BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-262P03
Chromosome15 (Build37)
Map Location 97,056,566 - 97,187,159
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAmigo2, BC038822, LOC100043354
Upstream geneLOC667894, Arid2, Sfrs2ip, Slc38a1, Slc38a2, LOC667941, LOC546651, Slc38a4
Downstream geneLOC100042774, D15Ertd682e, Pp11r, Rapgef3, 4930570C03Rik, Hdac7a, Vdr, Tmem106c, Col2a1, Senp1, Pfkm, Asb8, AI836003, Olfr288, LOC634104, EG629524, H1fnt, Zfp641, Olfr285, Olfr284
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-262P03.bB6Ng01-262P03.g
ACCGA067234GA067235
length1,1071,081
definitionB6Ng01-262P03.b B6Ng01-262P03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,186,032 - 97,187,159)(97,056,566 - 97,057,655)
sequence
gaattcaagaagtcttggctactgggactagaaaaagagctctatgttta
aaagcaatttctgctttcgcagaggtccggagtttaattctcagcactca
aatgtcaatccacaactggctataactccagttccaatggctctgactcc
cttttctagcctctggggccaccacacaaacacatgatgtctagacaaac
atacaggcaaaacactcatgcatataaaataaatgtaagtaaaaattaaa
caagacttcctggctaggctgggtaatgcattgtgaccttgtttcaaaaa
caaaacaaggttcatatcctttgtcaaggaatgacgataagagaactctg
tcaggacagcatcaataacccgtactgtctatagctttagagatccaggt
tgacatgactatagtgttcatcgtaactgccattctgccaccagggtaac
ctcgacctccccaagcttgaaggggactgttaataacatattattaacca
aagttcagagtttacattgggattcatgctttgagctagccctgtggttc
tcaaccttcctgtcgctgtgaccctttaatatagttcttcatgttgtggt
gaccccctccccccaacagtaaagttatttccgttgctacttcataactg
taattttgctatggttatgagtcataatgtaaatagtttttttttttttt
ttttttggttttgtagccctggctgtcctggaactcactctgtagaccag
gctggccttgcctctgtctcccaagtgctgggattaaggcgtgagccacg
actgctccacctttggcaatgtgtaaccagcttgcatcacagtactccag
aacagcttccttcctagaaaaccccttgtgttcttcctacttccctacct
tttcctccctgggaaatcctggctgccattcctcctcttcaccccagcct
tgtcgatggcatacctgctgggtcacattgtaagacgtgtttgctggtgg
ggaacggccagtctgctcttatgagtcatcatctctgtcgctctgcctct
cacagcatttgttgtagcctttggatttacactgtagcagccgtagcagc
tatcagt
gaattccaggctagtctgggactcatcacagctaagctaacctgcaactc
ccgatagtcctatctccacctcctgaatgctgggattacatgtaagtgtg
cgagcgttctcctcttaagagtattcctaacagagagaacccccttcggt
ggccttgtatagataagattgaagtggacttttaagtgacaaattgttgt
ctgtaagcccctatagagagttctgaatgtgatgcccaagatctgcatcg
cccggcgtccttttgcaggatgaaatctggctctgcacctaacttgacac
taacacacgggagggagttggtaggaaagaaaggtttctgaagtggcaga
tcacaggcagcctctcaaaggatagtgcctgcaaaggcagcaacatcgaa
agcgtccaggagagacaccggtggaggggctaagtaggtcacacagacgt
catcttaagacctatgtcttttcgctcttttgtttgtttctgagattgta
atttaatcatgacgtttctccctttcctcccaccactctgtcccatggaa
cctccccccaccttcagattcacaccctcttttcatccattgttattgtg
tgcatatatgtatttgtctatacatatatattcctagatataacctgttg
agttgatagaatgttacttgtatgtatgttttttgggatgactactgggt
aacccatcagtgtgcccttcctagggctggtcatctcttctgcccccgtt
gcctatagttctttgagtagcggtgaggccttatgagctccccacccctc
ccatccatgttcatcgctgtcctcctggttcagctcatgtttgtttgggc
agtcatgttggggagacgtgagagtgtagcctctgaacttactggaagac
acaatctcacaacaaagacatagctttgacatcctgatatatatagaatt
gacctagaaacctttaaaaagaaaccactagttactgtagtatctaccca
aggcattattttgtatagtgtatgttcatgttattaaccaaaagaatagg
cttcggaacaaataatacagtttggcaaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_97186032_97187159
seq2: B6Ng01-262P03.b_43_1149 (reverse)

seq1  ACTGATAGGCTGCTACGCGCCTGCTACAGTGGTTAAAATCCAAAGCCCTA  50
      ||||||| |||||||  || |||||||||||    |||||||||| |   
seq2  ACTGATA-GCTGCTA--CGGCTGCTACAGTG---TAAATCCAAAGGC--T  42

seq1  ACAAACCAAATGCTGGTGAGGAGGCAGAGCGACAGGAAGATGATGACCTC  100
      ||||  |||||||| |||| |||||||||||||||  ||||||||| |||
seq2  ACAA--CAAATGCT-GTGA-GAGGCAGAGCGACAG--AGATGATGA-CTC  85

seq1  ATTAGGAGGCAGACTGGCCCGTTCCCCACCAAGCCAAACACCGTCTTACA  150
      || ||   ||||||||| |||||||||||||   |||||| |||||||||
seq2  ATAAG--AGCAGACTGG-CCGTTCCCCACCA--GCAAACA-CGTCTTACA  129

seq1  ATGTGACCCAGCAGGTATGGCCATCGACAAGGCTGGGGTGAAGAGGAGGA  200
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGACCCAGCAGGTAT-GCCATCGACAAGGCTGGGGTGAAGAGGAGGA  178

seq1  ATGGCAGCCAGGATTTCCCAGGGAGG-AAAGGTAGGGAAGTAGGAAGAAC  249
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAGCCAGGATTTCCCAGGGAGGAAAAGGTAGGGAAGTAGGAAGAAC  228

seq1  ACAAGGGGTTTTCTAGGAAGGAAGCTGTTCTGGAGTACTGTGATGCAAGC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGGGTTTTCTAGGAAGGAAGCTGTTCTGGAGTACTGTGATGCAAGC  278

seq1  TGGTTACACATTGCCAAAGGTGGAGCAGTCGTGGCTCACGCCTTAATCCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTACACATTGCCAAAGGTGGAGCAGTCGTGGCTCACGCCTTAATCCC  328

seq1  AGCACTTGGGAGACAGAGGCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTGGGAGACAGAGGCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCC  378

seq1  AGGACAGCCAGGGCTACAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTATTTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAGCCAGGGCTACAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTATTTA  428

seq1  CATTATGACTCATAACCATAGCAAAATTACAGTTATGAAGTAGCAACGGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATGACTCATAACCATAGCAAAATTACAGTTATGAAGTAGCAACGGA  478

seq1  AATAACTTTACTGTTGGGGGGAGGGGGTCACCACAACATGAAGAACTATA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACTTTACTGTTGGGGGGAGGGGGTCACCACAACATGAAGAACTATA  528

seq1  TTAAAGGGTCACAGCGACAGGAAGGTTGAGAACCACAGGGCTAGCTCAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGGTCACAGCGACAGGAAGGTTGAGAACCACAGGGCTAGCTCAAA  578

seq1  GCATGAATCCCAATGTAAACTCTGAACTTTGGTTAATAATATGTTATTAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAATCCCAATGTAAACTCTGAACTTTGGTTAATAATATGTTATTAA  628

seq1  CAGTCCCCTTCAAGCTTGGGGAGGTCGAGGTTACCCTGGTGGCAGAATGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCCCTTCAAGCTTGGGGAGGTCGAGGTTACCCTGGTGGCAGAATGG  678

seq1  CAGTTACGATGAACACTATAGTCATGTCAACCTGGATCTCTAAAGCTATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTACGATGAACACTATAGTCATGTCAACCTGGATCTCTAAAGCTATA  728

seq1  GACAGTACGGGTTATTGATGCTGTCCTGACAGAGTTCTCTTATCGTCATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTACGGGTTATTGATGCTGTCCTGACAGAGTTCTCTTATCGTCATT  778

seq1  CCTTGACAAAGGATATGAACCTTGTTTTGTTTTTGAAACAAGGTCACAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGACAAAGGATATGAACCTTGTTTTGTTTTTGAAACAAGGTCACAAT  828

seq1  GCATTACCCAGCCTAGCCAGGAAGTCTTGTTTAATTTTTACTTACATTTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTACCCAGCCTAGCCAGGAAGTCTTGTTTAATTTTTACTTACATTTA  878

seq1  TTTTATATGCATGAGTGTTTTGCCTGTATGTTTGTCTAGACATCATGTGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATATGCATGAGTGTTTTGCCTGTATGTTTGTCTAGACATCATGTGT  928

seq1  TTGTGTGGTGGCCCCAGAGGCTAGAAAAGGGAGTCAGAGCCATTGGAACT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGGTGGCCCCAGAGGCTAGAAAAGGGAGTCAGAGCCATTGGAACT  978

seq1  GGAGTTATAGCCAGTTGTGGATTGACATTTGAGTGCTGAGAATTAAACTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTATAGCCAGTTGTGGATTGACATTTGAGTGCTGAGAATTAAACTC  1028

seq1  CGGACCTCTGCGAAAGCAGAAATTGCTTTTAAACATAGAGCTCTTTTTCT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGACCTCTGCGAAAGCAGAAATTGCTTTTAAACATAGAGCTCTTTTTCT  1078

seq1  AGTCCCAGTAGCCAAGACTTCTTGAATTC  1128
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCAGTAGCCAAGACTTCTTGAATTC  1107

seq1: chr15_97056566_97057655
seq2: B6Ng01-262P03.g_66_1146

seq1  GAATTCCAGGCTAGTCTGGGACTCATCACAGCTAAGCTAACCTGCAACTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCTAGTCTGGGACTCATCACAGCTAAGCTAACCTGCAACTC  50

seq1  CCGATAGTCCTATCTCCACCTCCTGAATGCTGGGATTACATGTAAGTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGATAGTCCTATCTCCACCTCCTGAATGCTGGGATTACATGTAAGTGTG  100

seq1  CGAGCGTTCTCCTCTTAAGAGTATTCCTAACAGAGAGAACCCCCTTCGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCGTTCTCCTCTTAAGAGTATTCCTAACAGAGAGAACCCCCTTCGGT  150

seq1  GGCCTTGTATAGATAAGATTGAAGTGGACTTTTAAGTGACAAATTGTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTGTATAGATAAGATTGAAGTGGACTTTTAAGTGACAAATTGTTGT  200

seq1  CTGTAAGCCCCTATAGAGAGTTCTGAATGTGATGCCCAAGATCTGCATCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAGCCCCTATAGAGAGTTCTGAATGTGATGCCCAAGATCTGCATCG  250

seq1  CCCGGCGTCCTTTTGCAGGATGAAATCTGGCTCTGCACCTAACTTGACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGGCGTCCTTTTGCAGGATGAAATCTGGCTCTGCACCTAACTTGACAC  300

seq1  TAACACACGGGAGGGAGTTGGTAGGAAAGAAAGGTTTCTGAAGTGGCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACACGGGAGGGAGTTGGTAGGAAAGAAAGGTTTCTGAAGTGGCAGA  350

seq1  TCACAGGCAGCCTCTCAAAGGATAGTGCCTGCAAAGGCAGCAACATCGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGCAGCCTCTCAAAGGATAGTGCCTGCAAAGGCAGCAACATCGAA  400

seq1  AGCGTCCAGGAGAGACACCGGTGGAGGGGCTAAGTAGGTCACACAGACGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTCCAGGAGAGACACCGGTGGAGGGGCTAAGTAGGTCACACAGACGT  450

seq1  CATCTTAAGACCTATGTCTTTTCGCTCTTTTGTTTGTTTCTGAGATTGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTAAGACCTATGTCTTTTCGCTCTTTTGTTTGTTTCTGAGATTGTA  500

seq1  ATTTAATCATGACGTTTCTCCCTTTCCTCCCACCACTCTGTCCCATGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATCATGACGTTTCTCCCTTTCCTCCCACCACTCTGTCCCATGGAA  550

seq1  CCTCCCCCCACCTTCAGATTCACACCCTCTTTTCATCCATTGTTATTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCCCACCTTCAGATTCACACCCTCTTTTCATCCATTGTTATTGTG  600

seq1  TGCATATATGTATTTGTCTATACATATATATTCCTAGATATAACCTGTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATATGTATTTGTCTATACATATATATTCCTAGATATAACCTGTTG  650

seq1  AGTTGATAGAATGTTACTTGTATGTATGTTTTTTGGGATGACTACTGGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGATAGAATGTTACTTGTATGTATGTTTTTTGGGATGACTACTGGGT  700

seq1  AACCCATCAGTGTGCCCTTCCTAGGGCTGGTCATCTCTTCTGCCCCCGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCATCAGTGTGCCCTTCCTAGGGCTGGTCATCTCTTCTGCCCCCGTT  750

seq1  GCCTATAGTTCTTTGAGTAGCGGTGAGGCCTTATGAGCTCCCCACCCCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATAGTTCTTTGAGTAGCGGTGAGGCCTTATGAGCTCCCCACCCCTC  800

seq1  CCATCCATGTTCATCGCTGTCCTCCTGGTTCAGCTCATGTTTGTTTGGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCATGTTCATCGCTGTCCTCCTGGTTCAGCTCATGTTTGTTTGGGC  850

seq1  AGTCATGTTGGGGAGACGTGAGAGTGTAGCCTCTGAACTTACTGGAAGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATGTTGGGGAGACGTGAGAGTGTAGCCTCTGAACTTACTGGAAGAC  900

seq1  ACAATCTCACAACAAAGACATAGCTTTGACATCCTGATATATATAG-ATT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACAATCTCACAACAAAGACATAGCTTTGACATCCTGATATATATAGAATT  950

seq1  GACCTAGAAAACCTTTAAAAAAGAAAACCACTAGTTACTGTAGTATCTAA  999
      ||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GACCTAG-AAACCTTTAAAAA--GAAACCACTAGTTACTGTAGTATCTAC  997

seq1  CCAAAGCAATTATTTTGTATTAAGTGTATGTTCATGTTATTTAACAAAAA  1049
      |||| || ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||
seq2  CCAAGGC-ATTATTTTGTAT--AGTGTATGTTCATGTTA-TTAACCAAAA  1043

seq1  AGATAGGCTTCGGACAAAATAAATAACAGTTTGGGCAAAGA  1090
        ||||||||||||  ||||||   ||||||| ||||||||
seq2  GAATAGGCTTCGGAACAAATAA--TACAGTTT-GGCAAAGA  1081