BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276F23
Chromosome15 (Build37)
Map Location 69,893,907 - 70,087,091
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC383050
Upstream geneKhdrbs3
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276F23.bB6Ng01-276F23.g
ACCGA077172GA077173
length1,1281,093
definitionB6Ng01-276F23.b B6Ng01-276F23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,085,981 - 70,087,091)(69,893,907 - 69,895,003)
sequence
gaattccttaccctgtttctatttaacaaacaaaatagccttattattct
acttaatatgaataaatacattgttagctgggacatttattaataatctt
gaggtattgggggaatttaattactgatatgttcctatgggaacatagat
cataaattgaagttggctaggagtaacagccatgtacgaggtgatgtaat
caatgtgttaccctattcttccttctattctctaatctctgtggttggtg
tctgaatcttcattacatagatgtggacaaaaagaccactgaaacttaaa
attttctcaaggtcaaaagagttagtagtatatgaagatataatttggat
ctatagcctagttactcaaaaagatttttatcctcaaagcattgtcaaaa
catagatgtaattgtatccaggctggcttcctgaatgatccttgagtcca
tagtgtatgagtcctgtgcccactcatggggatttctttaacttcaaaag
ctcacctgaaaagtgagtagcagaaatgaacctgtgggacccttggattt
tcctaaaatatcagatgtcagaatgggataagcatcagaaggcctaattg
ccacatggtgtctgaagcactataactctcaattagcccaccattccagg
tcataaagttatgtgccattcaaaattacaacccgatttccagcagcctt
tcataagttttctatgagggaagtatagaacaaaagagaatttccgaagc
agagaacaatataattagcatgttgtatctcgcagccttcagttctgttt
agaaagtgattcacagaggttcgaggatgacaagggctccccgtgtaaca
gtctgcaagcctggatctgatatgtattttggtcttttccaattattttt
aaagatattattctgtcagagaatttttattatttaaaatatattgtgag
gttatgcgctgtgtgtataaagctacagggcatggtatacgatgtcttat
tttatagaatcatagattcttaaaggacagaggcttcctccacttccaaa
agtcttttttctctataagtaaatggacattcagaaaaagctggtgttga
atcccatagtgttccttggaagaattgt

gaattcctcgaatagttgcaagtggtagatggcagcctctgcctctttgg
caatcaggtgttgcatgagaacagcctccagagggtagtcccccttggct
gtttctccagacagcatgatgcagtcctcttcatccaggactgcattgac
cacatcactgccttcagcacgggtggggtgaaacttctcgatcatgctct
ccagcatctgtgtagcacagatgacaggtttcccaccttggttgcattgt
ccagtcatcatcttctgagccaggaagaccttctctgtaggaatctcaat
gcccaggtcaccatgagccaccatgattccttcactggcctacaagatct
catcaaaccagtggacactttcatggttctcaattttgctgatgatcttg
atgttcttgcccttctctcctaggaacttcctaacttcatgcacgtccgc
tgccttgtggatgaaagatgcaaacaccatgtccacatcctgctccaccc
caaagttcaggacctagttgttcttttccgactcagcagggaggtccaca
gcagtgctgggcagattcatgcccttcttgctgcccaaggagccaccatt
ctccacctccgtcaccaggaagtcagcacctttctccttcacctgcagtg
agatgagcccatcgtccacggagatcttgctgcccacctccaccaccttg
cagatgttcttgtagtccagccacagggtgttctcatcacacttctccat
gtaagcgttgtccagggtgatcttcagagtggttctcttcttcagctcca
cctctgcagtgcctctgccctggatgagtcccggtccagatctcagttcc
ctttgtatccagagccaccgcaacaggatggtagagaatgggatcagatg
caaagctttcgatggctgcagggacattcttgatggtctctgcatggtac
tcatgggttccatgagagaaattcagccaaactacgttcatcccagactt
aatcatctccttcagcatctccatagttcggagcaggtcatggtacaaat
gatgccaatgtggcagcgtgatggggcaagaagtcaatgttca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_70085981_70087091
seq2: B6Ng01-276F23.b_44_1171 (reverse)

seq1  ACAATTC-TCCA---GACACTATGG--ATCCACA-CAGC-TTTTCTGAAT  42
      ||||||| ||||    |||||||||   || ||| |||| ||||||||||
seq2  ACAATTCTTCCAAGGAACACTATGGGATTCAACACCAGCTTTTTCTGAAT  50

seq1  GTC--ATTACTTATAGAG-AAAAAGAC-TTTGGAAGT-GAGG-AGCCTCT  86
      |||   |||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||
seq2  GTCCATTTACTTATAGAGAAAAAAGACTTTTGGAAGTGGAGGAAGCCTCT  100

seq1  GTCC-TTAAG-ATCTATGATTCTAT-AAATAAGACATCGTATACCATGCC  133
      |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTAAGAATCTATGATTCTATAAAATAAGACATCGTATACCATGCC  150

seq1  CTGTAGCTTTATACACACAGCGCATAACCTCACAATATATTTTAAATAAT  183
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGCTTTATACACACAGCGCATAACCTCACAATATATTTTAAATAAT  200

seq1  AAAAATTCTCTGACAGAATAATATCTTTAAAAATAATTGGAAAAGACCAA  233
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTCTCTGACAGAATAATATCTTTAAAAATAATTGGAAAAGACCAA  250

seq1  AATACATATCAGATCCAGGCTTGCAGACTGTTACACGGGGAGCCCTTGTC  283
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATATCAGATCCAGGCTTGCAGACTGTTACACGGGGAGCCCTTGTC  300

seq1  ATCCTCGAACCTCTGTGAATCACTTTCTAAACAGAACTGAAGGCTGCGAG  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCGAACCTCTGTGAATCACTTTCTAAACAGAACTGAAGGCTGCGAG  350

seq1  ATACAACATGCTAATTATATTGTTCTCTGCTTCGGAAATTCTCTTTTGTT  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAACATGCTAATTATATTGTTCTCTGCTTCGGAAATTCTCTTTTGTT  400

seq1  CTATACTTCCCTCATAGAAAACTTATGAAAGGCTGCTGGAAATCGGGTTG  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACTTCCCTCATAGAAAACTTATGAAAGGCTGCTGGAAATCGGGTTG  450

seq1  TAATTTTGAATGGCACATAACTTTATGACCTGGAATGGTGGGCTAATTGA  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTGAATGGCACATAACTTTATGACCTGGAATGGTGGGCTAATTGA  500

seq1  GAGTTATAGTGCTTCAGACACCATGTGGCAATTAGGCCTTCTGATGCTTA  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTATAGTGCTTCAGACACCATGTGGCAATTAGGCCTTCTGATGCTTA  550

seq1  TCCCATTCTGACATCTGATATTTTAGGAAAATCCAAGGGTCCCACAGGTT  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATTCTGACATCTGATATTTTAGGAAAATCCAAGGGTCCCACAGGTT  600

seq1  CATTTCTGCTACTCACTTTTCAGGTGAGCTTTTGAAGTTAAAGAAATCCC  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTGCTACTCACTTTTCAGGTGAGCTTTTGAAGTTAAAGAAATCCC  650

seq1  CATGAGTGGGCACAGGACTCATACACTATGGACTCAAGGATCATTCAGGA  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGTGGGCACAGGACTCATACACTATGGACTCAAGGATCATTCAGGA  700

seq1  AGCCAGCCTGGATACAATTACATCTATGTTTTGACAATGCTTTGAGGATA  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCCTGGATACAATTACATCTATGTTTTGACAATGCTTTGAGGATA  750

seq1  AAAATCTTTTTGAGTAACTAGGCTATAGATCCAAATTATATCTTCATATA  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCTTTTTGAGTAACTAGGCTATAGATCCAAATTATATCTTCATATA  800

seq1  CTACTAACTCTTTTGACCTTGAGAAAATTTTAAGTTTCAGTGGTCTTTTT  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTAACTCTTTTGACCTTGAGAAAATTTTAAGTTTCAGTGGTCTTTTT  850

seq1  GTCCACATCTATGTAATGAAGATTCAGACACCAACCACAGAGATTAGAGA  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACATCTATGTAATGAAGATTCAGACACCAACCACAGAGATTAGAGA  900

seq1  ATAGAAGGAAGAATAGGGTAACACATTGATTACATCACCTCGTACATGGC  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAGGAAGAATAGGGTAACACATTGATTACATCACCTCGTACATGGC  950

seq1  TGTTACTCCTAGCCAACTTCAATTTATGATCTATGTTCCCATAGGAACAT  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACTCCTAGCCAACTTCAATTTATGATCTATGTTCCCATAGGAACAT  1000

seq1  ATCAGTAATTAAATTCCCCCAATACCTCAAGATTATTAATAAATGTCCCA  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTAATTAAATTCCCCCAATACCTCAAGATTATTAATAAATGTCCCA  1050

seq1  GCTAACAATGTATTTATTCATATTAAGTAGAATAATAAGGCTATTTTGTT  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACAATGTATTTATTCATATTAAGTAGAATAATAAGGCTATTTTGTT  1100

seq1  TGTTAAATAGAAACAGGGTAAGGAATTC  1111
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAATAGAAACAGGGTAAGGAATTC  1128


seq1: chr15_69893907_69895003
seq2: B6Ng01-276F23.g_65_1157

seq1  GAATTCCTCGAATAGTTGCAAGTGGTAGATGGCAGCCTCTGCCTCTTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCGAATAGTTGCAAGTGGTAGATGGCAGCCTCTGCCTCTTTGG  50

seq1  CAATCAGGTGTTGCATGAGAACAGCCTCCAGAGGGTAGTCCCCCTTGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAGGTGTTGCATGAGAACAGCCTCCAGAGGGTAGTCCCCCTTGGCT  100

seq1  GTTTCTCCAGACAGCATGATGCAGTCCTCTTCATCCAGGACTGCATTGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTCCAGACAGCATGATGCAGTCCTCTTCATCCAGGACTGCATTGAC  150

seq1  CACATCACTGCCTTCAGCACGGGTGGGGTGAAACTTCTCGATCATGCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCACTGCCTTCAGCACGGGTGGGGTGAAACTTCTCGATCATGCTCT  200

seq1  CCAGCATCTGTGTAGCACAGATGACAGGTTTCCCACCTTGGTTGCATTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCATCTGTGTAGCACAGATGACAGGTTTCCCACCTTGGTTGCATTGT  250

seq1  CCAGTCATCATCTTCTGAGCCAGGAAGACCTTCTCTGTAGGAATCTCAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCATCATCTTCTGAGCCAGGAAGACCTTCTCTGTAGGAATCTCAAT  300

seq1  GCCCAGGTCACCATGAGCCACCATGATTCCTTCACTGGCCTACAAGATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGGTCACCATGAGCCACCATGATTCCTTCACTGGCCTACAAGATCT  350

seq1  CATCAAACCAGTGGACACTTTCATGGTTCTCAATTTTGCTGATGATCTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAACCAGTGGACACTTTCATGGTTCTCAATTTTGCTGATGATCTTG  400

seq1  ATGTTCTTGCCCTTCTCTCCTAGGAACTTCCTAACTTCATGCACGTCCGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTTGCCCTTCTCTCCTAGGAACTTCCTAACTTCATGCACGTCCGC  450

seq1  TGCCTTGTGGATGAAAGATGCAAACACCATGTCCACATCCTGCTCCACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTGTGGATGAAAGATGCAAACACCATGTCCACATCCTGCTCCACCC  500

seq1  CAAAGTTCAGGACCTAGTTGTTCTTTTCCGACTCAGCAGGGAGGTCCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTTCAGGACCTAGTTGTTCTTTTCCGACTCAGCAGGGAGGTCCACA  550

seq1  GCAGTGCTGGGCAGATTCATGCCCTTCTTGCTGCCCAAGGAGCCACCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGCTGGGCAGATTCATGCCCTTCTTGCTGCCCAAGGAGCCACCATT  600

seq1  CTCCACCTCCGTCACCAGGAAGTCAGCACCTTTCTCCTTCACCTGCAGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACCTCCGTCACCAGGAAGTCAGCACCTTTCTCCTTCACCTGCAGTG  650

seq1  AGATGAGCCCATCGTCCACGGAGATCTTGCTGCCCACCTCCACCACCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGCCCATCGTCCACGGAGATCTTGCTGCCCACCTCCACCACCTTG  700

seq1  CAGATGTTCTTGTAGTCCAGCCACAGGGTGTTCTCATCACACTTCTCCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTTCTTGTAGTCCAGCCACAGGGTGTTCTCATCACACTTCTCCAT  750

seq1  GTAAGCGTTGTCCAGGGTGATCTTCAGAGTGGTTCTCTTCTTCAGCTCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCGTTGTCCAGGGTGATCTTCAGAGTGGTTCTCTTCTTCAGCTCCA  800

seq1  CCTCTGCAGTGCCTCTGCCCTGGATGAGT-CCGGTCCAGATCTCAGTTCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCAGTGCCTCTGCCCTGGATGAGTCCCGGTCCAGATCTCAGTTCC  850

seq1  CTTTGTATCCAGAGCCACCGCAACAGGATGGTAGAGAATGGGATCAGATG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTATCCAGAGCCACCGCAACAGGATGGTAGAGAATGGGATCAGATG  900

seq1  CAAAGCTTTCGATGGCTGCAGGGACATTCTTGATGGTCTCTGCATGGTAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTTTCGATGGCTGCAGGGACATTCTTGATGGTCTCTGCATGGTAC  950

seq1  TCATGGGTTCCATGAGAGAAATTCAGCCAAACTACGTTCATCCCAGACTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGGTTCCATGAGAGAAATTCAGCCAAACTACGTTCATCCCAGACTT  1000

seq1  AATCATCTCCTTCAGCATCTCCATAGTTCGGGAAGCAGGGTCATTGGTAC  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||
seq2  AATCATCTCCTTCAGCATCTCCATAGTTCGG--AGCA-GGTCA-TGGTAC  1046

seq1  AAATGATGCCAATGTTGCAGGCCGTGAT-GGGCAAAGAGTCAATGTTCA  1097
      ||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||  ||||||||||||
seq2  AAATGATGCCAATGTGGCAG--CGTGATGGGGCAAGAAGTCAATGTTCA  1093


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |