BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-295G24
Chromosome15 (Build37)
Map Location 27,278,090 - 27,445,094
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAnk
Upstream geneFbxl7, LOC622531, LOC625311
Downstream geneBC087945, LOC100040622, BC052328, Trio, LOC667126, Dnahc5, EG382974
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-295G24.bB6Ng01-295G24.g
ACCGA091300GA091301
length1,1821,097
definitionB6Ng01-295G24.b B6Ng01-295G24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,443,914 - 27,445,094)(27,278,090 - 27,279,191)
sequence
gaattccagcagaaatggtatgcagagtagttgtataaaatgtcacctgc
gtttcctgtgggggatactaagttcaggtgacaactgaacgatcattctg
ggcccaaacgcacattctgaggggtcacagagataatcaggaatagccag
cgcttctctatgtgtggagagccgtgccgcgaggagagccatgcatgccg
caagcaatcgccattataagatggcgctggcctctgctgtgcctaactag
taaacaagccttgtacgcaggcgcgagagtgaactcactcctagtcactg
cccattctcggggtgtaatagtggggtgatgggcaagcaacgaatcagga
gctgtcacaccatatcaggtgctgaaacgtcacgctgcaggctatataag
cagcgccattttcccggttcggggtcttcctgagaagcaagcaataaagc
ttttgctgcagaagattccggtggttgcgactttcttgccagtcgagtgg
gacgcaatatctatgtgaacagaagggagattccaggggccagtgatggc
tcagtggttaagaatgacttctgtttttatagtccccggtccccagccct
cacagtgggcatctcacaaatacctgtaactccagctccagggagctcct
gcacctctggcctccttcacatacatcttccttcatatgcacataccacc
cccacacgcccacacagataatgaaaaacaaatcagaaaagacaatgtca
gagacaggagccacaaggcaggcaccatactggcctcagataattatccc
ttggaccagtcccggaatcccttggttaccaaacccccacagaagttttc
actccagccctgacttcccaccagagggtagtagacaacgtctaactcag
gtgagggaggccatggaaacaggaagaaggacttgaggctgcagctctca
aatgttttttttattcagagcctcgctaattttccaaggctcagtctttc
tgaatgttcaagtccacctggctgtcctgcattggagctgggtgacagct
gtttggtctagaaaactcagagtctcaggccacctaggagcaggacagtc
acaactcaatgttcctgagcttcccctaacttgatgccttaacaggccga
tcaaacatggaaagaaaagctctccttttggg

gaattcactttctggactcagtagacacctgaattcatatgcatgtacta
atacatagacaacctacacacacattcacagagttaaaaagtaaacacaa
ataagctgatgatggcccggtgggtaagaacctgtttgtaattacagaag
acccagaagccatatcagaaagctcactcctgcctgcagtttgagctcca
acagatctgatgccctaatcccctaaggtatatgcacacacatacatata
gacataagtaaataacaataaaaacacctttcttttttgaaaaacaaaaa
agaaatctttaataaaagaattagttatgacccttgccctcgagggtttc
ataaacttcaacaaactagtaagtaatagggaatagttatagactcgaaa
catagagaaatgcttctcacaatgaaggaaagcaaagccgagagggatta
aggcaaagtacttattgttttgaacagactgcccaaagcacggtagctta
agacagtggtcatgcttattggctactgaatctgtaatttactgagagct
cactgggggtgccttgcccctgctccctcccttagcttcactgcctgcca
aagggtatgacactagagtctcccacttagcagaagaccggtgtctgcag
gagagattgggaaatgaatctcctctatggtcacaaggtgattaaagtca
ctgcttcatagaactgtgatacctgcattcattgagaggagtagcacaag
ttcaggagaaccagatgtgtacttatttccctttatgcaaagacctgaga
ctctaaaaactatgagcatacaatctatatgtctatttcatcagcaattt
tctgtttgttaaacaggtgagggaagttgaagaatgaataccaggtccag
agtaaaatgatagacatagcccaaaacatcattgcacaggattgtggatt
gttccctaaatgagatacggatccctaagattagaagagttattagaaat
aaaggattgagctgagatggaagaaggaccatccagagactgcccccacc
caggatccatccataaaaaacaccaactagaacctatttgcatatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_27443914_27445094
seq2: B6Ng01-295G24.b_45_1226 (reverse)

seq1  CCCAAAA-GAAAGCTTTTCTTTCCATGTTGGA-CCGCCTGTTA--GCATC  46
      ||||||| || |||||||||||||||||| || | ||||||||  |||||
seq2  CCCAAAAGGAGAGCTTTTCTTTCCATGTTTGATCGGCCTGTTAAGGCATC  50

seq1  CAGTTAGGGGAAGCTCAGGGGACA-TGAAGTGTGACTGTCCTGCTCTTGG  95
       |||||||||||||||| || ||| |||  |||||||||||||||| | |
seq2  AAGTTAGGGGAAGCTCA-GGAACATTGAGTTGTGACTGTCCTGCTCCTAG  99

seq1  GTGG-CTGAGACTCTGAGTTTTTCTTAGGACCAAACCAGCCTGTCA-CCA  143
      |||| ||||||||||||| ||||||   ||||||| ||| |||||| |||
seq2  GTGGCCTGAGACTCTGAG-TTTTCT--AGACCAAA-CAG-CTGTCACCCA  144

seq1  GCTCCACTGCAGGAACAGCCAGGTGGACTTGAACATTCAGAAAGACTGGA  193
      |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCTCCAATGCAGG-ACAGCCAGGTGGACTTGAACATTCAGAAAGACT-GA  192

seq1  GCCTTGGAAAATTAGCGAGGCTCTGA--TAAAAAAACATTTGAGAGCTGC  241
      ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGGAAAATTAGCGAGGCTCTGAATAAAAAAAACATTTGAGAGCTGC  242

seq1  AGCCTCAAGTCCTTTCTTCCTGTTTCCATGGCCTCCCTCACCTGAGTTAG  291
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCAAGTCC-TTCTTCCTGTTTCCATGGCCTCCCTCACCTGAGTTAG  291

seq1  ACGTTGTCTACTACCCTCTGGTGGGAAGTCAGGGCTGGAGTGAAAACTTC  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTGTCTACTACCCTCTGGTGGGAAGTCAGGGCTGGAGTGAAAACTTC  341

seq1  TGT-GGGGTTTGGTAACCAAGGGATTCCGGGACTGGTCCAAGGGATAATT  390
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGGGTTTGGTAACCAAGGGATTCCGGGACTGGTCCAAGGGATAATT  391

seq1  ATCTGAGGCCAGTATGGTGCCTGCCTTGTGGCTCCTGTCTCTGACATTGT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAGGCCAGTATGGTGCCTGCCTTGTGGCTCCTGTCTCTGACATTGT  441

seq1  CTTTTCTGATTTGTTTTTCATTATCTGTGTGGGCGTGTGGGGGTGGTATG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTGATTTGTTTTTCATTATCTGTGTGGGCGTGTGGGGGTGGTATG  491

seq1  TGCATATGAAGGAAGATGTATGTGAAGGAGGCCAGAGGTGCAGGAGCTCC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATGAAGGAAGATGTATGTGAAGGAGGCCAGAGGTGCAGGAGCTCC  541

seq1  CTGGAGCTGGAGTTACAGGTATTTGTGAGATGCCCACTGTGAGGGCTGGG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGCTGGAGTTACAGGTATTTGTGAGATGCCCACTGTGAGGGCTGGG  591

seq1  GACCGGGGACTATAAAAACAGAAGTCATTCTTAACCACTGAGCCATCACT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCGGGGACTATAAAAACAGAAGTCATTCTTAACCACTGAGCCATCACT  641

seq1  GGCCCCTGGAATCTCCCTTCTGTTCACATAGATATTGCGTCCCACTCGAC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCCTGGAATCTCCCTTCTGTTCACATAGATATTGCGTCCCACTCGAC  691

seq1  TGGCAAGAAAGTCGCAACCACCGGAATCTTCTGCAGCAAAAGCTTTATTG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAGAAAGTCGCAACCACCGGAATCTTCTGCAGCAAAAGCTTTATTG  741

seq1  CTTGCTTCTCAGGAAGACCCCGAACCGGGAAAATGGCGCTGCTTATATAG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTCTCAGGAAGACCCCGAACCGGGAAAATGGCGCTGCTTATATAG  791

seq1  CCTGCAGCGTGACGTTTCAGCACCTGATATGGTGTGACAGCTCCTGATTC  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGCGTGACGTTTCAGCACCTGATATGGTGTGACAGCTCCTGATTC  841

seq1  GTTGCTTGCCCATCACCCCACTATTACACCCCGAGAATGGGCAGTGACTA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTTGCCCATCACCCCACTATTACACCCCGAGAATGGGCAGTGACTA  891

seq1  GGAGTGAGTTCACTCTCGCGCCTGCGTACAAGGCTTGTTTACTAGTTAGG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGAGTTCACTCTCGCGCCTGCGTACAAGGCTTGTTTACTAGTTAGG  941

seq1  CACAGCAGAGGCCAGCGCCATCTTATAATGGCGATTGCTTGCGGCATGCA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAGAGGCCAGCGCCATCTTATAATGGCGATTGCTTGCGGCATGCA  991

seq1  TGGCTCTCCTCGCGGCACGGCTCTCCACACATAGAGAAGCGCTGGCTATT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCTCCTCGCGGCACGGCTCTCCACACATAGAGAAGCGCTGGCTATT  1041

seq1  CCTGATTATCTCTGTGACCCCTCAGAATGTGCGTTTGGGCCCAGAATGAT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATTATCTCTGTGACCCCTCAGAATGTGCGTTTGGGCCCAGAATGAT  1091

seq1  CGTTCAGTTGTCACCTGAACTTAGTATCCCCCACAGGAAACGCAGGTGAC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCAGTTGTCACCTGAACTTAGTATCCCCCACAGGAAACGCAGGTGAC  1141

seq1  ATTTTATACAACTACTCTGCATACCATTTCTGCTGGAATTC  1181
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATACAACTACTCTGCATACCATTTCTGCTGGAATTC  1182


seq1: chr15_27278090_27279191
seq2: B6Ng01-295G24.g_67_1163

seq1  GAATTCACTTTCTGGACTCAGTAGACACCTGAATTCATATGCATGTACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTCTGGACTCAGTAGACACCTGAATTCATATGCATGTACTA  50

seq1  ATACATAGACAACCTACACACACATTCACAGAGTTAAAAAGTAAACACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATAGACAACCTACACACACATTCACAGAGTTAAAAAGTAAACACAA  100

seq1  ATAAGCTGATGATGGCCCGGTGGGTAAGAACCTGTTTGTAATTACAGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCTGATGATGGCCCGGTGGGTAAGAACCTGTTTGTAATTACAGAAG  150

seq1  ACCCAGAAGCCATATCAGAAAGCTCACTCCTGCCTGCAGTTTGAGCTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGAAGCCATATCAGAAAGCTCACTCCTGCCTGCAGTTTGAGCTCCA  200

seq1  ACAGATCTGATGCCCTAATCCCCTAAGGTATATGCACACACATACATATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATCTGATGCCCTAATCCCCTAAGGTATATGCACACACATACATATA  250

seq1  GACATAAGTAAATAACAATAAAAACACCTTTCTTTTTTGAAAAACAAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATAAGTAAATAACAATAAAAACACCTTTCTTTTTTGAAAAACAAAAA  300

seq1  AGAAATCTTTAATAAAAGAATTAGTTATGACCCTTGCCCTCGAGGGTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATCTTTAATAAAAGAATTAGTTATGACCCTTGCCCTCGAGGGTTTC  350

seq1  ATAAACTTCAACAAACTAGTAAGTAATAGGGAATAGTTATAGACTCGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACTTCAACAAACTAGTAAGTAATAGGGAATAGTTATAGACTCGAAA  400

seq1  CATAGAGAAATGCTTCTCACAATGAAGGAAAGCAAAGCCGAGAGGGATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAGAAATGCTTCTCACAATGAAGGAAAGCAAAGCCGAGAGGGATTA  450

seq1  AGGCAAAGTACTTATTGTTTTGAACAGACTGCCCAAAGCACGGTAGCTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAAGTACTTATTGTTTTGAACAGACTGCCCAAAGCACGGTAGCTTA  500

seq1  AGACAGTGGTCATGCTTATTGGCTACTGAATCTGTAATTTACTGAGAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGTGGTCATGCTTATTGGCTACTGAATCTGTAATTTACTGAGAGCT  550

seq1  CACTGGGGGTGCCTTGCCCCTGCTCCCTCCCTTAGCTTCACTGCCTGCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGGGGTGCCTTGCCCCTGCTCCCTCCCTTAGCTTCACTGCCTGCCA  600

seq1  AAGGGTATGACACTAGAGTCTCCCACTTAGCAGAAGACCGGTGTCTGCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTATGACACTAGAGTCTCCCACTTAGCAGAAGACCGGTGTCTGCAG  650

seq1  GAGAGATTGGGAAATGAATCTCCTCTATGGTCACAAGGTGATTAAAGTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGATTGGGAAATGAATCTCCTCTATGGTCACAAGGTGATTAAAGTCA  700

seq1  CTGCTTCATAGAACTGTGATACCTGCATTCATTGAGAGGAGTAGCACAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCATAGAACTGTGATACCTGCATTCATTGAGAGGAGTAGCACAAG  750

seq1  TTCAGGAGAACCAGATGTGTACTTATTTCCCTTTATGCAAAGACCTGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGAGAACCAGATGTGTACTTATTTCCCTTTATGCAAAGACCTGAGA  800

seq1  CTCTAAAAACTATGAGCATACAATCTATATGTCTA-TTCATCAGCAATTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTCTAAAAACTATGAGCATACAATCTATATGTCTATTTCATCAGCAATTT  850

seq1  TCTGTTTGTTAAACAGGTGAGGGAAGTTGAAGAATGAATACCAGGTCCAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTGTTAAACAGGTGAGGGAAGTTGAAGAATGAATACCAGGTCCAG  900

seq1  AGTAAAATGATAGACATAGCCCAAAACATCATTGCACAAGGATTGTGGAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGTAAAATGATAGACATAGCCCAAAACATCATTGCAC-AGGATTGTGGAT  949

seq1  TGTTCCCTAAATGAGATAACGGATCCCTAAGAATTAGAAGGAGTTA-TAG  998
      ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| |||
seq2  TGTTCCCTAAATGAGAT-ACGGATCCCTAAG-ATTAGAA-GAGTTATTAG  996

seq1  AAATAAAGATTGGAGCTGAGATGGAAGGAAGGACCATCCAGAGACTG-CC  1047
      ||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
seq2  AAATAAAGGATTGAGCTGAGATGGAA-GAAGGACCATCCAGAGACTGCCC  1045

seq1  CCACCCAGGGATCCATCCATAAAAAAACACCAAACCTAGACACTA-TTGC  1096
      ||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||||  ||| ||||
seq2  CCACCCA-GGATCCATCCAT-AAAAAACACCAA--CTAGAACCTATTTGC  1091

seq1  ATATGC  1102
      ||||||
seq2  ATATGC  1097


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |