BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-328O14
Chromosome15 (Build37)
Map Location 68,476,533 - 68,635,514
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG665945
Upstream geneZfat1, LOC100041000
Downstream geneEG633752, Khdrbs3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-328O14.bB6Ng01-328O14.g
ACCGA116040GA116041
length1,1811,081
definitionB6Ng01-328O14.b B6Ng01-328O14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,634,320 - 68,635,514)(68,476,533 - 68,477,618)
sequence
gaattcatccatgactttaggcaaattagatacattataactacttattt
tccaactcaacttgacataggaaactataacctttcagttgttcactgaa
attatctctatctctgtctcttgtttctacctctatctaatctatcgttc
atctatctatctatctatctatctatctatctacctacctatctatctac
ctatctacctacctacctatctatcatcatatatcatatatcatcatata
tcaatcaggtatttacctattcattctccaactttatatatcactttcta
tctttctctgtctctttccctcccttcttcatgaacatcactggtgagtg
ggtgcaacaaaatctgtgtctcttaaatataaaccatggcttaggataaa
gtatcagtgctaagggtgaataactagtctaaggatatacatcaacctga
tccctttcagtagtgctttggcttcaatacccaacctttatacatttagt
acctctgtagcgcatgtgaaatttagtcacttttccaattttaagttctg
gcttacaatccttactgagaaacacagtaaaggaagtgaaatgattattc
ctcctacaactgtcttaaaagcccataaatggaagcaatgactgtcttga
ggcagaccttctggaagggcctggaggaccttcatgtgagctgatccttg
cctaaagtcagaaacagccagcaagatcctgcacaggaatcactagtcac
ctatagctggtattctttagtagttattcatacaaccacaggggaaatat
gccagaaatcacagaagggagttcattttctgaagcacagaaaccttcca
ccacggccatgccagaaactgagtctctatgttcagctctgtgcctcaag
tgatcacattgaaaggttccagataaactctttcatgtatgagagtttaa
agtggggcattagtatcttgagcttccttggggtttgaataaatcaaaca
gcagcacacagagccagaaaggtgaaatcacacatagccacaattgtcat
ctgactgtagagaaggaataatattgtagctcgatgtctctctttccctc
agttctacacaataaacttgacaacactaactcttgcctcgtcacatggg
agagaggttgctattcccctaggcctgtcat

gaattctttgtaactgtagagaggatagtttctttagctactgtacgtat
agccatgcccattcctaactgtaaactacacccttttgttcagagcagga
aactgtggaggcctaccatctccaggaagagttgtagagaacagatagat
cggcacattgtaactgtaattggtctctcactaatctcttggctctctgg
atgttctatgatgcctcccattaatccaaatagctcatagacccgttatc
gggtaatatctccaatgagttgcccctccttgcaaaaacagcctcctaga
actacccagttagttgtctgtctgtctactcacctgggctttcctgctgt
gggagtcaattttaaattttaattatttgtccagctctggcacacaggca
cactctgtactttctgagtaactgtattgcagtggtttttgtggttttga
gaacataaacttggtgggctttctctttcatttgttttctgttactagga
ctgtcaaggccaagccaaaaagggggtgggaagtgagatgttttacaggt
aatgaagacatcactcatatttcacagggggaaaagtggctgcatgttag
aaactgaggggagaatttagagcatatgtttagaatctctaacaacctaa
tttgttccccaaagacagttctgtgagaaaggaggtcggtttggtcagag
gaaggcaattgaaaggagttagggctcttagcaccagggagattgttaag
gaagatgctcccagaggaggcaatgaacactagatttgcaaatatttcct
ccagctagttgtttgctgagagctgacagggccatgtttactggcatccc
ccacctctcagatgagtatgcccacccagagcgaggaaggggttaatcta
attgagactttattggcttgtggggaagctgaagggaaaaccacacagag
gaactcatgagccttcatgaaagtttatttgatttgtgaaagggaacaac
ttgtattctgggcttgctgtgttaatattaaagcacgatgggctcctaag
aacaggcatggagctgggtaagcataagcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_68634320_68635514
seq2: B6Ng01-328O14.b_48_1228 (reverse)

seq1  ATGACAGACTTAGAGGAATAGCAACCTCT-TCCCATGGTGAACGAAGCCT  49
      ||||||| | ||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||| || | 
seq2  ATGACAGGCCTAGGGGAATAGCAACCTCTCTCCCAT-GTG-ACG-AGGCA  47

seq1  AGAGTTAGTGTTGGTCAAGTTTATTGTGGTAGGACTGGAGGGAAGAAGGA  99
      |||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||  |||  
seq2  AGAGTTAGTGTT-GTCAAGTTTATTGT-GTAGAACT-GAGGGA--AAGAG  92

seq1  AGAACATCGAAGCTAC-ATATTATTCCCTTCTCTACAGTCAGATGACATT  148
      || |||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |
seq2  AG-ACATCG-AGCTACAATATTATT-CCTTCTCTACAGTCAGATGACAAT  139

seq1  TGTGGCTATGTGTGAATTTTCACCTTTCTGGCTCTTGTGTGCTGCTGTTT  198
      |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGTGGCTATGTGTGA--TTTCACCTTTCTGGCTC-TGTGTGCTGCTGTTT  186

seq1  GATTTATTCAAAACCCCAAGGAAGCTCAAAGATACTTAATGCCCCACTTT  248
      ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  GATTTATTC-AAACCCCAAGGAAGCTC-AAGATAC-TAATGCCCCACTTT  233

seq1  AAACTCTCATACATGAAAGAGTTTATCTGGAACC-TTCAATGTGATCACT  297
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAACTCTCATACATGAAAGAGTTTATCTGGAACCTTTCAATGTGATCACT  283

seq1  TGAGGCACAGAGCTGAACATAGAGACTCAGTTTCTGGCATGGCCGTGGTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCACAGAGCTGAACATAGAGACTCAGTTTCTGGCATGGCCGTGGTG  333

seq1  GAAGGTTTCTGTGCTTCAGAAAATGAACTCCCTTCTGTGATTTCTGGCAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTTTCTGTGCTTCAGAAAATGAACTCCCTTCTGTGATTTCTGGCAT  383

seq1  ATTTCCCCTGTGGTTGTATGAATAACTACTAAAGAATACCAGCTATAGGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCCCTGTGGTTGTATGAATAACTACTAAAGAATACCAGCTATAGGT  433

seq1  GACTAGTGATTCCTGTGCAGGATCTTGCTGGCTGTTTCTGACTTTAGGCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGTGATTCCTGTGCAGGATCTTGCTGGCTGTTTCTGACTTTAGGCA  483

seq1  AGGATCAGCTCACATGAAGGTCCTCCAGGCCCTTCCAGAAGGTCTGCCTC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCAGCTCACATGAAGGTCCTCCAGGCCCTTCCAGAAGGTCTGCCTC  533

seq1  AAGACAGTCATTGCTTCCATTTATGGGCTTTTAAGACAGTTGTAGGAGGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGTCATTGCTTCCATTTATGGGCTTTTAAGACAGTTGTAGGAGGA  583

seq1  ATAATCATTTCACTTCCTTTACTGTGTTTCTCAGTAAGGATTGTAAGCCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCATTTCACTTCCTTTACTGTGTTTCTCAGTAAGGATTGTAAGCCA  633

seq1  GAACTTAAAATTGGAAAAGTGACTAAATTTCACATGCGCTACAGAGGTAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTAAAATTGGAAAAGTGACTAAATTTCACATGCGCTACAGAGGTAC  683

seq1  TAAATGTATAAAGGTTGGGTATTGAAGCCAAAGCACTACTGAAAGGGATC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTATAAAGGTTGGGTATTGAAGCCAAAGCACTACTGAAAGGGATC  733

seq1  AGGTTGATGTATATCCTTAGACTAGTTATTCACCCTTAGCACTGATACTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGATGTATATCCTTAGACTAGTTATTCACCCTTAGCACTGATACTT  783

seq1  TATCCTAAGCCATGGTTTATATTTAAGAGACACAGATTTTGTTGCACCCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTAAGCCATGGTTTATATTTAAGAGACACAGATTTTGTTGCACCCA  833

seq1  CTCACCAGTGATGTTCATGAAGAAGGGAGGGAAAGAGACAGAGAAAGATA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCAGTGATGTTCATGAAGAAGGGAGGGAAAGAGACAGAGAAAGATA  883

seq1  GAAAGTGATATATAAAGTTGGAGAATGAATAGGTAAATACCTGATTGATA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTGATATATAAAGTTGGAGAATGAATAGGTAAATACCTGATTGATA  933

seq1  TATGATGATATATGATATATGATGATAGATAGGTAGGTAGGTAGATAGGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATGATATATGATATATGATGATAGATAGGTAGGTAGGTAGATAGGT  983

seq1  AGATAGATAGGTAGGTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATAGGTAGGTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGA  1033

seq1  ACGATAGATTAGATAGAGGTAGAAACAAGAGACAGAGATAGAGATAATTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATAGATTAGATAGAGGTAGAAACAAGAGACAGAGATAGAGATAATTT  1083

seq1  CAGTGAACAACTGAAAGGTTATAGTTTCCTATGTCAAGTTGAGTTGGAAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAACAACTGAAAGGTTATAGTTTCCTATGTCAAGTTGAGTTGGAAA  1133

seq1  ATAAGTAGTTATAATGTATCTAATTTGCCTAAAGTCATGGATGAATTC  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTAGTTATAATGTATCTAATTTGCCTAAAGTCATGGATGAATTC  1181


seq1: chr15_68476533_68477618
seq2: B6Ng01-328O14.g_69_1149

seq1  GAATTCTTTGTAACTGTAGAGAGGATAGTTTCTTTAGCTACTGTACGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTAACTGTAGAGAGGATAGTTTCTTTAGCTACTGTACGTAT  50

seq1  AGCCATGCCCATTCCTAACTGTAAACTACACCCTTTTGTTCAGAGCAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATGCCCATTCCTAACTGTAAACTACACCCTTTTGTTCAGAGCAGGA  100

seq1  AACTGTGGAGGCCTACCATCTCCAGGAAGAGTTGTAGAGAACAGATAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTGGAGGCCTACCATCTCCAGGAAGAGTTGTAGAGAACAGATAGAT  150

seq1  CGGCACATTGTAACTGTAATTGGTCTCTCACTAATCTCTTGGCTCTCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCACATTGTAACTGTAATTGGTCTCTCACTAATCTCTTGGCTCTCTGG  200

seq1  ATGTTCTATGATGCCTCCCATTAATCCAAATAGCTCATAGACCCGTTATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTATGATGCCTCCCATTAATCCAAATAGCTCATAGACCCGTTATC  250

seq1  GGGTAATATCTCCAATGAGTTGCCCCTCCTTGCAAAAACAGCCTCCTAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAATATCTCCAATGAGTTGCCCCTCCTTGCAAAAACAGCCTCCTAGA  300

seq1  ACTACCCAGTTAGTTGTCTGTCTGTCTACTCACCTGGGCTTTCCTGCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCCAGTTAGTTGTCTGTCTGTCTACTCACCTGGGCTTTCCTGCTGT  350

seq1  GGGAGTCAATTTTAAATTTTAATTATTTGTCCAGCTCTGGCACACAGGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTCAATTTTAAATTTTAATTATTTGTCCAGCTCTGGCACACAGGCA  400

seq1  CACTCTGTACTTTCTGAGTAACTGTATTGCAGTGGTTTTTGTGGTTTTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTGTACTTTCTGAGTAACTGTATTGCAGTGGTTTTTGTGGTTTTGA  450

seq1  GAACATAAACTTGGTGGGCTTTCTCTTTCATTTGTTTTCTGTTACTAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATAAACTTGGTGGGCTTTCTCTTTCATTTGTTTTCTGTTACTAGGA  500

seq1  CTGTCAAGGCCAAGCCAAAAAGGGGGTGGGAAGTGAGATGTTTTACAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAAGGCCAAGCCAAAAAGGGGGTGGGAAGTGAGATGTTTTACAGGT  550

seq1  AATGAAGACATCACTCATATTTCACAGGGGGAAAAGTGGCTGCATGTTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGACATCACTCATATTTCACAGGGGGAAAAGTGGCTGCATGTTAG  600

seq1  AAACTGAGGGGAGAATTTAGAGCATATGTTTAGAATCTCTAACAACCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGAGGGGAGAATTTAGAGCATATGTTTAGAATCTCTAACAACCTAA  650

seq1  TTTGTTCCCCAAAGACAGTTCTGTGAGAAAGGAGGTCGGTTTGGTCAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCCCCAAAGACAGTTCTGTGAGAAAGGAGGTCGGTTTGGTCAGAG  700

seq1  GAAGGCAATTGAAAGGAGTTAGGGCTCTTAGCACCAGGGAGATTGTTAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCAATTGAAAGGAGTTAGGGCTCTTAGCACCAGGGAGATTGTTAAG  750

seq1  GAAGATGCTCCCAGAGGAGGCAATGAACACTAGATTTGCAAATATTTCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGCTCCCAGAGGAGGCAATGAACACTAGATTTGCAAATATTTCCT  800

seq1  CCAGCTAGTTGTTTGCTGAGAGCTGACAGGGGCCATGTTTACTGGCATCC  850
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTAGTTGTTTGCTGAGAGCTGACA-GGGCCATGTTTACTGGCATCC  849

seq1  CCCACCTCTCAGATGAGTATGCCCACCCAGAGCGAGGAAGGGGTTAATCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCTCTCAGATGAGTATGCCCACCCAGAGCGAGGAAGGGGTTAATCT  899

seq1  AATTGAGACTTTATTGGCTTGTGGGGAAGCTGAAGGGAAAACCACACAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAGACTTTATTGGCTTGTGGGGAAGCTGAAGGGAAAACCACACAGA  949

seq1  GGAACTCATGAGCCTTCATGAAAGTTTAATTTGATTTTGTGAAAGGGGAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||
seq2  GGAACTCATGAGCCTTCATGAAAGTTT-ATTTGA-TTTGTGAAA-GGGAA  996

seq1  CAACTTGTA-TCTGGGCTTGCTGTGTTTAATATTAAAGCAACGATGGGCT  1049
      ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
seq2  CAACTTGTATTCTGGGCTTGCTGTG-TTAATATTAAAGC-ACGATGGGCT  1044

seq1  CCTAAG-ACAGGCATGGAGCTGGGTAAAGCATAAGCCA  1086
      |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCTAAGAACAGGCATGGAGCTGGGT-AAGCATAAGCCA  1081


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |