BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-343O03
Chromosome15 (Build37)
Map Location 101,594,796 - 101,757,417
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKrt72, Krt73, Krt2, LOC100043001, Krt1, Krt77, Krt76, Krt4
Upstream geneSlc4a8, Scn8a, EG668225, Ankrd33, Acvrl1, Acvr1b, Grasp, Nr4a1, 9430023L20Rik, 6030408B16Rik, Krt80, Krt7, Krt85, Krt83, 1700011A15Rik, 5430421N21Rik, EG574415, Krt84, Krt82, 4732456N10Rik, Krt75, EG432985, EG432986, EG406223, EG432987, Krt6b, Krt6a, Krt5, Krt71, Krt74
Downstream geneKrt79, Krt78, Krt8, Krt18, LOC676882, Eif4b, Tenc1, Spryd3, Igfbp6, Soat2, Csad, Zfp740, Itgb7, Rarg, D15Mgi27, Espl1, Pfdn5, Myg1, Aaas, Sp7, Sp1, Amhr2, Prr13, Pcbp2, Map3k12, Tarbp2, Npff, Atf7, LOC100043600, Atp5g2, Calcoco1, LOC637762, LOC100043050, Hoxc13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-343O03.bB6Ng01-343O03.g
ACCGA126541GA126542
length1,1411,096
definitionB6Ng01-343O03.b B6Ng01-343O03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,756,281 - 101,757,417)(101,594,796 - 101,595,905)
sequence
gaattctgcatggggtggacacctgtataaacagtgtctaccttaaggtc
atgagctttgagattaaacctatagcactgttttcctaaacccagtattt
ctgagctgttgtatctcaggcgagtaacacaacctttctgagcctcaaca
tctctttgcttaaaatggctaagaagaataaaactgtcccaagaaaagtc
accattgtcatccagcataaggcaaactttctaagagagttgcttctacc
cagaatgcactgggcttccctctcctgctttttgcctgaagggatgggca
catgcttcatgtaaccatcagagaggccatcagtagtggttttgtcattg
ggatgaccccaattctctgaagatgctcacctctagtcctggagtctttt
tttgttcagtacttgacatgaccatcgaccatgtcatttctcctaagttg
ggaagaattgcagtctcaggtacaagactcagagacgcggcatgcatccc
cctaggcttcatctggcaaaatccctgtcagggccttagcacctatggag
aacagagataagatgtggagatctgtgcagagagaatcgaggaacagagg
tggctctcagaacaccccctcaggtggcccttgacatctagagctgttgt
taccttcctgacaagacatgcctactcccagactagggtagacacacaaa
gacctgattgccagtgtcccacagtccccttgaatcacagagattggcac
tgtgggtggaggggcaacacctctatgctctgcggtgcttacctgctcca
gctttggctgcctatgtgatgggtctaggttctagtaggtttacagtggc
cagctggacagtgacaggacagtggtggaggggagacctggaggactgtt
ggttgggctcttggactgtcttctggcctttgctgtagctccatccctag
ggcctgacctgtgctcacccttcaccctgagtctctgtgtatcaaggaag
cttttgggggaacatgggtgtgattcaagcagtgggatttatccatgtgc
tggtggttgcctctttctccacctctcggggcatttctcaacgatgaggg
aggagaaaactccagaagtgattggatttcctagtccctgg
gaattcctaggccctgttccttggcccccgggcaccattctgccaattcc
ctgatctctttcagaaactgctcagttttagtatagaagacaccagcctg
tgagaagtcagggggcctggtgggatgagatctttttgaagactctcaga
acaaagtatccggcagccatcccagcccagggtactgtccactgcccatg
agcacactgggaagctttgacaagctttgatcaggcaaaggggcgagggc
tagggttaggaaagggcaagccttggagagcgatcagagagacagagcaa
cctcagaggaccagcccaggaatatttttcacatcagccctgaagtgatg
agtcctccctctcagaggcactgcatcttactatccctcacagagcctgg
ctccaagacatgggggaagcaaccgaagtggtggctttgcctgtggtttt
ctaggccagattgcaaaggtggcaaagtctaactttgcttcctttctgat
gtggaaatgtcaataaactgtgtaaggtccttgacccggaacgaccattg
aatgtctctggactagaagcagagtctactccaagaactgaggcccaggc
tgaggtcctggagtaactggagagctctgtgaacagtaagccaagaggca
ctggggaggaggggctgttttggatggtgataaagaatgtccagaagact
ggatccatgagcaacagtactcaccataggagctggactcgactagcaag
ggctgaaggatggcatacagtaacagaagcaagcgagacagctacatcag
ggtcctttcagcaaaaccttgctggcatatgcaatgcctgccaaatacag
aagtggatgctcacggtcatctattggatggaacacagggccccaatgga
ggagctagagaaagtacctaagagccgaagggtctgcaaccctataggtg
aaacacatatgactaaccagtaccccagagcttgtgtctctagctgcata
tgtagcagagatagctagtgggtcatcattggtagagagcccttgatctt
gcaaactttatatgcccagtacaggaaacgtcaggtcaagaagtag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_101756281_101757417
seq2: B6Ng01-343O03.b_51_1191 (reverse)

seq1  CCAGGGACTAGGAAATCCAAT-ACATCT-GAGTTTCCTCCTCCCTCCATC  48
      ||||||||||||||||||||| || ||| |||||| ||||||||| ||||
seq2  CCAGGGACTAGGAAATCCAATCACTTCTGGAGTTTTCTCCTCCCT-CATC  49

seq1  ATTGAGAAAATGACCC-AGAGGT-GAGAAAGA-GCAACCACCAGCACATG  95
       ||||| ||||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||
seq2  GTTGAG-AAATGCCCCGAGAGGTGGAGAAAGAGGCAACCACCAGCACATG  98

seq1  GAT-AATCCCACCTGCCTGAATCACACCCATG-TCCCCCAAAAGCTTCCT  143
      ||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GATAAATCCCA-CTGCTTGAATCACACCCATGTTCCCCCAAAAGCTTCCT  147

seq1  TGATACACAGAGAACTCAGGGTG-AGGGTGAGCACAGGTCAGGCCCTAGG  192
      |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACACAGAG-ACTCAGGGTGAAGGGTGAGCACAGGTCAGGCCCTAGG  196

seq1  GATGGAGCTACAGCAAAGGCCAGAAGACAGTCCAAGAGCCCAACCAACAG  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAGCTACAGCAAAGGCCAGAAGACAGTCCAAGAGCCCAACCAACAG  246

seq1  TCCTCCAGGTCTCCCCTCCACCACTGTCCTGTCACTGTCCAGCTGGCCAC  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCAGGTCTCCCCTCCACCACTGTCCTGTCACTGTCCAGCTGGCCAC  296

seq1  TGTAAACCTACTAGAACCTAGACCCATCACATAGGCAGCCAAAGCTGGAG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAACCTACTAGAACCTAGACCCATCACATAGGCAGCCAAAGCTGGAG  346

seq1  CAGGTAAGCACCGCAGAGCATAGAGGTGTTGCCCCTCCACCCACAGTGCC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAAGCACCGCAGAGCATAGAGGTGTTGCCCCTCCACCCACAGTGCC  396

seq1  AATCTCTGTGATTCAAGGGGACTGTGGGACACTGGCAATCAGGTCTTTGT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCTGTGATTCAAGGGGACTGTGGGACACTGGCAATCAGGTCTTTGT  446

seq1  GTGTCTACCCTAGTCTGGGAGTAGGCATGTCTTGTCAGGAAGGTAACAAC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTACCCTAGTCTGGGAGTAGGCATGTCTTGTCAGGAAGGTAACAAC  496

seq1  AGCTCTAGATGTCAAGGGCCACCTGAGGGGGTGTTCTGAGAGCCACCTCT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTAGATGTCAAGGGCCACCTGAGGGGGTGTTCTGAGAGCCACCTCT  546

seq1  GTTCCTCGATTCTCTCTGCACAGATCTCCACATCTTATCTCTGTTCTCCA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTCGATTCTCTCTGCACAGATCTCCACATCTTATCTCTGTTCTCCA  596

seq1  TAGGTGCTAAGGCCCTGACAGGGATTTTGCCAGATGAAGCCTAGGGGGAT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGCTAAGGCCCTGACAGGGATTTTGCCAGATGAAGCCTAGGGGGAT  646

seq1  GCATGCCGCGTCTCTGAGTCTTGTACCTGAGACTGCAATTCTTCCCAACT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCCGCGTCTCTGAGTCTTGTACCTGAGACTGCAATTCTTCCCAACT  696

seq1  TAGGAGAAATGACATGGTCGATGGTCATGTCAAGTACTGAACAAAAAAAG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGAAATGACATGGTCGATGGTCATGTCAAGTACTGAACAAAAAAAG  746

seq1  ACTCCAGGACTAGAGGTGAGCATCTTCAGAGAATTGGGGTCATCCCAATG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAGGACTAGAGGTGAGCATCTTCAGAGAATTGGGGTCATCCCAATG  796

seq1  ACAAAACCACTACTGATGGCCTCTCTGATGGTTACATGAAGCATGTGCCC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACCACTACTGATGGCCTCTCTGATGGTTACATGAAGCATGTGCCC  846

seq1  ATCCCTTCAGGCAAAAAGCAGGAGAGGGAAGCCCAGTGCATTCTGGGTAG  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTTCAGGCAAAAAGCAGGAGAGGGAAGCCCAGTGCATTCTGGGTAG  896

seq1  AAGCAACTCTCTTAGAAAGTTTGCCTTATGCTGGATGACAATGGTGACTT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAACTCTCTTAGAAAGTTTGCCTTATGCTGGATGACAATGGTGACTT  946

seq1  TTCTTGGGACAGTTTTATTCTTCTTAGCCATTTTAAGCAAAGAGATGTTG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGGACAGTTTTATTCTTCTTAGCCATTTTAAGCAAAGAGATGTTG  996

seq1  AGGCTCAGAAAGGTTGTGTTACTCGCCTGAGATACAACAGCTCAGAAATA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCAGAAAGGTTGTGTTACTCGCCTGAGATACAACAGCTCAGAAATA  1046

seq1  CTGGGTTTAGGAAAACAGTGCTATAGGTTTAATCTCAAAGCTCATGACCT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTTTAGGAAAACAGTGCTATAGGTTTAATCTCAAAGCTCATGACCT  1096

seq1  TAAGGTAGACACTGTTTATACAGGTGTCCACCCCATGCAGAATTC  1137
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTAGACACTGTTTATACAGGTGTCCACCCCATGCAGAATTC  1141

seq1: chr15_101594796_101595905
seq2: B6Ng01-343O03.g_68_1163

seq1  GAATTCCTAGGCCCTGTTCCTTGGCCCCCGGGCACCATTCTGCCAATTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGGCCCTGTTCCTTGGCCCCCGGGCACCATTCTGCCAATTCC  50

seq1  CTGATCTCTTTCAGAAACTGCTCAGTTTTAGTATAGAAGACACCAGCCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCTCTTTCAGAAACTGCTCAGTTTTAGTATAGAAGACACCAGCCTG  100

seq1  TGAGAAGTCAGGGGGCCTGGTGGGATGAGATCTTTTTGAAGACTCTCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGTCAGGGGGCCTGGTGGGATGAGATCTTTTTGAAGACTCTCAGA  150

seq1  ACAAAGTATCCGGCAGCCATCCCAGCCCAGGGTACTGTCCACTGCCCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTATCCGGCAGCCATCCCAGCCCAGGGTACTGTCCACTGCCCATG  200

seq1  AGCACACTGGGAAGCTTTGACAAGCTTTGATCAGGCAAAGGGGCGAGGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACACTGGGAAGCTTTGACAAGCTTTGATCAGGCAAAGGGGCGAGGGC  250

seq1  TAGGGTTAGGAAAGGGCAAGCCTTGGAGAGCGATCAGAGAGACAGAGCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTTAGGAAAGGGCAAGCCTTGGAGAGCGATCAGAGAGACAGAGCAA  300

seq1  CCTCAGAGGACCAGCCCAGGAATATTTTTCACATCAGCCCTGAAGTGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGAGGACCAGCCCAGGAATATTTTTCACATCAGCCCTGAAGTGATG  350

seq1  AGTCCTCCCTCTCAGAGGCACTGCATCTTACTATCCCTCACAGAGCCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTCCCTCTCAGAGGCACTGCATCTTACTATCCCTCACAGAGCCTGG  400

seq1  CTCCAAGACATGGGGGAAGCAACCGAAGTGGTGGCTTTGCCTGTGGTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAGACATGGGGGAAGCAACCGAAGTGGTGGCTTTGCCTGTGGTTTT  450

seq1  CTAGGCCAGATTGCAAAGGTGGCAAAGTCTAACTTTGCTTCCTTTCTGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCCAGATTGCAAAGGTGGCAAAGTCTAACTTTGCTTCCTTTCTGAT  500

seq1  GTGGAAATGTCAATAAACTGTGTAAGGTCCTTGACCCGGAACGACCATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAATGTCAATAAACTGTGTAAGGTCCTTGACCCGGAACGACCATTG  550

seq1  AATGTCTCTGGACTAGAAGCAGAGTCTACTCCAAGAACTGAGGCCCAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTCTGGACTAGAAGCAGAGTCTACTCCAAGAACTGAGGCCCAGGC  600

seq1  TGAGGTCCTGGAGTAACTGGAGAGCTCTGTGAACAGTAAGCCAAGAGGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTCCTGGAGTAACTGGAGAGCTCTGTGAACAGTAAGCCAAGAGGCA  650

seq1  CTGGGGAGGAGGGGCTGTTTTGGATGGTGATAAAGAATGTCCAGAAGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGAGGAGGGGCTGTTTTGGATGGTGATAAAGAATGTCCAGAAGACT  700

seq1  GGATCCATGAGCAACAGTACTCACCATAGGAGCTGGACTCGACTAGCAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCATGAGCAACAGTACTCACCATAGGAGCTGGACTCGACTAGCAAG  750

seq1  GGCTGAAGGATGGCATACAGTAACAGAAGCAAGCGAGACAGCTACATCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGAAGGATGGCATACAGTAACAGAAGCAAGCGAGACAGCTACATCAG  800

seq1  GGTCCTTTCAGCAAAACCTTGCTGGCATATGCAATGCCTGCCAAATACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTTTCAGCAAAACCTTGCTGGCATATGCAATGCCTGCCAAATACAG  850

seq1  AAGTGGATGCTCACGGTCATCTATTGGATGGAACACAGGGCCCCCAATGG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAGTGGATGCTCACGGTCATCTATTGGATGGAACACAGGG-CCCCAATGG  899

seq1  AGGAGCTAGAGAAAGTACCTAAGAGCCGAAGGGGTCTGCAACCCTATAGG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTAGAGAAAGTACCTAAGAGCCGAA-GGGTCTGCAACCCTATAGG  948

seq1  TGAAACAACAATATGAACTAACCAGTACCCCCAGAGCTTGTGTCTCTAGC  1000
      |||||||   ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACA--CATATG-ACTAACCAGTA-CCCCAGAGCTTGTGTCTCTAGC  994

seq1  TGCATATGTAGCAGAAGATAGCCTAGTGGGCCATCATTGGGAAGAGAGGC  1050
      |||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||| || ||||||  
seq2  TGCATATGTAGCAG-AGATAG-CTAGTGGGTCATCATT-GGTAGAGAG--  1039

seq1  CCCTTGATCTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGAGAACGCCAGGGC  1100
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || || 
seq2  CCCTTGATCTTGCAAACTTTATATG-CCCAGTACAGGA-AACGTCA-GGT  1086

seq1  CAAGAAGTAG  1110
      ||||||||||
seq2  CAAGAAGTAG  1096