BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-333O23
Chromosome15 (Build37)
Map Location 47,513,505 - 47,650,062
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsmd3
Upstream geneLOC100039438, LOC665130, LOC100039485, LOC100039493
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-333O23.bB6Ng01-333O23.g
ACCGA119565GA119566
length1,1031,107
definitionB6Ng01-333O23.b B6Ng01-333O23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,648,960 - 47,650,062)(47,513,505 - 47,514,626)
sequence
gaattccttatttgtgaatgaaaattctgtcaacaagaaagagctgtgca
aaggaagagagatgtgtgtatcaaaaaatcgtttcttatacagcatgctc
agataccctgggtaggagagtgccagcttagagcctaatttctgggttca
ggttttagcttaataacttgtagtgattgttgttgtattcagacaaatta
ccattttagcccaccctgacattctcatcttcagaacagtgatgctaagt
gcttaaatcatgggatcacattacaatttaatttcaccacatgagataat
gcttggcatacagtcaaacacaaggagactcctttgtatacattgcattt
atatgaaacattctctaaccctacaccttctccctcaaaagaagaaaaag
gtggacaaatcaaacaacctagatttgcagttgaacttgatcttaaaatt
caggtggcttgaaaatgaaataattatttgcattatttatttatgaaatt
caacgttaagttgtataaataaacatcgaattctcaaatatttacacatc
cagttctcttaattgtgtcacacagcttactgaggggagggctgtgggat
taaacagagacgggtcttttcattcttcctatctacaccgctagctcttt
gctatgatatgattaagtaatggtcagtggatccctacaaatcaaattcc
tattttgcctctgtctgctctctttctcactttgccataattccctgcta
ttgccacattgagctatttcttattgcattttgctatcgttttatcacat
atcacttctcacatttttctctgttcctgtcatttgtttcaaattatgat
cattccttcttttatatcttttagattggaatgctcttagaacttgacct
gtaaatcatttagcacattatctgtcaaaaacactctgctcatttgttcc
aattaccttttgaataggagccgaggctctgaaatagttactcttgagaa
aatcatatactaaatattaaacgtgaaaatattcttatgcttattcataa
aagaatcattcataatatgctatactacctcccaataagcctaaagcaac
gat

gaattccaggacagccagggctacgcagacaaaccctgtctcaaaaaaaa
acataataataataataataataataataataataatttagtatggataa
caaaatgtctaaacttcatgttctaaataacagcacttctagataactaa
cattgaacttgttctgctttcttttataatttgtcttaaatacagagagt
ctttccattgattatattatattaaggtgatatattccattccgatttat
tattcctttaataatatgaaacttattgacttcatatccatttatgcact
caatacagactcatgaaaagagagacttttggcaatactgctaatttttt
gagagtgatgtatttgaaatggagcaccaaacattcaatgaataagtaat
aaataatttcttaatgactgagtttaacatcatttaaagaaaaacagcaa
attatgcatgtgcataccctcctgcatacaagtataaagatctagctagt
taaaaattctagcatgatgaaagagcttctggaggcccaactgtcctgtg
atgatatttggtggctgtgaccagagagagaatcagttttgtttgtttga
tagctactcataggtaatacgtggatagcatatgacccctcaaccattca
tatacagactttcctgattgggttcatatcttacaaacacacacacaatt
ttaggggagctgttattggtaaggagcccaggaggattggaagaacggaa
tgagaggatgaatatgaaaaagatacactctatacatatatgatatttta
aacagtaataaattaaaaatttaaaaagtgtatcttttttctcatttata
aaatgggtatgaaactgaaactgaattagaatactttaaaaacttagact
ggagagaggcacacatcactttaatgtattctgtattccttgtctagtga
ttttaacattagtatgactactgagtattttttaattctatagcatgtaa
attctatattagggatcatcctcatactataaaaaaaaaactacacttca
aaacagagcataaattcaactctggtctacactgacaattgcttaaagta
cagagat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_47648960_47650062
seq2: B6Ng01-333O23.b_46_1148 (reverse)

seq1  ATCGTTGCTTTAGGCTTATTGGGAGGTAGTATAGCATATTATGAATGA-T  49
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATCGTTGCTTTAGGCTTATTGGGAGGTAGTATAGCATATTATGAATGATT  50

seq1  CTTTTATGAAT-AGCAT-AGGATATTTTCACGTTTAATATTTTAGTATAT  97
      ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTTTTATGAATAAGCATAAGAATATTTTCACGTTTAATA-TTTAGTATAT  99

seq1  GATTTTTCTCCAAGAGTAACTATTTCAGAGCCTCGGCTCCTATTCAAAAG  147
      || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GA-TTTTCT-CAAGAGTAACTATTTCAGAGCCTCGGCTCCTATTCAAAAG  147

seq1  GTAATTGGAACAAATGAGCAGAGTGTTTTTGACAGATAATGTGCTAAATG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTGGAACAAATGAGCAGAGTGTTTTTGACAGATAATGTGCTAAATG  197

seq1  ATTTACAGGTCAAGTTCTAAGAGCATTCCAATCTAAAAGATATAAAAGAA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACAGGTCAAGTTCTAAGAGCATTCCAATCTAAAAGATATAAAAGAA  247

seq1  GGAATGATCATAATTTGAAACAAATGACAGGAACAGAGAAAAATGTGAGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGATCATAATTTGAAACAAATGACAGGAACAGAGAAAAATGTGAGA  297

seq1  AGTGATATGTGATAAAACGATAGCAAAATGCAATAAGAAATAGCTCAATG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATATGTGATAAAACGATAGCAAAATGCAATAAGAAATAGCTCAATG  347

seq1  TGGCAATAGCAGGGAATTATGGCAAAGTGAGAAAGAGAGCAGACAGAGGC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAATAGCAGGGAATTATGGCAAAGTGAGAAAGAGAGCAGACAGAGGC  397

seq1  AAAATAGGAATTTGATTTGTAGGGATCCACTGACCATTACTTAATCATAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGGAATTTGATTTGTAGGGATCCACTGACCATTACTTAATCATAT  447

seq1  CATAGCAAAGAGCTAGCGGTGTAGATAGGAAGAATGAAAAGACCCGTCTC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCAAAGAGCTAGCGGTGTAGATAGGAAGAATGAAAAGACCCGTCTC  497

seq1  TGTTTAATCCCACAGCCCTCCCCTCAGTAAGCTGTGTGACACAATTAAGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAATCCCACAGCCCTCCCCTCAGTAAGCTGTGTGACACAATTAAGA  547

seq1  GAACTGGATGTGTAAATATTTGAGAATTCGATGTTTATTTATACAACTTA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGGATGTGTAAATATTTGAGAATTCGATGTTTATTTATACAACTTA  597

seq1  ACGTTGAATTTCATAAATAAATAATGCAAATAATTATTTCATTTTCAAGC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTGAATTTCATAAATAAATAATGCAAATAATTATTTCATTTTCAAGC  647

seq1  CACCTGAATTTTAAGATCAAGTTCAACTGCAAATCTAGGTTGTTTGATTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGAATTTTAAGATCAAGTTCAACTGCAAATCTAGGTTGTTTGATTT  697

seq1  GTCCACCTTTTTCTTCTTTTGAGGGAGAAGGTGTAGGGTTAGAGAATGTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACCTTTTTCTTCTTTTGAGGGAGAAGGTGTAGGGTTAGAGAATGTT  747

seq1  TCATATAAATGCAATGTATACAAAGGAGTCTCCTTGTGTTTGACTGTATG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATAAATGCAATGTATACAAAGGAGTCTCCTTGTGTTTGACTGTATG  797

seq1  CCAAGCATTATCTCATGTGGTGAAATTAAATTGTAATGTGATCCCATGAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCATTATCTCATGTGGTGAAATTAAATTGTAATGTGATCCCATGAT  847

seq1  TTAAGCACTTAGCATCACTGTTCTGAAGATGAGAATGTCAGGGTGGGCTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCACTTAGCATCACTGTTCTGAAGATGAGAATGTCAGGGTGGGCTA  897

seq1  AAATGGTAATTTGTCTGAATACAACAACAATCACTACAAGTTATTAAGCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGTAATTTGTCTGAATACAACAACAATCACTACAAGTTATTAAGCT  947

seq1  AAAACCTGAACCCAGAAATTAGGCTCTAAGCTGGCACTCTCCTACCCAGG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCTGAACCCAGAAATTAGGCTCTAAGCTGGCACTCTCCTACCCAGG  997

seq1  GTATCTGAGCATGCTGTATAAGAAACGATTTTTTGATACACACATCTCTC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTGAGCATGCTGTATAAGAAACGATTTTTTGATACACACATCTCTC  1047

seq1  TTCCTTTGCACAGCTCTTTCTTGTTGACAGAATTTTCATTCACAAATAAG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTGCACAGCTCTTTCTTGTTGACAGAATTTTCATTCACAAATAAG  1097

seq1  GAATTC  1103
      ||||||
seq2  GAATTC  1103


seq1: chr15_47513505_47514626
seq2: B6Ng01-333O23.g_67_1173

seq1  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTACGCAGACAAACCCTGTCTCAAAAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTACGCAGACAAACCCTGTCTCAAAAAAAA  50

seq1  ACATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATTTAGTATGGATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATTTAGTATGGATAA  100

seq1  CAAAATGTCTAAACTTCATGTTCTAAATAACAGCACTTCTAGATAACTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATGTCTAAACTTCATGTTCTAAATAACAGCACTTCTAGATAACTAA  150

seq1  CATTGAACTTGTTCTGCTTTCTTTTATAATTTGTCTTAAATACAGAGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAACTTGTTCTGCTTTCTTTTATAATTTGTCTTAAATACAGAGAGT  200

seq1  CTTTCCATTGATTATATTATATTAAGGTGATATATTCCATTCCGATTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCATTGATTATATTATATTAAGGTGATATATTCCATTCCGATTTAT  250

seq1  TATTCCTTTAATAATATGAAACTTATTGACTTCATATCCATTTATGCACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCTTTAATAATATGAAACTTATTGACTTCATATCCATTTATGCACT  300

seq1  CAATACAGACTCATGAAAAGAGAGACTTTTGGCAATACTGCTAATTTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACAGACTCATGAAAAGAGAGACTTTTGGCAATACTGCTAATTTTTT  350

seq1  GAGAGTGATGTATTTGAAATGGAGCACCAAACATTCAATGAATAAGTAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTGATGTATTTGAAATGGAGCACCAAACATTCAATGAATAAGTAAT  400

seq1  AAATAATTTCTTAATGACTGAGTTTAACATCATTTAAAGAAAAACAGCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATTTCTTAATGACTGAGTTTAACATCATTTAAAGAAAAACAGCAA  450

seq1  ATTATGCATGTGCATACCCTCCTGCATACAAGTATAAAGATCTAGCTAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGCATGTGCATACCCTCCTGCATACAAGTATAAAGATCTAGCTAGT  500

seq1  TAAAAATTCTAGCATGATGAAAGAGCTTCTGGAGGCCCAACTGTCCTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATTCTAGCATGATGAAAGAGCTTCTGGAGGCCCAACTGTCCTGTG  550

seq1  ATGATATTTGGTGGCTGTGACCAGAGAGAGAATCAGTTTTGTTTGTTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATATTTGGTGGCTGTGACCAGAGAGAGAATCAGTTTTGTTTGTTTGA  600

seq1  TAGCTACTCATAGGTAATACGTGGATAGCATATGACCCCTCAACCATTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTACTCATAGGTAATACGTGGATAGCATATGACCCCTCAACCATTCA  650

seq1  TATACAGACTTTCCTGATTGGGTTCATATCTTACAAACACACACACAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAGACTTTCCTGATTGGGTTCATATCTTACAAACACACACACAATT  700

seq1  TTAGGGGAGCTGTTATTGGTAAGGAGCCCAGGAGGATTGGAAGAACGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGGAGCTGTTATTGGTAAGGAGCCCAGGAGGATTGGAAGAACGGAA  750

seq1  TGAGAGGATGAATATGAAAAAGATACACTCTATACATATATGATATTTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGATGAATATGAAAAAGATACACTCTATACATATATGATATTTTA  800

seq1  AACAGTAATAAATTAAAAATTTAAAAAGTGTATCTTTTTTCTCATTTATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTAATAAATTAAAAATTTAAAAAGTGTATCTTTTTTCTCATTTATA  850

seq1  AAATGGGTATGAAACTGAAACTGAATTAGAATACTTTAAAAACTTAGACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGGTATGAAACTGAAACTGAATTAGAATACTTTAAAAACTTAGACT  900

seq1  GGAGAGAGGCACACATCACTTTAATGTATTCTGTATTCCTTGTCTAGTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GGAGAGAGGCACACATCACTTTAATGTATTCTGTATTCCTTGTCTAGTG-  949

seq1  ATTTTAACATTAGTATGACTACTGAAGTAATTTTTTAATTCTATAGCATG  1000
      |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAACATTAGTATGACTACTG-AGT-ATTTTTTAATTCTATAGCATG  997

seq1  TAAATTCTATATTAGGGATCCATCCTCATAACTATTAAAAAAAAAACCTA  1050
      ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  ||||||||| |||
seq2  TAAATTCTATATTAGGGAT-CATCCTCAT-ACTAT--AAAAAAAAAACTA  1043

seq1  CCACCTCCAAAAACAGAGCAATAAATTC-ACTCTGGTTCTACACTGAACA  1099
       ||| ||  |||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||
seq2  -CACTTC--AAAACAGAGC-ATAAATTCAACTCTGG-TCTACACTG-ACA  1087

seq1  ATTTGCTTTAAAATTACAGAGAT  1122
      | ||||||  ||| |||||||||
seq2  A-TTGCTT--AAAGTACAGAGAT  1107


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |