BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292B06
Chromosome15 (Build37)
Map Location 74,969,397 - 75,141,536
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041070, LOC546644, LOC100041087, BC025446, LOC100041092, Ly6f
Upstream geneLOC100040984, Bai1, 1700016M24Rik, Arc, Jrk, 4933427E11Rik, Psca, 4930572J05Rik, Slurp1, Lypd2, 2300005B03Rik, Lynx1, Ly6d, D730001G18Rik, Ly6k, Gml, Hemt1, Cyp11b1, Cyp11b2, 2010109I03Rik, LOC625653, Ly6e, Ly6i, LOC666240, LOC100041528, Ly6a, Ly6c, LOC546642, EG625737, LOC100041546, I830127L07Rik
Downstream geneLOC100041652, LOC100041107, 9030619P08Rik, Ly6h, Gpihbp1, Zfp41, 2810039B14Rik, Top1mt, Rhpn1, Mafa, Zc3h3, LOC672572, Gsdmdc1, Naprt1, Eef1d, Tigd5, Pycrl, Tsta3, Zfp623, Eif2s3x-ps1, Zfp707, 2410075B13Rik, Mapk15, AA409316, K230010J24Rik, Scrib, 2410104I19Rik, Nrbp2, Eppk1, BC024139, Plec1, LOC671535, Grina, Spatc1, LOC100041269, Oplah
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292B06.bB6Ng01-292B06.g
ACCGA088806GA088807
length1,1691,123
definitionB6Ng01-292B06.b B6Ng01-292B06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,140,379 - 75,141,536)(74,969,397 - 74,970,519)
sequence
gaattccaagatatgccatcaccataaacatataagtgtttgggatcatg
caggtttcccatgtgtgccattcaatgcgccctaatctaatagtctaata
atccttttgttctcccagtcaagatctctgtttgtcttttgctactctga
gtccactgagtcctgcctgccagttcacatctctgccctttcagctagtc
aaactagctaattcatgttagccagctcagagtgggggaccatttggttt
gggtgggctgatgcagggggaagacagaaggttcccccggttccaaagag
ctcttgcttgtggtgggtaagctcaggaaatgatccctcaatggtggatt
ggagctgccctgtcagattctttttgtctagactttgaaggcatttcttg
caggtgctcatgcttagttccaagtgaacaaatcctaacactgactctcc
tggagtcctagtctatgttgaatgcccccagtggaaaggcatgacttgac
acattgaaaacctgggattcatcattgctctgtctttttggccttgagag
cttactgccacagagatgacctgaaaccatgtagttaacatcacaaatgt
ggacagcaccctggcaacatgtgtgctatgaacattactccctgctcttg
aagtcctcaagatctgagattgtgtcaaggtgacaatctgttatggtaga
actatcactcaagcagggaagctctcatgcctgcagccctctctcccggg
acaagcatagatccaggaatgtggtcaaggggctggttgggacataaaac
ttaagacttgagtaggaattctggagatttcttccatatttggccttgat
tctgatgcagtcccttttggcctttgcttccaagtgctgtgtttgcaggt
atgtactcactaccagttctggccattccctgtttgtcttaaaggggcag
agagcatatgggcctttgctggctgatacactcagtcccttcagagagct
ggcacaatgacatgagcacaggagatgtggtcctgacttcttgccttctg
ccaatagccaggagagctagccctcacccaccaccttgtgcttaagcagg
gaaactggccttttatagttggattgccttgccagagttgttgggaatga
ccaactccaattataccga
gaattcactcagacaaccagatccttctacggcaaagcttttattgcttc
aacataaggaagaccctgaacccagaaaatggtgctgcttatatagcccg
cagtgtgacgtttcagcacctgatgtggcgtgacagcacctgattagttg
cttgcccatcaccccattactatgccccgagatgggcagtgactgggcgt
gaatttacttttgcacttgcgcataaggcttgtttactagttaggcgcag
tggaagccagcgccatcttataatggcgattgctcacagcacggctctcc
acagtgatcttctctgcaagttacctgacagtgtgtatcagtctgaggtt
cagcagccatggggaagcatctttgcaggagccttttatgtgaataatgt
gttggtgcttggtgctgggtcctggccagtcacaagcactagatgcttcc
cttcacagcctcatggccattttcatatactctttatcttgttatttatg
tgaggtagagctttacaaatgtcagtccattttagttctgaaaacccttg
ctctgtatctctatccacctgtgtgatcaggcaaaacagtgctgaggtcc
ctccatcttgttcccttgatacggccattttcagatttaactagaatatg
atctcctttatggagaatcctttgaaaactaccttgctttattctaggaa
ccagaggtctgggtatgttaggtcacttatcctagcctttagtaaaacag
ctggtttgtatgaaacaaccccatgacccctcttacccccaccccgacct
ccccattggctaatggatcttggtatcttctgttaaaatctcttgcttca
aactgattacttctttccattccccttgcctgagatgccaggatgtgatt
ttcagactttaaaagcttctatattctcgacactgtcacacataggttac
ccaacactttggtgtggtcccagattgtctggattaaacaccttcaattt
gctttatactcatgtgaatgttgtaagttgacatgttctggtgagcttcc
catataccctgtaccagtgtcttgaactatagattcttggactgctgacc
caagatttcagctatcacctcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_75140379_75141536
seq2: B6Ng01-292B06.b_47_1215 (reverse)

seq1  TCGGTGATAATT-GAGTTGGTCATT-CCAACAACTCT-GCA--GCACTCA  45
      ||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||| |||  ||| || 
seq2  TCGGT-ATAATTGGAGTTGGTCATTCCCAACAACTCTGGCAAGGCAATCC  49

seq1  AACTAT-AAGGGCCAGTTTTCCTGCTT-AGCAC-AGGT-GTGGGTGAGGG  91
      |||||| || ||||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||||||
seq2  AACTATAAAAGGCCAGTTTCCCTGCTTAAGCACAAGGTGGTGGGTGAGGG  99

seq1  CTAGCTCTCCTGCCTA-TGGCAGAAGGCAAG-AGTCAGGACCACATCTCC  139
      |||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTCTCCTGGCTATTGGCAGAAGGCAAGAAGTCAGGACCACATCTCC  149

seq1  TGTGCTCATGTCATTTGTGCCAGCTCTCCTGAAGGGACTGAGTGTATCAG  189
      ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTCATGTCA-TTGTGCCAGCTCT-CTGAAGGGACTGAGTGTATCAG  197

seq1  CCAGCAA--GGCCATATGCTCTCTGCCCCTTTAAGACAAACAGGGAATGG  237
      |||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAAAGGCCCATATGCTCTCTGCCCCTTTAAGACAAACAGGGAATGG  247

seq1  CCAG-ACTGGTAGTGAGTACATACCTGCAAACACAGCACTTGGAAGCAAA  286
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAACTGGTAGTGAGTACATACCTGCAAACACAGCACTTGGAAGCAAA  297

seq1  GGCCAAAAGGGACTGCATCAGAATCAAGGCCAAATATGGAAGAAATCTCC  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAAAAGGGACTGCATCAGAATCAAGGCCAAATATGGAAGAAATCTCC  347

seq1  AGAATTCCTACTCAAGTCTTAAGTTTTATGTCCCAACCAGCCCCTTGACC  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTCCTACTCAAGTCTTAAGTTTTATGTCCCAACCAGCCCCTTGACC  397

seq1  ACATTCCTGGATCTATGCTTGTCCCGGGAGAGAGGGCTGCAGGCATGAGA  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCCTGGATCTATGCTTGTCCCGGGAGAGAGGGCTGCAGGCATGAGA  447

seq1  GCTTCCCTGCTTGAGTGATAGTTCTACCATAACAGATTGTCACCTTGACA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCCTGCTTGAGTGATAGTTCTACCATAACAGATTGTCACCTTGACA  497

seq1  CAATCTCAGATCTTGAGGACTTCAAGAGCAGGGAGTAATGTTCATAGCAC  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTCAGATCTTGAGGACTTCAAGAGCAGGGAGTAATGTTCATAGCAC  547

seq1  ACATGTTGCCAGGGTGCTGTCCACATTTGTGATGTTAACTACATGGTTTC  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTTGCCAGGGTGCTGTCCACATTTGTGATGTTAACTACATGGTTTC  597

seq1  AGGTCATCTCTGTGGCAGTAAGCTCTCAAGGCCAAAAAGACAGAGCAATG  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCATCTCTGTGGCAGTAAGCTCTCAAGGCCAAAAAGACAGAGCAATG  647

seq1  ATGAATCCCAGGTTTTCAATGTGTCAAGTCATGCCTTTCCACTGGGGGCA  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATCCCAGGTTTTCAATGTGTCAAGTCATGCCTTTCCACTGGGGGCA  697

seq1  TTCAACATAGACTAGGACTCCAGGAGAGTCAGTGTTAGGATTTGTTCACT  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACATAGACTAGGACTCCAGGAGAGTCAGTGTTAGGATTTGTTCACT  747

seq1  TGGAACTAAGCATGAGCACCTGCAAGAAATGCCTTCAAAGTCTAGACAAA  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACTAAGCATGAGCACCTGCAAGAAATGCCTTCAAAGTCTAGACAAA  797

seq1  AAGAATCTGACAGGGCAGCTCCAATCCACCATTGAGGGATCATTTCCTGA  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATCTGACAGGGCAGCTCCAATCCACCATTGAGGGATCATTTCCTGA  847

seq1  GCTTACCCACCACAAGCAAGAGCTCTTTGGAACCGGGGGAACCTTCTGTC  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACCCACCACAAGCAAGAGCTCTTTGGAACCGGGGGAACCTTCTGTC  897

seq1  TTCCCCCTGCATCAGCCCACCCAAACCAAATGGTCCCCCACTCTGAGCTG  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCCTGCATCAGCCCACCCAAACCAAATGGTCCCCCACTCTGAGCTG  947

seq1  GCTAACATGAATTAGCTAGTTTGACTAGCTGAAAGGGCAGAGATGTGAAC  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACATGAATTAGCTAGTTTGACTAGCTGAAAGGGCAGAGATGTGAAC  997

seq1  TGGCAGGCAGGACTCAGTGGACTCAGAGTAGCAAAAGACAAACAGAGATC  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGGCAGGACTCAGTGGACTCAGAGTAGCAAAAGACAAACAGAGATC  1047

seq1  TTGACTGGGAGAACAAAAGGATTATTAGACTATTAGATTAGGGCGCATTG  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTGGGAGAACAAAAGGATTATTAGACTATTAGATTAGGGCGCATTG  1097

seq1  AATGGCACACATGGGAAACCTGCATGATCCCAAACACTTATATGTTTATG  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCACACATGGGAAACCTGCATGATCCCAAACACTTATATGTTTATG  1147

seq1  GTGATGGCATATCTTGGAATTC  1158
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGCATATCTTGGAATTC  1169

seq1: chr15_74969397_74970519
seq2: B6Ng01-292B06.g_65_1187

seq1  GAATTCACTCAGACAACCAGATCCTTCTACGGCAAAGCTTTTATTGCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCAGACAACCAGATCCTTCTACGGCAAAGCTTTTATTGCTTC  50

seq1  AACATAAGGAAGACCCTGAACCCAGAAAATGGTGCTGCTTATATAGCCCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAAGGAAGACCCTGAACCCAGAAAATGGTGCTGCTTATATAGCCCG  100

seq1  CAGTGTGACGTTTCAGCACCTGATGTGGCGTGACAGCACCTGATTAGTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGACGTTTCAGCACCTGATGTGGCGTGACAGCACCTGATTAGTTG  150

seq1  CTTGCCCATCACCCCATTACTATGCCCCGAGATGGGCAGTGACTGGGCGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCCATCACCCCATTACTATGCCCCGAGATGGGCAGTGACTGGGCGT  200

seq1  GAATTTACTTTTGCACTTGCGCATAAGGCTTGTTTACTAGTTAGGCGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTACTTTTGCACTTGCGCATAAGGCTTGTTTACTAGTTAGGCGCAG  250

seq1  TGGAAGCCAGCGCCATCTTATAATGGCGATTGCTCACAGCACGGCTCTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGCCAGCGCCATCTTATAATGGCGATTGCTCACAGCACGGCTCTCC  300

seq1  ACAGTGATCTTCTCTGCAAGTTACCTGACAGTGTGTATCAGTCTGAGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGATCTTCTCTGCAAGTTACCTGACAGTGTGTATCAGTCTGAGGTT  350

seq1  CAGCAGCCATGGGGAAGCATCTTTGCAGGAGCCTTTTATGTGAATAATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGCCATGGGGAAGCATCTTTGCAGGAGCCTTTTATGTGAATAATGT  400

seq1  GTTGGTGCTTGGTGCTGGGTCCTGGCCAGTCACAAGCACTAGATGCTTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTGCTTGGTGCTGGGTCCTGGCCAGTCACAAGCACTAGATGCTTCC  450

seq1  CTTCACAGCCTCATGGCCATTTTCATATACTCTTTATCTTGTTATTTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACAGCCTCATGGCCATTTTCATATACTCTTTATCTTGTTATTTATG  500

seq1  TGAGGTAGAGCTTTACAAATGTCAGTCCATTTTAGTTCTGAAAACCCTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTAGAGCTTTACAAATGTCAGTCCATTTTAGTTCTGAAAACCCTTG  550

seq1  CTCTGTATCTCTATCCACCTGTGTGATCAGGCAAAACAGTGCTGAGGTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTATCTCTATCCACCTGTGTGATCAGGCAAAACAGTGCTGAGGTCC  600

seq1  CTCCATCTTGTTCCCTTGATACGGCCATTTTCAGATTTAACTAGAATATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATCTTGTTCCCTTGATACGGCCATTTTCAGATTTAACTAGAATATG  650

seq1  ATCTCCTTTATGGAGAATCCTTTGAAAACTACCTTGCTTTATTCTAGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCTTTATGGAGAATCCTTTGAAAACTACCTTGCTTTATTCTAGGAA  700

seq1  CCAGAGGTCTGGGTATGTTAGGTCACTTATCCTAGCCTTTAGTAAAACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGGTCTGGGTATGTTAGGTCACTTATCCTAGCCTTTAGTAAAACAG  750

seq1  CTGGTTTGTATGAAACAACCCCATGACCCCTCTTACCCCCACCCCGACCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTTGTATGAAACAACCCCATGACCCCTCTTACCCCCACCCCGACCT  800

seq1  CCCCATTGGCTAATGGATCTTGGTATCTTCTGTTAAAATCTCTTGCTTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATTGGCTAATGGATCTTGGTATCTTCTGTTAAAATCTCTTGCTTCA  850

seq1  AACTGATTACTTC-TTCCATTCCCCTTGCCTGAGATGCCAGGATGTGA-T  898
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AACTGATTACTTCTTTCCATTCCCCTTGCCTGAGATGCCAGGATGTGATT  900

seq1  TTCAGACTTTAAAAGC-TCTATATTCTCGACACTGTCACACATAGG-TAC  946
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTCAGACTTTAAAAGCTTCTATATTCTCGACACTGTCACACATAGGTTAC  950

seq1  CCAACACTTGGGTGTGGTCCCAGA-TGTCTGGAATAAACACCTTCAATTT  995
      ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCAACACTTTGGTGTGGTCCCAGATTGTCTGGATTAAACACCTTCAATTT  1000

seq1  GGCTTTATACTCAATGTGAATG-TGTAAGTGGCCATG-TCTGGTGAGCTT  1043
       ||||||||||| ||||||||| ||||||| | |||| ||||||||||||
seq2  -GCTTTATACTC-ATGTGAATGTTGTAAGTTGACATGTTCTGGTGAGCTT  1048

seq1  CCCATAATACCTGTTACAGTGGTCTTGAAAACTATAGAATCTTTGGACCT  1093
      ||||||   |||||  |||| ||||||  ||||||||| || ||||| ||
seq2  CCCATATACCCTGTACCAGT-GTCTTG--AACTATAGATTC-TTGGA-CT  1093

seq1  GTTGACACAAATATTCAGCTATCACCTCAA  1123
      | |||| |||   |||||||||||||||||
seq2  GCTGACCCAAGATTTCAGCTATCACCTCAA  1123