BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-337F14
Chromosome15 (Build37)
Map Location 12,448,490 - 12,609,586
singlet/doubletdoublet
Overlap genePdzd2, LOC100040109
Upstream geneLOC100039772, Npr3, LOC381002, Sub1, LOC100040027, Zfr, LOC100040052, LOC100040066, Mtmr12, LOC100039846, Golph3
Downstream gene6030458C11Rik, Rnasen, Cdh6, LOC100039907, LOC666686, LOC239338
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-337F14.bB6Ng01-337F14.g
ACCGA122004GA122005
length1,005764
definitionB6Ng01-337F14.b B6Ng01-337F14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,608,590 - 12,609,586)(12,448,490 - 12,449,253)
sequence
gaattcaaaaggtaaaaagcaagtgagaatgggggagaatgtttgcatag
cacatccccttggacataaataaacctggattgtagcctatggatgagga
atatgcattgtatgtcagtcacatcccttccagaagttcactttctgccc
tgcaaggaagcataaaagcatacatagcacatggacgatggctacaggct
aggtggctgatgaatatgcaccaagaggagacagaaaaagaagctggttt
taaagactatctgggatttaggaagatagaaatttcccaggggtgtgctt
agtatattacaaatatcaattaaaatttccttacgataagcctgcttatt
tgccattaaaggcaagtggactctacatacatacatacatacatacatac
atacatacatacacacatacatacacatttgatcctagtattaacatgtg
gaaggagcaaatagggttgagggttgtcctatgatctctgtgagggttct
gtgatatgcacgtgagtgtacacacacacataagcacacacacacacttt
aaatcataaaattctttaaaaaatatttttatatttgctcagtgtcgggg
gggggagtatgtgctacaacacatatgcataggtcagaggacagtttgta
ggactcggccctccccttctcccatgtcaagttgcaggcagtgaactcag
gccatcaggtgccttttgcagctaaggcagtggttctcaaccttcctaat
gctatgaccctttaatacagttccttacattgtggtgccccccccccacc
ataacatttattttcattgctactgtataactgtaatttgctgctgtagg
agtcataatgtaaatattttttggagatagtgtttgccaaaaaaagacca
tgaccacagattggagaactgctgagcttagctatttttaccgggctccc
taaaaataatttaaaaagtacattaagactcttgtaaaagccatattagt
ttagt
gaattccatggcggcctctgctgacaccggagtccctctttacagagtga
ttctgggcagttaatgccccatgcatttctgaaggccgagtcatcccact
aacaatccctactctgtcagcgcctctccctgcacaccatcgtctatgta
tcatctttctttgactattcagatcatttagattctgccaagcccatgct
tagaaccctcacagggttttcagagctcatgagtgtgactattatgcaga
agtctccattaagaatgagcctggccctcttatggggctgcaaacccctt
cagctccttcagtccgttctctagctccttcattggggaccctgtgctca
gtccaatggatggctgtgagcatccacctctgtatttgtcaggcactggt
ggagcctctcaggagacagctatatcaggctcctgtcagcaagcacttgt
tggcatccacaatagtctgggtttggtgattgtaaatgggatagatctcc
aggtggggcagtctctgggtggtcatgccttcagtgtctgcgccacactt
tgtctatatgaactaaccagtaccatcagagctcgcagggactaaaccac
caactaaagagtacacatgttgagacccatggccccagctccatatgtag
cagaggatgaccttgttggtcatcaatgggaggagaggaccttggtcctg
tgaaggcttgatgccccagtgtgggggaatgccagggccaggaagtggga
gtgggtgggtttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_12608590_12609586
seq2: B6Ng01-337F14.b_51_1055 (reverse)

seq1  ACTAAACT-ATAT-GCTTTTACAAGAGTC-TAATTTACTTTTTAAATTTT  47
      |||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |
seq2  ACTAAACTAATATGGCTTTTACAAGAGTCTTAATGTACTTTTTAAATTAT  50

seq1  TTTTAGGG-GGCCGGT-AAAATAGCTTAGCTCAGCAGTTCT-CAATCTGT  94
      |||||||| | ||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  TTTTAGGGAGCCCGGTAAAAATAGCTAAGCTCAGCAGTTCTCCAATCTGT  100

seq1  GGTCAT-GTCTTTTTTTGGCAAACACTATCTCC-AAAAATATTTACATTA  142
      |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGTCATGGTCTTTTTTTGGCAAACACTATCTCCAAAAAATATTTACATTA  150

seq1  TGACTCCTAACAGCAGCAAAATTACAGTTATACAGTAGCAATGAAAAT-A  191
      |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGACTCCT-ACAGCAGC-AAATTACAGTTATACAGTAGCAATGAAAATAA  198

seq1  ATGTTATGGT-GGGGGGGGGCACCACAATGTAAGGAACTGTATTAAAGGG  240
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTATGGTGGGGGGGGGGCACCACAATGTAAGGAACTGTATTAAAGGG  248

seq1  TCATAGCATTAGGAAGGTTGAGAACCACTGCCTTAGCTGCAAAAGGCACC  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGCATTAGGAAGGTTGAGAACCACTGCCTTAGCTGCAAAAGGCACC  298

seq1  TGATGGCCTGAGTTCACTGCCTGCAACTTGACATGGGAGAAGGGGAGGGC  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGCCTGAGTTCACTGCCTGCAACTTGACATGGGAGAAGGGGAGGGC  348

seq1  CGAGTCCTACAAACTGTCCTCTGACCTATGCATATGTGTTGTAGCACATA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTCCTACAAACTGTCCTCTGACCTATGCATATGTGTTGTAGCACATA  398

seq1  CTCCCCCCCCCGACACTGAGCAAATATAAAAATATTTTTTAAAGAATTTT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCCCCCCGACACTGAGCAAATATAAAAATATTTTTTAAAGAATTTT  448

seq1  ATGATTTAAAGTGTGTGTGTGTGCTTATGTGTGTGTGTACACTCACGTGC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTAAAGTGTGTGTGTGTGCTTATGTGTGTGTGTACACTCACGTGC  498

seq1  ATATCACAGAACCCTCACAGAGATCATAGGACAACCCTCAACCCTATTTG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCACAGAACCCTCACAGAGATCATAGGACAACCCTCAACCCTATTTG  548

seq1  CTCCTTCCACATGTTAATACTAGGATCAAATGTGTATGTATGTGTGTATG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCCACATGTTAATACTAGGATCAAATGTGTATGTATGTGTGTATG  598

seq1  TATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTAGAGTCCACTTGCCTTT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTAGAGTCCACTTGCCTTT  648

seq1  AATGGCAAATAAGCAGGCTTATCGTAAGGAAATTTTAATTGATATTTGTA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCAAATAAGCAGGCTTATCGTAAGGAAATTTTAATTGATATTTGTA  698

seq1  ATATACTAAGCACACCCCTGGGAAATTTCTATCTTCCTAAATCCCAGATA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACTAAGCACACCCCTGGGAAATTTCTATCTTCCTAAATCCCAGATA  748

seq1  GTCTTTAAAACCAGCTTCTTTTTCTGTCTCCTCTTGGTGCATATTCATCA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTAAAACCAGCTTCTTTTTCTGTCTCCTCTTGGTGCATATTCATCA  798

seq1  GCCACCTAGCCTGTAGCCATCGTCCATGTGCTATGTATGCTTTTATGCTT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCTAGCCTGTAGCCATCGTCCATGTGCTATGTATGCTTTTATGCTT  848

seq1  CCTTGCAGGGCAGAAAGTGAACTTCTGGAAGGGATGTGACTGACATACAA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCAGGGCAGAAAGTGAACTTCTGGAAGGGATGTGACTGACATACAA  898

seq1  TGCATATTCCTCATCCATAGGCTACAATCCAGGTTTATTTATGTCCAAGG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATTCCTCATCCATAGGCTACAATCCAGGTTTATTTATGTCCAAGG  948

seq1  GGATGTGCTATGCAAACATTCTCCCCCATTCTCACTTGCTTTTTACCTTT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTGCTATGCAAACATTCTCCCCCATTCTCACTTGCTTTTTACCTTT  998

seq1  TGAATTC  997
      |||||||
seq2  TGAATTC  1005

seq1: chr15_12448490_12449253
seq2: B6Ng01-337F14.g_67_830

seq1  GAATTCCATGGCGGCCTCTGCTGACACCGGAGTCCCTCTTTACAGAGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGGCGGCCTCTGCTGACACCGGAGTCCCTCTTTACAGAGTGA  50

seq1  TTCTGGGCAGTTAATGCCCCATGCATTTCTGAAGGCCGAGTCATCCCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGCAGTTAATGCCCCATGCATTTCTGAAGGCCGAGTCATCCCACT  100

seq1  AACAATCCCTACTCTGTCAGCGCCTCTCCCTGCACACCATCGTCTATGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATCCCTACTCTGTCAGCGCCTCTCCCTGCACACCATCGTCTATGTA  150

seq1  TCATCTTTCTTTGACTATTCAGATCATTTAGATTCTGCCAAGCCCATGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTTTCTTTGACTATTCAGATCATTTAGATTCTGCCAAGCCCATGCT  200

seq1  TAGAACCCTCACAGGGTTTTCAGAGCTCATGAGTGTGACTATTATGCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACCCTCACAGGGTTTTCAGAGCTCATGAGTGTGACTATTATGCAGA  250

seq1  AGTCTCCATTAAGAATGAGCCTGGCCCTCTTATGGGGCTGCAAACCCCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCCATTAAGAATGAGCCTGGCCCTCTTATGGGGCTGCAAACCCCTT  300

seq1  CAGCTCCTTCAGTCCGTTCTCTAGCTCCTTCATTGGGGACCCTGTGCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCCTTCAGTCCGTTCTCTAGCTCCTTCATTGGGGACCCTGTGCTCA  350

seq1  GTCCAATGGATGGCTGTGAGCATCCACCTCTGTATTTGTCAGGCACTGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAATGGATGGCTGTGAGCATCCACCTCTGTATTTGTCAGGCACTGGT  400

seq1  GGAGCCTCTCAGGAGACAGCTATATCAGGCTCCTGTCAGCAAGCACTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCTCTCAGGAGACAGCTATATCAGGCTCCTGTCAGCAAGCACTTGT  450

seq1  TGGCATCCACAATAGTCTGGGTTTGGTGATTGTAAATGGGATAGATCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATCCACAATAGTCTGGGTTTGGTGATTGTAAATGGGATAGATCTCC  500

seq1  AGGTGGGGCAGTCTCTGGGTGGTCATGCCTTCAGTGTCTGCGCCACACTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGGGCAGTCTCTGGGTGGTCATGCCTTCAGTGTCTGCGCCACACTT  550

seq1  TGTCTATATGAACTAACCAGTACCATCAGAGCTCGCAGGGACTAAACCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTATATGAACTAACCAGTACCATCAGAGCTCGCAGGGACTAAACCAC  600

seq1  CAACTAAAGAGTACACATGTTGAGACCCATGGCCCCAGCCCCATATGTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CAACTAAAGAGTACACATGTTGAGACCCATGGCCCCAGCTCCATATGTAG  650

seq1  CAGAGGATGACCTTGTTGGTCATCAATGGGAGGAGAGGACCTTGGTCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGATGACCTTGTTGGTCATCAATGGGAGGAGAGGACCTTGGTCCTG  700

seq1  TGAAGGCTTGATGCCCCAGTGTGGGGGAATGCCAGGGCCAGGAAGTGGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGCTTGATGCCCCAGTGTGGGGGAATGCCAGGGCCAGGAAGTGGGA  750

seq1  GTGGGTGGGTTTGT  764
      ||||||||||||||
seq2  GTGGGTGGGTTTGT  764