTTGCCTTGGCA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCAGTTTGACCTTGAGGTCTCTCTGGAGCAGCCCTTGCCTTGGCA  494

seq1  GGTTGCTGGGGGAATTCCACGATGTGTGTTTGTGATGTATCTTTTAGGGA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCTGGGGGAATTCCACGATGTGTGTTTGTGATGTATCTTTTAGGGA  544

seq1  ATCATTTTGATTGGTTGGTTGAAATACTGGGATCAAACCAAGGCCTTGAT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTTGATTGGTTGGTTGAAATACTGGGATCAAACCAAGGCCTTGAT  594

seq1  TATGTTAAGTGCGATTCTGCTGAGGTTATACCCAGCCCTTTAAAACAGTC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTAAGTGCGATTCTGCTGAGGTTATACCCAGCCCTTTAAAACAGTC  644

seq1  TTATTTTGAAGCAGGATCTTACTAACTTTGTGACTAGGCTAGCCCCAGCC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTGAAGCAGGATCTTACTAACTTTGTGACTAGGCTAGCCCCAGCC  694

seq1  TTCTGTCTGCTATCGATTGCCACATAAGCTGGGGTTGCATGTATGTACCA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTCTGCTATCGATTGCCACATAAGCTGGGGTTGCATGTATGTACCA  744

seq1  CCATGGGAATAACTTTTCTTTTTGTTTATGTTTTTTGTTTGCTTGCTTTC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGGAATAACTTTTCTTTTTGTTTATGTTTTTTGTTTGCTTGCTTTC  794

seq1  TTTTTTTAAAGATTTACTTATTTTATGTATATGAGTGCACTGTAGATGTA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTAAAGATTTACTTATTTTATGTATATGAGTGCACTGTAGATGTA  844

seq1  CAGATGGTTGTGAGCCTTCACGTGTTGTTGGGAATTGAAATTTTTTAGGA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGGTTGTGAGCCTTCACGTGTTGTTGGGAATTGAAATTTTTTAGGA  894

seq1  CCTCTGCTCGATCTGGTCAGCCCCGCTCACTCCGGTCAACTCTGCTCACT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCTCGATCTGGTCAGCCCCGCTCACTCCGGTCAACTCTGCTCACT  944

seq1  CAGTCCCTGCTCACTTGGGCCCAACGATTTATTTATTATTATATATAGGT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCCTGCTCACTTGGGCCCAACGATTTATTTATTATTATATATAGGT  994

seq1  ATATTGTAGCTGTCTTCAGATGCCCAGAAGAGGGCATCAGATCTCATTAC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGTAGCTGTCTTCAGATGCCCAGAAGAGGGCATCAGATCTCATTAC  1044

seq1  AGGTGGTTGTGAGCCACCATGTGGCTGGGATTTGAACACAGGACCTTCGT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGTTGTGAGCCACCATGTGGCTGGGATTTGAACACAGGACCTTCGT  1094

seq1  TAGAATAGTCAGTGCTGTTACCCATTGAGCCATCTTGCCAATCCTGTTTG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATAGTCAGTGCTGTTACCCATTGAGCCATCTTGCCAATCCTGTTTG  1144

seq1  TTTGTTTTCAAGACTGGCTGCCCTGGAATTC  1175
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTCAAGACTGGCTGCCCTGGAATTC  1175

seq1: chr15_12088607_12089787
seq2: B6Ng01-258C03.g_66_1235

seq1  GAATTCTCTGGAACCTGTGGACAAGCTAGCCTGGCATGTGCCCCAGCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGGAACCTGTGGACAAGCTAGCCTGGCATGTGCCCCAGCAAA  50

seq1  ACACACACACACACAAAAGAAAAGCAATAGGATGTCTCATGATGGAAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACAAAAGAAAAGCAATAGGATGTCTCATGATGGAAAGT  100

seq1  CCTGCATATGGAGACTGTGGCATGTGCACACACTCCCATCATGCTCACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCATATGGAGACTGTGGCATGTGCACACACTCCCATCATGCTCACAA  150

seq1  ACGTATACATGTACACACAAACAGTTTTTTTTTAAAGACAAAAAGAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTATACATGTACACACAAACAGTTTTTTTTTAAAGACAAAAAGAAAAA  200

seq1  TATACAAGAAGTGAGTTCATTTCTTTGAGGACATGAAATAAATGCCTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAAGAAGTGAGTTCATTTCTTTGAGGACATGAAATAAATGCCTGAA  250

seq1  CTTACTGTGTATGAAGTGCTTCTTGCATATACATTATATGTTAGGCATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTGTGTATGAAGTGCTTCTTGCATATACATTATATGTTAGGCATCC  300

seq1  TCATCTGTAGGTATTTGGATTTACAATCCTTACCTTAAGTAATTAGAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTGTAGGTATTTGGATTTACAATCCTTACCTTAAGTAATTAGAATA  350

seq1  AACTGAGGTGTCTGTTTTCTGTTACACTTTGTTCTTGTGTGAAATTTTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGGTGTCTGTTTTCTGTTACACTTTGTTCTTGTGTGAAATTTTAT  400

seq1  TCTCCTTTTCTCATTATTTTCTCTAGTTTTTTTAATTCTTTTTTTTTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTTTCTCATTATTTTCTCTAGTTTTTTTAATTCTTTTTTTTTTTA  450

seq1  GATTATTTTTTTTATGTATATAAATACTCTGTAGCTGTCTTCAGACACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATTTTTTTTATGTATATAAATACTCTGTAGCTGTCTTCAGACACAC  500

seq1  CAGAAGAGGGCATCAGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCGTGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAGGGCATCAGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCGTGTGG  550

seq1  GTGCTGGGAATTGAACTCAGCTCTTAACCGCTAAGACATCTCTCCAGCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGGAATTGAACTCAGCTCTTAACCGCTAAGACATCTCTCCAGCCC  600

seq1  CTTGTCTCTAGTTTTTATTTCGTTTACTTCTCAATGAAAATTAAATAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTCTAGTTTTTATTTCGTTTACTTCTCAATGAAAATTAAATAATG  650

seq1  GAAATAAGGTAAAAGTACTAAAGTGATTTAGAATAGGTTTTATGTAGTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAAGGTAAAAGTACTAAAGTGATTTAGAATAGGTTTTATGTAGTTG  700

seq1  TTGATGGAAGTTCTTAAGCTCTGGGGGTGCTTGTTTGTATGCATCAGACG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGGAAGTTCTTAAGCTCTGGGGGTGCTTGTTTGTATGCATCAGACG  750

seq1  TTATGAAGAAGACATGTACTGGAGAAGAATGGAGGAAGAGCAGCATCATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAAGAAGACATGTACTGGAGAAGAATGGAGGAAGAGCAGCATCATT  800

seq1  GGGATGATCGCAGACGAATGCCTGATGGCGGCTATCCTCATGGTCCTCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGATCGCAGACGAATGCCTGATGGCGGCTATCCTCATGGTCCTCCC  850

seq1  GGCCCACTAGGTCTTTTGGGAGTCCGACCAGGCATGCCTCCCCAGCCGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCACTAGGTCTTTTGGGAGTCCGACCAGGCATGCCTCCCCAGCCGCA  900

seq1  GGGTCCTGCCGTGAGTATCTGCTCTGCTTATCTAAGGGGTGAAAATTTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGGTCCTGCCGTGAGTATCTGCTCTGCTTATCTAA-GGGTGAAAATTTAA  949

seq1  GCCTCATTCAACATTAGATGATGTTTTATGAGCCAAATTCTTAGATTTAA  1000
      ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCCTCATTC-ACATTAGATGATG-TTTATGAGCCAAATTC-TAGATTTAA  996

seq1  TAATGTCATCAGTTTTCATGTTGATTATATTTTTAGTCCTCTTAAAGATT  1050
      | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-ATGTCATCAGTTTTCATG-TGATTATATTTTTAGTCCTCTTAAAGATT  1044

seq1  CTTAAGGTTGATGTC-TTTATACATAAGGACTTAGTCAAGTTTCCTTTAC  1099
      ||||| | ||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| ||||||
seq2  CTTAAAG-TGATGTCTTTTATACATA--GACTTAGTCAAGTTT-CTTTAC  1090

seq1  TCTTCTTTATTTACAAAACTTGCAAAAATCTGCATAAAGTCCTACTTTTG  1149
      ||||  ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||  
seq2  TCTTTCTTA-TTACAAACCTTGC-AAAATCTGCATAAAGTCTTACTTTGA  1138

seq1  ATAAATATTTTATACGTAAGAAACTTTCCTTA  1181
      |||||||||||   |||||||||| |||||||
seq2  ATAAATATTTTTACCGTAAGAAACCTTCCTTA  1170