BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292O22
Chromosome15 (Build37)
Map Location 66,476,308 - 66,613,340
singlet/doubletdoublet
Overlap genePhf20l1, Tg, Sla
Upstream geneC920006C10Rik, Oc90, F930104E18Rik, LOC100040835, Kcnq3, Lrrc6, LOC100040860, Tmem71, LOC100040881
Downstream geneWisp1, Ndrg1, LOC100040667, St3gal1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292O22.bB6Ng01-292O22.g
ACCGA089441GA089442
length1,1981,161
definitionB6Ng01-292O22.b B6Ng01-292O22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,612,147 - 66,613,340)(66,476,308 - 66,477,451)
sequence
gaattccttaatgctgggattccggctggagcagagagataaggagaaca
acatgatgtaaccctgaatgtgaaacaggaggaaccttcacagttacaat
gaactgaggaggagtgagggttatccaggtgctcttattcccatggatct
acaaggaatacaaggcttgttggaccaagtagattagaatgcttagtgtt
tgtttgtttgttgctgttttgttttattctataaggaagctggttagctt
tagagaattaatttatcctgtatattttcctgtaagaagggctggcgtct
gcatgaataagaatgcccctttctgggaaaggggaactggagaagctgaa
tgctgccatagatgattgtgagaggtgagagaaaacccacagggcactaa
ggaaagagaagccttcattctctctcacacctatatcctgctggaatggg
agacaggatagtcatggctattcatccctgtctatcacaaggattcttgg
taagagaaatacaggagggatttgtcacccatcatgtgcattccatatac
ctgggctcagcctgcagatggtacaagcatacgccttgacatgacgtgac
atatcgtcagatctggtgtttttacacctagaggcatgggtgttctctga
ggtctttcaaaatggctatttcaaagatactcgtcagtgtgtgagaaaca
aatgtcacacaaggtcagtaacttctgctatgaggccatgatctctggct
cctgatgtatctctgttcactatcttctgtgctgttttctgtttgtggtc
aatgtgattggaactttgagtagtatttgggggtacttctaagtgggaag
cattacactttgccaaatcatgtatttattcctgattaaagtaaaactaa
tacttatttaaccttggataagtgacctatgggttgaagaatcatgaata
tgcctctcaggagtaataaagttgttgggttttcaatgaagagtcactgg
aaagaacacacacaaaggtcagcagagatactgtctgactcaaggttccc
catctcactctgtgagtagagagaagagggatccaagacgagccatgatt
tccttgagattcatcatgaatactatcctacttattaattctggaattgg
acctactcagatctctgaagttcttcccacaaaaagtcttatctggac
gaattctaagcaatgaactggagagggtattttcttcaatgataatgttt
tgtttgtcagatggacaaaagagaatgagcctcagtggagggattcctcc
tcataatttctggcagatataatttgtacttctttttggttgtctatggt
tcaactgactgttgaagtaatgtattttctccttaaaggaacttgttatt
cttagaatttcaggtaaatcaccttttcccaagttgtttcaagtcaatgt
tcatactcaaatgtgtatacttttcatgttaaaactgaagcatactactt
cctccccaataaactgaatctgctgccattgtcactgtcttggttaatag
catcctatcagtatatgattaacacacagagtcagcacttagtagtcatt
tcagcaccacataagtgttttctcaaaacagtgatgatgtcttcttcagg
cctgttgagagcccattgtaagtcatggaggtaatgagtcagttttactt
acctctttcattccagctttgttttcattctgactcttcagattgtcact
gccagactagagaattacgtttaatcagctctatgctaggcatcataata
cctcctatggtagatgaattaattctttcagaggacaggtaagagtaata
atcactttctaaatatgcatggaaaggtttatgcatacactcagacatat
atcctggatgagaagtgagtttttgttgtctgtaccacaagtgttccttg
gctattcttgtcattttaattttctactgtgaaaccctaagggaataatt
cattgttgtatctgtgtggtatggaatgtgtccaagctgacctagtttgt
tctcacattcatggcaatgtagcctgactgttaaggagtgtgcttatttc
cgtctcttacctttcatatcactttctctgtgtgaaaagatcctcacttg
tttattataatctataagttccagatacttttgtcttgaactatctcttt
ctaaaagaattcattacaaaggctcctgttatggaatcaaactggaagaa
ggaattctgttactcgaagtaataacttgcttataccgaaacagaaaacc
agaatgtaaatctcaagattcctggtaaattaatactagcagtatgataa
cctgtgagctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_66612147_66613340
seq2: B6Ng01-292O22.b_48_1245 (reverse)

seq1  GTCCAGATAACA---TTTGTGGAAAGAAATTCTCAGGAGA-CTGAGTAGC  46
      |||||||||| |   ||||||| ||||| |||    |||| |||||||| 
seq2  GTCCAGATAAGACTTTTTGTGGGAAGAACTTC---AGAGATCTGAGTAGG  47

seq1  TCAAATACCAGAAATAAT-AGGAAGATAGTTATCATGATG-ATCTCAAGA  94
      || ||| |||||| |||| || | ||||||  |||||||| |||||||| 
seq2  TCCAATTCCAGAATTAATAAGTAGGATAGTATTCATGATGAATCTCAAGG  97

seq1  AATCCATGCTCCCTCTT-GATCCCTTCTCTCTCTACTCACAGGAAGTGAG  143
      ||  ||||   | |||| |||||||  |||||||||||||||  ||||||
seq2  AAATCATGGCTCGTCTTGGATCCCTCTTCTCTCTACTCACAG--AGTGAG  145

seq1  ATGGGG-ACCCTGAGTCAGAACAGTATCTCTTGCTGACCTTTGTGTGTG-  191
      |||||| ||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| 
seq2  ATGGGGAACCTTGAGTCAG-ACAGTATCTC-TGCTGACCTTTGTGTGTGT  193

seq1  TCCTTCCAGTTGACCTCTTCATTGAAAA-CCAACAACTTTA-TACTCCTG  239
      || |||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  TCTTTCCAG-TGA-CTCTTCATTGAAAACCCAACAACTTTATTACTCCTG  241

seq1  AGAGGCATATTCATGATTC-TCAACCCATAGGTCACTTATCCAAGGTTAA  288
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCATATTCATGATTCTTCAACCCATAGGTCACTTATCCAAGGTTAA  291

seq1  ATAAGTATTAGTTTTACTTTAATCAGGAATAAATACATGATTTGGCAAAG  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTATTAGTTTTACTTTAATCAGGAATAAATACATGATTTGGCAAAG  341

seq1  TGTAATGCTTCCCACTTAGAAGTACCCCCAAATACTACTCAAAGTTCCAA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATGCTTCCCACTTAGAAGTACCCCCAAATACTACTCAAAGTTCCAA  391

seq1  TCACATTGACCAC-AACAGAAAACAGCACAGAAGATAGTGAACAGAGATA  437
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTGACCACAAACAGAAAACAGCACAGAAGATAGTGAACAGAGATA  441

seq1  CATCAGGAGCCAGAGATCATGGCCTCATAGCAGAAGTTACTGACCTTGTG  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGGAGCCAGAGATCATGGCCTCATAGCAGAAGTTACTGACCTTGTG  491

seq1  TGACATTTGTTTCTCACACACTGACGAGTATCTTTGAAATAGCCATTTTG  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTTGTTTCTCACACACTGACGAGTATCTTTGAAATAGCCATTTTG  541

seq1  AAAGACCTCAGAGAACACCCATGCCTCTAGGTGTAAAAACACCAGATCTG  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACCTCAGAGAACACCCATGCCTCTAGGTGTAAAAACACCAGATCTG  591

seq1  ACGATATGTCACGTCATGTCAAGGCGTATGCTTGTACCATCTGCAGGCTG  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATATGTCACGTCATGTCAAGGCGTATGCTTGTACCATCTGCAGGCTG  641

seq1  AGCCCAGGTATATGGAATGCACATGATGGGTGACAAATCCCTCCTGTATT  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGGTATATGGAATGCACATGATGGGTGACAAATCCCTCCTGTATT  691

seq1  TCTCTTACCAAGAATCCTTGTGATAGACAGGGATGAATAGCCATGACTAT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTACCAAGAATCCTTGTGATAGACAGGGATGAATAGCCATGACTAT  741

seq1  CCTGTCTCCCATTCCAGCAGGATATAGGTGTGAGAGAGAATGAAGGCTTC  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTCCCATTCCAGCAGGATATAGGTGTGAGAGAGAATGAAGGCTTC  791

seq1  TCTTTCCTTAGTGCCCTGTGGGTTTTCTCTCACCTCTCACAATCATCTAT  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCTTAGTGCCCTGTGGGTTTTCTCTCACCTCTCACAATCATCTAT  841

seq1  GGCAGCATTCAGCTTCTCCAGTTCCCCTTTCCCAGAAAGGGGCATTCTTA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCATTCAGCTTCTCCAGTTCCCCTTTCCCAGAAAGGGGCATTCTTA  891

seq1  TTCATGCAGACGCCAGCCCTTCTTACAGGAAAATATACAGGATAAATTAA  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGCAGACGCCAGCCCTTCTTACAGGAAAATATACAGGATAAATTAA  941

seq1  TTCTCTAAAGCTAACCAGCTTCCTTATAGAATAAAACAAAACAGCAACAA  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTAAAGCTAACCAGCTTCCTTATAGAATAAAACAAAACAGCAACAA  991

seq1  ACAAACAAACACTAAGCATTCTAATCTACTTGGTCCAACAAGCCTTGTAT  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAAACACTAAGCATTCTAATCTACTTGGTCCAACAAGCCTTGTAT  1041

seq1  TCCTTGTAGATCCATGGGAATAAGAGCACCTGGATAACCCTCACTCCTCC  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTAGATCCATGGGAATAAGAGCACCTGGATAACCCTCACTCCTCC  1091

seq1  TCAGTTCATTGTAACTGTGAAGGTTCCTCCTGTTTCACATTCAGGGTTAC  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTCATTGTAACTGTGAAGGTTCCTCCTGTTTCACATTCAGGGTTAC  1141

seq1  ATCATGTTGTTCTCCTTATCTCTCTGCTCCAGCCGGAATCCCAGCATTAA  1187
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGTTGTTCTCCTTATCTCTCTGCTCCAGCCGGAATCCCAGCATTAA  1191

seq1  GGAATTC  1194
      |||||||
seq2  GGAATTC  1198

seq1: chr15_66476308_66477451
seq2: B6Ng01-292O22.g_64_1224

seq1  GAATTCTAAGCAATGAACTGGAGAGGGTATTTTCTTCAATGATAATGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAGCAATGAACTGGAGAGGGTATTTTCTTCAATGATAATGTTT  50

seq1  TGTTTGTCAGATGGACAAAAGAGAATGAGCCTCAGTGGAGGGATTCCTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTCAGATGGACAAAAGAGAATGAGCCTCAGTGGAGGGATTCCTCC  100

seq1  TCATAATTTCTGGCAGATATAATTTGTACTTCTTTTTGGTTGTCTATGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAATTTCTGGCAGATATAATTTGTACTTCTTTTTGGTTGTCTATGGT  150

seq1  TCAACTGACTGTTGAAGTAATGTATTTTCTCCTTAAAGGAACTTGTTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTGACTGTTGAAGTAATGTATTTTCTCCTTAAAGGAACTTGTTATT  200

seq1  CTTAGAATTTCAGGTAAATCACCTTTTCCCAAGTTGTTTCAAGTCAATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAATTTCAGGTAAATCACCTTTTCCCAAGTTGTTTCAAGTCAATGT  250

seq1  TCATACTCAAATGTGTATACTTTTCATGTTAAAACTGAAGCATACTACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACTCAAATGTGTATACTTTTCATGTTAAAACTGAAGCATACTACTT  300

seq1  CCTCCCCAATAAACTGAATCTGCTGCCATTGTCACTGTCTTGGTTAATAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCAATAAACTGAATCTGCTGCCATTGTCACTGTCTTGGTTAATAG  350

seq1  CATCCTATCAGTATATGATTAACACACAGAGTCAGCACTTAGTAGTCATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTATCAGTATATGATTAACACACAGAGTCAGCACTTAGTAGTCATT  400

seq1  TCAGCACCACATAAGTGTTTTCTCAAAACAGTGATGATGTCTTCTTCAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCACCACATAAGTGTTTTCTCAAAACAGTGATGATGTCTTCTTCAGG  450

seq1  CCTGTTGAGAGCCCATTGTAAGTCATGGAGGTAATGAGTCAGTTTTACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTGAGAGCCCATTGTAAGTCATGGAGGTAATGAGTCAGTTTTACTT  500

seq1  ACCTCTTTCATTCCAGCTTTGTTTTCATTCTGACTCTTCAGATTGTCACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTTTCATTCCAGCTTTGTTTTCATTCTGACTCTTCAGATTGTCACT  550

seq1  GCCAGACTAGAGAATTACGTTTAATCAGCTCTATGCTAGGCATCATAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGACTAGAGAATTACGTTTAATCAGCTCTATGCTAGGCATCATAATA  600

seq1  CCTCCTATGGTAGATGAATTAATTCTTTCAGAGGACAGGTAAGAGTAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTATGGTAGATGAATTAATTCTTTCAGAGGACAGGTAAGAGTAATA  650

seq1  ATCACTTTCTAAATATGCATGGAAAGGTTTATGCATACACTCAGACATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTTTCTAAATATGCATGGAAAGGTTTATGCATACACTCAGACATAT  700

seq1  ATCCTGGATGAGAAGTGAGTTTTTGTTGTCTGTACCACAAGTGTTCCTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGATGAGAAGTGAGTTTTTGTTGTCTGTACCACAAGTGTTCCTTG  750

seq1  GCTATTCTTGTCATTTTAATTTTCTACTGTGAAACCCTAAGGGAATAATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTCTTGTCATTTTAATTTTCTACTGTGAAACCCTAAGGGAATAATT  800

seq1  CATTGTTGTATCTGTGTGGTATGGAATGTGTCCAAGCTGACCTAGTTTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTGTATCTGTGTGGTATGGAATGTGTCCAAGCTGACCTAGTTTGT  850

seq1  TCTCACATTCATGGCAATGTAGCCTGACTGTT-AGGAGTGTGCTTATTTC  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCTCACATTCATGGCAATGTAGCCTGACTGTTAAGGAGTGTGCTTATTTC  900

seq1  CGTCTCTTACC-TTCATATCAC-TTCTCTGTGTG-AAAGATCCTCACTTG  946
      ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CGTCTCTTACCTTTCATATCACTTTCTCTGTGTGAAAAGATCCTCACTTG  950

seq1  TTTA-TAT-ATCTATAAG-TCCAGATAC-TTTGTCTTG-ACTATCTCTTT  991
      |||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||
seq2  TTTATTATAATCTATAAGTTCCAGATACTTTTGTCTTGAACTATCTCTTT  1000

seq1  CTAAAAGAATTCATTACCAAAGGCTCCTG-TATTGAATCAAACTGGA--G  1038
      |||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||   
seq2  CTAAAAGAATTCATTA-CAAAGGCTCCTGTTATGGAATCAAACTGGAAGA  1049

seq1  AGGAATTCTGTTAC-CG-AGTAATAACTTGC-TATACGGAAACAGACA--  1083
      |||||||||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||| |  
seq2  AGGAATTCTGTTACTCGAAGTAATAACTTGCTTATACCGAAACAGAAAAC  1099

seq1  CAGATTGGTAATCTCAGATTTCCTTGT-AATTAATTTACTAGCAGTATGA  1132
      |||| ||  |||||||   ||||| || ||||||  ||||||||||||||
seq2  CAGAATGTAAATCTCAAGATTCCTGGTAAATTAA--TACTAGCAGTATGA  1147

seq1  TACCC--TGAGCTT  1144
      || ||  |||||||
seq2  TAACCTGTGAGCTT  1161