BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-308K24
Chromosome15 (Build37)
Map Location 60,934,781 - 61,085,481
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040323
Upstream geneLOC100040266, LOC623048, LOC211832, LOC623094, EG632412, LOC100040311, D330050I23Rik, 9930014A18Rik, A1bg
Downstream geneMyc, Pvt1, LOC100040584, H2afy3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-308K24.bB6Ng01-308K24.g
ACCGA101123GA101124
length1,0591,090
definitionB6Ng01-308K24.b B6Ng01-308K24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,934,781 - 60,935,834)(61,084,390 - 61,085,481)
sequence
gaattcaattactgctctgtatagcagtcattcttggggcccctttgact
atctcgtgatcccattgagtatttttgacaattgtttgattgttcaaagg
ctggaaaatgccagctccttcactatttgttagggtgaatgatgtggtga
cttgaataagcttgtcccatgggaaacatcactattaagagatgtggcct
tattggaacaggtgcggccttgttggtggaagtgtgtcactgtgtaaggt
aggttttgaggtcctatgttcaggctctgcccagtgcaaaagagaccctt
ctcctagctgcctatgggatagtctcttctggctgcagttggataaagat
gcagaactgtcaccttcttctgcctggacactgccatgcttcctgccgtg
gtgataatggactaaaactaccgaaactataagcaagccccagttaaata
ttgcccattataaaagttgcctggatcatggtgtctactttacagcaatg
gaaacccaaggacaaatgtttatttggttttttgtattttctcacatcaa
atggaaagaagggggcatcagaatccctgtattctatttactccactcaa
cagttagagataaggtaacgtttgctttgccatcatctctttttgaaagc
tcagtttttaagggaccaggaaagaaaagtcataggccgtgcagtcaaag
ggtaatctgagaaggagcggccttttgctgaagactggaagaaggaatca
aatgtggccaggatgcttgtttgagattggagggaccagtcctgggaagg
tgcccaaagctccggaggaagattatgtttgtgagcatattaatctcttt
accagaaatcaacagagtgaaaaatgaccttcatccaatgatgttgctgt
attcttacaagattaagtccattttcaaaaaattattgaaactgcagcag
aattaggtttgattgaagctcactccagatgaaagagtcgatgggcaact
gtataaatggttcctattgcattggtctttgggtaattatggggggtgtg
ggggatttt

gaattcctctgttgatgaatttccccctcagtgtgctgtgatcatctggt
catttctagaaaacctaaaatgctgaatcattttcttaatattcaatgag
tgaatccttataacaaatgagtctgttttccaataattttagaaactcaa
atgaaaaccttttaaattattcactaaatatgattagattccatatatga
gaaagtgctaggattgcacttttctcttcttgagttactaatgtgttgaa
actggcttattctccttcctgaataagttttgaaggataaggtaaaagca
tttcatatacactcaaaggtaaaaatctctttgtagagtttctagggaca
tggtggaaaaaaaaagatgcacctcacttcccatgaatctacaaaaacta
tttagtatgctgcttgaacaactgagtcagactcctttaactaagacagg
catcacctctcaataatgtcattgagctatgaagctatcagtagtttagt
tgagtaggtcagagctctcgtagccaatcacctcttgatgattggatcca
ccaaagagcattgtgaaggccatttcatgtccaaagcccatcattatccc
atgaaaatgtcattgatctcttccaaagatgaggccactaaagctctgat
tatctaattagtgcttactagctgttctctcatcatgatcatactggaga
ccatgtatgatggtctagtcttggttgtcaacttaactgaatctggcatt
agctttaacccaaatagttgagtccacctgtgagagtttttttttttctc
aattaaataatttgaagtgggaagacatacttttaattagatattttctt
tatttacatttcaaatgttatcccccttttcctggtttcctcctgccaaa
aaccccctatctcctccttcatccccctgctctcaaaaccaccattgcca
cttcttggtcttggcattcccctacactgggacatagagcctttcaacag
aatcaaggtcctctctttcactggatgactaacagccatctctgttacat
atgtgcttgagcatgatcccttcaatgtgtactctttggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_60934781_60935834
seq2: B6Ng01-308K24.b_50_1108

seq1  GAATTCAATTACTGCTCTGTATAGCAGTCATTCTTGGGGCCCCTTTGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTACTGCTCTGTATAGCAGTCATTCTTGGGGCCCCTTTGACT  50

seq1  ATCTCGTGATCCCATTGAGTATTTTTGACAATTGTTTGATTGTTCAAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCGTGATCCCATTGAGTATTTTTGACAATTGTTTGATTGTTCAAAGG  100

seq1  CTGGAAAATGCCAGCTCCTTCACTATTTGTTAGGGTGAATGATGTGGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAAATGCCAGCTCCTTCACTATTTGTTAGGGTGAATGATGTGGTGA  150

seq1  CTTGAATAAGCTTGTCCCATGGGAAACATCACTATTAAGAGATGTGGCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAATAAGCTTGTCCCATGGGAAACATCACTATTAAGAGATGTGGCCT  200

seq1  TATTGGAACAGGTGCGGCCTTGTTGGTGGAAGTGTGTCACTGTGTAAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGAACAGGTGCGGCCTTGTTGGTGGAAGTGTGTCACTGTGTAAGGT  250

seq1  AGGTTTTGAGGTCCTATGTTCAGGCTCTGCCCAGTGCAAAAGAGACCCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTTGAGGTCCTATGTTCAGGCTCTGCCCAGTGCAAAAGAGACCCTT  300

seq1  CTCCTAGCTGCCTATGGGATAGTCTCTTCTGGCTGCAGTTGGATAAAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTAGCTGCCTATGGGATAGTCTCTTCTGGCTGCAGTTGGATAAAGAT  350

seq1  GCAGAACTGTCACCTTCTTCTGCCTGGACACTGCCATGCTTCCTGCCGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAACTGTCACCTTCTTCTGCCTGGACACTGCCATGCTTCCTGCCGTG  400

seq1  GTGATAATGGACTAAAACTACCGAAACTATAAGCAAGCCCCAGTTAAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAATGGACTAAAACTACCGAAACTATAAGCAAGCCCCAGTTAAATA  450

seq1  TTGCCCATTATAAAAGTTGCCTGGATCATGGTGTCTACTTTACAGCAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCATTATAAAAGTTGCCTGGATCATGGTGTCTACTTTACAGCAATG  500

seq1  GAAACCCAAGGACAAATGTTTATTTGGTTTTTTGTATTTTCTCACATCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCCAAGGACAAATGTTTATTTGGTTTTTTGTATTTTCTCACATCAA  550

seq1  ATGGAAAGAAGGGGGCATCAGAATCCCTGTATTCTATTTACTCCACTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAAGAAGGGGGCATCAGAATCCCTGTATTCTATTTACTCCACTCAA  600

seq1  CAGTTAGAGATAAGGTAACGTTTGCTTTGCCATCATCTCTTTTTGAAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAGAGATAAGGTAACGTTTGCTTTGCCATCATCTCTTTTTGAAAGC  650

seq1  TCAGTTTTTAAGGGACCAGGAAAGAAAAGTCATAGGCCGTGCAGTCAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTTTAAGGGACCAGGAAAGAAAAGTCATAGGCCGTGCAGTCAAAG  700

seq1  GGTAATCTGAGAAGGAGCGGCCTTTTGCTGAAGACTGGAAGAAGGAATCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATCTGAGAAGGAGCGGCCTTTTGCTGAAGACTGGAAGAAGGAATCA  750

seq1  AATGTGGCCAGGATGCTTGTTTGAGATTGGAGGGACCAGTCCTGGGAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGGCCAGGATGCTTGTTTGAGATTGGAGGGACCAGTCCTGGGAAGG  800

seq1  TGCCAAAAGCTCCGGAGGAAGATTATGTTTGTGAGCATATTAATCTCTTT  850
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAAAGCTCCGGAGGAAGATTATGTTTGTGAGCATATTAATCTCTTT  850

seq1  ACCAGAAATCAACAGAGTGAAAAATGACCTTCATCCAATGATGTTGCTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAAATCAACAGAGTGAAAAATGACCTTCATCCAATGATGTTGCTGT  900

seq1  A-TCTTACAAGAATTAAGTCCATTTTCAAAAAA-TATTGAAACTGCAGCA  948
      | ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATTCTTACAAG-ATTAAGTCCATTTTCAAAAAATTATTGAAACTGCAGCA  949

seq1  GAATTAGGTTTGATTGAAGCTCACTCCAGATGAAAGAGTCGATGGGCCAA  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GAATTAGGTTTGATTGAAGCTCACTCCAGATGAAAGAGTCGATGGG-CAA  998

seq1  CTGTATAAATGGTTCCCTATTGCATTGTTC-TTGGGTAA-TATGGG----  1042
      |||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||||    
seq2  CTGTATAAATGGTT-CCTATTGCATTGGTCTTTGGGTAATTATGGGGGGT  1047

seq1  GTGTGGGATTTT  1054
      ||| ||||||||
seq2  GTGGGGGATTTT  1059


seq1: chr15_61084390_61085481
seq2: B6Ng01-308K24.g_65_1154 (reverse)

seq1  ACCAAAGAGTACACA-TGGAGGGATCCATGGCTCCAGCACCATATGTAAC  49
      ||||||||||||||| || |||||| ||| |||| |||| ||||||||||
seq2  ACCAAAGAGTACACATTGAAGGGAT-CAT-GCTCAAGCA-CATATGTAAC  47

seq1  AGAGGATGGCCTTGTTAGTCAT-CAGTGGAAGGAGAGGCCCTTGGTTCTG  98
      ||| ||||||  |||||||||| |||| ||| |||||| ||||| |||||
seq2  AGA-GATGGC--TGTTAGTCATCCAGT-GAAAGAGAGGACCTTGATTCTG  93

seq1  T--GAAGGCTCTATGTCCCAGTGTAGGGGAATGCCAAGACCAAGAAGTGG  146
      |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAGGCTCTATGTCCCAGTGTAGGGGAATGCCAAGACCAAGAAGTGG  143

seq1  CAATGGGTGGTTTGGAGAGCAGGGGGATGAAGGAGGAGATAGGGGGTTTT  196
      |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAT-GGTGGTTTTGAGAGCAGGGGGATGAAGGAGGAGATAGGGGGTTTT  192

seq1  TGGCAGGAGGAAACCAGG-AAAGGGGGATAACATTTGAAATGTAAATAAA  245
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGGAGGAAACCAGGAAAAGGGGGATAACATTTGAAATGTAAATAAA  242

seq1  GAAAATATCTAATTAAAAGTATGTCTTCCCACTTCAAATTATTTAATTGA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATATCTAATTAAAAGTATGTCTTCCCACTTCAAATTATTTAATTGA  292

seq1  G-AAAAAAAAAACTCTCACAGGTGGACTCAACTATTTGGGTTAAAGCTAA  344
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAAAAAACTCTCACAGGTGGACTCAACTATTTGGGTTAAAGCTAA  342

seq1  TGCCAGATTCAGTTAAGTTGACAACCAAGACTAGACCATCATACATGGTC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGATTCAGTTAAGTTGACAACCAAGACTAGACCATCATACATGGTC  392

seq1  TCCAGTATGATCATGATGAGAGAACAGCTAGTAAGCACTAATTAGATAAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTATGATCATGATGAGAGAACAGCTAGTAAGCACTAATTAGATAAT  442

seq1  CAGAGCTTTAGTGGCCTCATCTTTGGAAGAGATCAATGACATTTTCATGG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTTTAGTGGCCTCATCTTTGGAAGAGATCAATGACATTTTCATGG  492

seq1  GATAATGATGGGCTTTGGACATGAAATGGCCTTCACAATGCTCTTTGGTG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATGATGGGCTTTGGACATGAAATGGCCTTCACAATGCTCTTTGGTG  542

seq1  GATCCAATCATCAAGAGGTGATTGGCTACGAGAGCTCTGACCTACTCAAC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCAATCATCAAGAGGTGATTGGCTACGAGAGCTCTGACCTACTCAAC  592

seq1  TAAACTACTGATAGCTTCATAGCTCAATGACATTATTGAGAGGTGATGCC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTACTGATAGCTTCATAGCTCAATGACATTATTGAGAGGTGATGCC  642

seq1  TGTCTTAGTTAAAGGAGTCTGACTCAGTTGTTCAAGCAGCATACTAAATA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTAGTTAAAGGAGTCTGACTCAGTTGTTCAAGCAGCATACTAAATA  692

seq1  GTTTTTGTAGATTCATGGGAAGTGAGGTGCATCTTTTTTTTTCCACCATG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTGTAGATTCATGGGAAGTGAGGTGCATCTTTTTTTTTCCACCATG  742

seq1  TCCCTAGAAACTCTACAAAGAGATTTTTACCTTTGAGTGTATATGAAATG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAGAAACTCTACAAAGAGATTTTTACCTTTGAGTGTATATGAAATG  792

seq1  CTTTTACCTTATCCTTCAAAACTTATTCAGGAAGGAGAATAAGCCAGTTT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTACCTTATCCTTCAAAACTTATTCAGGAAGGAGAATAAGCCAGTTT  842

seq1  CAACACATTAGTAACTCAAGAAGAGAAAAGTGCAATCCTAGCACTTTCTC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACATTAGTAACTCAAGAAGAGAAAAGTGCAATCCTAGCACTTTCTC  892

seq1  ATATATGGAATCTAATCATATTTAGTGAATAATTTAAAAGGTTTTCATTT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGGAATCTAATCATATTTAGTGAATAATTTAAAAGGTTTTCATTT  942

seq1  GAGTTTCTAAAATTATTGGAAAACAGACTCATTTGTTATAAGGATTCACT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTCTAAAATTATTGGAAAACAGACTCATTTGTTATAAGGATTCACT  992

seq1  CATTGAATATTAAGAAAATGATTCAGCATTTTAGGTTTTCTAGAAATGAC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAATATTAAGAAAATGATTCAGCATTTTAGGTTTTCTAGAAATGAC  1042

seq1  CAGATGATCACAGCACACTGAGGGGGAAATTCATCAACAGAGGAATTC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGATCACAGCACACTGAGGGGGAAATTCATCAACAGAGGAATTC  1090


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |