BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-296B17
Chromosome15 (Build37)
Map Location 96,399,043 - 96,516,541
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc38a1
Upstream geneDbx2, LOC100042684, LOC667849, EG629300, LOC667864, Tmem16f, LOC100043329, D030018L15Rik, LOC100043335, EG667869, LOC667874, LOC667894, Arid2, Sfrs2ip
Downstream geneSlc38a2, LOC667941, LOC546651, Slc38a4, Amigo2, BC038822, LOC100043354, LOC100042774, D15Ertd682e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-296B17.bB6Ng01-296B17.g
ACCGA091800GA091801
length1,1291,009
definitionB6Ng01-296B17.b B6Ng01-296B17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,515,417 - 96,516,541)(96,399,043 - 96,400,052)
sequence
gaattcaggcttttgattcagatcttgaagcttagtggccatgaaaagct
taggccctaagcaaggtggtatgcatgttccatctctggagacagaggca
ggcagatctctgagttcaaaaccagcctggtggtgccattacaaagaaag
ttctaagtaaaggacagctttacttaaaactttaaaggtccaggcatggt
gatgcacacattgagaactgggctgcatcttcttctggaggccttcataa
ggacagtgggggagggacagtctgccttcatctgccagcacttctgttgg
aattgacatcttcaggactccagcttccacagaagaccagccgaaacact
tatgcttgtgggactgagcccctgctagattcttggacttcccattcaca
acggtccatccactgttgagttactgggactagagactgtaagtcatctt
aatacagagagacattctgcgactctagagaaccctgactaacacagctg
ggattatgatgatgggcgagaaactaacaacctgtgttcctctttttttt
taaactttactgagggtctgtggaagccctttcagtccccagctgtgtgg
gtggcccctagcaagaagaacatcacccggtaaatgtcttgatgaaacag
tcccttgacagcagcaagctgtcctttgtatttcccttttctgcagacag
tcgcacaggacacctgctggcttttgtgactgacctatcatcaccactgc
accacctgcagccacctccattttcccataaaccctacacttcccatttc
atgattttatccacatttcaacctcgaactccccggaatggttaaacgaa
tcggaacccccttattcagtcttacagttgaaatgagcctcaattttttt
tagcaagaatttcctaaaccaggaaaagaaaaaaaaaaaaaaagaattta
ctaaacccttgcaagataaattacagcacatgccgtaaattagagagcaa
ttttttaaaaatgtaattacagctggaaggcttttctgtctaactcgtga
tcagcttcagggtggtggaggctatctttggacctctaccactagccact
ttggttcaaatcttcgtcaacccttgtcc
gaattctcttaaatacatagacaggacaggcgaatgcaacatttcttagg
tttgcttcctagtcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaacttttaaagct
acgttctattgcaccagtagctacttagcactgcacaattctagactgaa
aaggaagcctttagggtcacctaacatcaaaccacacctacccagataca
caggccgaccatacggagaaccgccattttattacctccaataatctacg
agactttgattgtgtcaggacttctgactttgaaagaggtttaaaaaaaa
gtactgggcaagatttcagcgaacaaagtgtgcatcccttctcgatgatg
ctattctgtatatcctacaagttgcttttgtgccctacctttatttattt
atgcaatttatttttgtctttgagctgttttacaatcctgtaacttgtag
caaactgatgagagacagaaactgttattgcccagagataaggaaatgaa
ttctggttgagacattaatagccttgacctccttaagaaggacagtctta
catcagttgcttccgtgtcagctcttgaattcttctttgagcctcccatg
gaggctctgtgctaaaatattgaacccagagccttgtaaatatttaatgc
ttcaagttcttacaacatagtccaaggcttagcctccaactctccatgta
gtctagacagctctccccctgcctcattctcgtgggtactgccatgtcca
acactgtaaatcatctttaaacttcctgttccttagttattaaatgagtt
aaagttgggaatggcggctcatgaccctgatcccagcactcgggaggctg
atgtaagaggattgctatgagtctgaggtcagcctggtctacgtagtgaa
ttacaggccagcctgggctacagagaccctgtcttaaataaataaatgca
aacagcagacatgattttacatcctgtctcagtatacagcttgtaatttt
tatgttgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_96515417_96516541
seq2: B6Ng01-296B17.b_50_1178 (reverse)

seq1  GGACAA-GGTTGACGAAGATTTGAA-CAAAGTGCTTAAGTGGTAGAGGT-  47
      |||||| |||||||||||||||||| |||||||  | |||||||||||| 
seq2  GGACAAGGGTTGACGAAGATTTGAACCAAAGTGGCT-AGTGGTAGAGGTC  49

seq1  CAAAGATAGCCTCCACCACCCTGAAGCTGATCACGAGTTAGACAAGAAAG  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||
seq2  CAAAGATAGCCTCCACCACCCTGAAGCTGATCACGAGTTAGACAGAAAAG  99

seq1  CC-TCCAGCTGTAATTACATTTTTAAAAAATTGCTCTCTAATTTTACGGC  146
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCTTCCAGCTGTAATTACATTTTTAAAAAATTGCTCTCTAA-TTTACGGC  148

seq1  ATGTGCTGT-ATTTATCTTGCAAGGGTTTAGTAAATTC-TTTTTTTTTTT  194
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATGTGCTGTAATTTATCTTGCAAGGGTTTAGTAAATTCTTTTTTTTTTTT  198

seq1  TTTCTTTTTCTGGTTTAGGAAATTCTTGCTAAAAAAAATTGAGGCTCATT  244
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTCCTGGTTTAGGAAATTCTTGCTAAAAAAAATTGAGGCTCATT  248

seq1  TCAACTGTAAGACTGAATAAGGGGGTTCCGATTCGTTTAACCATTCCGGG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTGTAAGACTGAATAAGGGGGTTCCGATTCGTTTAACCATTCCGGG  298

seq1  GAGTTCGAGGTTGAAATGTGGATAAAATCATGAAATGGGAAGTGTAGGGT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCGAGGTTGAAATGTGGATAAAATCATGAAATGGGAAGTGTAGGGT  348

seq1  TTATGGGAAAATGGAGGTGGCTGCAGGTGGTGCAGTGGTGATGATAGGTC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGGAAAATGGAGGTGGCTGCAGGTGGTGCAGTGGTGATGATAGGTC  398

seq1  AGTCACAAAAGCCAGCAGGTGTCCTGTGCGACTGTCTGCAGAAAAGGGAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACAAAAGCCAGCAGGTGTCCTGTGCGACTGTCTGCAGAAAAGGGAA  448

seq1  ATACAAAGGACAGCTTGCTGCTGTCAAGGGACTGTTTCATCAAGACATTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAAGGACAGCTTGCTGCTGTCAAGGGACTGTTTCATCAAGACATTT  498

seq1  ACCGGGTGATGTTCTTCTTGCTAGGGGCCACCCACACAGCTGGGGACTGA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGGGTGATGTTCTTCTTGCTAGGGGCCACCCACACAGCTGGGGACTGA  548

seq1  AAGGGCTTCCACAGACCCTCAGTAAAGTTTAAAAAAAAAGAGGAACACAG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCTTCCACAGACCCTCAGTAAAGTTTAAAAAAAAAGAGGAACACAG  598

seq1  GTTGTTAGTTTCTCGCCCATCATCATAATCCCAGCTGTGTTAGTCAGGGT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTAGTTTCTCGCCCATCATCATAATCCCAGCTGTGTTAGTCAGGGT  648

seq1  TCTCTAGAGTCGCAGAATGTCTCTCTGTATTAAGATGACTTACAGTCTCT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAGAGTCGCAGAATGTCTCTCTGTATTAAGATGACTTACAGTCTCT  698

seq1  AGTCCCAGTAACTCAACAGTGGATGGACCGTTGTGAATGGGAAGTCCAAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCAGTAACTCAACAGTGGATGGACCGTTGTGAATGGGAAGTCCAAG  748

seq1  AATCTAGCAGGGGCTCAGTCCCACAAGCATAAGTGTTTCGGCTGGTCTTC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAGCAGGGGCTCAGTCCCACAAGCATAAGTGTTTCGGCTGGTCTTC  798

seq1  TGTGGAAGCTGGAGTCCTGAAGATGTCAATTCCAACAGAAGTGCTGGCAG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAAGCTGGAGTCCTGAAGATGTCAATTCCAACAGAAGTGCTGGCAG  848

seq1  ATGAAGGCAGACTGTCCCTCCCCCACTGTCCTTATGAAGGCCTCCAGAAG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGGCAGACTGTCCCTCCCCCACTGTCCTTATGAAGGCCTCCAGAAG  898

seq1  AAGATGCAGCCCAGTTCTCAATGTGTGCATCACCATGCCTGGACCTTTAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGCAGCCCAGTTCTCAATGTGTGCATCACCATGCCTGGACCTTTAA  948

seq1  AGTTTTAAGTAAAGCTGTCCTTTACTTAGAACTTTCTTTGTAATGGCACC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTAAGTAAAGCTGTCCTTTACTTAGAACTTTCTTTGTAATGGCACC  998

seq1  ACCAGGCTGGTTTTGAACTCAGAGATCTGCCTGCCTCTGTCTCCAGAGAT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGCTGGTTTTGAACTCAGAGATCTGCCTGCCTCTGTCTCCAGAGAT  1048

seq1  GGAACATGCATACCACCTTGCTTAGGGCCTAAGCTTTTCATGGCCACTAA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACATGCATACCACCTTGCTTAGGGCCTAAGCTTTTCATGGCCACTAA  1098

seq1  GCTTCAAGATCTGAATCAAAAGCCTGAATTC  1125
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAAGATCTGAATCAAAAGCCTGAATTC  1129

seq1: chr15_96399043_96400052
seq2: B6Ng01-296B17.g_69_1077

seq1  GAATTCTCTTAAATACATAGACAGGACAGGCGAATGCAACATTTCTTAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTAAATACATAGACAGGACAGGCGAATGCAACATTTCTTAGG  50

seq1  TTTGCTTCCTAGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAACTTTTAAAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTCCTAGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAACTTTTAAAGCT  100

seq1  ACGTTCTATTGCACCAGTAGCTACTTAGCACTGCACAATTCTAGACTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTCTATTGCACCAGTAGCTACTTAGCACTGCACAATTCTAGACTGAA  150

seq1  AAGGAAGCCTTTAGGGTCACCTAACATCAAACCACACCTACCCAGATACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGCCTTTAGGGTCACCTAACATCAAACCACACCTACCCAGATACA  200

seq1  CAGGCCGACCATACGGAGAACCGCCATTTTATTACCTCCAATAATCTACG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCGACCATACGGAGAACCGCCATTTTATTACCTCCAATAATCTACG  250

seq1  AGACTTTGATTGTGTCAGGACTTCTGACTTTGAAAGAGGTTTAAAAAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTGATTGTGTCAGGACTTCTGACTTTGAAAGAGGTTTAAAAAAAA  300

seq1  GTACTGGGCAAGATTTCAGCGAACAAAGTGTGCATCCCTTCTCGATGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGGGCAAGATTTCAGCGAACAAAGTGTGCATCCCTTCTCGATGATG  350

seq1  CTATTCTGTATATCCTACAAGTTGCTTTTGTGCCCTACCTTTATTTATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCTGTATATCCTACAAGTTGCTTTTGTGCCCTACCTTTATTTATTT  400

seq1  ATGCAATTTATTTTTGTCTTTGAGCTGTTTTACAATCCTGTAACTTGTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAATTTATTTTTGTCTTTGAGCTGTTTTACAATCCTGTAACTTGTAG  450

seq1  CAAACTGATGAGAGACAGAAACTGTTATTGCCCAGAGATAAGGAAATGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTGATGAGAGACAGAAACTGTTATTGCCCAGAGATAAGGAAATGAA  500

seq1  TTCTGGTTGAGACATTAATAGCCTTGACCTCCTTAAGAAGGACAGTCTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGTTGAGACATTAATAGCCTTGACCTCCTTAAGAAGGACAGTCTTA  550

seq1  CATCAGTTGCTTCCGTGTCAGCTCTTGAATTCTTCTTTGAGCCTCCCATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGTTGCTTCCGTGTCAGCTCTTGAATTCTTCTTTGAGCCTCCCATG  600

seq1  GAGGCTCTGTGCTAAAATATTGAACCCAGAGCCTTGTAAATATTTAATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTCTGTGCTAAAATATTGAACCCAGAGCCTTGTAAATATTTAATGC  650

seq1  TTCAAGTTCTTACAACATAGTCCAAGGCTTAGCCTCCAACTCTCCATGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTTCTTACAACATAGTCCAAGGCTTAGCCTCCAACTCTCCATGTA  700

seq1  GTCTAGACAGCTCTCCCCCTGCCTCATTCTCGTGGGTACTGCCATGTCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGACAGCTCTCCCCCTGCCTCATTCTCGTGGGTACTGCCATGTCCA  750

seq1  ACACTGTAAATCATCTTTAAACTTCCTGTTCCTTAGTTATTAAATGAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTAAATCATCTTTAAACTTCCTGTTCCTTAGTTATTAAATGAGTT  800

seq1  AAAGTTGGGAATGGCGGCTCATGACCCTGATCCCAGCACTCGGGAGGCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTGGGAATGGCGGCTCATGACCCTGATCCCAGCACTCGGGAGGCTG  850

seq1  ATGTAAGAGGATTGCTATGAGTCTGAGGTCAGCCTGGTCTACGTAGTGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAGAGGATTGCTATGAGTCTGAGGTCAGCCTGGTCTACGTAGTGAA  900

seq1  TTACAGGCCAGCCTGGGCTACAGAGACCCTGTCTTAAATAAATAAATGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGGCCAGCCTGGGCTACAGAGACCCTGTCTTAAATAAATAAATGCA  950

seq1  AACAGCAAGACATGATTTTACATCCTGTCTCAAGTATACAGCTTGTA--T  998
      |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |
seq2  AACAGC-AGACATGATTTTACATCCTGTCTC-AGTATACAGCTTGTAATT  998

seq1  TTTATGTGTGTG  1010
      ||||||| ||||
seq2  TTTATGT-TGTG  1009