BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344G20
Chromosome15 (Build37)
Map Location 94,532,616 - 94,638,998
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem117
Upstream geneLOC100042627, LOC100042631, D630010B17Rik, Adamts20, Pus7l, Irak4, Twf1
Downstream geneLOC100043315, Nell2, Dbx2, LOC100042684, LOC667849, EG629300, LOC667864, Tmem16f, LOC100043329
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344G20.bB6Ng01-344G20.g
ACCGA126917GA126918
length1,1511,120
definitionB6Ng01-344G20.b B6Ng01-344G20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,637,859 - 94,638,998)(94,532,616 - 94,533,701)
sequence
gaattcagaggtttagggctttgcttctgtgatgttagggattaagcctg
gggcctggtacacagtattagctacttgtccccatgctgtgacaaaacac
ccaggaagtatctcaagagataaaggtcttatttcagctcgaggtcccat
ggaggcacaggggcaggggcagaacagtgatcagaatcactgtggggctg
gtgagatggctcagtggttaagagcactgactgctctcccgaaggtcctg
agttcaaatcccagcaaccacatggtggcttgcaaccatccttaatgaga
tctaatgccctcttctggagtgtctgaagacagctacagtgtacttacag
ataaataaataaatcttaaaaaaaaaaaagaatcactatggagacaaata
tccaggcgtgtctgtgaagggtgaagacccatcctgcatgtgagcagttc
cattccttgggctctggagggaaggaaaggagagagcacactgacacaag
tactcatctttttctgttttctgaatgtgattcttaatctcatcaaggtg
atgatgatgattggctgtcacttggtgctgtgcaagtgctctaccactga
gctcaaaccccaccagaaactaagactccagcagttgattccccatcctc
ccaacctccttggtaagggtgaggaaagacaatagtaactgtgtcaatag
gcgaaaagcaattaactctatcaaccggctactgcctctgctacaaaccc
acttcagtttgcagggaagtaaactctatttttcaagatcaaagtgttct
ttctccctagacaaatagcctcaaacaacaaaaggagacacaggtaactc
caaacacccagctgttgactctgccttgtcaaatcagcagagcgtacaac
acagctctggagaaggctcagcccttgttttcttcccagaccagtcccca
tgggaatcctttagtcctctctcaaggactcctctccttggtccttctga
gggatcctaagatggacgcctcactcacacttctcttcatgctcaagaat
tcttggcttatggcatagtgggtgcagaggaaagttccatgcttgttctt
aacagagtctatttctgcttaattctgtcttttgattctagaaaccctgt
g

gaattcaggtaagatgagttaaactcattatgcatgctttcaataagaat
gatcatttgcttgtgtggtaggctatccctatgttcaacaatgtaacttt
gccttggatgggacgtagagcccacaggagcaaactgcatgctggcacca
ttacaggatgaggacacaaagggagataagacccaccagggtctgttgct
tttgttcctggctgtccaggcaagatcactgaaactacttccttaacaat
aggaaagacgcattactcctcatgtgtcacagatgggatggggatggttt
ttctcacccagcgggagatattggagcttgtctctacatcctaaatatac
taagcaatggagcagaaaacaccaattactatgaactcaatgtctccaaa
gctgagatataatggtattgtgcacaggggaaccttttacttgctgattc
aattggctatacctttcccctggctttcaattctcctcctctcagcaaag
ttaatctcagggctagggggatcagtacccagatcttttgattcctacat
tgactctttaggacttcccaggggggagttccaaatggatttaagggtag
aagctatgtagttacaaggcccagatagtctatatttttgtggccagcaa
taaacaaagatataattaatgaagatttatcaattatagtagggatacct
ttaaaggaatatctgtctggctggatgctacaagccaagtggccttggag
aataggaacatactcaatatgatgtttgttaaaaataagtatttgtatta
tacttggaaaaataatgttgcatttttatttccaatagaagtcctgatgg
aatagttacagatggtctttagagactaaatgggtttatctaatgagtca
gctaaaagttcagaaatcaatgaactttcctctaatcttatgaagcaatg
gcttaaaaagtattaagggctaacactgaaaactaaaggagggacaagta
actagagagagagtagggatggggcatgcgagaacaggtgtggcgatgct
agagtgtaagagacggtggtagaacgcagagctcatcagagtctcagtct
cagtactgaattcagacctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_94637859_94638998
seq2: B6Ng01-344G20.b_47_1197 (reverse)

seq1  CACA-GGTTTCTAGAATC-AAAGACAG-ATGTAGCAG--ATAGACTCTG-  44
      |||| ||||||||||||| |||||||| ||  |||||  |||||||||| 
seq2  CACAGGGTTTCTAGAATCAAAAGACAGAATTAAGCAGAAATAGACTCTGT  50

seq1  TAAGAAC-AGCATGGAACTTCTCTCTGCACCACTTATGCCAT-AGCC-AG  91
      ||||||| ||||||||||||  |||||||||   |||||||| |||| ||
seq2  TAAGAACAAGCATGGAACTTTCCTCTGCACCCACTATGCCATAAGCCAAG  100

seq1  GATTCCTGAGCATGAAGAGAAGTGTGAGTGA-GCGTCCATCTTAGGATCC  140
       |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTGAGCATGAAGAGAAGTGTGAGTGAGGCGTCCATCTTAGGATCC  150

seq1  CTCAGAAGGACCAAGGAGAGGAGTCCTTGAGAGAGGACTAAAGGATT-CC  189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTCAGAAGGACCAAGGAGAGGAGTCCTTGAGAGAGGACTAAAGGATTCCC  200

seq1  ATGGGGACTGGTCTGGGGAGAAAACAAGGGCTGAGCCTTCTCCAGGGCTG  239
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATGGGGACTGGTCTGGGAAGAAAACAAGGGCTGAGCCTTCTCCAGAGCTG  250

seq1  TGTTGTACGCTCTGCTGATTTGACAAGGCAGAGTCAACAGCTGGGTGTTT  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTACGCTCTGCTGATTTGACAAGGCAGAGTCAACAGCTGGGTGTTT  300

seq1  GGAGTTACCTGTGTCTCCTTTTGTTGTTTGAGGCTATTTGTCTAGGGAGA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTACCTGTGTCTCCTTTTGTTGTTTGAGGCTATTTGTCTAGGGAGA  350

seq1  AAGAACACTTTGATCTTGAAAAATAGAGTTTACTTCCCTGCAAACTGAAG  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACACTTTGATCTTGAAAAATAGAGTTTACTTCCCTGCAAACTGAAG  400

seq1  TGGGTTTGTAGCAGAGGCAGTAGCCGGTTGATAGAGTTAATTGCTTTTCG  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTGTAGCAGAGGCAGTAGCCGGTTGATAGAGTTAATTGCTTTTCG  450

seq1  CCTATTGACACAGTTACTATTGTCTTTCCTCACCCTTACCAAGGAGGTTG  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTGACACAGTTACTATTGTCTTTCCTCACCCTTACCAAGGAGGTTG  500

seq1  GGAGGATGGGGAATCAACTGCTGGAGTCTTAGTTTCTGGTGGGGTTTGAG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGATGGGGAATCAACTGCTGGAGTCTTAGTTTCTGGTGGGGTTTGAG  550

seq1  CTCAGTGGTAGAGCACTTGCACAGCACCAAGTGACAGCCAATCATCATCA  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGGTAGAGCACTTGCACAGCACCAAGTGACAGCCAATCATCATCA  600

seq1  TCACCTTGATGAGATTAAGAATCACATTCAGAAAACAGAAAAAGATGAGT  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTTGATGAGATTAAGAATCACATTCAGAAAACAGAAAAAGATGAGT  650

seq1  ACTTGTGTCAGTGTGCTCTCTCCTTTCCTTCCCTCCAGAGCCCAAGGAAT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTGTCAGTGTGCTCTCTCCTTTCCTTCCCTCCAGAGCCCAAGGAAT  700

seq1  GGAACTGCTCACATGCAGGATGGGTCTTCACCCTTCACAGACACGCCTGG  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTGCTCACATGCAGGATGGGTCTTCACCCTTCACAGACACGCCTGG  750

seq1  ATATTTGTCTCCATAGTGATTCTTTTTTTTTTTTAAGATTTATTTATTTA  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGTCTCCATAGTGATTCTTTTTTTTTTTTAAGATTTATTTATTTA  800

seq1  TCTGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGCATTAG  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGCATTAG  850

seq1  ATCTCATTAAGGATGGTTGCAAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAAC  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATTAAGGATGGTTGCAAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAAC  900

seq1  TCAGGACCTTCGGGAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCA  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGACCTTCGGGAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCA  950

seq1  CCAGCCCCACAGTGATTCTGATCACTGTTCTGCCCCTGCCCCTGTGCCTC  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCCACAGTGATTCTGATCACTGTTCTGCCCCTGCCCCTGTGCCTC  1000

seq1  CATGGGACCTCGAGCTGAAATAAGACCTTTATCTCTTGAGATACTTCCTG  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGACCTCGAGCTGAAATAAGACCTTTATCTCTTGAGATACTTCCTG  1050

seq1  GGTGTTTTGTCACAGCATGGGGACAAGTAGCTAATACTGTGTACCAGGCC  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTTTGTCACAGCATGGGGACAAGTAGCTAATACTGTGTACCAGGCC  1100

seq1  CCAGGCTTAATCCCTAACATCACAGAAGCAAAGCCCTAAACCTCTGAATT  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCTTAATCCCTAACATCACAGAAGCAAAGCCCTAAACCTCTGAATT  1150

seq1  C  1140
      |
seq2  C  1151


seq1: chr15_94532616_94533701
seq2: B6Ng01-344G20.g_117_1185

seq1  ATCATTTGCTTGTGTGGTAGGCTATCCCTATGTTCAACAATGTAACTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTGCTTGTGTGGTAGGCTATCCCTATGTTCAACAATGTAACTTTG  50

seq1  CCTTGGATGGGACGTAGAGCCCACAGGAGCAAACTGCATGCTGGCACCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGATGGGACGTAGAGCCCACAGGAGCAAACTGCATGCTGGCACCAT  100

seq1  TACAGGATGAGGACACAAAGGGAGATAAGACCCACCAGGGTCTGTTGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGATGAGGACACAAAGGGAGATAAGACCCACCAGGGTCTGTTGCTT  150

seq1  TTGTTCCTGGCTGTCCAGGCAAGATCACTGAAACTACTTCCTTAACAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCCTGGCTGTCCAGGCAAGATCACTGAAACTACTTCCTTAACAATA  200

seq1  GGAAAGACGCATTACTCCTCATGTGTCACAGATGGGATGGGGATGGTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGACGCATTACTCCTCATGTGTCACAGATGGGATGGGGATGGTTTT  250

seq1  TCTCACCCAGCGGGAGATATTGGAGCTTGTCTCTACATCCTAAATATACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACCCAGCGGGAGATATTGGAGCTTGTCTCTACATCCTAAATATACT  300

seq1  AAGCAATGGAGCAGAAAACACCAATTACTATGAACTCAATGTCTCCAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAATGGAGCAGAAAACACCAATTACTATGAACTCAATGTCTCCAAAG  350

seq1  CTGAGATATAATGGTATTGTGCACAGGGGAACCTTTTACTTGCTGATTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGATATAATGGTATTGTGCACAGGGGAACCTTTTACTTGCTGATTCA  400

seq1  ATTGGCTATACCTTTCCCCTGGCTTTCAATTCTCCTCCTCTCAGCAAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCTATACCTTTCCCCTGGCTTTCAATTCTCCTCCTCTCAGCAAAGT  450

seq1  TAATCTCAGGGCTAGGGGGATCAGTACCCAGATCTTTTGATTCCTACATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTCAGGGCTAGGGGGATCAGTACCCAGATCTTTTGATTCCTACATT  500

seq1  GACTCTTTAGGACTTCCCAGGGGGGAGTTCCAAATGGATTTAAGGGTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTTTAGGACTTCCCAGGGGGGAGTTCCAAATGGATTTAAGGGTAGA  550

seq1  AGCTATGTAGTTACAAGGCCCAGATAGTCTATATTTTTGTGGCCAGCAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATGTAGTTACAAGGCCCAGATAGTCTATATTTTTGTGGCCAGCAAT  600

seq1  AAACAAAGATATAATTAATGAAGATTTATCAATTATAGTAGGGATACCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAGATATAATTAATGAAGATTTATCAATTATAGTAGGGATACCTT  650

seq1  TAAAGGAATATCTGTCTGGCTGGATGCTACAAGCCAAGTGGCCTTGGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGAATATCTGTCTGGCTGGATGCTACAAGCCAAGTGGCCTTGGAGA  700

seq1  ATAGGAACATACTCAATATGATGTTTGTTAAAAATAAGTATTTGTATTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAACATACTCAATATGATGTTTGTTAAAAATAAGTATTTGTATTAT  750

seq1  ACTTGGAAAAATAATGTTGCATTTTTATTTCCAATAGAAGTCCTGATGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGAAAAATAATGTTGCATTTTTATTTCCAATAGAAGTCCTGATGGA  800

seq1  ATAGTTACAGATGGTCTTTAGAGACTAAAT-GGTTTATCTAATGAGTCAG  849
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTACAGATGGTCTTTAGAGACTAAATGGGTTTATCTAATGAGTCAG  850

seq1  CTAAAAGTTCAGAAATCAATGAACTTTCCCCTAATCTTATGAAGCAATGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAGTTCAGAAATCAATGAACTTTCCTCTAATCTTATGAAGCAATGG  900

seq1  CTTAAAAAAGTATTAAGGGCTAACACCTGGAAAACTAAAGGAGGGACAAG  949
      ||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||
seq2  CTT-AAAAAGTATTAAGGGCTAACAC--TGAAAACTAAAGGAGGGACAAG  947

seq1  TAACTAGAAGGAGAGAGTAGGGATGGGGCATGGCGAG-ACAGGTGTGGCG  998
      ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  TAACTAGA--GAGAGAGTAGGGATGGGGCAT-GCGAGAACAGGTGTGGCG  994

seq1  AAGGCTAGAGTGTAAAGAGACGGTGGTAAGAAACGCAAGGAGCTCATCCA  1048
       | |||||||||| ||||||||||||||   ||||||  |||||||||  
seq2  -ATGCTAGAGTGT-AAGAGACGGTGGTA--GAACGCA--GAGCTCATC--  1036

seq1  AGAGTCTCAGGTCTCAGGTACTGAGATCCCAAGACCTG  1086
      ||||||||| |||||| |||||||  ||   |||||||
seq2  AGAGTCTCA-GTCTCA-GTACTGAATTC---AGACCTG  1069


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |