BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-290J06
Chromosome15 (Build37)
Map Location 12,140,387 - 12,273,815
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMtmr12, LOC100039846, Golph3
Upstream geneAdamts12, Tars, LOC100039772, Npr3, LOC381002, Sub1, LOC100040027, Zfr, LOC100040052, LOC100040066
Downstream genePdzd2, LOC100040109, 6030458C11Rik, Rnasen, Cdh6, LOC100039907
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-290J06.bB6Ng01-290J06.g
ACCGA087686GA087687
length1,1811,081
definitionB6Ng01-290J06.b B6Ng01-290J06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,272,639 - 12,273,815)(12,140,387 - 12,141,466)
sequence
gaattctggcctaatccaatggataagttactgtacttcaatactttggg
agaaaacataaatgtcagtcatatctcttcaatgttcactccaataagaa
gaacacaacagggctggagagatggctcagtggttaagaactgactgctc
ttccagaggtcctgagttcaattcccagcaaccacttggtggctcacaac
catctgtaatgggattcgatgccctcttctggtgtgtctgaagactgcta
cagtgttctcatatacattaaataaataaataataaattttaaaagaaga
agaagaagaatacaacagcaactcaagttgaaaccaagttcagtcaatac
tcacactagtaagatttagtcagtcagcagctatgcaatgttaactagtt
aactagttaacttatcaaccgaaccccttactgaggccttttggggtata
tgaggaaatcaggtgatcaagacactgaccaccagactggataaggcaaa
tgacccactggtgtacaaaacataacgtcaagagagtttatagtttatga
agacatcctcacagcatggcccactctaaacagagtaaacggtaccaatt
aatttagataaggtatgactgaagacaggcacggtgatgcaggtctttaa
ttccagcacttaggcggaaaaggcaggtagatctgagttggagttcagtc
agggctacgtagtgactcaaaacaaacaaacaaacatacataagagcttg
aagaaagaatatccatttttattcagtatctgttctctcctgtaaacaga
gataaaattgttaaaaacgtatcatccctaccatcaccacgtttgtatag
gtaactatacaaacttctctaaacacaactcaatgtttgcttgttaatac
atcagcttaccactaagtaactcaatccagttctggactgtctctggagg
ctgagtctccttaacatgctttagagcttcatcaagaagaacatcccctg
ttggagcatcgatttacagatcacctgaaacacaattggttcagaatgat
ccactggtacactgccataacaaatcaatgcaaacatctcatgcttagaa
actgcacgtaactatatgtcatttgatggcttaaccgtgaggtactagta
tgaaagttcatacatttttaaagattcttgg
gaattcactcagtagaccaggctgacctcgaactcacagagatccacttg
cccctgccttccaagtgctgggattaaaggcatgtgccaccaccacttgg
ctcataaaaatacttttaaaggcagaatttagatgcattagtcttttgtt
tatttgtttcttttttttttgcgttatggtggggaggtgtagacagagcc
ctggctgtcctgaacctcactctttagtccaggctggccttcaactcaga
ggtccgcctacctctgtgtcctgagtgccgggattaaagacaggcaccac
cacctggcttatgtgtgttcatttttgatgtttttattacatttaaattt
agcacatgtgcacacacgtgcactcctgagcgcacctcggcaggtgtaca
gaggatcactttgaggagttggttcttccctcccatagtttaggccccag
gcattgagcacaggttgtcaggcgtggccactaacactcagccatcttga
tggccctgcctttttgttttttgttttttttgctttttaaatctgtataa
ctccatagccttttctaagtcttcaacttttcttttctttttttttgttt
ttctaagacaggacttctctgtgtaaccctggctgtcctggaactcactt
tatagatcagtctggtcttgaactcagatccgcttcccaaatgctgggat
tcccctctggtttttagtgcattcagaatttgccctctctgtatatgaaa
cacactacttttcttctgttaatggagatattaaaatatacagtgaggct
ccccttcccttagcaggtattcatatatgtattattgttgattcattcat
ttattgggctggggattgagcccaggcatgcgtatgctaggcaagcactg
cgcattgcgttgtggccccactgtcctcaccagatcacctcattgaggtt
tggcgtcaccgagagtgattgattgggcccagggaaaggacaattaaagg
ttctctaaaatcgtcactttctaactgggcctttagttgatgatgtgtcc
aggctttcgcttttaatctcctgcatgtgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_12272639_12273815
seq2: B6Ng01-290J06.b_45_1225 (reverse)

seq1  CCAAGA--CTTTAAAAATGTATGAATTTCTATATTAAGTACCTCACGGTT  48
      ||||||  ||||||||||||||||| ||  ||| | ||||||||||||||
seq2  CCAAGAATCTTTAAAAATGTATGAACTTTCATACT-AGTACCTCACGGTT  49

seq1  AAG-CATCAAATGACATTATAG-TAAGTGCAGTTTCTAAGCATGAGATGT  96
      ||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCATCAAATGACA-TATAGTTACGTGCAGTTTCTAAGCATGAGATGT  98

seq1  TTGCATTGATTTG-TAT-GCAGTGGTACCAGTGGATCATTTCTG-ACCAA  143
      ||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||
seq2  TTGCATTGATTTGTTATGGCAGT-GTACCAGTGGATCA-TTCTGAACCAA  146

seq1  -TGTGTTTCAGGTGATCTGTAAATCGGATGCTCCAACAGGGGATGTTCTT  192
       |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTTCAGGTGATCTGTAAATC-GATGCTCCAACAGGGGATGTTCTT  195

seq1  CTTGATGAAGCTCTAAAGCATGTTAAGGAGACTCAGCCTCCAGAGACAGT  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATGAAGCTCTAAAGCATGTTAAGGAGACTCAGCCTCCAGAGACAGT  245

seq1  CCAGAACTGGATTGAGTTACTTAGTGGTAAGCTGATGTATTAACAAGCAA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAACTGGATTGAGTTACTTAGTGGTAAGCTGATGTATTAACAAGCAA  295

seq1  ACATTGAGTTGTGTTTAGAGAAGTTTGTATAGTTACCTATACAAACGTGG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGAGTTGTGTTTAGAGAAGTTTGTATAGTTACCTATACAAACGTGG  345

seq1  TGATGGTAGGGATGATACGTTTTTAACAATTTTATCTCTGTTTACAGGAG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGTAGGGATGATACGTTTTTAACAATTTTATCTCTGTTTACAGGAG  395

seq1  AGAACAGATACTGAAT-AAAATGGATATTCTTTCTTCAAGCTCTTATGTA  441
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGATACTGAATAAAAATGGATATTCTTTCTTCAAGCTCTTATGTA  445

seq1  TGTTTGTTTGTTTGTTTTGAGTCACTACGTAGCCCTGACTGAACTCCAAC  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTTGTTTGTTTTGAGTCACTACGTAGCCCTGACTGAACTCCAAC  495

seq1  TCAGATCTACCTGCCTTTTCCGCCTAAGTGCTGGAATTAAAGACCTGCAT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATCTACCTGCCTTTTCCGCCTAAGTGCTGGAATTAAAGACCTGCAT  545

seq1  CACCGTGCCTGTCTTCAGTCATACCTTATCTAAATTAATTGGTACCGTTT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGTGCCTGTCTTCAGTCATACCTTATCTAAATTAATTGGTACCGTTT  595

seq1  ACTCTGTTTAGAGTGGGCCATGCTGTGAGGATGTCTTCATAAACTATAAA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTTTAGAGTGGGCCATGCTGTGAGGATGTCTTCATAAACTATAAA  645

seq1  CTCTCTTGACGTTATGTTTTGTACACCAGTGGGTCATTTGCCTTATCCAG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTGACGTTATGTTTTGTACACCAGTGGGTCATTTGCCTTATCCAG  695

seq1  TCTGGTGGTCAGTGTCTTGATCACCTGATTTCCTCATATACCCCAAAAGG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTGGTCAGTGTCTTGATCACCTGATTTCCTCATATACCCCAAAAGG  745

seq1  CCTCAGTAAGGGGTTCGGTTGATAAGTTAACTAGTTAACTAGTTAACATT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGTAAGGGGTTCGGTTGATAAGTTAACTAGTTAACTAGTTAACATT  795

seq1  GCATAGCTGCTGACTGACTAAATCTTACTAGTGTGAGTATTGACTGAACT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGCTGCTGACTGACTAAATCTTACTAGTGTGAGTATTGACTGAACT  845

seq1  TGGTTTCAACTTGAGTTGCTGTTGTATTCTTCTTCTTCTTCTTTTAAAAT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTCAACTTGAGTTGCTGTTGTATTCTTCTTCTTCTTCTTTTAAAAT  895

seq1  TTATTATTTATTTATTTAATGTATATGAGAACACTGTAGCAGTCTTCAGA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTTATTTATTTAATGTATATGAGAACACTGTAGCAGTCTTCAGA  945

seq1  CACACCAGAAGAGGGCATCGAATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCAGAAGAGGGCATCGAATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCA  995

seq1  AGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTTCT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTTCT  1045

seq1  TAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCTGTTGTGTTCTTCTTATTGGAGTG  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCTGTTGTGTTCTTCTTATTGGAGTG  1095

seq1  AACATTGAAGAGATATGACTGACATTTATGTTTTCTCCCAAAGTATTGAA  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTGAAGAGATATGACTGACATTTATGTTTTCTCCCAAAGTATTGAA  1145

seq1  GTACAGTAACTTATCCATTGGATTAGGCCAGAATTC  1177
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGTAACTTATCCATTGGATTAGGCCAGAATTC  1181

seq1: chr15_12140387_12141466
seq2: B6Ng01-290J06.g_66_1146

seq1  GAATTCACTCAGTAGACCAGGCTGACCTCGAACTCACAGAGATCCACTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCAGTAGACCAGGCTGACCTCGAACTCACAGAGATCCACTTG  50

seq1  CCCCTGCCTTCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGTGCCACCACCACTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGCCTTCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGTGCCACCACCACTTGG  100

seq1  CTCATAAAAATACTTTTAAAGGCAGAATTTAGATGCATTAGTCTTTTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAAAAATACTTTTAAAGGCAGAATTTAGATGCATTAGTCTTTTGTT  150

seq1  TATTTGTTTCTTTTTTTTTTGCGTTATGGTGGGGAGGTGTAGACAGAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTTTCTTTTTTTTTTGCGTTATGGTGGGGAGGTGTAGACAGAGCC  200

seq1  CTGGCTGTCCTGAACCTCACTCTTTAGTCCAGGCTGGCCTTCAACTCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGTCCTGAACCTCACTCTTTAGTCCAGGCTGGCCTTCAACTCAGA  250

seq1  GGTCCGCCTACCTCTGTGTCCTGAGTGCCGGGATTAAAGACAGGCACCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCGCCTACCTCTGTGTCCTGAGTGCCGGGATTAAAGACAGGCACCAC  300

seq1  CACCTGGCTTATGTGTGTTCATTTTTGATGTTTTTATTACATTTAAATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGGCTTATGTGTGTTCATTTTTGATGTTTTTATTACATTTAAATTT  350

seq1  AGCACATGTGCACACACGTGCACTCCTGAGCGCACCTCGGCAGGTGTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACATGTGCACACACGTGCACTCCTGAGCGCACCTCGGCAGGTGTACA  400

seq1  GAGGATCACTTTGAGGAGTTGGTTCTTCCCTCCCATAGTTTAGGCCCCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATCACTTTGAGGAGTTGGTTCTTCCCTCCCATAGTTTAGGCCCCAG  450

seq1  GCATTGAGCACAGGTTGTCAGGCGTGGCCACTAACACTCAGCCATCTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGAGCACAGGTTGTCAGGCGTGGCCACTAACACTCAGCCATCTTGA  500

seq1  TGGCCCTGCCTTTTTGTTTTTTGTTTTTTTTGCTTTTTAAATCTGTATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCTGCCTTTTTGTTTTTTGTTTTTTTTGCTTTTTAAATCTGTATAA  550

seq1  CTCCATAGCCTTTTCTAAGTCTTCAACTTTTCTTTTCTTTTTTTTTGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATAGCCTTTTCTAAGTCTTCAACTTTTCTTTTCTTTTTTTTTGTTT  600

seq1  TTCTAAGACAGGACTTCTCTGTGTAACCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAGACAGGACTTCTCTGTGTAACCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTT  650

seq1  TATAGATCAGTCTGGTCTTGAACTCAGATCCGCTTCCCAAATGCTGGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATCAGTCTGGTCTTGAACTCAGATCCGCTTCCCAAATGCTGGGAT  700

seq1  TCCCCTCTGGTTTTTAGTGCATTCAGAATTTGCCCTCTCTGTATATGAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTCTGGTTTTTAGTGCATTCAGAATTTGCCCTCTCTGTATATGAAA  750

seq1  CACACTACTTTTCTTCTGTTAATGGAGATATTAAAATATACAGTGAGGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTACTTTTCTTCTGTTAATGGAGATATTAAAATATACAGTGAGGCT  800

seq1  CCCCTTCCCTTAGCAGGTATTCATATATGTATTATTGTTGATTCATTCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTCCCTTAGCAGGTATTCATATATGTATTATTGTTGATTCATTCAT  850

seq1  TTATTGGGCTGGGGATTGAGCCCAGGCATGCGTATGCTAGGCAAGCACTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGGGCTGGGGATTGAGCCCAGGCATGCGTATGCTAGGCAAGCACTG  900

seq1  CGCATTGCGTTGTGGCCCCACTGTCCTCACCAGATCACCTCATTGAGGTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCATTGCGTTGTGGCCCCACTGTCCTCACCAGATCACCTCATTGAGGTT  950

seq1  GGCCGTCACCGAGAGTGATTGAATGGG-CCAGGG-AAGGAC-ATTAAAGG  997
       | ||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||| ||||||||
seq2  TGGCGTCACCGAGAGTGATTGATTGGGCCCAGGGAAAGGACAATTAAAGG  1000

seq1  TTCTTCCTAAAATCGTCACTTTCTTAACTGGG-CTTTAGTTTGATGATGT  1046
      ||||  ||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||
seq2  TTCT--CTAAAATCGTCACTTTC-TAACTGGGCCTTTAG-TTGATGATGT  1046

seq1  GGTCAAGCTTCCGCTTTT-ATCTCCTGCATGTGTT  1080
      |  || |||| ||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTCCAGGCTTTCGCTTTTAATCTCCTGCATGTGTT  1081