BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-283B21
Chromosome15 (Build37)
Map Location 21,969,040 - 22,168,788
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCdh12, LOC100040351
Downstream geneEG545091, Cdh18
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-283B21.bB6Ng01-283B21.g
ACCGA082158GA082159
length1,1321,063
definitionB6Ng01-283B21.b B6Ng01-283B21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,167,649 - 22,168,788)(21,969,040 - 21,970,109)
sequence
gaattctttttatattttggatattagctcactatcgaatgtggggtgag
tggagatttttttcccctcaatctgcaggttgcagatttggcctattgac
aatgttcttttactgtgtgaaattttagaagacattggacatgtaaaatt
tatatttagcaataaatgccttgatattaattctcagtttaatgaagcat
ttcacaatttatatttaaacattttagatgaataaaattttgtgagattc
attagcattttcatctattccatgtcttaattctttaatttttctatgac
gtgtttttattcatctcattttattctaaatggttatatttagaatttta
tgaactaacacctattatatatgaaaataatttttctgtttgaaaaattc
ataaaatttttaatatgcattagctctctaccattcattttgtctaagga
atttgaaaatgaagactgttgactagaacaaaaatttttatatatcatgt
tctttcttatttgaaatatagctgtatataaatttctcttagaaaattat
gtacataacaaggcatagcttctgtttcagctaagaaaatcacacattta
aggctgtacatttcagatcaattctggatagaataaatggtctttggtgt
ctacaaatattattgataggtatctaatagagatgcattggtatatgtaa
tcttagccaacaggccaagaactagtacaggagattcctaatttgatttg
tctcacagatgaccttaagatactgcacagagcactggaattccttattt
gtgcattttccaatttaaacatgctatcatatattcattttcaagtgttt
tctaaacttttctttaacctcctctgtattagtcagtggacttcaaggaa
gcagaactgataagctctgtaaaactcagaggaaaatattttattctaca
cagctctccacaggattgtaggaccagactctggaatgtagccatcaccc
tggatacatgagtgagcatagagcacattgaagtcagagagctggggatt
atgtctagagtcagctgtagcacagcagggtcactgttttcatgagtcag
ctcatcaccttggtggactctgtaccttcaat

gaattccctagatgtttcatttagcatgatgttataagcactctacaaca
tgatcttaaattataataaagttaaatttttgctataaattaaaactttt
taagaatgttgaaatataatttctactttaggatctttttcataaattaa
ttatttttcctttttcattgtcacaatgatcctattgtgtcataataatg
ttacattcataaatgcatttaaaatacacgttaaaagtttcttaaaggat
attataatcaatactatgaattatatgtataatatataattatttcctta
gataataataaatttaattacaacaaattgttgacaagttgacagtacct
tctaaaataaggtaacctaaagtggaacaacagctagacataatgtaaga
atttgcaggatggagagccgatgaatttgcctactatagagaagttgcac
ctgcctagaactaaaggtgtgtaaaatcatgcccaggtatcactggttct
ttaagtccacaatgtccttgcaatgcacacccaatgctctcaagttcaca
gtttttaatgaggttccaatctaataatgatctgtccctaatttttccat
tttaaaataatactgagatttttgtcataaccttttcttttctctctatg
tcaaacttagaaaattttatttgtccttgaccaaatggacatctcttaat
ctgttatttcagaaactcatatctttatgtagcccaatcatgaggtacat
atatgttactttcagatatttctagagactaaatgcaacagaatacaaat
gtgtgggtattgggatatttaccctcacttgaagtttttatcacgtgaca
taatggaatttgtatttgtttgaaagtgttttacaaaattaatgtaatga
gttatgtgggaggtatttttctttttattggatatttatttatgtacatt
tcaactgttatccccccccacttccctcctgggtttcttctccacaccac
cctatccatccccacacccctgctctatgaaagtgtcccccaccatgcac
tcctactcacctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_22167649_22168788
seq2: B6Ng01-283B21.b_44_1175 (reverse)

seq1  ATTGAA-GTACAGAGTTCCACCAAAGGTGATGAGCTGACCTTCCATGAAA  49
      |||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||    |||||||
seq2  ATTGAAGGTACAGAG-TCCACC-AAGGTGATGAGCTGAC---TCATGAAA  45

seq1  ACAGTGACCCTGCCTGTGCTACAGCTGACTCCTTAGACAT-ATCCCCAGC  98
      |||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||
seq2  ACAGTGACCCTG-CTGTGCTACAGCTGACTC--TAGACATAATCCCCAGC  92

seq1  TCTCTGACTTCAATTGTGCTCTATGCTCACTCATGTATCCAGGGTGATGG  148
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGACTTCAA-TGTGCTCTATGCTCACTCATGTATCCAGGGTGATGG  141

