BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-350E08
Chromosome15 (Build37)
Map Location 63,651,899 - 63,729,647
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAI987692, Gsdmdc2, 9930109F21Rik, LOC665769, 9030605I04Rik
Upstream geneLOC100040430, Tsg101-ps, EG239502, EG432959, LOC672194, Mlze
Downstream gene4933426G20Rik, 0910001A06Rik, Ddef1, Adcy8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-350E08.bB6Ng01-350E08.g
ACCGA130996GA130997
length1,124738
definitionB6Ng01-350E08.b B6Ng01-350E08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,651,899 - 63,653,033)(63,728,914 - 63,729,647)
sequence
gaattctaccaaaggactcttattatcccattggaacaaagtctttctga
gtatctgtagtcagacaatgagcagagagacacagtggaccttgctgtcg
ctatccatgtcccaaagcagagagacatctggaaactgcctggaaggcac
cagctctcagcactcactctggccactggatctctctgcttggccttgga
gtgggagaaaggggcaaatggagccagcttgagtagacaaatggccacct
ccctctcctcagtgtcactgagaaaaggctaagcacttcccaggtgcagt
tggctcctgtccttggaagagaaacccaaaatccaaacatccttgggaag
attcggctccaagattcgggtcccacattcaggtcatgaaagggaggtaa
tcagaggtcgcagacagctatagccagccataaaacacacactagttaat
gagaagcaccataggtcagaagagttcccctcccggccatgtgattcacc
ctgctgcatgaacaaacaggcatcctttttgaaaaatgacttgccttgtc
accttccccttcatcctaaattccaaagaatctcagactatgctttctat
atgtgccaagccttttaggctcaaggttgacacctgtcctgcacggtggg
aaggtatgcaatctgagtctgactcataattataaaaagactctcatgca
taattgcatcgggcccagcaattcttgagctctactggggttcctggaat
cagggacacagcccttctttgtccccatgggagggtaaagcctaagttct
ggagccaaccattgtcacccattgccctggccaagcccatgtagcactct
ctgtagcaggtgtgggctgctttaggatgccctgtagggtaagactgcag
agtcccagccctgcggaccagcagtgcagatgcaggctctgaccgagcgt
cctgcttcctctttgggtttgtttgtcctgtccctgctccgtccacgtgc
agctgtctgtacatccctgagagaaagctcttgcagaacgctggggtagt
gagtgactaccagttggtgactgcctgatatggttctgtggtctcatgct
atgtgttgtcctagccatgtggag

gaattcaatctctaggcctctgtaggcacacctcccatgtttcaatgtag
gcaaatattgtcatacaagggagaggagcagtaacttgacatggggacca
ggaagggggggagggagaaggaagggactgttagtattttctcttgagct
ttctacatttatttggcttttaaattacacacatacattttttttggatt
aaagtaaacatttttgatggttttatgagtcaaagaactacaagtcccta
ggaatgttttgtctccccaggttcgaggcaaggcgggaaggtcggaaaag
tattcaatacctatcccaaagggttcggtgttggcctataagaagcagca
acttgtcattgagaataacacttgtggtgagcagcagtgggggcctggtg
gggatggggtgtccaaagatgtgtacctcttctgactacaggccaggagc
actcctcactgtcccaggcacatgccctaccttcagtcacctctaagcat
ggccatcctcatatacttctagctgtagttgcagaggtagcttcctgaat
aggaagggatctgactttggagtgtccaaatggaggtatttttagctggg
tgaagtcccaggctaatcccaggcatctctgggcattcatctctagccat
tcaaaggtcctgcttctctcagaagcccaatagggagctggccaagttca
ccaggtgacccataactccacattaaagctccttaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_63651899_63653033
seq2: B6Ng01-350E08.b_45_1168

seq1  GAATTCTACCAAAGGACTCTTATTATCCCATTGGAACAAAGTCTTTCTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACCAAAGGACTCTTATTATCCCATTGGAACAAAGTCTTTCTGA  50

seq1  GTATCTGTAGTCAGACAATGAGCAGAGAGACACAGTGGACCTTGCTGTCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTGTAGTCAGACAATGAGCAGAGAGACACAGTGGACCTTGCTGTCG  100

seq1  CTATCCATGTCCCAAAGCAGAGAGACATCTGGAAACTGCCTGGAAGGCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCATGTCCCAAAGCAGAGAGACATCTGGAAACTGCCTGGAAGGCAC  150

seq1  CAGCTCTCAGCACTCACTCTGGCCACTGGATCTCTCTGCTTGGCCTTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCTCAGCACTCACTCTGGCCACTGGATCTCTCTGCTTGGCCTTGGA  200

seq1  GTGGGAGAAAGGGGCAAATGGAGCCAGCTTGAGTAGACAAATGGCCACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAGAAAGGGGCAAATGGAGCCAGCTTGAGTAGACAAATGGCCACCT  250

seq1  CCCTCTCCTCAGTGTCACTGAGAAAAGGCTAAGCACTTCCCAGGTGCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCCTCAGTGTCACTGAGAAAAGGCTAAGCACTTCCCAGGTGCAGT  300

seq1  TGGCTCCTGTCCTTGGAAGAGAAACCCAAAATCCAAACATCCTTGGGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCCTGTCCTTGGAAGAGAAACCCAAAATCCAAACATCCTTGGGAAG  350

seq1  ATTCGGCTCCAAGATTCGGGTCCCACATTCAGGTCATGAAAGGGAGGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGGCTCCAAGATTCGGGTCCCACATTCAGGTCATGAAAGGGAGGTAA  400

seq1  TCAGAGGTCGCAGACAGCTATAGCCAGCCATAAAACACACACTAGTTAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGGTCGCAGACAGCTATAGCCAGCCATAAAACACACACTAGTTAAT  450

seq1  GAGAAGCACCATAGGTCAGAAGAGTTCCCCTCCCGGCCATGTGATTCACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCACCATAGGTCAGAAGAGTTCCCCTCCCGGCCATGTGATTCACC  500

seq1  CTGCTGCATGAACAAACAGGCATCCTTTTTGAAAAATGACTTGCCTTGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGCATGAACAAACAGGCATCCTTTTTGAAAAATGACTTGCCTTGTC  550

seq1  ACCTTCCCCTTCATCCTAAATTCCAAAGAATCTCAGACTATGCTTTCTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCCCCTTCATCCTAAATTCCAAAGAATCTCAGACTATGCTTTCTAT  600

seq1  ATGTGCCAAGCCTTTTAGGCTCAAGGTTGACACCTGTCCTGCACGGTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCCAAGCCTTTTAGGCTCAAGGTTGACACCTGTCCTGCACGGTGGG  650

seq1  AAGGTATGCAATCTGAGTCTGACTCATAATTATAAAAAGACTCTCATGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTATGCAATCTGAGTCTGACTCATAATTATAAAAAGACTCTCATGCA  700

seq1  TAATTGCATCGGGCCCAGCAATTCTTGAGCTCTACTGGGGTTCCTGGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGCATCGGGCCCAGCAATTCTTGAGCTCTACTGGGGTTCCTGGAAT  750

seq1  CAGGGACACAGCCCTTCTTTGTCCCCATGGGAGGGTAAAGCCTAAGTTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGACACAGCCCTTCTTTGTCCCCATGGGAGGGTAAAGCCTAAGTTCT  800

seq1  GGAGCCAACCATTGTCACCCATTGCCCTGGCCAAGCCCATGTAGCACTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCAACCATTGTCACCCATTGCCCTGGCCAAGCCCATGTAGCACTCT  850

seq1  CTGTAGCAGGGTGTGGGCTGCTTTAGGATGCCCTGTAGGGTAAGACTGCA  900
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGCA-GGTGTGGGCTGCTTTAGGATGCCCTGTAGGGTAAGACTGCA  899

seq1  GAGTCCCAGCCCTGCGGACCAGCAGTGCAGATGCAGGCTCTGACCGAGCG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCCAGCCCTGCGGACCAGCAGTGCAGATGCAGGCTCTGACCGAGCG  949

seq1  TCCTGCTTCCTCTTTGGGTTTGTTTGTCCTGTCCCTGCTCCGT-CACGTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCCTGCTTCCTCTTTGGGTTTGTTTGTCCTGTCCCTGCTCCGTCCACGTG  999

seq1  CAGCTGTCTGTTACATCCCTGAGAGAAAGCTC-TGCAGGAACGCTGGGGT  1048
      |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
seq2  CAGCTGTCTG-TACATCCCTGAGAGAAAGCTCTTGCA-GAACGCTGGGGT  1047

seq1  AGGTGAGTGACTACCAAGGTTGGTGACTGCCCTGATATGGTTCTGTGGTC  1098
      | ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  A-GTGAGTGACTACCA--GTTGGTGACTG-CCTGATATGGTTCTGTGGTC  1093

seq1  TCCAAATGCTATGTGGTGTCCCTAGGCCATTGTGGAG  1135
      ||   |||||||||| ||| |||| |||| |||||||
seq2  TC---ATGCTATGTGTTGT-CCTA-GCCA-TGTGGAG  1124


seq1: chr15_63728914_63729647
seq2: B6Ng01-350E08.g_67_804 (reverse)

seq1  TTTTAAGGAGCTTTAATGTGGACTTATGGGTCACCTGGTGAACTTGGCC-  49
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTTTAAGGAGCTTTAATGTGGAGTTATGGGTCACCTGGTGAACTTGGCCA  50

seq1  GCTCCCTATTGGGCTTCTGAGAGAAGCAGGACC-TTGAATGGCTAGAGAT  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCTCCCTATTGGGCTTCTGAGAGAAGCAGGACCTTTGAATGGCTAGAGAT  100

seq1  GAATGCCCAGAGATGCCTGGGATTAGCCT-GGACTTCACCCAGCTAAAAA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCCCAGAGATGCCTGGGATTAGCCTGGGACTTCACCCAGCTAAAAA  150

seq1  TACCTCCATTTGGACACTCC-AAGTCAGATCCCTTCCTATTCAGGAAGCT  196
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCCATTTGGACACTCCAAAGTCAGATCCCTTCCTATTCAGGAAGCT  200

seq1  ACCTCTGCAACTACAGCTAGAAGTATATGAGGATGGCCATGCTTAGAGGT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTGCAACTACAGCTAGAAGTATATGAGGATGGCCATGCTTAGAGGT  250

seq1  GACTGAAGGTAGGGCATGTGCCTGGGACAGTGAGGAGTGCTCCTGGCCTG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAAGGTAGGGCATGTGCCTGGGACAGTGAGGAGTGCTCCTGGCCTG  300

seq1  TAGTCAGAAGAGGTACACATCTTTGGACACCCCATCCCCACCAGGCCCCC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCAGAAGAGGTACACATCTTTGGACACCCCATCCCCACCAGGCCCCC  350

seq1  ACTGCTGCTCACCACAAGTGTTATTCTCAATGACAAGTTGCTGCTTCTTA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGCTCACCACAAGTGTTATTCTCAATGACAAGTTGCTGCTTCTTA  400

seq1  TAGGCCAACACCGAACCCTTTGGGATAGGTATTGAATACTTTTCCGACCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCAACACCGAACCCTTTGGGATAGGTATTGAATACTTTTCCGACCT  450

seq1  TCCCGCCTTGCCTCGAACCTGGGGAGACAAAACATTCCTAGGGACTTGTA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGCCTTGCCTCGAACCTGGGGAGACAAAACATTCCTAGGGACTTGTA  500

seq1  GTTCTTTGACTCATAAAACCATCAAAAATGTTTACTTTAATCCAAAAAAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTGACTCATAAAACCATCAAAAATGTTTACTTTAATCCAAAAAAA  550

seq1  ATGTATGTGTGTAATTTAAAAGCCAAATAAATGTAGAAAGCTCAAGAGAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTGTGTAATTTAAAAGCCAAATAAATGTAGAAAGCTCAAGAGAA  600

seq1  AATACTAACAGTCCCTTCCTTCTCCCTCCCCCCCTTCCTGGTCCCCATGT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTAACAGTCCCTTCCTTCTCCCTCCCCCCCTTCCTGGTCCCCATGT  650

seq1  CAAGTTACTGCTCCTCTCCCTTGTATGACAATATTTGCCTACATTGAAAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTACTGCTCCTCTCCCTTGTATGACAATATTTGCCTACATTGAAAC  700

seq1  ATGGGAGGTGTGCCTACAGAGGCCTAGAGATTGAATTC  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAGGTGTGCCTACAGAGGCCTAGAGATTGAATTC  738


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |