BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-289N04
Chromosome15 (Build37)
Map Location 10,807,634 - 10,938,315
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC1qtnf3, Amacr, Slc45a2
Upstream genePrlr, Agxt2, 4930461P20Rik, Bxdc2, Rad1, 4930401A09Rik, EG666579, Rai14
Downstream geneRxfp3, Adamts12, Tars, LOC100039772, Npr3, LOC381002, Sub1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-289N04.bB6Ng01-289N04.g
ACCGA087117GA087118
length1,113612
definitionB6Ng01-289N04.b B6Ng01-289N04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,807,634 - 10,808,738)(10,937,705 - 10,938,315)
sequence
gaattcaaggcaggagcttaaagcagaaaccacagaggaaggctacttac
tggcttacttgcttcctcactgggctgctcaactccctttcttacagagc
ccaggtgtccctgctcaggagtagaactgtccacacggcacctgcccaca
ttaattaacaatcaagaaaatgtccccagacatgctcacagaccaatggg
atggaggcactttctcagttggacccctgcatccagttgtgtcaggttga
cagtggaagctacccatccatctcatgtacagggtctcctgaagaacaca
atgtgaagtgatttcttaaaaaaggattgcatgagcgaagatcttaaatt
ttaatagtgacttgattacttttctatgcattacaaagcccagaaagcac
aaagtgtgctaaagggaaagggtggtcagttgaccaggcagcactcagat
agagcaaccgcggcagaaaccaatgagtggggttgaacttgtatagtaag
agatggaatctttaagggtaatttggttttatttgtttgacagaaagtga
aaattcagctcagagatactaaaagggtaatagcatgttttcctttgctt
aagaattctgtttttcagttgctcataaacacgtatacctgacagatgta
tagtataccaactatcaatgcatgatatctttgtatcaccctctgaccaa
ctttgaagacttcaagtttccctaacaataacagaggaatgttttgctgc
agtggtaagaccagaattgtggtttatttactatttcatgaaatttgctc
cttgatatatcttaggttagctttgatcctcttaatagccatttgccatc
caccttctatatctgacctaatattctctcagttactaggtatggtgctt
tgaatatgcttggcccatggaaagttgcactattagggggtgtgggcctt
ggtcaaggaagtgtgtcactgtgttaggcaggctttgaggttcttagtgc
tgaagcttctcttacactgtgtggagaagctccccctccttgccttacct
gtagaaagagttctcttctgctgcctttgggatcaggatgtagactcttg
gcttctcttagta
gaattccgtcctaagtgaacagtttgtccagattccctctgctggacctg
tatgggaatccaaattccagattcctgggactccactcttacaggaatct
gaactactgacatcatatctttagctaactgttgtcttgttgaatgttac
tactcctcttctacgtccagtagggtggccttgggttagtcgctttacct
cccagcaatacagcctaagaaatgtgaaatagcatatctgtcacaccgac
agctcctgagcccctcccacatttatgctcacggcactggctgcagagca
atgaaaaggagagatattcctgccagcagggatgaagatgaagacaaaac
aaatgaataaataatatgagactgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtccgcacaggctcagtggtcagaacaagaaggccaagaaaattg
gtacccagacttccatcacagaagagagtatagaaaatctctctcctagg
gacattgggaccagtgacaataacaagcatagaaaggtaagcaaaaaaaa
aaaaaatccatttcatacaaggagagcatagagtatccatcagtagagaa
catgaggggata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_10807634_10808738
seq2: B6Ng01-289N04.b_47_1159

seq1  GAATTCAAGGCAGGAGCTTAAAGCAGAAACCACAGAGGAAGGCTACTTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCAGGAGCTTAAAGCAGAAACCACAGAGGAAGGCTACTTAC  50

seq1  TGGCTTACTTGCTTCCTCACTGGGCTGCTCAACTCCCTTTCTTACAGAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTACTTGCTTCCTCACTGGGCTGCTCAACTCCCTTTCTTACAGAGC  100

seq1  CCAGGTGTCCCTGCTCAGGAGTAGAACTGTCCACACGGCACCTGCCCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTGTCCCTGCTCAGGAGTAGAACTGTCCACACGGCACCTGCCCACA  150

seq1  TTAATTAACAATCAAGAAAATGTCCCCAGACATGCTCACAGACCAATGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTAACAATCAAGAAAATGTCCCCAGACATGCTCACAGACCAATGGG  200

seq1  ATGGAGGCACTTTCTCAGTTGGACCCCTGCATCCAGTTGTGTCAGGTTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGGCACTTTCTCAGTTGGACCCCTGCATCCAGTTGTGTCAGGTTGA  250

seq1  CAGTGGAAGCTACCCATCCATCTCATGTACAGGGTCTCCTGAAGAACACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGAAGCTACCCATCCATCTCATGTACAGGGTCTCCTGAAGAACACA  300

seq1  ATGTGAAGTGATTTCTTAAAAAAGGATTGCATGAGCGAAGATCTTAAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAAGTGATTTCTTAAAAAAGGATTGCATGAGCGAAGATCTTAAATT  350

seq1  TTAATAGTGACTTGATTACTTTTCTATGCATTACAAAGCCCAGAAAGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAGTGACTTGATTACTTTTCTATGCATTACAAAGCCCAGAAAGCAC  400

seq1  AAAGTGTGCTAAAGGGAAAGGGTGGTCAGTTGACCAGGCAGCACTCAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGTGCTAAAGGGAAAGGGTGGTCAGTTGACCAGGCAGCACTCAGAT  450

seq1  AGAGCAACCGCGGCAGAAACCAATGAGTGGGGTTGAACTTGTATAGTAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAACCGCGGCAGAAACCAATGAGTGGGGTTGAACTTGTATAGTAAG  500

seq1  AGATGGAATCTTTAAGGGTAATTTGGTTTTATTTGTTTGACAGAAAGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGAATCTTTAAGGGTAATTTGGTTTTATTTGTTTGACAGAAAGTGA  550

seq1  AAATTCAGCTCAGAGATACTAAAAGGGTAATAGCATGTTTTCCTTTGCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCAGCTCAGAGATACTAAAAGGGTAATAGCATGTTTTCCTTTGCTT  600

seq1  AAGAATTCTGTTTTTCAGTTGCTCATAAACACGTATACCTGACAGATGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTCTGTTTTTCAGTTGCTCATAAACACGTATACCTGACAGATGTA  650

seq1  TAGTATACCAACTATCAATGCATGATATCTTTGTATCACCCTCTGACCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATACCAACTATCAATGCATGATATCTTTGTATCACCCTCTGACCAA  700

seq1  CTTTGAAGACTTCAAGTTTCCCTAACAATAACAGAGGAATGTTTTGCTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAAGACTTCAAGTTTCCCTAACAATAACAGAGGAATGTTTTGCTGC  750

seq1  AGTGGTAAGACCAGAATTGTGGTTTATTTACTATTTCATGAAATTTGCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTAAGACCAGAATTGTGGTTTATTTACTATTTCATGAAATTTGCTC  800

seq1  CTTGATATATCTTAGGTTAGCTTTGATCCTCTTAATAGCCATTTGCCATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATATATCTTAGGTTAGCTTTGATCCTCTTAATAGCCATTTGCCATC  850

seq1  CACCTTCTATATCTGACCTAATATTCTCTCAGTTACTAGGTATGGTGCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTCTATATCTGACCTAATATTCTCTCAGTTACTAGGTATGGTGCTT  900

seq1  TGAATATGCTTGGCCCATGG-AAGTTGCACTATTAGGGGGTGT-GGCCTT  948
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGAATATGCTTGGCCCATGGAAAGTTGCACTATTAGGGGGTGTGGGCCTT  950

seq1  GGTCAAGGAAGTGTGTCACTGTG-TAGGCAGGCTTTGAGG-TCTTAGTGC  996
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGTCAAGGAAGTGTGTCACTGTGTTAGGCAGGCTTTGAGGTTCTTAGTGC  1000

seq1  TGAAGC-TCTC-TACACTGTGTGGAAGAGGCT-CCCCTCC-TGCC-TACC  1041
      |||||| |||| |||||||||||| ||| ||| ||||||| |||| ||||
seq2  TGAAGCTTCTCTTACACTGTGTGG-AGAAGCTCCCCCTCCTTGCCTTACC  1049

seq1  TGTAGGAAAGAG-TCTCTTCCTGCTGCCTTT-GGATCAGGATGTAGAACT  1089
      |||| ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  TGTA-GAAAGAGTTCTCTT-CTGCTGCCTTTGGGATCAGGATGTAG-ACT  1096

seq1  CTTGGCCTCTC-TAGTA  1105
      |||||| |||| |||||
seq2  CTTGGCTTCTCTTAGTA  1113

seq1: chr15_10937705_10938315
seq2: B6Ng01-289N04.g_66_677 (reverse)

seq1  TATCCCCTCCTGTTCTCTACTGATGGCTACTCTATGCTCTCCTTGTATG-  49
      ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| 
seq2  TATCCCCTCATGTTCTCTACTGATGGATACTCTATGCTCTCCTTGTATGA  50

seq1  AATGGATTTTTTTTTTTTTTGCTTACCTTTCTATGCTTGTTATTGTCACT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGATTTTTTTTTTTTTTGCTTACCTTTCTATGCTTGTTATTGTCACT  100

seq1  GGTCCCAATGTCCCTAGGAGAGAGCTTTTCTATACTCTCTTCTGTGATGG  149
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCAATGTCCCTAGGAGAGAGATTTTCTATACTCTCTTCTGTGATGG  150

seq1  AAGTCTGGGTACCAATTTTCTTGGCCTTCTTGTTCTGACCACTGAGCCTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGGGTACCAATTTTCTTGGCCTTCTTGTTCTGACCACTGAGCCTG  200

seq1  TGCGGACACACACACACACACACACACACACACACACACAGTCTCATATT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGGACACACACACACACACACACACACACACACACACAGTCTCATATT  250

seq1  ATTTATTCATTTGTTTTGTCTTCATCTTCATCCCTGCTGGCAGGAATATC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTCATTTGTTTTGTCTTCATCTTCATCCCTGCTGGCAGGAATATC  300

seq1  TCTCCTTTTCATTGCTCTGCAGCCAGTGCCGTGAGCATAAATGTGGGAGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTTTCATTGCTCTGCAGCCAGTGCCGTGAGCATAAATGTGGGAGG  350

seq1  GGCTCAGGAGCTGTCGGTGTGACAGATATGCTATTTCACATTTCTTAGGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGGAGCTGTCGGTGTGACAGATATGCTATTTCACATTTCTTAGGC  400

seq1  TGTATTGCTGGGAGGTAAAGCGACTAACCCAAGGCCACCCTACTGGACGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTGCTGGGAGGTAAAGCGACTAACCCAAGGCCACCCTACTGGACGT  450

seq1  AGAAGAGGAGTAGTAACATTCAACAAGACAACAGTTAGCTAAAGATATGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGGAGTAGTAACATTCAACAAGACAACAGTTAGCTAAAGATATGA  500

seq1  TGTCAGTAGTTCAGATTCCTGTAAGAGTGGAGTCCCAGGAATCTGGAATT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGTAGTTCAGATTCCTGTAAGAGTGGAGTCCCAGGAATCTGGAATT  550

seq1  TGGATTCCCATACAGGTCCAGCAGAGGGAATCTGGACAAACTGTTCACTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTCCCATACAGGTCCAGCAGAGGGAATCTGGACAAACTGTTCACTT  600

seq1  AGGACGGAATTC  611
      ||||||||||||
seq2  AGGACGGAATTC  612