seq1  CTACATTCCAGAGTCTGGTCCTACAATCCTGTGGGAGAGCTGTGTAGAAT  198
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTACATTCCAGAGTCTGGTCCTACAATCCTGT-GGAGAGCTGTGTAGAAT  190

seq1  AAAATATTTTCCTCTGAGTTTTACAGAGCTTATCAGTTCTGCTTCCTTGA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATTTTCCTCTGAGTTTTACAGAGCTTATCAGTTCTGCTTCCTTGA  240

seq1  AGTCCACTGACTAATACAGAGGAGGTTAAAGAAAAGTTTAGAAAACACTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCACTGACTAATACAGAGGAGGTTAAAGAAAAGTTTAGAAAACACTT  290

seq1  GAAAATGAATATATGATAGCATGTTTAAATTGGAAAATGCACAAATAAGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATGAATATATGATAGCATGTTTAAATTGGAAAATGCACAAATAAGG  340

seq1  AATTCCAGTGCTCTGTGCAGTATCTTAAGGTCATCTGTGAGACAAATCAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCAGTGCTCTGTGCAGTATCTTAAGGTCATCTGTGAGACAAATCAA  390

seq1  ATTAGGAATCTCCTGTACTAGTTCTTGGCCTGTTGGCTAAGATTACATAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGAATCTCCTGTACTAGTTCTTGGCCTGTTGGCTAAGATTACATAT  440

seq1  ACCAATGCATCTCTATTAGATACCTATCAATAATATTTGTAGACACCAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATGCATCTCTATTAGATACCTATCAATAATATTTGTAGACACCAAA  490

seq1  GACCATTTATTCTATCCAGAATTGATCTGAAATGTACAGCCTTAAATGTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATTTATTCTATCCAGAATTGATCTGAAATGTACAGCCTTAAATGTG  540

seq1  TGATTTTCTTAGCTGAAACAGAAGCTATGCCTTGTTATGTACATAATTTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTCTTAGCTGAAACAGAAGCTATGCCTTGTTATGTACATAATTTT  590

seq1  CTAAGAGAAATTTATATACAGCTATATTTCAAATAAGAAAGAACATGATA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAGAAATTTATATACAGCTATATTTCAAATAAGAAAGAACATGATA  640

seq1  TATAAAAATTTTTGTTCTAGTCAACAGTCTTCATTTTCAAATTCCTTAGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAATTTTTGTTCTAGTCAACAGTCTTCATTTTCAAATTCCTTAGA  690

seq1  CAAAATGAATGGTAGAGAGCTAATGCATATTAAAAATTTTATGAATTTTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATGAATGGTAGAGAGCTAATGCATATTAAAAATTTTATGAATTTTT  740

seq1  CAAACAGAAAAATTATTTTCATATATAATAGGTGTTAGTTCATAAAATTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAGAAAAATTATTTTCATATATAATAGGTGTTAGTTCATAAAATTC  790

seq1  TAAATATAACCATTTAGAATAAAATGAGATGAATAAAAACACGTCATAGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATAACCATTTAGAATAAAATGAGATGAATAAAAACACGTCATAGA  840

seq1  AAAATTAAAGAATTAAGACATGGAATAGATGAAAATGCTAATGAATCTCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAAAGAATTAAGACATGGAATAGATGAAAATGCTAATGAATCTCA  890

seq1  CAAAATTTTATTCATCTAAAATGTTTAAATATAAATTGTGAAATGCTTCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATTTTATTCATCTAAAATGTTTAAATATAAATTGTGAAATGCTTCA  940

seq1  TTAAACTGAGAATTAATATCAAGGCATTTATTGCTAAATATAAATTTTAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTGAGAATTAATATCAAGGCATTTATTGCTAAATATAAATTTTAC  990

seq1  ATGTCCAATGTCTTCTAAAATTTCACACAGTAAAAGAACATTGTCAATAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCAATGTCTTCTAAAATTTCACACAGTAAAAGAACATTGTCAATAG  1040

seq1  GCCAAATCTGCAACCTGCAGATTGAGGGGAAAAAAATCTCCACTCACCCC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAATCTGCAACCTGCAGATTGAGGGGAAAAAAATCTCCACTCACCCC  1090

seq1  ACATTCGATAGTGAGCTAATATCCAAAATATAAAAAGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCGATAGTGAGCTAATATCCAAAATATAAAAAGAATTC  1132


seq1: chr15_21969040_21970109
seq2: B6Ng01-283B21.g_61_1123

seq1  GAATTCCCTAGATGTTTCATTTAGCATGATGTTATAAGCACTCTACAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTAGATGTTTCATTTAGCATGATGTTATAAGCACTCTACAACA  50

seq1  TGATCTTAAATTATAATAAAGTTAAATTTTTGCTATAAATTAAAACTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTTAAATTATAATAAAGTTAAATTTTTGCTATAAATTAAAACTTTT  100

seq1  TAAGAATGTTGAAATATAATTTCTACTTTAGGATCTTTTTCATAAATTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAATGTTGAAATATAATTTCTACTTTAGGATCTTTTTCATAAATTAA  150

seq1  TTATTTTTCCTTTTTCATTGTCACAATGATCCTATTGTGTCATAATAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTCCTTTTTCATTGTCACAATGATCCTATTGTGTCATAATAATG  200

seq1  TTACATTCATAAATGCATTTAAAATACACGTTAAAAGTTTCTTAAAGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATTCATAAATGCATTTAAAATACACGTTAAAAGTTTCTTAAAGGAT  250

seq1  ATTATAATCAATACTATGAATTATATGTATAATATATAATTATTTCCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAATCAATACTATGAATTATATGTATAATATATAATTATTTCCTTA  300

seq1  GATAATAATAAATTTAATTACAACAAATTGTTGACAAGTTGACAGTACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATAATAAATTTAATTACAACAAATTGTTGACAAGTTGACAGTACCT  350

seq1  TCTAAAATAAGGTAACCTAAAGTGGAACAACAGCTAGACATAATGTAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAATAAGGTAACCTAAAGTGGAACAACAGCTAGACATAATGTAAGA  400

seq1  ATTTGCAGGATGGAGAGCCGATGAATTTGCCTACTATAGAGAAGTTGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCAGGATGGAGAGCCGATGAATTTGCCTACTATAGAGAAGTTGCAC  450

seq1  CTGCCTAGAACTAAAGGTGTGTAAAATCATGCCCAGGTATCACTGGTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTAGAACTAAAGGTGTGTAAAATCATGCCCAGGTATCACTGGTTCT  500

seq1  TTAAGTCCACAATGTCCTTGCAATGCACACCCAATGCTCTCAAGTTCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTCCACAATGTCCTTGCAATGCACACCCAATGCTCTCAAGTTCACA  550

seq1  GTTTTTAATGAGGTTCCAATCTAATAATGATCTGTCCCTAATTTTTCCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTAATGAGGTTCCAATCTAATAATGATCTGTCCCTAATTTTTCCAT  600

seq1  TTTAAAATAATACTGAGATTTTTGTCATAACCTTTTCTTTTCTCTCTATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATAATACTGAGATTTTTGTCATAACCTTTTCTTTTCTCTCTATG  650

seq1  TCAAACTTAGAAAATTTTATTTGTCCTTGACCAAATGGACATCTCTTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACTTAGAAAATTTTATTTGTCCTTGACCAAATGGACATCTCTTAAT  700

seq1  CTGTTATTTCAGAAACTCATATCTTTATGTAGCCCAATCATGAGGTACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTATTTCAGAAACTCATATCTTTATGTAGCCCAATCATGAGGTACAT  750

seq1  ATATGTTACTTTCAGATATTTCTAGAGACTAAATGCAACAGAATACAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTTACTTTCAGATATTTCTAGAGACTAAATGCAACAGAATACAAAT  800

seq1  GTGTGGGTATTGGGATATTTACCCTCACTTGAAGTTTTTATCAGGTGACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTGTGGGTATTGGGATATTTACCCTCACTTGAAGTTTTTATCACGTGACA  850

seq1  TAATGGAATTTGTATTTGTTTGAAAGTGTTTTACAAAATTAATGTAATGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGAATTTGTATTTGTTTGAAAGTGTTTTACAAAATTAATGTAATGA  900

seq1  GTTATGTGGGAGGTTATTTTTCTTTTTTATTGGATATTTTATTTATGTAC  950
      ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTTATGTGGGAGG-TATTTTTC-TTTTTATTGGATA-TTTATTTATGTAC  947

seq1  ATTTCAACTGTTAT-CCCCCCCACTTCCCCTCCT-GGTTTCTCCTCCACA  998
      |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| 
seq2  ATTTCAACTGTTATCCCCCCCCACTT-CCCTCCTGGGTTTCTTCTCCAC-  995

seq1  ACCACCCTATCCCATCCCCACACCCCTGCTCCTATGAGAGTGTTCCCCCA  1048
      |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||
seq2  ACCACCCTAT-CCATCCCCACACCCCTGCT-CTATGAAAGTG-TCCCCCA  1042

seq1  CCATGCACTCCTACCTCACCTC  1070
      ||||||||||||| ||||||||
seq2  CCATGCACTCCTA-CTCACCTC  1063


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |