BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-273J24
Chromosome15 (Build37)
Map Location 14,257,014 - 14,380,770
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC666686, LOC239338, LOC666708
Downstream geneLOC674819, LOC100040024, LOC100040033, LOC100040046
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-273J24.bB6Ng01-273J24.g
ACCGA075152GA075153
length1,1891,138
definitionB6Ng01-273J24.b B6Ng01-273J24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,257,014 - 14,258,208)(14,379,634 - 14,380,770)
sequence
gaattcctcataaagtaattcataaatcaaactatcttctataccattag
tgaatcctctacactaaaacaaaagggaaatgggtcattctttaactgta
caaatggggttttaagtagtctaaactcttattgtgtagattatattgct
attatggcttaatcatatatcctcttattattcacatattttcatgaata
gtagtcattataatcacaaataaaaaatcataacttttataaaggttgat
caatatataaaaagtggtaactatattttggtgaaaagtggtctggtatt
gtctccaaaaggaaatgtcaggttgtctgcaaagtgctgctctctacatg
aataaagatgtcttactgatgcgatgactgtgtgtttctctgtcagacag
atgctcatttagaaatccttctgatctttctttgattttcaactagagtt
ccagtttgagggcttggtacatctctgtgttttggtttccaggtaacact
ttgttttttatattttcagacaatgctttacagttctttttttaaattat
tatttatctgtcattttccaaatctgacaaaagactaggtgtactggctg
gttttgtgtgtcaacttgacacaagctggagttatcacagagaaaggagt
ttcagttgaggaaatgcctccatgagatccagctgtaaggcattttctca
actactgatcaaggggggaaggacctattgtgggtggtgccatctctggg
ctggtagtcttgggttctgtaagagagcacgctgagcaaagcatgggaag
caagccagtaaaaaacatccctccatggcctctgcatcagctcctgcttt
ctgacctgcttgaattccagtcccgacttcctttagtgatgaacagccag
cagtgtggaaatgtaagttgaataaaccctttcctccccaacttgcttct
tggccatgatgttttcttcaggaatagaaacactgaataagacacaggaa
gtcactttatcttaaaatcaaacttcagaatataagaggcggtgagtgtg
tcacgtgtcatgtatatacatgtgtgcaggagtattgtggtaagtggcta
tactttcccagctcttcctcacatacccacttttcccctcagtcttcctg
gacacagagcataagttactaccaagtacctccaatgta

gaattcatgtgtgtgcacaagaaacatactaacagatacactaaatttta
atgtatgtactaaagtagccgattctctttacataagttaaaaatgtcct
cccaaatctataatttatattttgtattaattataattttcactgggtta
acttatagcaaagtattaatttgtaaaaggcaagttttatattatacctt
ttgtgataatttaatttcttcttaaattccatcttgactttgataaacta
tattttatgtaccataggaatcattatcccatgactttggatgacctttt
ccaatattatattcattatatggctagatgatcattcaccactatttaaa
tgttagaattgtaaagagtaactgggagattaaaatttactgtttgccat
tgaactttatatttcctttcagatactcataccagtaagtatgtttcatt
tgtttgtttgttttttgtttttcaagacagggtttctctgtgtagccctg
gctttcctggaactcattctgtagaccaggctggtgtcaaactcagaaat
ctgtctgcctctgtgtctaagtgctgggattgaaggcatgcgccaccact
gcccagcataagtatgttatttgatttactttaaaagaattttatcttag
tatgcttgatcaaaaactagttatacataggaacctcaaagaaaatacat
ttgttttaaaataatgccatatagttgtgatagaatgtaattaatttctg
tacatataacagttcatatatgaattatgtagaatttacatatgtactat
caaccaccaagagataatattattccacgacaattagctacttttcaagc
caatatctgcctcttaactcttggccaaaactctagttggtgtctgtctc
tacagagaagcatcatggaactcaaagttagcagcaatgattatttctct
tttgtgcttccttaagtcatgccctctcttctgagacatagtcacattat
ttagtctattgtatagtaattctttattgagaagtaatattgcaccaata
caactattctaatgtcattgaatatttaagattgttgagcatattgtgtc
aagtataaattaattctgaataaactggtataaatatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_14257014_14258208
seq2: B6Ng01-273J24.b_46_1234

seq1  GAATTCCTCATAAAGTAATTCATAAATCAAACTATCTTCTATACCATTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCATAAAGTAATTCATAAATCAAACTATCTTCTATACCATTAG  50

seq1  TGAATCCTCTACACTAAAACAAAAGGGAAATGGGTCATTCTTTAACTGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCCTCTACACTAAAACAAAAGGGAAATGGGTCATTCTTTAACTGTA  100

seq1  CAAATGGGGTTTTAAGTAGTCTAAACTCTTATTGTGTAGATTATATTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGGGGTTTTAAGTAGTCTAAACTCTTATTGTGTAGATTATATTGCT  150

seq1  ATTATGGCTTAATCATATATCCTCTTATTATTCACATATTTTCATGAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGGCTTAATCATATATCCTCTTATTATTCACATATTTTCATGAATA  200

seq1  GTAGTCATTATAATCACAAATAAAAAATCATAACTTTTATAAAGGTTGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTCATTATAATCACAAATAAAAAATCATAACTTTTATAAAGGTTGAT  250

seq1  CAATATATAAAAAGTGGTAACTATATTTTGGTGAAAAGTGGTCTGGTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATATAAAAAGTGGTAACTATATTTTGGTGAAAAGTGGTCTGGTATT  300

seq1  GTCTCCAAAAGGAAATGTCAGGTTGTCTGCAAAGTGCTGCTCTCTACATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCAAAAGGAAATGTCAGGTTGTCTGCAAAGTGCTGCTCTCTACATG  350

seq1  AATAAAGATGTCTTACTGATGCGATGACTGTGTGTTTCTCTGTCAGACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGATGTCTTACTGATGCGATGACTGTGTGTTTCTCTGTCAGACAG  400

seq1  ATGCTCATTTAGAAATCCTTCTGATCTTTCTTTGATTTTCAACTAGAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCATTTAGAAATCCTTCTGATCTTTCTTTGATTTTCAACTAGAGTT  450

seq1  CCAGTTTGAGGGCTTGGTACATCTCTGTGTTTTGGTTTCCAGGTAACACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTTGAGGGCTTGGTACATCTCTGTGTTTTGGTTTCCAGGTAACACT  500

seq1  TTGTTTTTTATATTTTCAGACAATGCTTTACAGTTCTTTTTTTAAATTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTTTATATTTTCAGACAATGCTTTACAGTTCTTTTTTTAAATTAT  550

seq1  TATTTATCTGTCATTTTCCAAATCTGACAAAAGACTAGGTGTACTGGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATCTGTCATTTTCCAAATCTGACAAAAGACTAGGTGTACTGGCTG  600

seq1  GTTTTGTGTGTCAACTTGACACAAGCTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTGTGTCAACTTGACACAAGCTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGT  650

seq1  TTCAGTTGAGGAAATGCCTCCATGAGATCCAGCTGTAAGGCATTTTCTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTGAGGAAATGCCTCCATGAGATCCAGCTGTAAGGCATTTTCTCA  700

seq1  ACTACTGATCAAGGGGGGAAGGACCTATTGTGGGTGGTGCCATCTCTGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTGATCAAGGGGGGAAGGACCTATTGTGGGTGGTGCCATCTCTGGG  750

seq1  CTGGTAGTCTTGGGTTCTGTAAGAGAGCAGGCTGAGCAAAGCAGGGGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
seq2  CTGGTAGTCTTGGGTTCTGTAAGAGAGCACGCTGAGCAAAGCATGGGAAG  800

seq1  CAAGCCAGTAAAAAACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCAGTAAAAAACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTT  850

seq1  CTGACCTGCTTGAATTCCAGTCCCGACTTCCTTTAGTGATGAACAGCCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCTGCTTGAATTCCAGTCCCGACTTCCTTTAGTGATGAACAGCCAG  900

seq1  CAGTGTGGAAATGTAAGTTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGGAAATGTAAGTTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTCT  950

seq1  TGGCCATGATGTTTTCTTCAGGAATAGAAACACTGAATAAGACAACAGGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
seq2  TGGCCATGATGTTTTCTTCAGGAATAGAAACACTGAATAAGAC-ACA-GG  998

seq1  AAGTCACTTTATCTTAAAATCAAACTTCAGAATATAA-AGAGCGTGAGTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||
seq2  AAGTCACTTTATCTTAAAATCAAACTTCAGAATATAAGAGGCGGTGAGTG  1048

seq1  TGTCACGTGTCATGTATATACATGTGTGCAGGAGTA-TGTGTTAAGTGGC  1098
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  TGTCACGTGTCATGTATATACATGTGTGCAGGAGTATTGTGGTAAGTGGC  1098

seq1  TAATACTTTTCCCAGCTCCTTTCCTCAAACATACCCACTTCT-CCCTCAG  1147
      | |||| |||||||||||  ||||||  |||||||||||| | |||||||
seq2  T-ATAC-TTTCCCAGCTC--TTCCTC--ACATACCCACTTTTCCCCTCAG  1142

seq1  TCTTTCCTTGACAACAAGAGCATAAGTAACTACCAAGTAC--TCAATGTA  1195
      || ||||| ||||   ||||||||||| ||||||||||||   |||||||
seq2  TC-TTCCTGGACA--CAGAGCATAAGTTACTACCAAGTACCTCCAATGTA  1189


seq1: chr15_14379634_14380770
seq2: B6Ng01-273J24.g_64_1201 (reverse)

seq1  AATATTTATACCAAGTTTATTCAGAAT--AATTATACTTTGACAACAATA  48
      |||||||||||| ||||||||||||||  | |||||| ||||| ||||||
seq2  AATATTTATACC-AGTTTATTCAGAATTAATTTATAC-TTGAC-ACAATA  47

seq1  TGCTCAAC-ATC-TAAATATTCAATGACAATTAG-ATAGTTTGTA-TGGT  94
      |||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||||
seq2  TGCTCAACAATCTTAAATATTCAATGAC-ATTAGAATAG-TTGTATTGGT  95

seq1  GCAATATTACTCTCCAATAAAGAATTAACTATAC-ATAGACTAAATAATG  143
      |||||||||||   |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  GCAATATTACTTCTCAATAAAGAATT-ACTATACAATAGACTAAATAATG  144

seq1  TGACTATGTCTCAGAAGAGAGGGCATGACTTAAGGAAGCACAAAAGAGAA  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTATGTCTCAGAAGAGAGGGCATGACTTAAGGAAGCACAAAAGAGAA  194

seq1  ATAATCATTGCTGCTAACTTTGAGTTCCATGATGCTTCTCTGTAGAGACA  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCATTGCTGCTAACTTTGAGTTCCATGATGCTTCTCTGTAGAGACA  244

seq1  GACACCAACTAGAGTTTTGGCCAAGAGTTAAGAGGCAGATATTGGCTTGA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCAACTAGAGTTTTGGCCAAGAGTTAAGAGGCAGATATTGGCTTGA  294

seq1  AAAGTAGCTAATTGTCGTGGAATAATATTATCTCTTGGTGGTTGATAGTA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAGCTAATTGTCGTGGAATAATATTATCTCTTGGTGGTTGATAGTA  344

seq1  CATATGTAAATTCTACATAATTCATATATGAACTGTTATATGTACAGAAA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTAAATTCTACATAATTCATATATGAACTGTTATATGTACAGAAA  394

seq1  TTAATTACATTCTATCACAACTATATGGCATTATTTTAAAACAAATGTAT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTACATTCTATCACAACTATATGGCATTATTTTAAAACAAATGTAT  444

seq1  TTTCTTTGAGGTTCCTATGTATAACTAGTTTTTGATCAAGCATACTAAGA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGAGGTTCCTATGTATAACTAGTTTTTGATCAAGCATACTAAGA  494

seq1  TAAAATTCTTTTAAAGTAAATCAAATAACATACTTATGCTGGGCAGTGGT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTCTTTTAAAGTAAATCAAATAACATACTTATGCTGGGCAGTGGT  544

seq1  GGCGCATGCCTTCAATCCCAGCACTTAGACACAGAGGCAGACAGATTTCT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGCATGCCTTCAATCCCAGCACTTAGACACAGAGGCAGACAGATTTCT  594

seq1  GAGTTTGACACCAGCCTGGTCTACAGAATGAGTTCCAGGAAAGCCAGGGC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTGACACCAGCCTGGTCTACAGAATGAGTTCCAGGAAAGCCAGGGC  644

seq1  TACACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAACAAAAAACAAACAAACAAATGAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAACAAAAAACAAACAAACAAATGAA  694

seq1  ACATACTTACTGGTATGAGTATCTGAAAGGAAATATAAAGTTCAATGGCA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTTACTGGTATGAGTATCTGAAAGGAAATATAAAGTTCAATGGCA  744

seq1  AACAGTAAATTTTAATCTCCCAGTTACTCTTTACAATTCTAACATTTAAA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTAAATTTTAATCTCCCAGTTACTCTTTACAATTCTAACATTTAAA  794

seq1  TAGTGGTGAATGATCATCTAGCCATATAATGAATATAATATTGGAAAAGG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGTGAATGATCATCTAGCCATATAATGAATATAATATTGGAAAAGG  844

seq1  TCATCCAAAGTCATGGGATAATGATTCCTATGGTACATAAAATATAGTTT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCAAAGTCATGGGATAATGATTCCTATGGTACATAAAATATAGTTT  894

seq1  ATCAAAGTCAAGATGGAATTTAAGAAGAAATTAAATTATCACAAAAGGTA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAGTCAAGATGGAATTTAAGAAGAAATTAAATTATCACAAAAGGTA  944

seq1  TAATATAAAACTTGCCTTTTACAAATTAATACTTTGCTATAAGTTAACCC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATAAAACTTGCCTTTTACAAATTAATACTTTGCTATAAGTTAACCC  994

seq1  AGTGAAAATTATAATTAATACAAAATATAAATTATAGATTTGGGAGGACA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAAATTATAATTAATACAAAATATAAATTATAGATTTGGGAGGACA  1044

seq1  TTTTTAACTTATGTAAAGAGAATCGGCTACTTTAGTACATACATTAAAAT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAACTTATGTAAAGAGAATCGGCTACTTTAGTACATACATTAAAAT  1094

seq1  TTAGTGTATCTGTTAGTATGTTTCTTGTGCACACACATGAATTC  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTATCTGTTAGTATGTTTCTTGTGCACACACATGAATTC  1138


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |