BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-298G18
Chromosome15 (Build37)
Map Location 42,859,119 - 42,988,536
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRspo2
Upstream geneLOC432947, LOC100039268, LOC100039197, Angpt1
Downstream geneLOC675960, Eif3s6, Ttc35, LOC100039288, Tmem74, LOC100039309
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-298G18.bB6Ng01-298G18.g
ACCGA093530GA093531
length1,1501,151
definitionB6Ng01-298G18.b B6Ng01-298G18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,987,382 - 42,988,536)(42,859,119 - 42,860,277)
sequence
gaattcctaaaagagaaggtacgattattagttcttacatgtcattgatg
tcactttgaagaattatagctataactagcatgagcaggttccatataga
tactgtttgctataatgaggtaactagagtagaagataagtacttgacaa
atattgatcagcaactacaacttaaaatagcataatgggtttaagaagct
gtttggacatttagattgctatctgtgagaagtaatgagatttattttgt
ccttgctttttctaattagcaattgtaaagtaaatgtttcctttatggct
taaaaatgagggtcagtagagagaggcactcataaagaaatatgtgccca
acagcatagatattggcttccttaacgagttgtttcatttgtatctatat
atatgaagaggaatttaatgttctgaagtggcttgaaagaagaaggcaaa
tgtattcactcaagcaagacagaaaacaacaacaacaaaaataaagaagc
tgttccgataaagcagtgtatgtagttattgcaattatgtactgtattta
ttaattactgtatttggttaagaatggatttgcgttcactggggaggaac
ttctggtataatggaggcctctgtctttagtcttacttgaagcaatattt
tcttagagattcagttgaagacacattgtatgtgagccattgttttgtag
agtgtaaagcagactaggaaatgactatgttgaatgactgatcatagaag
caaagcagtgactggaaacgataggatgaatttactgatgaaatctttaa
acacaaaacacagagccttcactttttaagggtgaagaactaattgtgtg
aactgattggagatgatggatattagttgttttgtttgtttgttttgttc
agtttgtttttagataaagttgtactctctagcccttttgatagcaagtt
cctttttctcctggcttagtagtgctcagataatagtgtgtgtgttacca
tattgaattttatgattttgacttctcttaagattatgatgcatgctgga
gagatgcctccagtggttagagcatgaattgctccttcagaaggttccga
gttcaatctcagccaccatagcaatctgtattggtatctgatgaccctct


gaattctacatacattttcttccaaatttcagacattagaaaataaggtt
aaaactgagaaatatatctgaccttgctcttatctgtttggtaaacttta
ttggacatattggataatatttatatatgctagtttttattcctaaattt
cttaaactatatctagatatattgatatatctatgtggggattgaagaaa
ttaaaagtttgagaatgacttctggactttgtatttttgtacattctcaa
catattatgcatattcaaaggcatgcatatatgttaccctaagagaaatc
taacagattttgctttcttactctttagtttaaaagggtagatattgtga
tcgacatatgtggcaagacattgtgagtcttcttctacaactatggtcct
tgttaaccaaaaggttatatgacatattacatgagaaagtcatgttgcta
agatttaaggaagataaaattatcaaaatgacaaaactagaaaggcttta
tcaaagccacatggtaaagcaacataatcttgttgacttacacacatatg
gaaatggtacaaaagggtatcttatccattcttctacagtgaaaggtggg
gaaatactgtggaaatattcctaagactctgctgtagattgctactatta
cattcacaatacggtatgttattttgaaacaaaatagcaggcaggctttg
aaaacaatgaatctgttgaattcactctttgatttcttttacaaactctc
aaatcctacaattttcttttcatttgacttcagagtctttgcatcattgc
agtaatggtctgtatacttccatcagtatggcacagaggctatctagggt
ctccacactgcctattgtttgtcctaagaaagactttgcaagaggaaagg
tatagaagcaagctgaacccaacaaaacagtggctgtgattataaataga
aaagcttctttgccacatatactcctaaacatatagatgggaaatgagaa
agagtcacacaggacagtataaacctggagaatcaggtatatactgttgt
agccacactataacaaatattcactatgtccagatgcaaatttttcagtt
tgtgctataccgatctgtgaatccataaatctgtccaagcagacttaaca
c
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_42987382_42988536
seq2: B6Ng01-298G18.b_49_1198 (reverse)

seq1  AGAGGG-CATCAGATCCCATTACAGATGGTTATGGTTGCTGAGAATTGAA  49
      |||||| |||||||| ||| ||||||| | |||||| |||||| ||||||
seq2  AGAGGGTCATCAGATACCAATACAGATTGCTATGGTGGCTGAG-ATTGAA  49

seq1  CTCGGGACCTTCTGGAAGAGCAATCAATGCTCTTAACCACT-GAGCCATC  98
      ||||| |||||||| | |||||||  |||||| |||||||| ||| ||||
seq2  CTCGGAACCTTCTGAAGGAGCAATTCATGCTC-TAACCACTGGAGGCATC  98

seq1  TCTCCAGCCATGCATCATAATCTTAAGAGAAGTCAAAAATCAATAAAATT  148
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  TCTCCAG-CATGCATCATAATCTTAAGAGAAGTC-AAAATC-ATAAAATT  145

seq1  CAATATGGTAACACACACACCTATTATCTGAGCACTACTAAGCCAGGAGA  198
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATGGTAACACACACA-CTATTATCTGAGCACTACTAAGCCAGGAGA  194

seq1  AAAAGGAACTTGCTATCAAAAGGGCTAGAGAGTACAACTTTATCTAAAAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGAACTTGCTATCAAAAGGGCTAGAGAGTACAACTTTATCTAAAAA  244

seq1  CAAACCTGAACAAAACAAACAAACAAAACAACTAATATCCATCATCTCCA  298
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAA-CTGAACAAAACAAACAAACAAAACAACTAATATCCATCATCTCCA  293

seq1  ATCAGTTCACACAATTAGTTCTTCACCCTTAAAAAGTGAAGGCTCTGTGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTTCACACAATTAGTTCTTCACCCTTAAAAAGTGAAGGCTCTGTGT  343

seq1  TTTGTGTTTAAAGATTTCATCAGTAAATTCATCCTATCGTTTCCAGTCAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTTTAAAGATTTCATCAGTAAATTCATCCTATCGTTTCCAGTCAC  393

seq1  TGCTTTGCTTCTATGATCAGTCATTCAACATAGTCATTTCCTAGTCTGCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGCTTCTATGATCAGTCATTCAACATAGTCATTTCCTAGTCTGCT  443

seq1  TTACACTCTACAAAACAATGGCTCACATACAATGTGTCTTCAACTGAATC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACTCTACAAAACAATGGCTCACATACAATGTGTCTTCAACTGAATC  493

seq1  TCTAAGAAAATATTGCTTCAAGTAAGACTAAAGACAGAGGCCTCCATTAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGAAAATATTGCTTCAAGTAAGACTAAAGACAGAGGCCTCCATTAT  543

seq1  ACCAGAAGTTCCTCCCCAGTGAACGCAAATCCATTCTTAACCAAATACAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAAGTTCCTCCCCAGTGAACGCAAATCCATTCTTAACCAAATACAG  593

seq1  TAATTAATAAATACAGTACATAATTGCAATAACTACATACACTGCTTTAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAATAAATACAGTACATAATTGCAATAACTACATACACTGCTTTAT  643

seq1  CGGAACAGCTTCTTTATTTTTGTTGTTGTTGTTTTCTGTCTTGCTTGAGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAACAGCTTCTTTATTTTTGTTGTTGTTGTTTTCTGTCTTGCTTGAGT  693

seq1  GAATACATTTGCCTTCTTCTTTCAAGCCACTTCAGAACATTAAATTCCTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACATTTGCCTTCTTCTTTCAAGCCACTTCAGAACATTAAATTCCTC  743

seq1  TTCATATATATAGATACAAATGAAACAACTCGTTAAGGAAGCCAATATCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATATATAGATACAAATGAAACAACTCGTTAAGGAAGCCAATATCT  793

seq1  ATGCTGTTGGGCACATATTTCTTTATGAGTGCCTCTCTCTACTGACCCTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTTGGGCACATATTTCTTTATGAGTGCCTCTCTCTACTGACCCTC  843

seq1  ATTTTTAAGCCATAAAGGAAACATTTACTTTACAATTGCTAATTAGAAAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTAAGCCATAAAGGAAACATTTACTTTACAATTGCTAATTAGAAAA  893

seq1  AGCAAGGACAAAATAAATCTCATTACTTCTCACAGATAGCAATCTAAATG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGGACAAAATAAATCTCATTACTTCTCACAGATAGCAATCTAAATG  943

seq1  TCCAAACAGCTTCTTAAACCCATTATGCTATTTTAAGTTGTAGTTGCTGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAACAGCTTCTTAAACCCATTATGCTATTTTAAGTTGTAGTTGCTGA  993

seq1  TCAATATTTGTCAAGTACTTATCTTCTACTCTAGTTACCTCATTATAGCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATATTTGTCAAGTACTTATCTTCTACTCTAGTTACCTCATTATAGCA  1043

seq1  AACAGTATCTATATGGAACCTGCTCATGCTAGTTATAGCTATAATTCTTC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTATCTATATGGAACCTGCTCATGCTAGTTATAGCTATAATTCTTC  1093

seq1  AAAGTGACATCAATGACATGTAAGAACTAATAATCGTACCTTCTCTTTTA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGACATCAATGACATGTAAGAACTAATAATCGTACCTTCTCTTTTA  1143

seq1  GGAATTC  1155
      |||||||
seq2  GGAATTC  1150


seq1: chr15_42859119_42860277
seq2: B6Ng01-298G18.g_63_1213

seq1  GAATTCTACATACATTTTCTTCCAAATTTCAGACATTAGAAAATAAGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACATACATTTTCTTCCAAATTTCAGACATTAGAAAATAAGGTT  50

seq1  AAAACTGAGAAATATATCTGACCTTGCTCTTATCTGTTTGGTAAACTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTGAGAAATATATCTGACCTTGCTCTTATCTGTTTGGTAAACTTTA  100

seq1  TTGGACATATTGGATAATATTTATATATGCTAGTTTTTATTCCTAAATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACATATTGGATAATATTTATATATGCTAGTTTTTATTCCTAAATTT  150

seq1  CTTAAACTATATCTAGATATATTGATATATCTATGTGGGGATTGAAGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAACTATATCTAGATATATTGATATATCTATGTGGGGATTGAAGAAA  200

seq1  TTAAAAGTTTGAGAATGACTTCTGGACTTTGTATTTTTGTACATTCTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGTTTGAGAATGACTTCTGGACTTTGTATTTTTGTACATTCTCAA  250

seq1  CATATTATGCATATTCAAAGGCATGCATATATGTTACCCTAAGAGAAATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTATGCATATTCAAAGGCATGCATATATGTTACCCTAAGAGAAATC  300

seq1  TAACAGATTTTGCTTTCTTACTCTTTAGTTTAAAAGGGTAGATATTGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGATTTTGCTTTCTTACTCTTTAGTTTAAAAGGGTAGATATTGTGA  350

seq1  TCGACATATGTGGCAAGACATTGTGAGTCTTCTTCTACAACTATGGTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGACATATGTGGCAAGACATTGTGAGTCTTCTTCTACAACTATGGTCCT  400

seq1  TGTTAACCAAAAGGTTATATGACATATTACATGAGAAAGTCATGTTGCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAACCAAAAGGTTATATGACATATTACATGAGAAAGTCATGTTGCTA  450

seq1  AGATTTAAGGAAGATAAAATTATCAAAATGACAAAACTAGAAAGGCTTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTAAGGAAGATAAAATTATCAAAATGACAAAACTAGAAAGGCTTTA  500

seq1  TCAAAGCCACATGGTAAAGCAACATAATCTTGTTGACTTACACACATATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGCCACATGGTAAAGCAACATAATCTTGTTGACTTACACACATATG  550

seq1  GAAATGGTACAAAAGGGTATCTTATCCATTCTTCTACAGTGAAAGGTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGGTACAAAAGGGTATCTTATCCATTCTTCTACAGTGAAAGGTGGG  600

seq1  GAAATACTGTGGAAATATTCCTAAGACTCTGCTGTAGATTGCTACTATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATACTGTGGAAATATTCCTAAGACTCTGCTGTAGATTGCTACTATTA  650

seq1  CATTCACAATACGGTATGTTATTTTGAAACAAAATAGCAGGCAGGCTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCACAATACGGTATGTTATTTTGAAACAAAATAGCAGGCAGGCTTTG  700

seq1  AAAACAATGAATCTGTTGAATTCACTCTTTGATTTCTTTTACAAACTCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAATGAATCTGTTGAATTCACTCTTTGATTTCTTTTACAAACTCTC  750

seq1  AAATCCTACAATTTTCTTTTCATTTGACTTCAGAGTCTTTGCATCATTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCTACAATTTTCTTTTCATTTGACTTCAGAGTCTTTGCATCATTGC  800

seq1  AGTAATGGTCTGTATACTTCCATCAGTATGGCACAGAGGCTATCTAGGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATGGTCTGTATACTTCCATCAGTATGGCACAGAGGCTATCTAGGGT  850

seq1  CTCCACACTGCCTATTGTTTGTCCTAAGAAAGACTTTGCAAGAGGAAAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACACTGCCTATTGTTTGTCCTAAGAAAGACTTTGCAAGAGGAAAGG  900

seq1  TAATAGAAGCAAGCTGAA-CCAACAAAACAGTGGCTGTGATTATAAATAG  949
      | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-ATAGAAGCAAGCTGAACCCAACAAAACAGTGGCTGTGATTATAAATAG  949

seq1  AAAAGCTTCTTTGCCACATATACTCCTAAACATATAGAT-GGAAATGAGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAAAGCTTCTTTGCCACATATACTCCTAAACATATAGATGGGAAATGAGA  999

seq1  AAGAGTCACACAGGACAAGTATAAAACTGGAGAATCAAGTATAATTACTG  1048
      |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||  |||||
seq2  AAGAGTCACACAGGAC-AGTATAAACCTGGAGAATCAGGTATA--TACTG  1046

seq1  TTGTAGCCACAACTATAACAAAAATAATCACCTATGTCCAAGATGCAAAT  1098
      |||||||||| ||||||||  ||||| ||| |||||||| ||||||||||
seq2  TTGTAGCCAC-ACTATAAC--AAATATTCA-CTATGTCC-AGATGCAAAT  1091

seq1  TTTTCAGTTTGTGCTATACCAGAATTCTGTGAATTCATAAAATCT-TTCA  1147
      |||||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||| |||||| | ||
seq2  TTTTCAGTTTGTGCTATACC-GA--TCTGTGAATCCAT-AAATCTGTCCA  1137

seq1  AGCAG--CTAACAC  1159
      |||||   ||||||
seq2  AGCAGACTTAACAC  1151


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |