BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300M09
Chromosome15 (Build37)
Map Location 74,920,550 - 75,051,482
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041546, I830127L07Rik, LOC100041070, LOC546644, LOC100041087, BC025446
Upstream geneLOC100041307, LOC100040984, Bai1, 1700016M24Rik, Arc, Jrk, 4933427E11Rik, Psca, 4930572J05Rik, Slurp1, Lypd2, 2300005B03Rik, Lynx1, Ly6d, D730001G18Rik, Ly6k, Gml, Hemt1, Cyp11b1, Cyp11b2, 2010109I03Rik, LOC625653, Ly6e, Ly6i, LOC666240, LOC100041528, Ly6a, Ly6c, LOC546642, EG625737
Downstream geneLOC100041092, Ly6f, LOC100041652, LOC100041107, 9030619P08Rik, Ly6h, Gpihbp1, Zfp41, 2810039B14Rik, Top1mt, Rhpn1, Mafa, Zc3h3, LOC672572, Gsdmdc1, Naprt1, Eef1d, Tigd5, Pycrl, Tsta3, Zfp623, Eif2s3x-ps1, Zfp707, 2410075B13Rik, Mapk15, AA409316, K230010J24Rik, Scrib, 2410104I19Rik, Nrbp2, Eppk1, BC024139, Plec1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300M09.bB6Ng01-300M09.g
ACCGA095262GA095263
length1,1211,091
definitionB6Ng01-300M09.b B6Ng01-300M09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,920,550 - 74,921,671)(75,050,390 - 75,051,482)
sequence
gaattccatggacctagacttggtgatggtgtcttacaacagaatccaag
caataacagagaccccggacttaagaaaaaagccttaagcggctgtggtt
gtgctgacctgcagtcccagcgctggggacaggcgagcaggaagaacatg
agtgtgagcccagcctgggctggggaagtggctcctgaggaagagcactt
agtgttcaaacaggaggacgcatggccataatccctgtgcccaggtaaaa
agcctagcgtgtctgtgctgtctgtaagcctgcctttctgtagctcaaca
ggcaatgtcaccatccctccacatgcaatgtcacacatattgtgcacaca
ctcttcaccccctcccccaacccctgactgtcttccctccatcttcacaa
attatctgttctgtatactttgtgtaaacagtgcaaagcagtgcacacct
tctgggcctggcttctttcacatagtctagggtgcatgccaagttctgac
cattcaacactctgttgctttttatttcagaaccatgtcacattgtagcc
tgactttaggtaaatcttccttcccaagggggctgtctcttggccaggtg
attgacagacccaacttaactaactctcttcaaaggcagaagggaggaca
ttgatacaaatgttctatttggagcacctagaatgtcctgtctctttcca
aggccaggggtattatattctttgcactgggccttaagtaatggcaatcc
agatgttttccaggaaatggaggtggggacttcaaaggaaagttgcagca
aaggagcctcaccttgcactgaatcatctccaaagctggtaacagaacag
aacggctgagactgtgcagaggttacaatgttgcaggttcagggttattg
taatctatcttatggtttctttaccaagctaaatggccattccttggcca
cttcttttctgatgtaacatcctgtgactacagaatctttaggactgcat
tttaacaccctagcttcttcaaccagaaggcccatgaaaacatcagatgc
cactgaagccttatagcagaggtggttctgacccttaacctgatgtttca
ctagtgttgctggaaaagtac
gaattctgcctcttccatgtgctagccacatgcctccagggtcaagagca
gcaagacacagcaaaataacattccaggaagtacagatctgaaagaccta
gcaaggagtggggcacctatacttcaggggctataaagttgaaacaagat
gtccctcacactaccctgacacataaggataaaaggacaagggtagggtt
tgttggatgtaccatcacagcaaggtctgtaggtggactgagcccaggct
gaacagaattacccctgccatggtccaggtgctgccttcagtgagaactg
ctgcattgcagaggtcttccttgcaacagaaagtcttcacgttgacagca
ttacccaggaactcagtagtttcaggattagtagggcagatgggaaggca
gagattgctctttactttgattgtgtgagagtctggaagatatcagggcg
tgacttacttcttatgcagcgacaacagagcatcccaatgtctgggccat
ataccaccaagtctgaatgacccagaattgtctctaaggcatgttgaaac
cagatatggtagctcagacttgtaatctgagaacatgaaagaccgaggaa
ggagaattgttatgagttcaattccaagctgggttatatagggcttctag
gctatcctggggctcaagtgtgaccccatctcaaataacaaacaaaatga
aaatcaaaactatgggctggtaaggaggcttggtggataaagtgcttgtg
tgaacaagtatgagtaccccagttcccatcgctaaagtgcatcaaaagat
gggcagacatggtggtataattttatctctgtgcttagaacactaagatg
gagatccccaaggtaagcttattggctagaccagctcaacctgcaagctt
ggggttcactgtgagaccctgcctcagtaaataaaatattttgtcacata
gatacccatctgttgaactgtgaaaggcatctgtgttctggttgagcgag
gcttactctagagacccattagaaattctacaaggacagaaacattagct
tatgctcccaacacttagcttcttgacaccacaagccctca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_74920550_74921671
seq2: B6Ng01-300M09.b_44_1164

seq1  GAATTCCATGGACCTAGACTTGGTGATGGTGTCTTACAACAGAATCCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGGACCTAGACTTGGTGATGGTGTCTTACAACAGAATCCAAG  50

seq1  CAATAACAGAGACCCCGGACTTAAGAAAAAAGCCTTAAGCGGCTGTGGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAACAGAGACCCCGGACTTAAGAAAAAAGCCTTAAGCGGCTGTGGTT  100

seq1  GTGCTGACCTGCAGTCCCAGCGCTGGGGACAGGCGAGCAGGAAGAACATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGACCTGCAGTCCCAGCGCTGGGGACAGGCGAGCAGGAAGAACATG  150

seq1  AGTGTGAGCCCAGCCTGGGCTGGGGAAGTGGCTCCTGAGGAAGAGCACTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGAGCCCAGCCTGGGCTGGGGAAGTGGCTCCTGAGGAAGAGCACTT  200

seq1  AGTGTTCAAACAGGAGGACGCATGGCCATAATCCCTGTGCCCAGGTAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTCAAACAGGAGGACGCATGGCCATAATCCCTGTGCCCAGGTAAAA  250

seq1  AGCCTAGCGTGTCTGTGCTGTCTGTAAGCCTGCCTTTCTGTAGCTCAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTAGCGTGTCTGTGCTGTCTGTAAGCCTGCCTTTCTGTAGCTCAACA  300

seq1  GGCAATGTCACCATCCCTCCACATGCAATGTCACACATATTGTGCACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATGTCACCATCCCTCCACATGCAATGTCACACATATTGTGCACACA  350

seq1  CTCTTCACCCCCTCCCCCAACCCCTGACTGTCTTCCCTCCATCTTCACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCACCCCCTCCCCCAACCCCTGACTGTCTTCCCTCCATCTTCACAA  400

seq1  ATTATCTGTTCTGTATACTTTGTGTAAACAGTGCAAAGCAGTGCACACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTGTTCTGTATACTTTGTGTAAACAGTGCAAAGCAGTGCACACCT  450

seq1  TCTGGGCCTGGCTTCTTTCACATAGTCTAGGGTGCATGCCAAGTTCTGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGCCTGGCTTCTTTCACATAGTCTAGGGTGCATGCCAAGTTCTGAC  500

seq1  CATTCAACACTCTGTTGCTTTTTATTTCAGAACCATGTCACATTGTAGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAACACTCTGTTGCTTTTTATTTCAGAACCATGTCACATTGTAGCC  550

seq1  TGACTTTAGGTAAATCTTCCTTCCCAAGGGGGCTGTCTCTTGGCCAGGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTAGGTAAATCTTCCTTCCCAAGGGGGCTGTCTCTTGGCCAGGTG  600

seq1  ATTGACAGACCCAACTTAACTAACTCTCTTCAAAGGCAGAAGGGAGGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACAGACCCAACTTAACTAACTCTCTTCAAAGGCAGAAGGGAGGACA  650

seq1  TTGATACAAATGTTCTATTTGGAGCACCTAGAATGTCCTGTCTCTTTCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATACAAATGTTCTATTTGGAGCACCTAGAATGTCCTGTCTCTTTCCA  700

seq1  AGGCCAGGGGTATTATATTCTTTGCACTGGGCCTTAAGTAATGGCAATCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGGGGTATTATATTCTTTGCACTGGGCCTTAAGTAATGGCAATCC  750

seq1  AGATGTTTTCCAGGAAATGGAGGTGGGGACTTCAAAGGAAAGTTGCAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTTTTCCAGGAAATGGAGGTGGGGACTTCAAAGGAAAGTTGCAGCA  800

seq1  AAGGAGCCTCACCTTGCACTGAATCATCTCCAAAGCTGGTAACAGAACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGCCTCACCTTGCACTGAATCATCTCCAAAGCTGGTAACAGAACAG  850

seq1  AACGGCTGAGACTGTGCAGAGGTTACAATGTTGCAGGTTCAGGGTTATTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGGCTGAGACTGTGCAGAGGTTACAATGTTGCAGGTTCAGGGTTATTG  900

seq1  TAATCTATCTTATGGTTTCTTTACCAAGCTAAATGGCCATTCCTTGGCCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTATCTTATGGTTTCTTTACCAAGCTAAATGGCCATTCCTTGGCCA  950

seq1  CTTCTTTTCTGATGTAACATCCTGTGACTAACAGAATCTTTAGGACTGCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTTCTGATGTAACATCCTGTGACT-ACAGAATCTTTAGGACTGCA  999

seq1  TTTTAACACCCTAGCTTCCTCCAACCAGAA-GCCCATG-AGACATCAGAT  1048
      ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| | |||||||||
seq2  TTTTAACACCCTAGCTT-CTTCAACCAGAAGGCCCATGAAAACATCAGAT  1048

seq1  GCCACCTGAAGCC-TATAGCAGAGGT-GTCCTGAACCCCTTTACCTGATG  1096
      |||| |||||||| |||||||||||| || ||||  ||||| ||||||||
seq2  GCCA-CTGAAGCCTTATAGCAGAGGTGGTTCTGA--CCCTTAACCTGATG  1095

seq1  TTTTCACTAGTG-TGCTTGAAAAGTAC  1122
       ||||||||||| |||| |||||||||
seq2  -TTTCACTAGTGTTGCTGGAAAAGTAC  1121

seq1: chr15_75050390_75051482
seq2: B6Ng01-300M09.g_66_1156 (reverse)

seq1  TGAGGGCTTGTGGTGTC-AGGAGCTTAGTGTTTGGGAGCAT-AGCTAATG  48
      ||||||||||||||||| || |||| |||| |||||||||| ||||||||
seq2  TGAGGGCTTGTGGTGTCAAGAAGCTAAGTG-TTGGGAGCATAAGCTAATG  49

seq1  TTTCTGTCCCTTGTAGAATTTTCTAATGGGTCTCTAGAGTAAGCCTCGCT  98
      ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGT-CCTTGTAGAA-TTTCTAATGGGTCTCTAGAGTAAGCCTCGCT  97

seq1  CAACCAGAACACAGATTGCCTTTCACAGTTCAACAGATGGGTATCTTATG  148
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAACCAGAACACAGA-TGCCTTTCACAGTTCAACAGATGGGTATC-TATG  145

seq1  TGAC-AAATATTTTATTTACTGAGGCAGGGTCTCACAGTGAACCCCAAGC  197
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAAATATTTTATTTACTGAGGCAGGGTCTCACAGTGAACCCCAAGC  195

seq1  TTGCAGGTTGAGCTGGTCTAGCCAATAAGCTTACCTTGGGGATCTCCATC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGGTTGAGCTGGTCTAGCCAATAAGCTTACCTTGGGGATCTCCATC  245

seq1  TTAGTGTTCTAAGCACAGAGATAAAATTATACCACCATGTCTGCCCATCT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTTCTAAGCACAGAGATAAAATTATACCACCATGTCTGCCCATCT  295

seq1  TTTGATGCACTTTAGCGATGGGAACTGGGGTACTCATACTTGTTCACACA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATGCACTTTAGCGATGGGAACTGGGGTACTCATACTTGTTCACACA  345

seq1  AGCACTTTATCCACCAAGCCTCCTTACCAGCCCATAGTTTTGATTTTCAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTTATCCACCAAGCCTCCTTACCAGCCCATAGTTTTGATTTTCAT  395

seq1  TTTGTTTGTTATTTGAGATGGGGTCACACTTGAGCCCCAGGATAGCCTAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGTTATTTGAGATGGGGTCACACTTGAGCCCCAGGATAGCCTAG  445

seq1  AAGCCCTATATAACCCAGCTTGGAATTGAACTCATAACAATTCTCCTTCC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCTATATAACCCAGCTTGGAATTGAACTCATAACAATTCTCCTTCC  495

seq1  TCGGTCTTTCATGTTCTCAGATTACAAGTCTGAGCTACCATATCTGGTTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTCTTTCATGTTCTCAGATTACAAGTCTGAGCTACCATATCTGGTTT  545

seq1  CAACATGCCTTAGAGACAATTCTGGGTCATTCAGACTTGGTGGTATATGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATGCCTTAGAGACAATTCTGGGTCATTCAGACTTGGTGGTATATGG  595

seq1  CCCAGACATTGGGATGCTCTGTTGTCGCTGCATAAGAAGTAAGTCACGCC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGACATTGGGATGCTCTGTTGTCGCTGCATAAGAAGTAAGTCACGCC  645

seq1  CTGATATCTTCCAGACTCTCACACAATCAAAGTAAAGAGCAATCTCTGCC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATATCTTCCAGACTCTCACACAATCAAAGTAAAGAGCAATCTCTGCC  695

seq1  TTCCCATCTGCCCTACTAATCCTGAAACTACTGAGTTCCTGGGTAATGCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCATCTGCCCTACTAATCCTGAAACTACTGAGTTCCTGGGTAATGCT  745

seq1  GTCAACGTGAAGACTTTCTGTTGCAAGGAAGACCTCTGCAATGCAGCAGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAACGTGAAGACTTTCTGTTGCAAGGAAGACCTCTGCAATGCAGCAGT  795

seq1  TCTCACTGAAGGCAGCACCTGGACCATGGCAGGGGTAATTCTGTTCAGCC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTGAAGGCAGCACCTGGACCATGGCAGGGGTAATTCTGTTCAGCC  845

seq1  TGGGCTCAGTCCACCTACAGACCTTGCTGTGATGGTACATCCAACAAACC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTCAGTCCACCTACAGACCTTGCTGTGATGGTACATCCAACAAACC  895

seq1  CTACCCTTGTCCTTTTATCCTTATGTGTCAGGGTAGTGTGAGGGACATCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCTTGTCCTTTTATCCTTATGTGTCAGGGTAGTGTGAGGGACATCT  945

seq1  TGTTTCAACTTTATAGCCCCTGAAGTATAGGTGCCCCACTCCTTGCTAGG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCAACTTTATAGCCCCTGAAGTATAGGTGCCCCACTCCTTGCTAGG  995

seq1  TCTTTCAGATCTGTACTTCCTGGAATGTTATTTTGCTGTGTCTTGCTGCT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCAGATCTGTACTTCCTGGAATGTTATTTTGCTGTGTCTTGCTGCT  1045

seq1  CTTGACCCTGGAGGCATGTGGCTAGCACATGGAAGAGGCAGAATTC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACCCTGGAGGCATGTGGCTAGCACATGGAAGAGGCAGAATTC  1091