BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-298L22
Chromosome15 (Build37)
Map Location 45,188,058 - 45,355,226
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneNudcd1, Eny2, Pkhd1l1, Ebag9, 5730410E15Rik, A930017M01Rik, EG432950, Kcnv1
Downstream geneLOC100039389, EG432951
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-298L22.bB6Ng01-298L22.g
ACCGA093773GA093774
length1,1181,025
definitionB6Ng01-298L22.b B6Ng01-298L22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,188,058 - 45,189,186)(45,354,197 - 45,355,226)
sequence
gaattccaatagagactgagaactttgatcttttataagctttggactta
tatgaagactataggtacactatgagatgtccgtatgactttgggagtcg
gggcattcagttttgaatatgaagtattttctacaagttcatattttgag
agcattattgccaggtggttcttaaattttcggaggtctggaattttagg
tgaaattacatagctggaggaagtagctatggatgggtccttgtgtgtga
ggttatctccctcccacccctgccccttgccccatgtcttctgtcatcat
cagcaaaataaatcttactgcctttgttcctgtccgatttttagttgtat
ttatgtaaatttaaaaacattgtctgttcagcttggcaggcttggtctca
aaattactctcttgtttatattcttcccttccatattgatcttctgtctc
actgttctgactattattaagaacagtgtggtaacgtttgctcagtcact
gtatacctttgccgtttcccagatttttgacaatgcttgctcagtttgtg
tctgcttttcaatgtttcagtggagatttggtgtttggtgcagcttagtc
tgacattcggttgattcaatgcctatatgcattcaaaaagttgtgtatca
gccaaaggtaacacaaagaagactagtagagctttagcacatttgagcaa
ataagaagttataggatataatgaaaataaagaaagaacatttcacatta
gagcaaagctacattggcgagcatgattcaccattctttatacattatga
acaaaaccttgttttgcccttggagaaaaaaaaatgctacttgatagaca
gctatgatgaaagaataagaaagaattaactttgtaatgtatggttgtaa
aactcctggtagaggacattattaatattgtgtaaaataataccagaata
gataaaaatagtcaaagcagtaaaattgggggagggagcatatttagaag
aacatgacactaatcaaatgatatgactctgttgttacatttcatggttc
tattactacagcaatgagtaggaaagctagagagtaggtcaatatgtttg
tatttcctcagtaggagt

gaattccctaaaggaagtagggaaattatcctttcctaaaggatgaatgg
atcatatctgtaattttaatgggagcagatgcaggagaatcagaagttta
agacaagcagtcatagcaatgaagaagctacaaaaaagccatgaaggaac
aatcagaaaccaaaagaagacatagtcacttaagttaaaaaccaaaaatg
tttcttcacagtacttgtactatttgtcaaaaactctacaacattgaaaa
taatcaactccaaatattttttttgaaattcacaaatgttatctaatgtc
aaattaacttggcttgttaaaacaagtattttgttgttattgtcttcaca
ttaaaataaaataaaattgataagcaagtaacttcatgataaaaacgaaa
tgtaattgacaaattatgcttataattcggcggatgatgataaatataaa
ttacatatttccttatgctcaatccaagtgaagaagctacatcaaaatgc
tctttgctgttttcaaggtagtacacttatttcaaccttgtaagtagagc
ctgagaaactaaagtacagagctttttgcttacagtgcagttacaataag
gtcagagtgacttgtgttgtagtaccaaagggctatactcatttctctcc
aggaccttgtgttcagagatgacctgagttaaatgactatgttccttagt
tcagatcaaatgtgggttattggtgacatttttctcacatcacctgaaat
agtaaatgtgcaattaatattattaaactctgaatcaactaccccattag
catcttaagtttataacagcaaatcaatttgattaaccatttgaagtata
cttgaccatttaagacaataataacattctttttcatgactttagcatat
catgacacttgaaacaggtactttccagttttatatctgctggagaattt
ttagtctctcagcatttgtttgagcatgcgtacactgactcatatatata
tatatatatatatatatatatatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_45188058_45189186
seq2: B6Ng01-298L22.b_47_1164

seq1  GAATTCCAATAGAGACTGAGAACTTTGATCTTTTATAAGCTTTGGACTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATAGAGACTGAGAACTTTGATCTTTTATAAGCTTTGGACTTA  50

seq1  TATGAAGACTATAGGTACACTATGAGATGTCCGTATGACTTTGGGAGTCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAGACTATAGGTACACTATGAGATGTCCGTATGACTTTGGGAGTCG  100

seq1  GGGCATTCAGTTTTGAATATGAAGTATTTTCTACAAGTTCATATTTTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATTCAGTTTTGAATATGAAGTATTTTCTACAAGTTCATATTTTGAG  150

seq1  AGCATTATTGCCAGGTGGTTCTTAAATTTTCGGAGGTCTGGAATTTTAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTATTGCCAGGTGGTTCTTAAATTTTCGGAGGTCTGGAATTTTAGG  200

seq1  TGAAATTACATAGCTGGAGGAAGTAGCTATGGATGGGTCCTTGTGTGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTACATAGCTGGAGGAAGTAGCTATGGATGGGTCCTTGTGTGTGA  250

seq1  GGTTATCTCCCTCCCACCCCTGCCCCTTGCCCCATGTCTTCTGTCATCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATCTCCCTCCCACCCCTGCCCCTTGCCCCATGTCTTCTGTCATCAT  300

seq1  CAGCAAAATAAATCTTACTGCCTTTGTTCCTGTCCGATTTTTAGTTGTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAAATAAATCTTACTGCCTTTGTTCCTGTCCGATTTTTAGTTGTAT  350

seq1  TTATGTAAATTTAAAAACATTGTCTGTTCAGCTTGGCAGGCTTGGTCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTAAATTTAAAAACATTGTCTGTTCAGCTTGGCAGGCTTGGTCTCA  400

seq1  AAATTACTCTCTTGTTTATATTCTTCCCTTCCATATTGATCTTCTGTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTACTCTCTTGTTTATATTCTTCCCTTCCATATTGATCTTCTGTCTC  450

seq1  ACTGTTCTGACTATTATTAAGAACAGTGTGGTAACGTTTGCTCAGTCACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTCTGACTATTATTAAGAACAGTGTGGTAACGTTTGCTCAGTCACT  500

seq1  GTATACCTTTGCCGTTTCCCAGATTTTTGACAATGCTTGCTCAGTTTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACCTTTGCCGTTTCCCAGATTTTTGACAATGCTTGCTCAGTTTGTG  550

seq1  TCTGCTTTTCAATGTTTCAGTGGAGATTTGGTGTTTGGTGCAGCTTAGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTTTCAATGTTTCAGTGGAGATTTGGTGTTTGGTGCAGCTTAGTC  600

seq1  TGACATTCGGTTGATTCAATGCCTATATGCATTCAAAAAGTTGTGTATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTCGGTTGATTCAATGCCTATATGCATTCAAAAAGTTGTGTATCA  650

seq1  GCCAAAGGTAACACAAAGAAGACTAGTAGAGCTTTAGCACATTTGAGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAGGTAACACAAAGAAGACTAGTAGAGCTTTAGCACATTTGAGCAA  700

seq1  ATAAGAAGTTATAGGATATAATGAAAATAAAGAAAGAACATTTCACATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAAGTTATAGGATATAATGAAAATAAAGAAAGAACATTTCACATTA  750

seq1  GAGCAAAGCTACATTGGCGAGCATGATTCACCATTCTTTATACATTATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAAGCTACATTGGCGAGCATGATTCACCATTCTTTATACATTATGA  800

seq1  ACAAAACCTTGTTTTGCCCTTGGAGAAAAAAAAATGCTACTTGATAGACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACCTTGTTTTGCCCTTGGAGAAAAAAAAATGCTACTTGATAGACA  850

seq1  GCTATGATGAAAGAATAAGAAAGAATTAACTTTGTAATGTATGGTTGTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGATGAAAGAATAAGAAAGAATTAACTTTGTAATGTATGGTTGTAA  900

seq1  AACTCCTGGTAGAGGACAATTATTAATATTGTGTAAAATAATACCAGAAT  950
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCTGGTAGAGGAC-ATTATTAATATTGTGTAAAATAATACCAGAAT  949

seq1  AGATAAAAATAGTCAAAGCAGTAAAAATTGGGGAGGGAGCATATTTAGAA  1000
      |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAAAATAGTCAAAGCAGTAAAATTGGGGGAGGGAGCATATTTAGAA  999

seq1  GAACAATTGACACTAATCAAATGATTAATGACTCCTGTTGTTACATTTTC  1050
      |||||  ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||
seq2  GAACA--TGACACTAATCAAATGAT--ATGACT-CTGTTGTTACA-TTTC  1043

seq1  ATGGTTCTATTACTAACAGCAAAATGAGTTAGGGAAAGCTAGAGAGTAAG  1100
      |||||||||||||| |||||  |||||||   ||||||||||||||| ||
seq2  ATGGTTCTATTACT-ACAGC--AATGAGT--AGGAAAGCTAGAGAGT-AG  1087

seq1  TTCAATATG-TTGTATTT-CTCAGTAGGAGT  1129
       |||||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  GTCAATATGTTTGTATTTCCTCAGTAGGAGT  1118


seq1: chr15_45354197_45355226
seq2: B6Ng01-298L22.g_66_1090 (reverse)

seq1  ATATATATATATATATATATATATATATATATATGAGTCAGTGTTACGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATATATATATATATGAGTCAGTG-TACGCA  49

seq1  TTGCTTCAAACAAATGCTGAGAGACTAAAAATTCTCCAGCAGATATTAAA  100
       ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  -TGC-TCAAACAAATGCTGAGAGACTAAAAATTCTCCAGCAGATA-TAAA  96

seq1  ACTGGAAAGTACCTGTTTTCAAGTGTCATGATATGCTAAAGTCATGAAAA  150
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAAAGTACCTG-TTTCAAGTGTCATGATATGCTAAAGTCATGAAAA  145

seq1  AGAATGTTATTATTGTCTTAAATGGTCAAGTATACTTCAAATGGTTAATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTTATTATTGTCTTAAATGGTCAAGTATACTTCAAATGGTTAATC  195

seq1  AAATTGATTTGCTGTTATAAACTTAAGATGCTAATGGGGTAGTTGATTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGATTTGCTGTTATAAACTTAAGATGCTAATGGGGTAGTTGATTCA  245

seq1  GAGTTTAATAATATTAATTGCACATTTACTATTTCAGGTGATGTGAGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTAATAATATTAATTGCACATTTACTATTTCAGGTGATGTGAGAAA  295

seq1  AATGTCACCAATAACCCACATTTGATCTGAACTAAGGAACATAGTCATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCACCAATAACCCACATTTGATCTGAACTAAGGAACATAGTCATTT  345

seq1  AACTCAGGTCATCTCTGAACACAAGGTCCTGGAGAGAAATGAGTATAGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGGTCATCTCTGAACACAAGGTCCTGGAGAGAAATGAGTATAGCC  395

seq1  CTTTGGTACTACAACACAAGTCACTCTGACCTTATTGTAACTGCACTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGTACTACAACACAAGTCACTCTGACCTTATTGTAACTGCACTGTA  445

seq1  AGCAAAAAGCTCTGTACTTTAGTTTCTCAGGCTCTACTTACAAGGTTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAAAGCTCTGTACTTTAGTTTCTCAGGCTCTACTTACAAGGTTGAA  495

seq1  ATAAGTGTACTACCTTGAAAACAGCAAAGAGCATTTTGATGTAGCTTCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTGTACTACCTTGAAAACAGCAAAGAGCATTTTGATGTAGCTTCTT  545

seq1  CACTTGGATTGAGCATAAGGAAATATGTAATTTATATTTATCATCATCCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGGATTGAGCATAAGGAAATATGTAATTTATATTTATCATCATCCG  595

seq1  CCGAATTATAAGCATAATTTGTCAATTACATTTCGTTTTTATCATGAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAATTATAAGCATAATTTGTCAATTACATTTCGTTTTTATCATGAAGT  645

seq1  TACTTGCTTATCAATTTTATTTTATTTTAATGTGAAGACAATAACAACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGCTTATCAATTTTATTTTATTTTAATGTGAAGACAATAACAACAA  695

seq1  AATACTTGTTTTAACAAGCCAAGTTAATTTGACATTAGATAACATTTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTTGTTTTAACAAGCCAAGTTAATTTGACATTAGATAACATTTGTG  745

seq1  AATTTCAAAAAAAATATTTGGAGTTGATTATTTTCAATGTTGTAGAGTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCAAAAAAAATATTTGGAGTTGATTATTTTCAATGTTGTAGAGTTT  795

seq1  TTGACAAATAGTACAAGTACTGTGAAGAAACATTTTTGGTTTTTAACTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAAATAGTACAAGTACTGTGAAGAAACATTTTTGGTTTTTAACTTA  845

seq1  AGTGACTATGTCTTCTTTTGGTTTCTGATTGTTCCTTCATGGCTTTTTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACTATGTCTTCTTTTGGTTTCTGATTGTTCCTTCATGGCTTTTTTG  895

seq1  TAGCTTCTTCATTGCTATGACTGCTTGTCTTAAACTTCTGATTCTCCTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTCTTCATTGCTATGACTGCTTGTCTTAAACTTCTGATTCTCCTGC  945

seq1  ATCTGCTCCCATTAAAATTACAGATATGATCCATTCATCCTTTAGGAAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCTCCCATTAAAATTACAGATATGATCCATTCATCCTTTAGGAAAG  995

seq1  GATAATTTCCCTACTTCCTTTAGGGAATTC  1030
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATTTCCCTACTTCCTTTAGGGAATTC  1025


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |