BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261K03
Chromosome15 (Build37)
Map Location 68,650,547 - 68,782,365
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG633752, Khdrbs3
Upstream geneZfat1, LOC100041000, EG665945
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261K03.bB6Ng01-261K03.g
ACCGA066253GA066254
length1,1531,136
definitionB6Ng01-261K03.b B6Ng01-261K03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,781,216 - 68,782,365)(68,650,547 - 68,651,701)
sequence
gaattccagacctcagtgtcaaatcacagccatgtctgtaagcactccct
gtggtccaggtttacagccatggtcttagttaatctttacagcgagaaaa
atgagccagtcgctggccttgaatgcctcgcctccaccctcagacacaaa
gccctggctcccttctctctcagcaaaaagctccaaagctttgctttctc
caggtacaatagagtagtccttgtacctggggcagggagagatcagtgat
ccagaacatgaaaatgttcacctctgcacctacaactgaagttcatcata
aataaatgcaatctctgtaggaaaatgcacttaaacctctcgccagaaaa
gaaataaaaggaccctaagctttggccccaaaccagcaagggaaacaaac
aagtagaggactggctcaagcatggacgacctggagcacggaagcttaag
tggccaggaacagagcaaagaggaagcactctgtaagatctggtcaactg
cactgaggcctccaacaccagtgcccaaagctgccaaggactgagcaggg
cacattctggaaattcagtgtatgccagcctgccaacctgaacctctgca
tctggccagcaccttgacaaacagaaacccagcacggtcctcttgtgcct
aggactgtgcatgggagacaagacagatgaaaaagcccgtggggaggagt
tgtacattattatcaaagggaagaaagtctctgaccatagcactagctag
attctgtgacagttttaaaacagttatcatcgtcatactgcagtttggag
taatgtctagctggcttcagcatccgaagatagtccttcagcatcagtta
tgatgaggagctagctatgtgctgaagctgcaataatcaagttacacccc
ctttccactcccattatactgccacatataaaccatccacagcctcaacc
tgaacactggttctctccagttctgctaatcactagactccaaaggagaa
gaattctctatcatacatacccacaccgtcaatatatattaataccatat
ataacatagcatgttctttagaatagatgacctatgatctgtattaacaa
tgtatcattacatacccacacccgtcaatatatattaattcatatataac
ata

gaattccatcaggaagcacccctcccctccccatatacacatacaatatt
gttgacctgccaattctccataccactgataaagctgacataaaacaacc
atttcttctgcctcagatggcagaagatctgagatctggtctctctgttg
acaaccctcctctaccccacaccatcaatcgatttctgcaaaacagttgg
tgattttagtgaagttactcactctaaccccatacatcaatcctctagca
tcttcttattaaagacaataaggagtatgtggtggaatggctttctaggc
ctacactcatagccagactgatggctgtcactgttagctttaactgtcaa
cttacgacaaactagattcatctgggacaagactctcaatgaggcatttt
atagatcaggttggcctgtaggcatgtctgtgattatgaaaattgatatg
ggattattctgactaaaagagggaaataccatccagtgggtttgggaccc
gagctgtataaaagaggagaaaatgagcttagcagtgagcatgcgtggat
tctttctctctgcccttgactgtgggtttccacagctgctttgtcttcac
gataatgactgaccataatttggaattgtaagcataacaaaccctttgct
ccttaaagttgcgctttttttatcatgtattttattacagaaacaaaaaa
caaaactgagacaacagaatgttgtgctcagaaggactccaatcttgctt
tgatgctttgctgttgctgtctggagatatgtaatgcttctgaagagcca
tttgttcactttgtcctgggcaccatgtaactgagcacatctgtgaagac
taccttatagcttgaccttgactttacctcctattcctctcctcatcaag
atctgctccaaagactctgatcttactgttctccaaacacacaaactttt
tctccttttggggactctgcctctgctagatgtgaccaaactgtgtggga
gattctttttttttttttttcatcaagtgtgagcttgaggtatcttccct
gaagtcttttgtgacaccccacttaacaacatcttatttccctacttctc
tattcatgccttcttctcactaaatagtagtatctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_68781216_68782365
seq2: B6Ng01-261K03.b_43_1195 (reverse)

seq1  TATGTTATATATGGTATTAATATATATTGAC-GGTGTGGGTATGTATTGA  49
      |||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  TATGTTATATAT-GAATTAATATATATTGACGGGTGTGGGTATGTAATGA  49

seq1  TACA-TGTTAATACAGATCATAGGTCATCTA-TCTAAAGAACATGCTATG  97
      |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TACATTGTTAATACAGATCATAGGTCATCTATTCTAAAGAACATGCTATG  99

seq1  TTATATATGGTATTAATATATATTGACGGTGTGGGTATGTATTGATAGAG  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTATATATGGTATTAATATATATTGACGGTGTGGGTATGTA-TGATAGAG  148

seq1  AATTC-TCTCC-TTGGAGTCTAGTGATTAGCAGAACTGGAGAGAACCAGT  195
      ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTCTCCTTTGGAGTCTAGTGATTAGCAGAACTGGAGAGAACCAGT  198

seq1  GTTCAGGTTGAGGCTGTGGATGGTTTATATGTGGCAGTATAATGGGAGTG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGGTTGAGGCTGTGGATGGTTTATATGTGGCAGTATAATGGGAGTG  248

seq1  GAAAGGGGGTGTAACTTGATTATTGCAGCTTCAGCACATAGCTAGCTCCT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGGGTGTAACTTGATTATTGCAGCTTCAGCACATAGCTAGCTCCT  298

seq1  CATCATAACTGATGCTGAAGGACTATCTTCGGATGCTGAAGCCAGCTAGA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATAACTGATGCTGAAGGACTATCTTCGGATGCTGAAGCCAGCTAGA  348

seq1  CATTACTCCAAACTGCAGTATGACGATGATAACTGTTTTAAAACTGTCAC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACTCCAAACTGCAGTATGACGATGATAACTGTTTTAAAACTGTCAC  398

seq1  AGAATCTAGCTAGTGCTATGGTCAGAGACTTTCTTCCCTTTGATAATAAT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCTAGCTAGTGCTATGGTCAGAGACTTTCTTCCCTTTGATAATAAT  448

seq1  GTACAACTCCTCCCCACGGGCTTTTTCATCTGTCTTGTCTCCCATGCACA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAACTCCTCCCCACGGGCTTTTTCATCTGTCTTGTCTCCCATGCACA  498

seq1  GTCCTAGGCACAAGAGGACCGTGCTGGGTTTCTGTTTGTCAAGGTGCTGG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTAGGCACAAGAGGACCGTGCTGGGTTTCTGTTTGTCAAGGTGCTGG  548

seq1  CCAGATGCAGAGGTTCAGGTTGGCAGGCTGGCATACACTGAATTTCCAGA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATGCAGAGGTTCAGGTTGGCAGGCTGGCATACACTGAATTTCCAGA  598

seq1  ATGTGCCCTGCTCAGTCCTTGGCAGCTTTGGGCACTGGTGTTGGAGGCCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCCCTGCTCAGTCCTTGGCAGCTTTGGGCACTGGTGTTGGAGGCCT  648

seq1  CAGTGCAGTTGACCAGATCTTACAGAGTGCTTCCTCTTTGCTCTGTTCCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCAGTTGACCAGATCTTACAGAGTGCTTCCTCTTTGCTCTGTTCCT  698

seq1  GGCCACTTAAGCTTCCGTGCTCCAGGTCGTCCATGCTTGAGCCAGTCCTC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACTTAAGCTTCCGTGCTCCAGGTCGTCCATGCTTGAGCCAGTCCTC  748

seq1  TACTTGTTTGTTTCCCTTGCTGGTTTGGGGCCAAAGCTTAGGGTCCTTTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGTTTGTTTCCCTTGCTGGTTTGGGGCCAAAGCTTAGGGTCCTTTT  798

seq1  ATTTCTTTTCTGGCGAGAGGTTTAAGTGCATTTTCCTACAGAGATTGCAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTTTCTGGCGAGAGGTTTAAGTGCATTTTCCTACAGAGATTGCAT  848

seq1  TTATTTATGATGAACTTCAGTTGTAGGTGCAGAGGTGAACATTTTCATGT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATGATGAACTTCAGTTGTAGGTGCAGAGGTGAACATTTTCATGT  898

seq1  TCTGGATCACTGATCTCTCCCTGCCCCAGGTACAAGGACTACTCTATTGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGATCACTGATCTCTCCCTGCCCCAGGTACAAGGACTACTCTATTGT  948

seq1  ACCTGGAGAAAGCAAAGCTTTGGAGCTTTTTGCTGAGAGAGAAGGGAGCC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGAGAAAGCAAAGCTTTGGAGCTTTTTGCTGAGAGAGAAGGGAGCC  998

seq1  AGGGCTTTGTGTCTGAGGGTGGAGGCGAGGCATTCAAGGCCAGCGACTGG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTTTGTGTCTGAGGGTGGAGGCGAGGCATTCAAGGCCAGCGACTGG  1048

seq1  CTCATTTTTCTCGCTGTAAAGATTAACTAAGACCATGGCTGTAAACCTGG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTTTTCTCGCTGTAAAGATTAACTAAGACCATGGCTGTAAACCTGG  1098

seq1  ACCACAGGGAGTGCTTACAGACATGGCTGTGATTTGACACTGAGGTCTGG  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAGGGAGTGCTTACAGACATGGCTGTGATTTGACACTGAGGTCTGG  1148

seq1  AATTC  1150
      |||||
seq2  AATTC  1153


seq1: chr15_68650547_68651701
seq2: B6Ng01-261K03.g_66_1201

seq1  GAATTCCATCAGGAAGCACCCCTCCCCTCCCCATATACACATACAATATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCAGGAAGCACCCCTCCCCTCCCCATATACACATACAATATT  50

seq1  GTTGACCTGCCAATTCTCCATACCACTGATAAAGCTGACATAAAACAACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACCTGCCAATTCTCCATACCACTGATAAAGCTGACATAAAACAACC  100

seq1  ATTTCTTCTGCCTCAGATGGCAGAAGATCTGAGATCTGGTCTCTCTGTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTCTGCCTCAGATGGCAGAAGATCTGAGATCTGGTCTCTCTGTTG  150

seq1  ACAACCCTCCTCTACCCCACACCATCAATCGATTTCTGCAAAACAGTTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCCTCCTCTACCCCACACCATCAATCGATTTCTGCAAAACAGTTGG  200

seq1  TGATTTTAGTGAAGTTACTCACTCTAACCCCATACATCAATCCTCTAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTAGTGAAGTTACTCACTCTAACCCCATACATCAATCCTCTAGCA  250

seq1  TCTTCTTATTAAAGACAATAAGGAGTATGTGGTGGAATGGCTTTCTAGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTATTAAAGACAATAAGGAGTATGTGGTGGAATGGCTTTCTAGGC  300

seq1  CTACACTCATAGCCAGACTGATGGCTGTCACTGTTAGCTTTAACTGTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACTCATAGCCAGACTGATGGCTGTCACTGTTAGCTTTAACTGTCAA  350

seq1  CTTACGACAAACTAGATTCATCTGGGACAAGACTCTCAATGAGGCATTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACGACAAACTAGATTCATCTGGGACAAGACTCTCAATGAGGCATTTT  400

seq1  ATAGATCAGGTTGGCCTGTAGGCATGTCTGTGATTATGAAAATTGATATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATCAGGTTGGCCTGTAGGCATGTCTGTGATTATGAAAATTGATATG  450

seq1  GGATTATTCTGACTAAAAGAGGGAAATACCATCCAGTGGGTTTGGGACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTATTCTGACTAAAAGAGGGAAATACCATCCAGTGGGTTTGGGACCC  500

seq1  GAGCTGTATAAAAGAGGAGAAAATGAGCTTAGCAGTGAGCATGCGTGGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGTATAAAAGAGGAGAAAATGAGCTTAGCAGTGAGCATGCGTGGAT  550

seq1  TCTTTCTCTCTGCCCTTGACTGTGGGTTTCCACAGCTGCTTTGTCTTCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTCTCTGCCCTTGACTGTGGGTTTCCACAGCTGCTTTGTCTTCAC  600

seq1  GATAATGACTGACCATAATTTGGAATTGTAAGCATAACAAACCCTTTGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATGACTGACCATAATTTGGAATTGTAAGCATAACAAACCCTTTGCT  650

seq1  CCTTAAAGTTGCGCTTTTTTTATCATGTATTTTATTACAGAAACAAAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAAGTTGCGCTTTTTTTATCATGTATTTTATTACAGAAACAAAAAA  700

seq1  CAAAACTGAGACAACAGAATGTTGTGCTCAGAAGGACTCCAATCTTGCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACTGAGACAACAGAATGTTGTGCTCAGAAGGACTCCAATCTTGCTT  750

seq1  TGATGCTTTGCTGTTGCTGTCTGGAGATATGTAATGCTTCTGAAGAGCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCTTTGCTGTTGCTGTCTGGAGATATGTAATGCTTCTGAAGAGCCA  800

seq1  TTTGTTCACTTTGTCCTGGGCACCATGTAACTGAGCACATCTGTGAAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCACTTTGTCCTGGGCACCATGTAACTGAGCACATCTGTGAAGAC  850

seq1  TACCTTATAGCTTGACCTTGACTTTACCTCCTATTCCTCTCCTCATCAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTATAGCTTGACCTTGACTTTACCTCCTATTCCTCTCCTCATCAAG  900

seq1  ATCTGCTCCAAAGACTCTGATCTTACTGTTCTCCAAACACACCAAACTTT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||
seq2  ATCTGCTCCAAAGACTCTGATCTTACTGTTCTCCAAACACACAAACTTTT  950

seq1  TCTCCTTTTGGGGACTCTGCCTCTGCTAGGATGTGACCAAAACTGTGTGG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
seq2  TCTCCTTTTGGGGACTCTGCCTCTGCTA-GATGTGACC-AAACTGTGTGG  998

seq1  GAGGATTCTTTTTTTTTTTTTTCATTCAAGTGTGAGCTTGAAGTTAATCT  1050
      || |||||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||  ||||
seq2  GA-GATTCTTTTTTTTTTTTTTTCATCAAGTGTGAGCTTGAGGT--ATCT  1045

seq1  CCCCTGAAAGGTCTTTTGTGACCACCCCACTAAACAACCATCTTATATTT  1100
       |||||||  ||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||   ||
seq2  TCCCTGAA--GTCTTTTGTGA-CACCCCACTTAACAA-CATCTTA---TT  1088

seq1  CCCCTACCTTCTCTATCCAATTGCCTTCTTCT-ACTTTTAAAATAGTAGT  1149
       ||||| ||||||||| ||  ||||||||||| |||    ||||||||| 
seq2  TCCCTA-CTTCTCTATTCA--TGCCTTCTTCTCACT----AAATAGTAG-  1130

seq1  TATCTG  1155
      ||||||
seq2  TATCTG  1136


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |