BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344C06
Chromosome15 (Build37)
Map Location 26,065,010 - 26,204,231
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene9230109A22Rik, 4930445E18Rik, Basp1, EG432939, LOC100040583, Myo10, LOC100040602, Ppia-ps15_175.1, 1810015C04Rik, Zfp622
Downstream geneAK162044, Fbxl7, LOC622531, LOC625311
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344C06.bB6Ng01-344C06.g
ACCGA126721GA126722
length1,1871,162
definitionB6Ng01-344C06.b B6Ng01-344C06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,065,010 - 26,066,205)(26,203,064 - 26,204,231)
sequence
gaattcctgcaattttatcacaacatgggatcctgctccatctcaggtgt
ctgcttctttatctgtgtgacttgagaactctcatgaaatcttgctagca
atctctcctcattatgctcacctctttgatactttcaaaacacagataat
atagatagccaatctttttcagagtcatttattgaaaatacctctttact
taaattttgatagtaaattatggcaacttctagaaccagaaacattgaca
ataaaatgaccaatgatggtgttatggtttaaatttgtgtagtgttcttc
aaagacttgtgtatgaatggcttggtccccaaggtattactataaagaaa
gctgttgctttctttcacaggcaggcctagtgtgatgtcctgagatcata
ggggtactttagacacatgatttcactattgtagcaactttcaaagataa
ttgttggaaccatgtgtactttgcagaacagtaaactaaaaacattttgt
agagatggctcagtaattaagagcagttttgttagtctatgagacctgag
ttctattcccagcactcatatagtagttcacaactacatgtaactccagt
ttcattggctctgattccctcttcttgtctctccaggctccaagtgtgcc
agtggtgtacagatatacatgcaggcaaaatgaccatatacataaaaaca
accaacattgaacaaaaatgtgttgagtagaaggtgttgagtagacactg
tctatgccactctgccagtaagaaacctgaaggtagcagagtcttgaaag
atactaatgcaccctgggctggggttagggtctttgctgccctgtagacc
tgggctggtcttggcttcaacaggatataagaatactgggcttccattta
aaaaagttcttgtgaggtccgagctaaattgtcgctggagctgtagagca
gctgcaatgtctagtgttggctgggcagtcaaggtggatgatctgccact
tctgcacagagtgaccagcgtgtcccccacccctctctctcatcttcttt
tctggcccatgagatgaacatttgccctactatgtgttacctgctattac
gtctgcactcctgaacagggtcaagcatgttcactgcattggacttccat
aaatggaaaggccaaaaataatcttgactctactagc

gaattctgaataccccagctattacataagccagatatcaaagacgtgat
ttaaggaattctgcaaaatgatgctgtgatccgtgcttctctcaaagctg
tgtccaacacgggaagatgagatctcaatccccctcgccctagacacaaa
ctcagatcattcccccttagactttcatctttgaattaaggcgagagaat
tagcggatagtggttaatagcaaccaaacaagtacacagcagcatcccag
aagggaggtttttcaactccaatatagagatcttggtggtgtactagtcc
tcacacatcatagacctcttgagtaggctactctttgtgccctgtgagat
attactgtatatggatctttccaggaaacctttccctttttaaggtaata
ctgtcgatgaccatgatacagatgaaaattgagttgaaattgaaagaaaa
ggttatgtgaaatattcttttatgtttggtggttttacaaattgaaagca
gccatgatgttgatagttattttagaaaatgaacacatggtagagctcta
ctcctgccttccacagacaagctgatacttagatacttgacagcacacca
ctgaccattatcctggccacacctctctttagccctcagtttgcccatga
ttaaatgggtagaacacgtctgttttcctttctcctgcaacaacgatatt
gagccctgagctagataataaaattacgtaatataatgctatgaagagta
ttctatgaacataaagtcagtaaactcttcatgcactttctgcaacaaaa
gaacaagatgcctagaaaataaaaaccagagagggatcttttggttccct
ccttagcctatacaaggtagcaaatttaaatcactcttcacaaaaagatt
aaaacaatcatctgttttgaagtgggaaggcatgccagttcaatatagca
ttactttatatttgtacataaaatatttcacaaagcagtccatatgcctt
aacatcttcaattctgttacatctatttttattagaatccaatacagctc
ctccttgttttccctttcactacatatcaaaatagacttttgtaataaaa
atatgatggagtcagttttatgtggcgggagttagcctgaacgaataaca
gtatgtatattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_26065010_26066205
seq2: B6Ng01-344C06.b_49_1235

seq1  GAATTCCTGCAATTTTATCACAACATGGGATCCTGCTCCATCTCAGGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCAATTTTATCACAACATGGGATCCTGCTCCATCTCAGGTGT  50

seq1  CTGCTTCTTTATCTGTGTGACTTGAGAACTCTCATGAAATCTTGCTAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCTTTATCTGTGTGACTTGAGAACTCTCATGAAATCTTGCTAGCA  100

seq1  ATCTCTCCTCATTATGCTCACCTCTTTGATACTTTCAAAACACAGATAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCCTCATTATGCTCACCTCTTTGATACTTTCAAAACACAGATAAT  150

seq1  ATAGATAGCCAATCTTTTTCAGAGTCATTTATTGAAAATACCTCTTTACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAGCCAATCTTTTTCAGAGTCATTTATTGAAAATACCTCTTTACT  200

seq1  TAAATTTTGATAGTAAATTATGGCAACTTCTAGAACCAGAAACATTGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTTGATAGTAAATTATGGCAACTTCTAGAACCAGAAACATTGACA  250

seq1  ATAAAATGACCAATGATGGTGTTATGGTTTAAATTTGTGTAGTGTTCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATGACCAATGATGGTGTTATGGTTTAAATTTGTGTAGTGTTCTTC  300

seq1  AAAGACTTGTGTATGAATGGCTTGGTCCCCAAGGTATTACTATAAAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACTTGTGTATGAATGGCTTGGTCCCCAAGGTATTACTATAAAGAAA  350

seq1  GCTGTTGCTTTCTTTCACAGGCAGGCCTAGTGTGATGTCCTGAGATCATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTGCTTTCTTTCACAGGCAGGCCTAGTGTGATGTCCTGAGATCATA  400

seq1  GGGGTACTTTAGACACATGATTTCACTATTGTAGCAACTTTCAAAGATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTACTTTAGACACATGATTTCACTATTGTAGCAACTTTCAAAGATAA  450

seq1  TTGTTGGAACCATGTGTACTTTGCAGAACAGTAAACTAAAAACATTTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGGAACCATGTGTACTTTGCAGAACAGTAAACTAAAAACATTTTGT  500

seq1  AGAGATGGCTCAGTAATTAAGAGCAGTTTTGTTAGTCTATGAGACCTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGGCTCAGTAATTAAGAGCAGTTTTGTTAGTCTATGAGACCTGAG  550

seq1  TTCTATTCCCAGCACTCATATAGTAGTTCACAACTACATGTAACTCCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTCCCAGCACTCATATAGTAGTTCACAACTACATGTAACTCCAGT  600

seq1  TTCATTGGCTCTGATTCCCTCTTCTTGTCTCTCCAGGCTCCAAGTGTGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTGGCTCTGATTCCCTCTTCTTGTCTCTCCAGGCTCCAAGTGTGCC  650

seq1  AGTGGTGTACAGATATACATGCAGGCAAAATGACCATATACATAAAAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTGTACAGATATACATGCAGGCAAAATGACCATATACATAAAAACA  700

seq1  ACCAACATTGAACAAAAATGTGTTGAGTAGAAGGTGTTGAGTAGACACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACATTGAACAAAAATGTGTTGAGTAGAAGGTGTTGAGTAGACACTG  750

seq1  TCTATGCCACTCTGCCAGTAAGAAACCTGAAGGTAGCAGAGTCTTGAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGCCACTCTGCCAGTAAGAAACCTGAAGGTAGCAGAGTCTTGAAAG  800

seq1  ATACTAATGCACCCTGGGCTGGGGTTAGGGTCTTTGCTGCCCTGTAGACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTAATGCACCCTGGGCTGGGGTTAGGGTCTTTGCTGCCCTGTAGACC  850

seq1  TGGGCTGGTCTTGGCTTCAACAGGATATAAGAATACTGGGCTTCCATTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGGGCTGGTCTTGGCTTCAACAGGATATAAGAATACTGGGCTTCCATTT-  899

seq1  AAAAAAGTTCTTGTGAGGTCCGAGCTAAATTGTCGCTGGAGCTGTAGAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGTTCTTGTGAGGTCCGAGCTAAATTGTCGCTGGAGCTGTAGAGC  949

seq1  AGCTGCAATGTCTAGTGTTGGCTGGGCAGTCAAGGTGGATGATCTGCCAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCAATGTCTAGTGTTGGCTGGGCAGTCAAGGTGGATGATCTGCCAC  999

seq1  TTCTGCACAGAGTGACCAGCGTGTCCCCCACCCCTCTCTCTCATC-TCTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTCTGCACAGAGTGACCAGCGTGTCCCCCACCCCTCTCTCTCATCTTCTT  1049

seq1  TTCTGGCCCATGAGATGAACATTTTGCCCTACTATGTGTTACCTGCTATT  1099
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGCCCATGAGATGAACA-TTTGCCCTACTATGTGTTACCTGCTATT  1098

seq1  ACCGTCTGGCACTCCTG-ACAGGGTTCAAGGCAATGTTTCACTGCATTTG  1148
      | ||||| ||||||||| |||||| |||||   ||| |||||||||||  
seq2  A-CGTCT-GCACTCCTGAACAGGG-TCAAG--CATG-TTCACTGCATT--  1140

seq1  GGACTTCCATAAAT-GAGAGGCAAAAATAAATCTTGACTTTCTACTAGC  1196
      |||||||||||||| || |||| ||||  |||||||||  |||||||||
seq2  GGACTTCCATAAATGGAAAGGCCAAAAATAATCTTGAC--TCTACTAGC  1187


seq1: chr15_26203064_26204231
seq2: B6Ng01-344C06.g_68_1229 (reverse)

seq1  AAATATACATACTG-TATCTGTTCAGCCTTACTCC--GCACATAAAACTG  47
      |||||||||||||| |||  |||||| || |||||   ||||||||||||
seq2  AAATATACATACTGTTATTCGTTCAGGCTAACTCCCGCCACATAAAACTG  50

seq1  AACTTCAATCCATATTTTATTAACAAAAGTCTA-TTTGATATGTAAGTGA  96
       ||| ||   ||||||||  | ||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  -ACTCCA--TCATATTTTTATTACAAAAGTCTATTTTGATATGT-AGTGA  96

seq1  AAGGGAAAACAAGGA-GAGCTGTATTGGAATTCTTAAATAAAAATAGATG  145
      ||||||||||||||| |||||||||||| |||||  ||||||||||||||
seq2  AAGGGAAAACAAGGAGGAGCTGTATTGG-ATTCT--AATAAAAATAGATG  143

seq1  TTAACAGAATTGAAGATGTTAAGGCATATGGACTTGCTTTGTGAAATATT  195
       |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
seq2  -TAACAGAATTGAAGATGTTAAGGCATATGGAC-TGCTTTGTGAAATA-T  190

seq1  TTTATGTACAAATATAAAGTAATGCTATATTGAACTGGCATGCCTTCCCA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTACAAATATAAAGTAATGCTATATTGAACTGGCATGCCTTCCCA  240

seq1  CCTTCAAAACAGATGATTGTTTTAATCTTTTTGTGAAGAGTGATTTAAAT  295
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CTTCAAAACAGATGATTGTTTTAATCTTTTTGTGAAGAGTGATTTAAAT  289

seq1  TTGCTACCTTGTATAGGCTAAGGAGGGAACCAAAAGATCCCTCTCTGGTT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTACCTTGTATAGGCTAAGGAGGGAACCAAAAGATCCCTCTCTGGTT  339

seq1  TTTATTTTCTAGGCATCTTGTTCTTTTGTTGCAGAAAGTGCATGAAGAGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTCTAGGCATCTTGTTCTTTTGTTGCAGAAAGTGCATGAAGAGT  389

seq1  TTACTGACTTTATGTTCATAGAATACTCTTCATAGCATTATATTACGTAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGACTTTATGTTCATAGAATACTCTTCATAGCATTATATTACGTAA  439

seq1  TTTTATTATCTAGCTCAGGGCTCAATATCGTTGTTGCAGGAGAAAGGAAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTATCTAGCTCAGGGCTCAATATCGTTGTTGCAGGAGAAAGGAAA  489

seq1  ACAGACGTGTTCTACCCATTTAATCATGGGCAAACTGAGGGCTAAAGAGA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACGTGTTCTACCCATTTAATCATGGGCAAACTGAGGGCTAAAGAGA  539

seq1  GGTGTGGCCAGGATAATGGTCAGTGGTGTGCTGTCAAGTATCTAAGTATC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGGCCAGGATAATGGTCAGTGGTGTGCTGTCAAGTATCTAAGTATC  589

seq1  AGCTTGTCTGTGGAAGGCAGGAGTAGAGCTCTACCATGTGTTCATTTTCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGTCTGTGGAAGGCAGGAGTAGAGCTCTACCATGTGTTCATTTTCT  639

seq1  AAAATAACTATCAACATCATGGCTGCTTTCAATTTGTAAAACCACCAAAC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAACTATCAACATCATGGCTGCTTTCAATTTGTAAAACCACCAAAC  689

seq1  ATAAAAGAATATTTCACATAACCTTTTCTTTCAATTTCAACTCAATTTTC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGAATATTTCACATAACCTTTTCTTTCAATTTCAACTCAATTTTC  739

seq1  ATCTGTATCATGGTCATCGACAGTATTACCTTAAAAAGGGAAAGGTTTCC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTATCATGGTCATCGACAGTATTACCTTAAAAAGGGAAAGGTTTCC  789

seq1  TGGAAAGATCCATATACAGTAATATCTCACAGGGCACAAAGAGTAGCCTA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGATCCATATACAGTAATATCTCACAGGGCACAAAGAGTAGCCTA  839

seq1  CTCAAGAGGTCTATGATGTGTGAGGACTAGTACACCACCAAGATCTCTAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGAGGTCTATGATGTGTGAGGACTAGTACACCACCAAGATCTCTAT  889

seq1  ATTGGAGTTGAAAAACCTCCCTTCTGGGATGCTGCTGTGTACTTGTTTGG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAGTTGAAAAACCTCCCTTCTGGGATGCTGCTGTGTACTTGTTTGG  939

seq1  TTGCTATTAACCACTATCCGCTAATTCTCTCGCCTTAATTCAAAGATGAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTATTAACCACTATCCGCTAATTCTCTCGCCTTAATTCAAAGATGAA  989

seq1  AGTCTAAGGGGGAATGATCTGAGTTTGTGTCTAGGGCGAGGGGGATTGAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAAGGGGGAATGATCTGAGTTTGTGTCTAGGGCGAGGGGGATTGAG  1039

seq1  ATCTCATCTTCCCGTGTTGGACACAGCTTTGAGAGAAGCACGGATCACAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATCTTCCCGTGTTGGACACAGCTTTGAGAGAAGCACGGATCACAG  1089

seq1  CATCATTTTGCAGAATTCCTTAAATCACGTCTTTGATATCTGGCTTATGT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATTTTGCAGAATTCCTTAAATCACGTCTTTGATATCTGGCTTATGT  1139

seq1  AATAGCTGGGGTATTCAGAATTC  1168
      |||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCTGGGGTATTCAGAATTC  1162


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |