BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-312E15
Chromosome15 (Build37)
Map Location 37,196,589 - 37,339,333
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrhl2, Ncald
Upstream geneRnf19, LOC670773, EG268795, EG545101, Ankrd46, 4631426E05Rik, Pabpc1, LOC626746, Ywhaz, Zfp706, LOC670911, LOC667492, LOC100041288
Downstream geneLOC667498, 4930447A16Rik, LOC100041313, LOC667534, Rrm2b, LOC100041478, Edd1, Odf1, LOC382986, LOC667563, Klf10
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-312E15.bB6Ng01-312E15.g
ACCGA103794GA103795
length1,1581,133
definitionB6Ng01-312E15.b B6Ng01-312E15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,338,176 - 37,339,333)(37,196,589 - 37,197,715)
sequence
gaattcactaggaggccaagctgttctgaactcggagatgtacctgcctc
tgcctctctgcctctgcctcctgggtgctgctgattaaaggcttgagcca
ccaaggagcacaggttgttaaatgtttttacagccagtctcatcgtctcc
tcattgtacctgaggtctccccactggcagtttcagtcaccaatacctaa
ctaaaatggttgtagtttgaggaaaattctaacaacaaacaattcaatga
cctttattaaagtacaataatgcttttattttcttgtaagttatttttaa
tctcttgtgtccaagttataaattaaactttatcattgagatatgtgtat
aagaaaaacagcatagttatgtatggagttggcattcacacaggatctta
gaacacatcccatgcagacagcagggactaccaaaatgatgcagtctttg
gtgaggggaagaatattgttagatgaggtcctatctagatttttaaaatt
aataatgcatattttatggacattgatataaaaaataaaactttaaaaag
agcccaaggccaattgtttgctagcctaaaatcatatgctatagaacaag
gtctccaacgtcttagaactaactgtaagccctgagcttacacagagcaa
acgtgagcctcatctcatgctgtaggggacacaaaagaaagagcagtcta
tcaagcctgcagctcaacagcgctttttgtggcggttcagtttatgaggt
agccgagtcacctcatgcaggaaaagagggtacaggtgtgtgaccatcat
cggaagtacagaccattctcctggtgtgtgaccatcatcagaagtacaga
ccattctccaggggcctctctataagcagaggctctgtacaattattcaa
acgacttttacaagccacttgaattttctttctctatcatttataagtgt
gtgcctgtgtgaatttatgtgtaccacctgtgtccaggagccaagggggc
taaaagaggtcatcagattccctgggaactggagttacagaacagttgag
ctgccattgaatgccgggaactgaacctgtgtcctcctttaatagccaac
tcttttaactgctggagccattctgcgacctcttcgggcaagctgtggag
tcatacca
gaattcagagtctctggtagctgaggtttcacagttcacttcacccctgc
agccagtgactcagttctccgccttgcttcctgccctgtgtacagagaaa
acagagaaggtggcggaagtgacctgagctctgccctctgctgtccctaa
agagggatccagatattaagttttctcttgcttagagttccgtgtgcaag
gtcacccagatccttggatttagaagattacaaaggaattgacaagcttc
ttaattgacagaagcaagccaggcagtggtggcacacactttcaatccca
gcagttgggagacagaggcaggcagatctctgagtttaaggggttgaggc
cagcttggtctatggagtgagttctaggactatgcagagaaaccctgtct
caaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaatcaaacaatcaaacaacca
gaaaagaaaaaagaaaaaaggaagaacaaagacttgagtgaagcagagtt
agttagcctcgtcttttctggggcacagtgagcttgtcttcagaaggtgt
ttctcgctgtaagcgctgctctatgcactttcatttctacgttttctaca
gtgttctgaagagtgaaagcgggcattgcacagttaaaagggagagcata
aaaggctcttgcttaaaaaaaaaaaggtgaggagaaattatgatttcccc
ctatttgtcatgcttgctatgggagacactgggtaaattcctgaagtcac
tagtgaactgtgccaggaagagatgtggtcagcaggaaggagctggatac
taaggaagagtcaagaaaaatctctacagtgaatcaggccaccggggtgc
ctgctaagagttagacatgagccagtgttcatgcagtgtttctagcctgc
atcctcttcctcacaagccgacagggaaaaccatcttcatttccttttca
ctggcaagcctttcacggccacttcaaatatgggctttctaggattcgat
gggtttaccttcagagttaaatgaacatcaagccgacaaacaagccaggg
aacaatgcttcaattaatgtagaattttcatgttctaagtcttgcacatt
tatgctatggagactctaactgctagtgagtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_37338176_37339333
seq2: B6Ng01-312E15.b_46_1203 (reverse)

seq1  TGGTATGGACT-CACAGCTTG-CCGAAGAGGTTGGCGAGATGGCT-CAGC  47
      |||||| |||| ||||||||| |||||||||| |  || |||||| ||||
seq2  TGGTAT-GACTCCACAGCTTGCCCGAAGAGGTCGCAGA-ATGGCTCCAGC  48

seq1  AGTTAAAAGAGTTTGCTATTAAAAGAGGACACAGGTTCAGTTCCCGGCAC  97
      ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGTTAAAAGAGTTGGCTATTAAAGGAGGACACAGGTTCAGTTCCCGGCAT  98

seq1  TCAAATGGCAGCTCAAACTG-TCTGTAACTCCAGTT-CCAGGGAATCTGA  145
      || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TC-AATGGCAGCTC-AACTGTTCTGTAACTCCAGTTCCCAGGGAATCTGA  146

seq1  TGACCTCTTTTAGCCCCCTTGGCCTCCTGGACACAGGTGGTACACATAAA  195
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTCTTTTAGCCCCCTTGG-CTCCTGGACACAGGTGGTACACATAAA  195

seq1  TTCACACAGGCACACACTTATAAATGATAGAGAAAGAAAATTCAAGTGGC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACACAGGCACACACTTATAAATGATAGAGAAAGAAAATTCAAGTGGC  245

seq1  TTGTTAAAGTCGTTTGAATAATTGTACAGAGCCTCTGCTTATAGAGAGGC  295
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAAAGTCGTTTGAATAATTGTACAGAGCCTCTGCTTATAGAGAGGC  295

seq1  CCCTGGAGAATGGTCTGTACTTCTGATGATGGTCACACACCAGGAGAATG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGAGAATGGTCTGTACTTCTGATGATGGTCACACACCAGGAGAATG  345

seq1  GTCTGTACTTCCGATGATGGTCACACACCTGTACCCTCTTTTCCTGCATG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTACTTCCGATGATGGTCACACACCTGTACCCTCTTTTCCTGCATG  395

seq1  AGGTGACTCGGCTACCTCATAAACTGAACCGCCACAAAAAGCGCTGTTGA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGACTCGGCTACCTCATAAACTGAACCGCCACAAAAAGCGCTGTTGA  445

seq1  GCTGCAGGCTTGATAGACTGCTCTTTCTTTTGTGTCCCCTACAGCATGAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCAGGCTTGATAGACTGCTCTTTCTTTTGTGTCCCCTACAGCATGAG  495

seq1  ATGAGGCTCACGTTTGCTCTGTGTAAGCTCAGGGCTTACAGTTAGTTCTA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGCTCACGTTTGCTCTGTGTAAGCTCAGGGCTTACAGTTAGTTCTA  545

seq1  AGACGTTGGAGACCTTGTTCTATAGCATATGATTTTAGGCTAGCAAACAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGTTGGAGACCTTGTTCTATAGCATATGATTTTAGGCTAGCAAACAA  595

seq1  TTGGCCTTGGGCTCTTTTTAAAGTTTTATTTTTTATATCAATGTCCATAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCTTGGGCTCTTTTTAAAGTTTTATTTTTTATATCAATGTCCATAA  645

seq1  AATATGCATTATTAATTTTAAAAATCTAGATAGGACCTCATCTAACAATA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGCATTATTAATTTTAAAAATCTAGATAGGACCTCATCTAACAATA  695

seq1  TTCTTCCCCTCACCAAAGACTGCATCATTTTGGTAGTCCCTGCTGTCTGC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCCCTCACCAAAGACTGCATCATTTTGGTAGTCCCTGCTGTCTGC  745

seq1  ATGGGATGTGTTCTAAGATCCTGTGTGAATGCCAACTCCATACATAACTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGATGTGTTCTAAGATCCTGTGTGAATGCCAACTCCATACATAACTA  795

seq1  TGCTGTTTTTCTTATACACATATCTCAATGATAAAGTTTAATTTATAACT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTTTTCTTATACACATATCTCAATGATAAAGTTTAATTTATAACT  845

seq1  TGGACACAAGAGATTAAAAATAACTTACAAGAAAATAAAAGCATTATTGT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACACAAGAGATTAAAAATAACTTACAAGAAAATAAAAGCATTATTGT  895

seq1  ACTTTAATAAAGGTCATTGAATTGTTTGTTGTTAGAATTTTCCTCAAACT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTAATAAAGGTCATTGAATTGTTTGTTGTTAGAATTTTCCTCAAACT  945

seq1  ACAACCATTTTAGTTAGGTATTGGTGACTGAAACTGCCAGTGGGGAGACC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCATTTTAGTTAGGTATTGGTGACTGAAACTGCCAGTGGGGAGACC  995

seq1  TCAGGTACAATGAGGAGACGATGAGACTGGCTGTAAAAACATTTAACAAC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTACAATGAGGAGACGATGAGACTGGCTGTAAAAACATTTAACAAC  1045

seq1  CTGTGCTCCTTGGTGGCTCAAGCCTTTAATCAGCAGCACCCAGGAGGCAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTCCTTGGTGGCTCAAGCCTTTAATCAGCAGCACCCAGGAGGCAG  1095

seq1  AGGCAGAGAGGCAGAGGCAGGTACATCTCCGAGTTCAGAACAGCTTGGCC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAGAGGCAGAGGCAGGTACATCTCCGAGTTCAGAACAGCTTGGCC  1145

seq1  TCCTAGTGAATTC  1158
      |||||||||||||
seq2  TCCTAGTGAATTC  1158

seq1: chr15_37196589_37197715
seq2: B6Ng01-312E15.g_69_1201

seq1  GAATTCAGAGTCTCTGGTAGCTGAGGTTTCACAGTTCACTTCACCCCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGTCTCTGGTAGCTGAGGTTTCACAGTTCACTTCACCCCTGC  50

seq1  AGCCAGTGACTCAGTTCTCCGCCTTGCTTCCTGCCCTGTGTACAGAGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGTGACTCAGTTCTCCGCCTTGCTTCCTGCCCTGTGTACAGAGAAA  100

seq1  ACAGAGAAGGTGGCGGAAGTGACCTGAGCTCTGCCCTCTGCTGTCCCTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAAGGTGGCGGAAGTGACCTGAGCTCTGCCCTCTGCTGTCCCTAA  150

seq1  AGAGGGATCCAGATATTAAGTTTTCTCTTGCTTAGAGTTCCGTGTGCAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGATCCAGATATTAAGTTTTCTCTTGCTTAGAGTTCCGTGTGCAAG  200

seq1  GTCACCCAGATCCTTGGATTTAGAAGATTACAAAGGAATTGACAAGCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCCAGATCCTTGGATTTAGAAGATTACAAAGGAATTGACAAGCTTC  250

seq1  TTAATTGACAGAAGCAAGCCAGGCAGTGGTGGCACACACTTTCAATCCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTGACAGAAGCAAGCCAGGCAGTGGTGGCACACACTTTCAATCCCA  300

seq1  GCAGTTGGGAGACAGAGGCAGGCAGATCTCTGAGTTTAAGGGGTTGAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTGGGAGACAGAGGCAGGCAGATCTCTGAGTTTAAGGGGTTGAGGC  350

seq1  CAGCTTGGTCTATGGAGTGAGTTCTAGGACTATGCAGAGAAACCCTGTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTGGTCTATGGAGTGAGTTCTAGGACTATGCAGAGAAACCCTGTCT  400

seq1  CAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAATCAAACAATCAAACAACCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAATCAAACAATCAAACAACCA  450

seq1  GAAAAGAAAAAAGAAAAAAGGAAGAACAAAGACTTGAGTGAAGCAGAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGAAAAAAGAAAAAAGGAAGAACAAAGACTTGAGTGAAGCAGAGTT  500

seq1  AGTTAGCCTCGTCTTTTCTGGGGCACAGTGAGCTTGTCTTCAGAAGGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGCCTCGTCTTTTCTGGGGCACAGTGAGCTTGTCTTCAGAAGGTGT  550

seq1  TTCTCGCTGTAAGCGCTGCTCTATGCACTTTCATTTCTACGTTTTCTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCGCTGTAAGCGCTGCTCTATGCACTTTCATTTCTACGTTTTCTACA  600

seq1  GTGTTCTGAAGAGTGAAAGCGGGCATTGCACAGTTAAAAGGGAGAGCATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTGAAGAGTGAAAGCGGGCATTGCACAGTTAAAAGGGAGAGCATA  650

seq1  AAAGGCTCTTGCTTAAAAAAAAAAAGGTGAGGAGAAATTATGATTTCCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTCTTGCTTAAAAAAAAAAAGGTGAGGAGAAATTATGATTTCCCC  700

seq1  CTATTTGTCATGCTTGCTATGGGAGACACTGGGTAAATTCCTGAAGTCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTGTCATGCTTGCTATGGGAGACACTGGGTAAATTCCTGAAGTCAC  750

seq1  TAGTGAACTGTGCCAGGAAGAGATGTGGTCAGCAGGAAGGAGCTGGATAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAACTGTGCCAGGAAGAGATGTGGTCAGCAGGAAGGAGCTGGATAC  800

seq1  TAAGGAAGAGTCAAGAAAAATCTCTACAGTGAATCAGGCCACC-GGGTGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TAAGGAAGAGTCAAGAAAAATCTCTACAGTGAATCAGGCCACCGGGGTGC  850

seq1  CTGCTAAGAGTTAGACATGAGCCAGTGTTCATGCAGTG-TTCTAGCCTGC  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTGCTAAGAGTTAGACATGAGCCAGTGTTCATGCAGTGTTTCTAGCCTGC  900

seq1  ATCCTCTTCCTCACAAG-CGACAGGGAAAACCATCTTCATT--CCTTTCA  945
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | |||||
seq2  ATCCTCTTCCTCACAAGCCGACAGGGAAAACCATCTTCATTTCCTTTTCA  950

seq1  CTGGCAAGGCCTTTCACGGCCACTTCAAATATGG--CTTCTAGGATTCGA  993
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||
seq2  CTGGCAA-GCCTTTCACGGCCACTTCAAATATGGGCTTTCTAGGATTCGA  999

seq1  T-GGTTTACCTTCAGAGTTAAATG-ACATCAAAGCGACAAAC-AGCCAGG  1040
      | |||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||| |||||||
seq2  TGGGTTTACCTTCAGAGTTAAATGAACATCAAGCCGACAAACAAGCCAGG  1049

seq1  --ACAATGCTTCAATTTAAATGTTAGAATTTTCATG-TCTAAGTCTTGGC  1087
        ||||||||||||||  |||| ||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  GAACAATGCTTCAATT--AATG-TAGAATTTTCATGTTCTAAGTCTT-GC  1095

seq1  ACATTTATGCTAT-GAGACTCTTTACTGCTTTGTTGAGTGA  1127
      ||||||||||||| ||||||| | |||||  |  |||||||
seq2  ACATTTATGCTATGGAGACTC-TAACTGC--TAGTGAGTGA  1133