BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-320K19
Chromosome15 (Build37)
Map Location 87,489,156 - 87,687,889
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAW049604
Upstream geneLOC100042309
Downstream geneLOC100042329, LOC100042340, Zdhhc25, Brd1, Zbed4, Alg12, Creld2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-320K19.bB6Ng01-320K19.g
ACCGA109985GA109986
length9651,085
definitionB6Ng01-320K19.b B6Ng01-320K19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,489,156 - 87,490,120)(87,686,821 - 87,687,889)
sequence
gaattccacagcttttgaaccattgctcgatttgcttgttttcaacacac
tgacacgggtgttgggctacatgtgtgcattgatacatgtctacaaacag
tgatgctttctccagaaataaccatattgaggagacccatttggtgccat
ttactggagaacatagttttcaaaactggaacctactgagtcccaggccg
atcatagatctccagggcagggagcaaaggcctctgatccctcagccatg
ccaagggaaatctggcaagatggaagcctgagcttgtatctggacaccag
gcatcctctgcccctgggttacatgagcccactcagttgtagatacgctt
taggtgaacatggctaagatcctgcatgctctgtgtgtccagcagccatt
attcaaggctgggctgtctgtctttctgcaaacaagtccgacctctgtac
agcagggctgagtgtacttgctgtatttacccaaggccccagtgccctaa
gatgcacacagtgtgtgggatgtggcagatatggggatgcaggatcctat
ggttaccacaacaggccacaggagatcatggggaaggcagggaatgtaca
tggatcccctgtgtgatcatgggtgaaggggtagcctcatgaagacggcg
gcactgtacatagatgaataccccatgggtgaaggcatatctttgtaaag
aagatacatggctacctccctaacctgggggaatcacagaattttaaata
ttcatcttctgacttacgagcaaaaccaccaactcgattctgggaagttt
ggattaaaaaccatgtgtgtcctagatggcccctacatttggaggccctg
ctgctcctcaagccctgctgctcctcaagtgttgtgtggggtggacaggt
gtgtgtgtgtgttcccccaggtggcagagctgcctcgaggaagatggaga
tggtggttagaacct

gaattcagaagcaaactgagcagctactgtgaagtgtgaaaaattaccct
caactaatacaatcaaactatttgcttatgggattacagcacggaaatga
ggcctctggctggcagtttggctacagtcaccggtcaccttcccgggcag
ctgcggttctggcctgggagttgggagtctcctgacagctaggcggcagg
actccgtgttccacggggcaggcactggatcatttatgcagaattggcac
catcattaatcgcatcattgacagctcgtccctggggccccggcaggttg
accagcaggaggaaatatgtctatcttgtctattcattcgccctgtgcat
attgacttacctcccctaagcacacagaggccttcaggctgggtagggca
ggggccagcagccagtctctgagagacacaccagtctgctaagctaccta
agcaccacagctaactctggacctcaggatggatcgggcagggttgtttg
actttactgcccttgtcccagagtcaggcaatatatcccctctaactcag
tggttgctctccctcgccttccatagccacatggtagaattggctgagag
ggttaaccaaacatctaatgtctaggccttatacaagaccaaggttggct
agtgttaaatttcaaacttggcacaagtagctgagaaacctatttatcag
aacaaagtggatctggcctctaggttctcccaacatccctcagtcctaca
tgttacagggtgtggctggcataccctgcccaccctctaccctgaactct
ctggcccaggggctgggctgccctttcccccagagactcttccttattta
atacgaacatttttggttacctgtttccatttgtccctttgggcctcctg
ggttaggcctgctgcagcagctccttctgtctttcccttcttccctttcc
ggcccattctctcccacaatggcgcaagctcagtttggtcatgtccactc
tggaccctttccagatgcctctgggctatgtgctcacacatatttacatg
tacccttctccttctagcattactaggaacagtca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_87489156_87490120
seq2: B6Ng01-320K19.b_47_1011

seq1  GAATTCCACAGCTTTTGAACCATTGCTCGATTTGCTTGTTTTCAACACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAGCTTTTGAACCATTGCTCGATTTGCTTGTTTTCAACACAC  50

seq1  TGACACGGGTGTTGGGCTACATGTGTGCATTGATACATGTCTACAAACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACGGGTGTTGGGCTACATGTGTGCATTGATACATGTCTACAAACAG  100

seq1  TGATGCTTTCTCCAGAAATAACCATATTGAGGAGACCCATTTGGTGCCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCTTTCTCCAGAAATAACCATATTGAGGAGACCCATTTGGTGCCAT  150

seq1  TTACTGGAGAACATAGTTTTCAAAACTGGAACCTACTGAGTCCCAGGCCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGGAGAACATAGTTTTCAAAACTGGAACCTACTGAGTCCCAGGCCG  200

seq1  ATCATAGATCTCCAGGGCAGGGAGCAAAGGCCTCTGATCCCTCAGCCATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAGATCTCCAGGGCAGGGAGCAAAGGCCTCTGATCCCTCAGCCATG  250

seq1  CCAAGGGAAATCTGGCAAGATGGAAGCCTGAGCTTGTATCTGGACACCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGGAAATCTGGCAAGATGGAAGCCTGAGCTTGTATCTGGACACCAG  300

seq1  GCATCCTCTGCCCCTGGGTTACATGAGCCCACTCAGTTGTAGATACGCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCTCTGCCCCTGGGTTACATGAGCCCACTCAGTTGTAGATACGCTT  350

seq1  TAGGTGAACATGGCTAAGATCCTGCATGCTCTGTGTGTCCAGCAGCCATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGAACATGGCTAAGATCCTGCATGCTCTGTGTGTCCAGCAGCCATT  400

seq1  ATTCAAGGCTGGGCTGTCTGTCTTTCTGCAAACAAGTCCGACCTCTGTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAGGCTGGGCTGTCTGTCTTTCTGCAAACAAGTCCGACCTCTGTAC  450

seq1  AGCAGGGCTGAGTGTACTTGCTGTATTTACCCAAGGCCCCAGTGCCCTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGGCTGAGTGTACTTGCTGTATTTACCCAAGGCCCCAGTGCCCTAA  500

seq1  GATGCACACAGTGTGTGGGATGTGGCAGATATGGGGATGCAGGATCCTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCACACAGTGTGTGGGATGTGGCAGATATGGGGATGCAGGATCCTAT  550

seq1  GGTTACCACAACAGGCCACAGGAGATCATGGGGAAGGCAGGGAATGTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACCACAACAGGCCACAGGAGATCATGGGGAAGGCAGGGAATGTACA  600

seq1  TGGATCCCCTGTGTGATCATGGGTGAAGGGGTAGCCTCATGAAGACGGCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCCCCTGTGTGATCATGGGTGAAGGGGTAGCCTCATGAAGACGGCG  650

seq1  GCACTGTACATAGATGAATACCCCATGGGTGAAGGCATATCTTTGTAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGTACATAGATGAATACCCCATGGGTGAAGGCATATCTTTGTAAAG  700

seq1  AAGATACATGGCTACCTCCCTAACCTGGGGGAATCACAGAATTTTAAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATACATGGCTACCTCCCTAACCTGGGGGAATCACAGAATTTTAAATA  750

seq1  TTCATCTTCTGACTTACGAGCAAAACCACCAACTCGATTCTGGGAAGTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCTTCTGACTTACGAGCAAAACCACCAACTCGATTCTGGGAAGTTT  800

seq1  GGATTAAAAACCATGTGTGTCCTAGATGGCCCCTACATTTGGAGGCCCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAAAAACCATGTGTGTCCTAGATGGCCCCTACATTTGGAGGCCCTG  850

seq1  CTGCTCCTCAAGCCCTGCTGCTCCTCAAGTGTTGTGTGGGGTGGACAGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCCTCAAGCCCTGCTGCTCCTCAAGTGTTGTGTGGGGTGGACAGGT  900

seq1  GTGTGTGTGTGTTCCCCCAGGTGGCAGAGCTGCCTCGAGGAAGATGGAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTTCCCCCAGGTGGCAGAGCTGCCTCGAGGAAGATGGAGA  950

seq1  TGGTGGTTAGAACCT  965
      |||||||||||||||
seq2  TGGTGGTTAGAACCT  965


seq1: chr15_87686821_87687889
seq2: B6Ng01-320K19.g_68_1152 (reverse)

seq1  TGACTGTTCCTAGGTATGCTAGAA-GAGAA-GGTACATTGTAAATATGTG  48
      |||||||||||||  ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||
seq2  TGACTGTTCCTAGTAATGCTAGAAGGAGAAGGGTACA-TGTAAATATGTG  49

seq1  TGAGCACATAG-CCAGAGGCATCTGG-AAGGGTCCAGAGTGGACATGACC  96
      ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCACATAGCCCAGAGGCATCTGGAAAGGGTCCAGAGTGGACATGACC  99

seq1  AAACTGAGC-TGCGCCATGTTGGGAGAGAATGGG-CGGAA--GGGAGA--  140
      ||||||||| ||||||||  |||||||||||||| |||||  || |||  
seq2  AAACTGAGCTTGCGCCATTGTGGGAGAGAATGGGCCGGAAAGGGAAGAAG  149

seq1  GGGAAGACAGAAGGAGCTGCTGCAGCAGG-CTAA-CCAGGAGG-CCAAAG  187
      || |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||
seq2  GGAAAGACAGAAGGAGCTGCTGCAGCAGGCCTAACCCAGGAGGCCCAAAG  199

seq1  GGACAAATGG-AACAGGTAACC-AAAATG-TCGTATTAAATAAGGAAGAG  234
      |||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAATGGAAACAGGTAACCAAAAATGTTCGTATTAAATAAGGAAGAG  249

seq1  TCTCTGGGGG-AAGGGCAGCCCAGCCCCTGGGCCAGAGAGTTCAGGGTAG  283
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGGGGAAAGGGCAGCCCAGCCCCTGGGCCAGAGAGTTCAGGGTAG  299

seq1  AGGGTGGGCAGGGTATGCCAGCCACACCCTGTAACATGTAGGACTGAGGG  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGGGCAGGGTATGCCAGCCACACCCTGTAACATGTAGGACTGAGGG  349

seq1  ATGTTGGGAGAACCTAGAGGCCAGATCCACTTTGTTCTGATAAATAGGTT  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGGGAGAACCTAGAGGCCAGATCCACTTTGTTCTGATAAATAGGTT  399

seq1  TCTCAGCTACTTGTGCCAAGTTTGAAATTTAACACTAGCCAACCTTGGTC  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCTACTTGTGCCAAGTTTGAAATTTAACACTAGCCAACCTTGGTC  449

seq1  TTGTATAAGGCCTAGACATTAGATGTTTGGTTAACCCTCTCAGCCAATTC  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATAAGGCCTAGACATTAGATGTTTGGTTAACCCTCTCAGCCAATTC  499

seq1  TACCATGTGGCTATGGAAGGCGAGGGAGAGCAACCACTGAGTTAGAGGGG  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATGTGGCTATGGAAGGCGAGGGAGAGCAACCACTGAGTTAGAGGGG  549

seq1  ATATATTGCCTGACTCTGGGACAAGGGCAGTAAAGTCAAACAACCCTGCC  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTGCCTGACTCTGGGACAAGGGCAGTAAAGTCAAACAACCCTGCC  599

seq1  CGATCCATCCTGAGGTCCAGAGTTAGCTGTGGTGCTTAGGTAGCTTAGCA  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATCCATCCTGAGGTCCAGAGTTAGCTGTGGTGCTTAGGTAGCTTAGCA  649

seq1  GACTGGTGTGTCTCTCAGAGACTGGCTGCTGGCCCCTGCCCTACCCAGCC  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGTGTGTCTCTCAGAGACTGGCTGCTGGCCCCTGCCCTACCCAGCC  699

seq1  TGAAGGCCTCTGTGTGCTTAGGGGAGGTAAGTCAATATGCACAGGGCGAA  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGCCTCTGTGTGCTTAGGGGAGGTAAGTCAATATGCACAGGGCGAA  749

seq1  TGAATAGACAAGATAGACATATTTCCTCCTGCTGGTCAACCTGCCGGGGC  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAGACAAGATAGACATATTTCCTCCTGCTGGTCAACCTGCCGGGGC  799

seq1  CCCAGGGACGAGCTGTCAATGATGCGATTAATGATGGTGCCAATTCTGCA  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGGACGAGCTGTCAATGATGCGATTAATGATGGTGCCAATTCTGCA  849

seq1  TAAATGATCCAGTGCCTGCCCCGTGGAACACGGAGTCCTGCCGCCTAGCT  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGATCCAGTGCCTGCCCCGTGGAACACGGAGTCCTGCCGCCTAGCT  899

seq1  GTCAGGAGACTCCCAACTCCCAGGCCAGAACCGCAGCTGCCCGGGAAGGT  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGAGACTCCCAACTCCCAGGCCAGAACCGCAGCTGCCCGGGAAGGT  949

seq1  GACCGGTGACTGTAGCCAAACTGCCAGCCAGAGGCCTCATTTCCGTGCTG  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCGGTGACTGTAGCCAAACTGCCAGCCAGAGGCCTCATTTCCGTGCTG  999

seq1  TAATCCCATAAGCAAATAGTTTGATTGTATTAGTTGAGGGTAATTTTTCA  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCCATAAGCAAATAGTTTGATTGTATTAGTTGAGGGTAATTTTTCA  1049

seq1  CACTTCACAGTAGCTGCTCAGTTTGCTTCTGAATTC  1069
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCACAGTAGCTGCTCAGTTTGCTTCTGAATTC  1085


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |