BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-342A19
Chromosome15 (Build37)
Map Location 55,821,695 - 55,975,956
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTaf2, 2600005O03Rik, Depdc6, Col14a1, Mrpl13, Mtbp, Sntb1, LOC665348, LOC100039908
Downstream geneHba-ps3, Has2, EG594843, LOC435442, LOC100040067, LOC100039984
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-342A19.bB6Ng01-342A19.g
ACCGA125250GA125251
length1,2311,091
definitionB6Ng01-342A19.b B6Ng01-342A19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,974,709 - 55,975,956)(55,821,695 - 55,822,799)
sequence
gaattccagtcttatggctgccttaagatcaagatgtggaattctcacct
ccttctctagcaccatacctgtctgcacaccaccatgctttgcaccatga
taatgggctaaacttatcaactgtaagtcagccccaattaaatgttgtcc
tttataagagttgacttgttcatggtgtaccttaagacaagcattgtaca
tgagcaatcataaataccatctactcaggaagtaaacattcaatagatga
tcatcaaaatggggccgtcatataatgatgattctaacaccagaaaatat
tcccaattccacaaaaataattttttatcaagttgcattataattcttat
ttaagaattaagaaattctctcccaactcacaaatacataaatgtatagg
gcttaaagaccttttaatttcatggtaccttaacatattaaaacgcctta
gaatccctgggagctggcatttctttgaatacttcctgagataacgtact
cactcccttacagaatggtccacaatatgtctttagtaccacagggtcta
tgacattgttgtttttcttcagggacagaggaaagctcccttagtagatc
ctgcaagccctggcaggatttatgttttataaaatgatgatttggggagt
tctttttaaaagtcctaacaattgaagactcatacactttgaaatgatta
atgacttgtattggcaccaaaaatgtttgaagtagaacaaatattctaag
agatttcttttgtgattattcagcaattcaggtttgaagtttgtggttga
acgagagcaaacagaatttaaattttgtttaattgtcctagttgaaaatg
cacaaatatggatgggaactgaatatatcagttcactttttctctcttcc
aaaattccatgtaagcaacaataaagatttcttcagcataaatccacaat
tatttggagggatgagagaaaagaaataaagacaaaacagtcaaacatgg
aaagcagacattttctgccaaattcctgagaagaatcccagaatgagtct
aaggagaatttccgaaagcacatgatgcatttatttgccctggatttcta
agcccagtagtcttgtaatgtactgaaatctaagaagtaaaggtgctgtt
ccttacagaccctagaaagagccctgctaactgcatattcaagctttccg
gggactccaactcaggccttgcaaccaagga

gaattctcaggagatgtagacatcttactcttttaaagaatcggtattat
taaaatataattcacacagtaaaactcaccaatgttaaacagaacactta
ttgaattttaataattctgcataattatataatccctaaagtgttcacat
tgtgaggcagacttctctctcccaaagatcccttatatctctttaaagtc
ccccctacacacataccatctccttcctgacaactactgatctattttgt
gctatcatatgcttttccagaataacaatgcatgagagaagcacaaacat
ttctttcatgtaacaaaacaatcttgatattacgccatactgtcatttta
attcagtgggttttgtgcctttttattcctgagatgtattttacttagac
atttagatggtgataaagatttaactctgcccaacttgctgatatgggca
aacatgctttctgtgtacaagggtgaactaatattttcatatgtcttgta
taaagacccaggaaaattatatggttagtgcaggctgctagtgtacatgt
cacttcttcagaaactgcccctgtttccatttgtacaatggaaggagagt
tgggatggtttcaaatgtacacctgaaactgctggtaatactctttcaac
tatagttattctaatgtgtgggtattgaattgaatggtgttaggtttcat
ttattatttaacaagataacagaactactaaagcaaaacctgtgtgttac
ggggacaattgatgctggttagctggagctaaggaattagcagtgattaa
gaagagaccagcatcactaaggtgaaatcttctgggaagggcttcctgag
agcacatagaagctgtgttccagaggcagtcatggctgtaccttccttcc
tttggtgatgatcagcaatgtggaagtgtaagctgaataaatctttctcc
ccactagccgtcatatttgtgcagaatacaaaccctgactaagacacatt
ctttgctcatctcttacaagcactgtagctatcctagttcttgtgatttc
agcatgccaggtcctgaggatctctgctgcatttgagatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_55974709_55975956
seq2: B6Ng01-342A19.b_46_1276 (reverse)

seq1  TCCTTTGTTGCAAGACCTGGAGTTGGAAGTCTCCGAGAAAGACCTTGAAT  50
      ||||| |||||||| ||| ||||||| |||| ||| |||||  |||||||
seq2  TCCTTGGTTGCAAGGCCT-GAGTTGG-AGTCCCCG-GAAAG--CTTGAAT  45

seq1  AATTGCAGTATAGCAGGCCTCTCT-TAGGTTCTGTAAGAACCAGCCAACC  99
      |  |||||| ||||||| |||| | |||| |||||||| | |||    | 
seq2  A--TGCAGT-TAGCAGGGCTCTTTCTAGGGTCTGTAAGGAACAG----CA  88

seq1  CCTTTACT--CTAGATTTCAGTACCATTAC-AGACTACTGGGCTTTAAGA  146
      ||||||||   |||||||||||| |||||| ||||||||||||||  |||
seq2  CCTTTACTTCTTAGATTTCAGTA-CATTACAAGACTACTGGGCTT--AGA  135

seq1  AATCCAGGGCAAATTAAATTGCATCATGTGCTTTC-GAAATTCTCCTAAG  195
      ||||||||||||||  || |||||||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  AATCCAGGGCAAAT--AAATGCATCATGTGCTTTCGGAAATTCTCCTTAG  183

seq1  ACTCAATTTCTGGGATTC-TCTCAGGAATTTGGCAGAAAATTGTCTGCTT  244
      |||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACTCA--TTCTGGGATTCTTCTCAGGAATTTGGCAGAAAA-TGTCTGCTT  230

seq1  TCCATGTTTGACTGTTTTGTCTTTATTTTCTTTTCTCTCATCCCTCCAAA  294
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTTTGACTGTTTTGTCTTTA-TTTCTTTTCTCTCATCCCTCCAAA  279

seq1  TAATTGTGGATTTATGCCTGAAGAAATCTTTTATTGTTGCTTACATGGAA  344
      |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTGGATTTATG-CTGAAGAAATC-TTTATTGTTGCTTACATGGAA  327

seq1  TTTTGGAAGAGAGAAAAAGTGAACTGATATATTCAGTTCCCATCCATATT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAAGAGAGAAAAAGTGAACTGATATATTCAGTTCCCATCCATATT  377

seq1  TGTGCATTTTCAACTAGGACAATTAAACAAAATTTAAATTCTGTTTGCTC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATTTTCAACTAGGACAATTAAACAAAATTTAAATTCTGTTTGCTC  427

seq1  TCGTTCAACCACAAACTTCAAACCTGAATTGCTGAATAATCACAAAAGAA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTCAACCACAAACTTCAAACCTGAATTGCTGAATAATCACAAAAGAA  477

seq1  ATCTCTTAGAATATTTGTTCTACTTCAAACATTTTTGGTGCCAATACAAG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTAGAATATTTGTTCTACTTCAAACATTTTTGGTGCCAATACAAG  527

seq1  TCATTAATCATTTCAAAGTGTATGAGTCTTCAATTGTTAGGACTTTTAAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAATCATTTCAAAGTGTATGAGTCTTCAATTGTTAGGACTTTTAAA  577

seq1  AAGAACTCCCCAAATCATCATTTTATAAAACATAAATCCTGCCAGGGCTT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACTCCCCAAATCATCATTTTATAAAACATAAATCCTGCCAGGGCTT  627

seq1  GCAGGATCTACTAAGGGAGCTTTCCTCTGTCCCTGAAGAAAAACAACAAT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGATCTACTAAGGGAGCTTTCCTCTGTCCCTGAAGAAAAACAACAAT  677

seq1  GTCATAGACCCTGTGGTACTAAAGACATATTGTGGACCATTCTGTAAGGG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAGACCCTGTGGTACTAAAGACATATTGTGGACCATTCTGTAAGGG  727

seq1  AGTGAGTACGTTATCTCAGGAAGTATTCAAAGAAATGCCAGCTCCCAGGG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGTACGTTATCTCAGGAAGTATTCAAAGAAATGCCAGCTCCCAGGG  777

seq1  ATTCTAAGGCGTTTTAATATGTTAAGGTACCATGAAATTAAAAGGTCTTT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAAGGCGTTTTAATATGTTAAGGTACCATGAAATTAAAAGGTCTTT  827

seq1  AAGCCCTATACATTTATGTATTTGTGAGTTGGGAGAGAATTTCTTAATTC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCTATACATTTATGTATTTGTGAGTTGGGAGAGAATTTCTTAATTC  877

seq1  TTAAATAAGAATTATAATGCAACTTGATAAAAAATTATTTTTGTGGAATT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATAAGAATTATAATGCAACTTGATAAAAAATTATTTTTGTGGAATT  927

seq1  GGGAATATTTTCTGGTGTTAGAATCATCATTATATGACGGCCCCATTTTG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATATTTTCTGGTGTTAGAATCATCATTATATGACGGCCCCATTTTG  977

seq1  ATGATCATCTATTGAATGTTTACTTCCTGAGTAGATGGTATTTATGATTG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCATCTATTGAATGTTTACTTCCTGAGTAGATGGTATTTATGATTG  1027

seq1  CTCATGTACAATGCTTGTCTTAAGGTACACCATGAACAAGTCAACTCTTA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGTACAATGCTTGTCTTAAGGTACACCATGAACAAGTCAACTCTTA  1077

seq1  TAAAGGACAACATTTAATTGGGGCTGACTTACAGTTGATAAGTTTAGCCC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGACAACATTTAATTGGGGCTGACTTACAGTTGATAAGTTTAGCCC  1127

seq1  ATTATCATGGTGCAAAGCATGGTGGTGTGCAGACAGGTATGGTGCTAGAG  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCATGGTGCAAAGCATGGTGGTGTGCAGACAGGTATGGTGCTAGAG  1177

seq1  AAGGAGGTGAGAATTCCACATCTTGATCTTAAGGCAGCCATAAGACTGGA  1244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGTGAGAATTCCACATCTTGATCTTAAGGCAGCCATAAGACTGGA  1227

seq1  ATTC  1248
      ||||
seq2  ATTC  1231


seq1: chr15_55821695_55822799
seq2: B6Ng01-342A19.g_65_1155

seq1  GAATTCTCAGGAGATGTAGACATCTTACTCTTTTAAAGAATCGGTATTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGGAGATGTAGACATCTTACTCTTTTAAAGAATCGGTATTAT  50

seq1  TAAAATATAATTCACACAGTAAAACTCACCAATGTTAAACAGAACACTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATATAATTCACACAGTAAAACTCACCAATGTTAAACAGAACACTTA  100

seq1  TTGAATTTTAATAATTCTGCATAATTATATAATCCCTAAAGTGTTCACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATTTTAATAATTCTGCATAATTATATAATCCCTAAAGTGTTCACAT  150

seq1  TGTGAGGCAGACTTCTCTCTCCCAAAGATCCCTTATATCTCTTTAAAGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGGCAGACTTCTCTCTCCCAAAGATCCCTTATATCTCTTTAAAGTC  200

seq1  CCCCCTACACACATACCATCTCCTTCCTGACAACTACTGATCTATTTTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTACACACATACCATCTCCTTCCTGACAACTACTGATCTATTTTGT  250

seq1  GCTATCATATGCTTTTCCAGAATAACAATGCATGAGAGAAGCACAAACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCATATGCTTTTCCAGAATAACAATGCATGAGAGAAGCACAAACAT  300

seq1  TTCTTTCATGTAACAAAACAATCTTGATATTACGCCATACTGTCATTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCATGTAACAAAACAATCTTGATATTACGCCATACTGTCATTTTA  350

seq1  ATTCAGTGGGTTTTGTGCCTTTTTATTCCTGAGATGTATTTTACTTAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGTGGGTTTTGTGCCTTTTTATTCCTGAGATGTATTTTACTTAGAC  400

seq1  ATTTAGATGGTGATAAAGATTTAACTCTGCCCAACTTGCTGATATGGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGATGGTGATAAAGATTTAACTCTGCCCAACTTGCTGATATGGGCA  450

seq1  AACATGCTTTCTGTGTACAAGGGTGAACTAATATTTTCATATGTCTTGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGCTTTCTGTGTACAAGGGTGAACTAATATTTTCATATGTCTTGTA  500

seq1  TAAAGACCCAGGAAAATTATATGGTTAGTGCAGGCTGCTAGTGTACATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGACCCAGGAAAATTATATGGTTAGTGCAGGCTGCTAGTGTACATGT  550

seq1  CACTTCTTCAGAAACTGCCCCTGTTTCCATTTGTACAATGGAAGGAGAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCTTCAGAAACTGCCCCTGTTTCCATTTGTACAATGGAAGGAGAGT  600

seq1  TGGGATGGTTTCAAATGTACACCTGAAACTGCTGGTAATACTCTTTCAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATGGTTTCAAATGTACACCTGAAACTGCTGGTAATACTCTTTCAAC  650

seq1  TATAGTTATTCTAATGTGTGGGTATTGAATTGAATGGTGTTAGGTTTCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTTATTCTAATGTGTGGGTATTGAATTGAATGGTGTTAGGTTTCAT  700

seq1  TTATTATTTAACAAGATAACAGAACTACTAAAGCAAAACCTGTGTGTTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTTAACAAGATAACAGAACTACTAAAGCAAAACCTGTGTGTTAC  750

seq1  GGGGACAATTGATGCTGGTTAGCTGGAGCTAAGGAATTAGCAGTGATTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGACAATTGATGCTGGTTAGCTGGAGCTAAGGAATTAGCAGTGATTAA  800

seq1  GAAGAGACCAGCATCACTAAGGTGAAATCTTCTGGGAAGGGCTTCCTGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGACCAGCATCACTAAGGTGAAATCTTCTGGGAAGGGCTTCCTGAG  850

seq1  AGCACATAGAAGCTGTGTTCCAGAGGCAGTCATGGCTGTACCTTCCTTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACATAGAAGCTGTGTTCCAGAGGCAGTCATGGCTGTACCTTCCTTCC  900

seq1  TTTGGTGATGATCAGCAATGTGGAAGTGTAAGCTGAATAAATCTTTTCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| 
seq2  TTTGGTGATGATCAGCAATGTGGAAGTGTAAGCTGAATAAATC-TTTCT-  948

seq1  CCCCAACTAGCCGTCATATTTTGTGCAGGAATACAAACCCTGACTAAGAC  1000
       ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  -CCCCACTAGCCGTCATA-TTTGTGCA-GAATACAAACCCTGACTAAGAC  995

seq1  AACATCTTTTGCTCATCTTCCTTACAAGCACTGTAGGCTATCCTAGTTTC  1050
       ||||  |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  -ACATTCTTTGCTCATCT--CTTACAAGCACTGTA-GCTATCCTAG-TTC  1040

seq1  TTGGTGATTTCAGCATGCCAGGTCCCCTGAAGATCTCTGCTGGCATTTGA  1100
      || ||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||||
seq2  TT-GTGATTTCAGCATGCCAGGT--CCTGAGGATCTCTGCT-GCATTTGA  1086

seq1  GATGA  1105
      |||||
seq2  GATGA  1091


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |