BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300M15
Chromosome15 (Build37)
Map Location 78,243,856 - 78,289,873
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMpst, Kctd17, Tmprss6
Upstream geneBC085284, LOC624454, EG666639, 9030421J09Rik, EG626615, 2210421G13Rik, 9130218O11Rik, LOC666661, A330102K04Rik, EG545115, LOC666348, LOC666679, 2310016F22Rik, Apol2, Myh9, Txn2, Foxred2, Eif3s7, Cacng2, Rabl4, Pvalb, Ncf4, Csf2rb2, Csf2rb1, 1700061J05Rik, Tst
Downstream geneIl2rb, C1qtnf6, Sstr3, EG626952, Rac2, Pscd4, Lrrc62, Mfng, Card10, LOC641104, LOC100041601, Cdc42ep1, Lgals2, Gga1, Sh3bp1, Pdxp, Lgals1, Nol12, Triobp, H1f0, Gcat, Galr3, LOC100042603, Ankrd54, Eif3s6ip, 1700088E04Rik, Polr2f, Sox10, LOC100041655, Pick1, Slc16a8, Baiap2l2, Pla2g6, Maff, 4732495E13Rik, Csnk1e, LOC675798
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300M15.bB6Ng01-300M15.g
ACCGA095274GA095275
length1,124471
definitionB6Ng01-300M15.b B6Ng01-300M15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,288,732 - 78,289,873)(78,243,856 - 78,244,332)
sequence
gaattccacgctgggtacgctgctctgtccttgtattggcctctttcctt
tagaatcataggtcttcttgtctggtccgttgtgggggtggaggtcccga
ggtgtccactgtggggacagggaaccccagcttagaaacactggggggat
ctcagagggtaatctgggtgagggctctgagcccaggtgggggctcaggt
agacgtgtgcttgcacgcctgtgccttagatgtgagtgtaagtcgcccct
ccccccatgggttagccatgtgaaaacctacctctgctgcctgtcactca
aatcaacctacctgcctaccctctttcctactgaagttagaaacaatctt
gccaatccatgcttaatcctttggccatgcaggacttaactaggtctgtt
gaagaggatggttctggcacactcaagaactctctctttacccttccctc
ctcgctcagcctgataccacacggttagaatcacgttgattttctcccag
acgctataatagcttgctactgaggcctgaatagccaggtgccaggcaga
ccactctgtggtacaaggttaggggtaccatgcacactgtagtctacgga
ctggtgactcctggggttatacacacaacatgctatctaagctactgtac
cctatgacacaagcctagtgctcagattcccactgtcccagctagagtgg
ccacctagagcagacgcaggagtgagcacctcgacccctctcaaggagga
agatggtttcaaatcctaggtgtgcctgttctgactccctttcctcctgc
cctcggtggatggaagcgctgacctcgaaagcacagttcaacagttaaag
ccaagattgtcaataattattctgagctgggccaggtatacctacctgcc
ttgacaagggtggtgtggaggtcaagaacacagaccctgtttccatcatc
tgtctgtcagctatctatctatctatctatctatcatctatctatctatc
tatcatcactactatctatctatctatctatctatcatctatctatctat
ctatctatggggaaatgcttggtgcaagtggtctctgtctaaggcccccc
cagccccatatagcacctccaatt
ctgaccaacgaaggcctggagaagagcccagaggagatcaaacgcctgtt
taaggagaagaaggtggacctgtctaagcccttggtagccacgtgtggct
ccggtgtcacagcctgccacgtggtcctgggggccttcctctgtggcaag
tcagacgtgcctgtctatgatggctcctgggtagagtggtacatgcgtgc
ccagccagagcatatcatctctgagggccgagggaagacccagtgaagcc
aggcaggacacagtgcagcttgggtgacatctgaccatcacagtaccagc
cactggtcactctgaccctgctttgccaagagtcctttctcagacaactg
agggagtgtttggggtgatatcccagagacctggagttccagtgactcat
agatactcagctgaggtagccaagaaggtggcaggcagtaagagggtacc
caggggagggagggagggagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_78288732_78289873
seq2: B6Ng01-300M15.b_44_1167 (reverse)

seq1  AATTGGAGCTGCTATGGGGGGCTGGGGGGGGCTTCTAGAACAAGAAGAAA  50
      |||||||| ||||||  ||||||||||||| ||  ||||   |||     
seq2  AATTGGAGGTGCTATATGGGGCTGGGGGGGCCT--TAGACAGAGA-----  43

seq1  AACACACTTGCACAAGGCATTTCCCCATAGATAGATAGATAGATAGATAG  100
          ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ---CCACTTGCACCAAGCATTTCCCCATAGATAGATAGATAGATAGAT-G  89

seq1  ATAGATAGATAGATAGATAGATAGGTAGGTAGATAGATAGATAGATAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||| ||||   ||| |||||||||||||||
seq2  ATAGATAGATAGATAGATAGATA-GTAG--TGAT-GATAGATAGATAGAT  135

seq1  AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACTGACAGACAGATGATGGA  200
      |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGAT-GATAGATAGATAGATAGATAGATAG-CTGACAGACAGATGATGGA  183

seq1  AACAGGGTCTGTGTTCTTGACCTCCACACCACCCCTTGTCAAGGCAGGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AACAGGGTCTGTGTTCTTGACCTCCACACCA-CCCTTGTCAAGGCAGGTA  232

seq1  GGTATACCTGGCCCAGCTCAGAATAATTATTGACAATCTTGGCTTTAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATACCTGGCCCAGCTCAGAATAATTATTGACAATCTTGGCTTTAACT  282

seq1  GTTGAACTGTGCTTTCGAGGTCAGCGCTTCCATCCACCGAGGGCAGGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAACTGTGCTTTCGAGGTCAGCGCTTCCATCCACCGAGGGCAGGAGG  332

seq1  AAAGGGAGTCAGAACAGGCACACCTAGGATTTGAAACCATCTTCCTCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGAGTCAGAACAGGCACACCTAGGATTTGAAACCATCTTCCTCCTT  382

seq1  GAGAGGGGTCGAGGTGCTCACTCCTGCGTCTGCTCTAGGTGGCCACTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGGGTCGAGGTGCTCACTCCTGCGTCTGCTCTAGGTGGCCACTCTA  432

seq1  GCTGGGACAGTGGGAATCTGAGCACTAGGCTTGTGTCATAGGGTACAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGACAGTGGGAATCTGAGCACTAGGCTTGTGTCATAGGGTACAGTA  482

seq1  GCTTAGATAGCATGTTGTGTGTATAACCCCAGGAGTCACCAGTCCGTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGATAGCATGTTGTGTGTATAACCCCAGGAGTCACCAGTCCGTAGA  532

seq1  CTACAGTGTGCATGGTACCCCTAACCTTGTACCACAGAGTGGTCTGCCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGTGTGCATGGTACCCCTAACCTTGTACCACAGAGTGGTCTGCCTG  582

seq1  GCACCTGGCTATTCAGGCCTCAGTAGCAAGCTATTATAGCGTCTGGGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTGGCTATTCAGGCCTCAGTAGCAAGCTATTATAGCGTCTGGGAGA  632

seq1  AAATCAACGTGATTCTAACCGTGTGGTATCAGGCTGAGCGAGGAGGGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAACGTGATTCTAACCGTGTGGTATCAGGCTGAGCGAGGAGGGAAG  682

seq1  GGTAAAGAGAGAGTTCTTGAGTGTGCCAGAACCATCCTCTTCAACAGACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAAGAGAGAGTTCTTGAGTGTGCCAGAACCATCCTCTTCAACAGACC  732

seq1  TAGTTAAGTCCTGCATGGCCAAAGGATTAAGCATGGATTGGCAAGATTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAAGTCCTGCATGGCCAAAGGATTAAGCATGGATTGGCAAGATTGT  782

seq1  TTCTAACTTCAGTAGGAAAGAGGGTAGGCAGGTAGGTTGATTTGAGTGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAACTTCAGTAGGAAAGAGGGTAGGCAGGTAGGTTGATTTGAGTGAC  832

seq1  AGGCAGCAGAGGTAGGTTTTCACATGGCTAACCCATGGGGGGAGGGGCGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGCAGAGGTAGGTTTTCACATGGCTAACCCATGGGGGGAGGGGCGA  882

seq1  CTTACACTCACATCTAAGGCACAGGCGTGCAAGCACACGTCTACCTGAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACACTCACATCTAAGGCACAGGCGTGCAAGCACACGTCTACCTGAGC  932

seq1  CCCCACCTGGGCTCAGAGCCCTCACCCAGATTACCCTCTGAGATCCCCCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCTGGGCTCAGAGCCCTCACCCAGATTACCCTCTGAGATCCCCCC  982

seq1  AGTGTTTCTAAGCTGGGGTTCCCTGTCCCCACAGTGGACACCTCGGGACC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTCTAAGCTGGGGTTCCCTGTCCCCACAGTGGACACCTCGGGACC  1032

seq1  TCCACCCCCACAACGGACCAGACAAGAAGACCTATGATTCTAAAGGAAAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCCCCACAACGGACCAGACAAGAAGACCTATGATTCTAAAGGAAAG  1082

seq1  AGGCCAATACAAGGACAGAGCAGCGTACCCAGCGTGGAATTC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAATACAAGGACAGAGCAGCGTACCCAGCGTGGAATTC  1124

seq1: chr15_78243856_78244332
seq2: B6Ng01-300M15.g_67_543

seq1  GAATTCCTGACCAACGAAGGCCTGGAGAAGAGCCCAGAGGAGATCAAACG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGACCAACGAAGGCCTGGAGAAGAGCCCAGAGGAGATCAAACG  50

seq1  CCTGTTTAAGGAGAAGAAGGTGGACCTGTCTAAGCCCTTGGTAGCCACGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTTAAGGAGAAGAAGGTGGACCTGTCTAAGCCCTTGGTAGCCACGT  100

seq1  GTGGCTCCGGTGTCACAGCCTGCCACGTGGTCCTGGGGGCCTTCCTCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTCCGGTGTCACAGCCTGCCACGTGGTCCTGGGGGCCTTCCTCTGT  150

seq1  GGCAAGTCAGACGTGCCTGTCTATGATGGCTCCTGGGTAGAGTGGTACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGTCAGACGTGCCTGTCTATGATGGCTCCTGGGTAGAGTGGTACAT  200

seq1  GCGTGCCCAGCCAGAGCATATCATCTCTGAGGGCCGAGGGAAGACCCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGCCCAGCCAGAGCATATCATCTCTGAGGGCCGAGGGAAGACCCAGT  250

seq1  GAAGCCAGGCAGGACACAGTGCAGCTTGGGTGACATCTGACCATCACAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCAGGCAGGACACAGTGCAGCTTGGGTGACATCTGACCATCACAGT  300

seq1  ACCAGCCACTGGTCACTCTGACCCTGCTTTGCCAAGAGTCCTTTCTCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCCACTGGTCACTCTGACCCTGCTTTGCCAAGAGTCCTTTCTCAGA  350

seq1  CAACTGAGGGAGTGTTTGGGGTGATATCCCAGAGACCTGGAGTTCCAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGAGGGAGTGTTTGGGGTGATATCCCAGAGACCTGGAGTTCCAGTG  400

seq1  ACTCATAGATACTCAGCTGAGGTAGCCAAGAAGGTGGCAGGCAGTAAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATAGATACTCAGCTGAGGTAGCCAAGAAGGTGGCAGGCAGTAAGAG  450

seq1  GGTACCCAGGGGAGGGAGGGAGGGAGG  477
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACCCAGGGGAGGGAGGGAGGGAGG  477