BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-303C08
Chromosome15 (Build37)
Map Location 73,637,643 - 73,736,018
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm628, LOC100041273, EG625276, LOC100040966
Upstream gene1810044A24Rik, Peg13, LOC100041120, Chrac1, Eif2c2, Ptk2, LOC666053, LOC100040929, Dennd3, Slc45a4, Gpr20, LOC100040946, pPtp4a3
Downstream geneEG666113, LOC100041307, LOC100040984, Bai1, 1700016M24Rik, Arc, Jrk, 4933427E11Rik, Psca, 4930572J05Rik, Slurp1, Lypd2, 2300005B03Rik, Lynx1, Ly6d, D730001G18Rik, Ly6k, Gml, Hemt1, Cyp11b1, Cyp11b2, 2010109I03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-303C08.bB6Ng01-303C08.g
ACCGA097018GA097019
length1,0991,004
definitionB6Ng01-303C08.b B6Ng01-303C08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,734,743 - 73,736,018)(73,637,643 - 73,638,644)
sequence
gaattctattttaaaacgttgaaagcactatttcagagcagaaatcaata
aaatacaccaaaaaagaaaaagaaaaaaggaaagggggtactaagcaaag
catctcccggctcctactaaatgctattttttgaaaacatcaatagcttc
agcttttaacttaattctcgagtatgcagtcggttcacttagagattttt
atggggaggcaatcctgctctctggtcccaactaaaatgagcaaatgaaa
ggccaccaggaccacacagctgcctcctgctcccctccaggattgggacc
ttggccacctgaagaccattattcacagaccctacccctctcaaatgggt
gcacaccggcttaaactccctaggaagacaggcatagcttaaggagatgg
gtgaccaagtccttctctgcaatctggagcattctgtggccacatgggga
caggggcagactgggaaggacagagtagagccaagggactctggctagct
ctcatcctgctcatccctggcccactggactacagaaggccaaagcgcat
acccctccaagcacatcccttgggccagtgactcccacattctatggaat
ttcccctttgtctttcccaagaagtggcagcttgacaactgtccctgcac
cccagggttgggctgacagctatgcagagaagggtcactggcacagatag
acatgtgacattgtgacagccttggaaaggggctataactttgccaggta
gatgcatgggtaagaagtgactggaagggctggttcatggcttcatgcca
accctggctaggcaacaacctgcctaggagacaaagctgcctcccactac
tctctgagccccagtctcactgtgccaaagtgtctccttggcagaaaggc
agttggaccagataatctcccaggcccctcttcttttctgggattcagtc
aggtgctgggagactggagatctgtgtgtgtgtgtgctgtaccagcatct
gtcagtcagccttgcctctctgtgcctcagctttcccctgagctgcttag
ctgacaggaggaggaagagtcagagtttgagccaggagctcctcctagc
gaattctatcctcattctacaaagccagtattatcctgatgtccaagttg
gttatctttcacactgttgtgacacagaatctgacaaagagaactcagtg
gaagcttagctcaggttcagtttgagaggggatagtcttcatgacagatc
ttgtgggtggattcttaacatcttgatgtgttagaaagcagagagaactt
gagatagtgtaagtcaagtctctaattttcaaggtctgctttccagtgcc
ccctttctttaacaaagccccaccaggttacaagtgttcaaacacatgaa
cctgtgaggggcacttgacacttaaaacaatacctatgtcatataaaagc
atgaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
acacagagagagagagagagagagacagagacagagacagagacagcgac
agagacagagaggcaagaggcagagagaaaaactttcagtaaaatactat
cagattgtctgtgtcacagtgctccatacccaaataccattggaagagaa
ctggtctcccaggagtgtggacaagcctgtgagcacaggtaagaccacca
cttctgctcaaattcctggcccaagagggaccagcccagagccattggga
cacaggaaccaaggaatagctggagacaggatctgtcctgtttccacctg
ctcctcagagctggccctgtgctgaagctctccatacccaaattgctccc
agagagaactggtctcccaggagtactgacacacaggcttgcaggaggga
caaaccacagtaagagacagcaagaccagctaacaccagagataaccaga
tggcgagaggcaagggcaagaaaataagcaacagaaaccaaaggctactt
ggcatcatcagaacccagtttcccccagcacagtgagccctggataccac
atcacaccagaaaagcaagactctgatttaaaatcacatctcatgatgat
gata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_73734743_73736018
seq2: B6Ng01-303C08.b_44_1142 (reverse)

seq1  GCTAGGAGGTCATCGGCATCATGGGAAGAATAGGGCAGAGATGACCTCAC  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  TGGAGACTCCAGAATCTTCCAGGACCATGTTTGTTGATGCTTGTTCCCGT  100
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  GAGATGTGATCATAGCTGACCTCAAGCGTTTGGCCTTGGACCTCTCTCAT  150
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  GTTGAGTGTGACAGGTATGCTTCAGCTAGGA-GAGCTCCTGGGCTC-AAC  198
                              ||||||| |||||||| ||||| |||
seq2  ------------------------GCTAGGAGGAGCTCCT-GGCTCAAAC  25

seq1  TCTGACTCTTCCTTCCTCCCTGTCCAGGCTAAGCAGCTCAGGGGAAAGCT  248
      |||||||||||| |||| ||||||   |||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTCTTCC-TCCT-CCTGTC--AGCTAAGCAGCTCAGGGGAAAGCT  71

seq1  GAGGCACAGAGAGGCAAGGCTGACTGACAGATGCTGGTACAGCACACACA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCACAGAGAGGCAAGGCTGACTGACAGATGCTGGTACAGCACACACA  121

seq1  CACACAGATCTCCAGTCTCCCAGCACCTGACTGAATCCCAGAAAAGAAGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGATCTCCAGTCTCCCAGCACCTGACTGAATCCCAGAAAAGAAGA  171

seq1  GGGGCCTGGGAGATTATCTGGTCCAACTGCCTTTCTGCCAAGGAGACACT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCCTGGGAGATTATCTGGTCCAACTGCCTTTCTGCCAAGGAGACACT  221

seq1  TTGGCACAGTGAGACTGGGGCTCAGAGAGTAGTGGGAGGCAGCTTTGTCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCACAGTGAGACTGGGGCTCAGAGAGTAGTGGGAGGCAGCTTTGTCT  271

seq1  CCTAGGCAGGTTGTTGCCTAGCCAGGGTTGGCATGAAGCCATGAACCAGC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGCAGGTTGTTGCCTAGCCAGGGTTGGCATGAAGCCATGAACCAGC  321

seq1  CCTTCCAGTCACTTCTTACCCATGCATCTACCTGGCAAAGTTATAGCCCC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCAGTCACTTCTTACCCATGCATCTACCTGGCAAAGTTATAGCCCC  371

seq1  TTTCCAAGGCTGTCACAATGTCACATGTCTATCTGTGCCAGTGACCCTTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAAGGCTGTCACAATGTCACATGTCTATCTGTGCCAGTGACCCTTC  421

seq1  TCTGCATAGCTGTCAGCCCAACCCTGGGGTGCAGGGACAGTTGTCAAGCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATAGCTGTCAGCCCAACCCTGGGGTGCAGGGACAGTTGTCAAGCT  471

seq1  GCCACTTCTTGGGAAAGACAAAGGGGAAATTCCATAGAATGTGGGAGTCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTTCTTGGGAAAGACAAAGGGGAAATTCCATAGAATGTGGGAGTCA  521

seq1  CTGGCCCAAGGGATGTGCTTGGAGGGGTATGCGCTTTGGCCTTCTGTAGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCCAAGGGATGTGCTTGGAGGGGTATGCGCTTTGGCCTTCTGTAGT  571

seq1  CCAGTGGGCCAGGGATGAGCAGGATGAGAGCTAGCCAGAGTCCCTTGGCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGGGCCAGGGATGAGCAGGATGAGAGCTAGCCAGAGTCCCTTGGCT  621

seq1  CTACTCTGTCCTTCCCAGTCTGCCCCTGTCCCCATGTGGCCACAGAATGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCTGTCCTTCCCAGTCTGCCCCTGTCCCCATGTGGCCACAGAATGC  671

seq1  TCCAGATTGCAGAGAAGGACTTGGTCACCCATCTCCTTAAGCTATGCCTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGATTGCAGAGAAGGACTTGGTCACCCATCTCCTTAAGCTATGCCTG  721

seq1  TCTTCCTAGGGAGTTTAAGCCGGTGTGCACCCATTTGAGAGGGGTAGGGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTAGGGAGTTTAAGCCGGTGTGCACCCATTTGAGAGGGGTAGGGT  771

seq1  CTGTGAATAATGGTCTTCAGGTGGCCAAGGTCCCAATCCTGGAGGGGAGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAATAATGGTCTTCAGGTGGCCAAGGTCCCAATCCTGGAGGGGAGC  821

seq1  AGGAGGCAGCTGTGTGGTCCTGGTGGCCTTTCATTTGCTCATTTTAGTTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGCAGCTGTGTGGTCCTGGTGGCCTTTCATTTGCTCATTTTAGTTG  871

seq1  GGACCAGAGAGCAGGATTGCCTCCCCATAAAAATCTCTAAGTGAACCGAC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCAGAGAGCAGGATTGCCTCCCCATAAAAATCTCTAAGTGAACCGAC  921

seq1  TGCATACTCGAGAATTAAGTTAAAAGCTGAAGCTATTGATGTTTTCAAAA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATACTCGAGAATTAAGTTAAAAGCTGAAGCTATTGATGTTTTCAAAA  971

seq1  AATAGCATTTAGTAGGAGCCGGGAGATGCTTTGCTTAGTACCCCCTTTCC  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCATTTAGTAGGAGCCGGGAGATGCTTTGCTTAGTACCCCCTTTCC  1021

seq1  TTTTTTCTTTTTCTTTTTTGGTGTATTTTATTGATTTCTGCTCTGAAATA  1248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCTTTTTCTTTTTTGGTGTATTTTATTGATTTCTGCTCTGAAATA  1071

seq1  GTGCTTTCAACGTTTTAAAATAGAATTC  1276
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTTCAACGTTTTAAAATAGAATTC  1099

seq1: chr15_73637643_73638644
seq2: B6Ng01-303C08.g_66_1069

seq1  GAATTCTATCCTCATTCTACAAAGCCAGTATTATCCTGATGTCCAAGTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATCCTCATTCTACAAAGCCAGTATTATCCTGATGTCCAAGTTG  50

seq1  GTTATCTTTCACACTGTTGTGACACAGAATCTGACAAAGAGAACTCAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCTTTCACACTGTTGTGACACAGAATCTGACAAAGAGAACTCAGTG  100

seq1  GAAGCTTAGCTCAGGTTCAGTTTGAGAGGGGATAGTCTTCATGACAGATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTTAGCTCAGGTTCAGTTTGAGAGGGGATAGTCTTCATGACAGATC  150

seq1  TTGTGGGTGGATTCTTAACATCTTGATGTGTTAGAAAGCAGAGAGAACTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGGTGGATTCTTAACATCTTGATGTGTTAGAAAGCAGAGAGAACTT  200

seq1  GAGATAGTGTAAGTCAAGTCTCTAATTTTCAAGGTCTGCTTTCCAGTGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGTGTAAGTCAAGTCTCTAATTTTCAAGGTCTGCTTTCCAGTGCC  250

seq1  CCCTTTCTTTAACAAAGCCCCACCAGGTTACAAGTGTTCAAACACATGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCTTTAACAAAGCCCCACCAGGTTACAAGTGTTCAAACACATGAA  300

seq1  CCTGTGAGGGGCACTTGACACTTAAAACAATACCTATGTCATATAAAAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGAGGGGCACTTGACACTTAAAACAATACCTATGTCATATAAAAGC  350

seq1  ATGAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  400

seq1  ACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGCGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGCGAC  450

seq1  AGAGACAGAGAGGCAAGAGGCAGAGAGAAAAACTTTCAGTAAAATACTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAGAGAGGCAAGAGGCAGAGAGAAAAACTTTCAGTAAAATACTAT  500

seq1  CAGATTGTCTGTGTCACAGTGCTCCATACCCAAATACCATTGGAAGAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTGTCTGTGTCACAGTGCTCCATACCCAAATACCATTGGAAGAGAA  550

seq1  CTGGTCTCCCAGGAGTGTGGACAAGCCTGTGAGCACAGGTAAGACCACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTCCCAGGAGTGTGGACAAGCCTGTGAGCACAGGTAAGACCACCA  600

seq1  CTTCTGCTCAAATTCCTGGCCCAAGAGGGACCAGCCCAGAGCCATTGGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGCTCAAATTCCTGGCCCAAGAGGGACCAGCCCAGAGCCATTGGGA  650

seq1  CACAGGAACCAAGGAATAGCTGGAGACAGGATCTGTCCTGTTTCCACCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGAACCAAGGAATAGCTGGAGACAGGATCTGTCCTGTTTCCACCTG  700

seq1  CTCCTCAGAGCTGGCCCTGTGCTGAAGCTCTCCATACCCAAATTGCTCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCAGAGCTGGCCCTGTGCTGAAGCTCTCCATACCCAAATTGCTCCC  750

seq1  AGAGAGAACTGGTCTCCCAGGAGTACTGACACACAGGCTTGCAGGAGGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAACTGGTCTCCCAGGAGTACTGACACACAGGCTTGCAGGAGGGA  800

seq1  CAAACCACAGTAAGAGACAGCAAGACCAGCTAACACCAGAGATAACCAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCACAGTAAGAGACAGCAAGACCAGCTAACACCAGAGATAACCAGA  850

seq1  TGGCGAGAGGCAAGGGCAAGAAAATAAGCAACAGAAACC-AAGGCTACTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGGCGAGAGGCAAGGGCAAGAAAATAAGCAACAGAAACCAAAGGCTACTT  900

seq1  GGCATCATCAGAACCCAG-TTCCCCCAGCACAGTGAGCCCTGGATACCAC  948
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATCATCAGAACCCAGTTTCCCCCAGCACAGTGAGCCCTGGATACCAC  950

seq1  ATCACACCAGAAAAGCAAGACTCTGATTTAAAATCACATCTCATGATGAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACACCAGAAAAGCAAGACTCTGATTTAAAATCACATCTCATGATGAT  1000

seq1  GATA  1002
      ||||
seq2  GATA  1004