BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-012G21
Chromosome16 (Build37)
Map Location 97,899,532 - 98,069,524
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRipk4, Prdm15
Upstream geneDscam, Bace2, Mx1, ORF9, EG668559, LOC100041436, Mx2, Tmprss2
Downstream gene5830404H04Rik, Zfp295, LOC100041502, A630089N07Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-012G21.bB6Ng01-012G21.g
ACCDH847525DH847526
length1,094986
definitionDH847525|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012G21, 5' end.DH847526|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012G21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,899,532 - 97,900,631)(98,068,539 - 98,069,524)
sequence
gaattcaacaactttaaaacaaggagagaccccctacaatcccctcaaat
cacttgagtaaccctgacaaagctcccagctagagcatcacctgaaacat
ggatgacctatattatttatttttcctgaccatggtgaatagcaaaccta
tattcccacagttaactaggcatatgcattggttattttttgtcaacttg
gcaaaagctagagttacctaaaaagaggacacctcaatagaggacttggt
gccattagattggccaatgggcatatcctctgggacattttcttaattgc
tagtttatatagatgggcccagcccactgtgggcagtgccatccctagac
agtctgggctatataagaaaagaagctgagcaagccagagggagccaaaa
gaagaatttctccatggtcccttcctctaggttcctactttgagttcttg
ttctggctttcctcaatggactgtgctatgaacatacaagccaaatatac
tcttccctcacaccaaattggtttgatcagtgacttatcacagccacaga
actcaaactaggacagcatatcaataacaagacacagtcttacagacctt
tgaagtgttgagtttgacataatggtcataatggacaggcatatttatag
ggttgcccttgatcctgtgagaagctggatgccaaaagcacaggcagcaa
ggataaaactctatttcccaaccttccttgactatcccaggtgggagagc
actgttccctttcccctctagctggctcagaagtcaatcaattcttccaa
cctttcacatagggactagtaagctctggccctactgcctatttttataa
ataaagttttatttaaacttgtttgcttgctattcatagtatttctgtac
aaccacagcaatgtgggtcaccatacaaagaccccagagaggaaaaaaaa
agcagggatgagttagctttcagacagtccagtcagataaggtagaatgt
catggcactcactattaaccacccaaacctgcatgaccctgagcatatta
gcaattgacagggatgttttatattaatagacaaaccaggcctg
gaattccccagactaggtaatttataaagagcgagaacatttggagactg
ttcccagcagggttagagagcaccaggaaccccataggctgggccatgga
gcctaccttttaaatatggtccatcttgcagtatcaggtgggagagcatc
actaatgaggaagtttggggaggggaagaccatggctgtttaggcctctg
agagagaggataacatcttgtgactcagtcacctttcaaggccactcact
cacctcctgataccatcatagtgacaactacatcacagccagaattttga
gaccacatgtacctcttagcagtgctgggagaagaaacagcagtacgcga
catggaggctgggaagggtacccaaataaattcttaggaatcctgtacca
gtggatgccctgctggcgtctttcatcttttttcatcctctgtcacgtgg
gatgggggcaggcactgggtctggtgggatctgatgagccttgttgatga
acttgtgtaaacttaatctgggttgcctgaagaccccacttccctctacc
aagatatgtcttgggcctccactcacggttcggagggttgaggaagtgcc
agaatcacaggaaactttgggcaaatgacaaggcttgagggacagtactg
aagccaagtgtgtcctgagcgttgccatgggtgtgcgggggtgatatgat
tggactggagagaagggagcatgcctactgtgttaagagtctgcctttga
ttattctgctttttgaaatatgagtgctaggactacagatgtttgcacag
ccaaacccatccaactaagaggctgcctttgagaagcatattccctgtgt
ctagttctctatgtgggcttttggcattttctagtttgaggacacgttgt
tattagtgatggcaggttgactttttatgtgatgaatcccagttgctgtc
ttagttagtgccgtgtgttaaggcaaggagcttcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_97899532_97900631
seq2: B6Ng01-012G21.b_49_1142

seq1  GAATTCAACAACTTTAAAACAAGGAGAGACCCCCTACAATCCCCTCAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACAACTTTAAAACAAGGAGAGACCCCCTACAATCCCCTCAAAT  50

seq1  CACTTGAGTAACCCTGACAAAGCTCCCAGCTAGAGCATCACCTGAAACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGAGTAACCCTGACAAAGCTCCCAGCTAGAGCATCACCTGAAACAT  100

seq1  GGATGACCTATATTATTTATTTTTCCTGACCATGGTGAATAGCAAACCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGACCTATATTATTTATTTTTCCTGACCATGGTGAATAGCAAACCTA  150

seq1  TATTCCCACAGTTAACTAGGCATATGCATTGGTTATTTTTTGTCAACTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCCACAGTTAACTAGGCATATGCATTGGTTATTTTTTGTCAACTTG  200

seq1  GCAAAAGCTAGAGTTACCTAAAAAGAGGACACCTCAATAGAGGACTTGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAGCTAGAGTTACCTAAAAAGAGGACACCTCAATAGAGGACTTGGT  250

seq1  GCCATTAGATTGGCCAATGGGCATATCCTCTGGGACATTTTCTTAATTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTAGATTGGCCAATGGGCATATCCTCTGGGACATTTTCTTAATTGC  300

seq1  TAGTTTATATAGATGGGCCCAGCCCACTGTGGGCAGTGCCATCCCTAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTATATAGATGGGCCCAGCCCACTGTGGGCAGTGCCATCCCTAGAC  350

seq1  AGTCTGGGCTATATAAGAAAAGAAGCTGAGCAAGCCAGAGGGAGCCAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGGGCTATATAAGAAAAGAAGCTGAGCAAGCCAGAGGGAGCCAAAA  400

seq1  GAAGAATTTCTCCATGGTCCCTTCCTCTAGGTTCCTACTTTGAGTTCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAATTTCTCCATGGTCCCTTCCTCTAGGTTCCTACTTTGAGTTCTTG  450

seq1  TTCTGGCTTTCCTCAATGGACTGTGCTATGAACATACAAGCCAAATATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGCTTTCCTCAATGGACTGTGCTATGAACATACAAGCCAAATATAC  500

seq1  TCTTCCCTCACACCAAATTGGTTTGATCAGTGACTTATCACAGCCACAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCCTCACACCAAATTGGTTTGATCAGTGACTTATCACAGCCACAGA  550

seq1  ACTCAAACTAGGACAGCATATCAATAACAAGACACAGTCTTACAGACCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAACTAGGACAGCATATCAATAACAAGACACAGTCTTACAGACCTT  600

seq1  TGAAGTGTTGAGTTTGACATAATGGTCATAATGGACAGGCATATTTATAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTGTTGAGTTTGACATAATGGTCATAATGGACAGGCATATTTATAG  650

seq1  GGTTGCCCTTGATCCTGTGAGAAGCTGGATGCCAAAAGCACAGGCAGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCCCTTGATCCTGTGAGAAGCTGGATGCCAAAAGCACAGGCAGCAA  700

seq1  GGATAAAACTCTATTTCCCAACCTTCCTTGACTATCCCAGGTGGGAGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAAACTCTATTTCCCAACCTTCCTTGACTATCCCAGGTGGGAGAGC  750

seq1  ACTGTTCCCTTTCCCCTCTAGCTGGCTCAGAAGTCAATCAATTCTTCCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTCCCTTTCCCCTCTAGCTGGCTCAGAAGTCAATCAATTCTTCCAA  800

seq1  CCTTTCACATAGGGACTAGTAAGCTCTGGCCCTACTGCCTATTTTTATAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCACATAGGGACTAGTAAGCTCTGGCCCTACTGCCTATTTTTATAA  850

seq1  ATAAAGTTTTATTTAAACTTGTTTGCTTGCTATTCATAGTATTTCTGTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGTTTTATTTAAACTTGTTTGCTTGCTATTCATAGTATTTCTGTAC  900

seq1  AACCACAGCAATGTGGGTCACCATACAAAGACCCCAGAGAGGAAAAAAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACAGCAATGTGGGTCACCATACAAAGACCCCAGAGAGGAAAAAAAA  950

seq1  AGCAGGGATGAGTTAGCTTTCAGACAGTCCAGTCAGATAAAGGTAGAATG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGCAGGGATGAGTTAGCTTTCAGACAGTCCAGTCAGAT-AAGGTAGAATG  999

seq1  TTCATGGCAACTCACTATTAACCACCCAAACCTGCCAATGACCCTGGAGC  1050
       ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||
seq2  -TCATGGC-ACTCACTATTAACCACCCAAACCTGC--ATGACCCT-GAGC  1044

seq1  ATATTAGCAATTGAACAGGGATG-TATATATTAATAGACAACACAGGCCT  1099
      ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||  |||||||
seq2  ATATTAGCAATTG-ACAGGGATGTTTTATATTAATAGACAAACCAGGCCT  1093

seq1  G  1100
      |
seq2  G  1094

seq1: chr16_98068539_98069524
seq2: B6Ng01-012G21.g_67_1052 (reverse)

seq1  TAGAAGCACCTTGCC-TAACACACGGCACTAAGCTAAG-CAGC-ACTGTG  47
      ||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||| |||| |||| |
seq2  TAGAAGCTCCTTGCCTTAACACACGGCACTAA-CTAAGACAGCAACTGGG  49

seq1  ATTCATCACAATAAAAGTCAAACTTGCCATCACTAATTAACACGTGTTCC  97
      ||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||| |  ||||| |||
seq2  ATTCATCACATAAAAAGTC-AACCTGCCATCACTAATAACAACGTG-TCC  97

seq1  TCAAACTTAGAAAATGCCAAAAGCCCACATAGAGAACTAGACACAGGGAA  147
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAC-TAGAAAATGCCAAAAGCCCACATAGAGAACTAGACACAGGGAA  146

seq1  TATGCTTCTCAAAGGCAGCCTCTTAGTTGGATGGG-TTGGCTGTGCAAAC  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TATGCTTCTCAAAGGCAGCCTCTTAGTTGGATGGGTTTGGCTGTGCAAAC  196

seq1  ATCTGTAGTCCTAGCACTCATATTTCAAACAGCAGAATAATCAAAGGCAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTAGTCCTAGCACTCATATTTCAAAAAGCAGAATAATCAAAGGCAG  246

seq1  ACTCTTAACACAGTAGGCATGCTCCCTTCTCTCCAGTCCAATCATATCAC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTAACACAGTAGGCATGCTCCCTTCTCTCCAGTCCAATCATATCAC  296

seq1  CCCCGCACACCCATGGCAACGCTCAGGACACACTTGGCTTCAGTACTGTC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGCACACCCATGGCAACGCTCAGGACACACTTGGCTTCAGTACTGTC  346

seq1  CCTCAAGCCTTGTCATTTGCCCAAAGTTTCCTGTGATTCTGGCACTTCCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAGCCTTGTCATTTGCCCAAAGTTTCCTGTGATTCTGGCACTTCCT  396

seq1  CAACCCTCCGAACCGTGAGTGGAGGCCCAAGACATATCTTGGTAGAGGGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCTCCGAACCGTGAGTGGAGGCCCAAGACATATCTTGGTAGAGGGA  446

seq1  AGTGGGGTCTTCAGGCAACCCAGATTAAGTTTACACAAGTTCATCAACAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGGTCTTCAGGCAACCCAGATTAAGTTTACACAAGTTCATCAACAA  496

seq1  GGCTCATCAGATCCCACCAGACCCAGTGCCTGCCCCCATCCCACGTGACA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCATCAGATCCCACCAGACCCAGTGCCTGCCCCCATCCCACGTGACA  546

seq1  GAGGATGAAAAAAGATGAAAGACGCCAGCAGGGCATCCACTGGTACAGGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATGAAAAAAGATGAAAGACGCCAGCAGGGCATCCACTGGTACAGGA  596

seq1  TTCCTAAGAATTTATTTGGGTACCCTTCCCAGCCTCCATGTCGCGTACTG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAAGAATTTATTTGGGTACCCTTCCCAGCCTCCATGTCGCGTACTG  646

seq1  CTGTTTCTTCTCCCAGCACTGCTAAGAGGTACATGTGGTCTCAAAATTCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCTTCTCCCAGCACTGCTAAGAGGTACATGTGGTCTCAAAATTCT  696

seq1  GGCTGTGATGTAGTTGTCACTATGATGGTATCAGGAGGTGAGTGAGTGGC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGATGTAGTTGTCACTATGATGGTATCAGGAGGTGAGTGAGTGGC  746

seq1  CTTGAAAGGTGACTGAGTCACAAGATGTTATCCTCTCTCTCAGAGGCCTA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAAGGTGACTGAGTCACAAGATGTTATCCTCTCTCTCAGAGGCCTA  796

seq1  AACAGCCATGGTCTTCCCCTCCCCAAACTTCCTCATTAGTGATGCTCTCC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCCATGGTCTTCCCCTCCCCAAACTTCCTCATTAGTGATGCTCTCC  846

seq1  CACCTGATACTGCAAGATGGACCATATTTAAAAGGTAGGCTCCATGGCCC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGATACTGCAAGATGGACCATATTTAAAAGGTAGGCTCCATGGCCC  896

seq1  AGCCTATGGGGTTCCTGGTGCTCTCTAACCCTGCTGGGAACAGTCTCCAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTATGGGGTTCCTGGTGCTCTCTAACCCTGCTGGGAACAGTCTCCAA  946

seq1  ATGTTCTCGCTCTTTATAAATTACCTAGTCTGGGGAATTC  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTCGCTCTTTATAAATTACCTAGTCTGGGGAATTC  986