BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-017E09
Chromosome16 (Build37)
Map Location 23,656,551 - 23,855,796
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG625969, LOC100043023
Upstream geneLOC666459, Crygs, Tbccd1, Dnajb11, Ahsg, Fetub, Hrg, Kng2, LOC624311, LOC666486, LOC666489, Kng1, LOC666493, Eif4a2, Rfc4, Adipoq, LOC100043541, EG625835, BC106179, St6gal1, Rtp1, Masp1, LOC100043018, Rtp4
Downstream geneSst, Rtp2, Bcl6, EG433009, LOC666580, LOC100043564, 1110054M08Rik, Lpp, A730098P11Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-017E09.bB6Ng01-017E09.g
ACCDH851004DH851005
length970604
definitionDH851004|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017E09, 5' end.DH851005|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017E09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,656,551 - 23,657,517)(23,855,193 - 23,855,796)
sequence
gaattcaagtcttagcaaaaactagcatgagctatactgctctgggtggt
attgcagtagttagagccacatgggctggatccaggacaccatagcacct
tcttcggttgactgtgataagctttagttaggaggacttgacatgtggct
ggcaaccactgtttcacaaatgagcagcagctagtctccagagggaacga
acaataatgctctctcgccaaggatgccaagccaagccatcctcaggcag
cagccttgcctatgtggccccggccctaatctcctaccatcttccttctt
gaccccagctcacaggatgagtgttcagtaactgaccttaaattactcaa
ggtgtttgaccattggcaggtctttttctctaggaatcctttctcagagg
ctggatgcttcaagacagactaggttccctctggaaagccagtttccata
tctacttgatagggatgatgcttgcagatgttaccataattgagctgtgg
tttgagtataaaatgtactcacaagctcactcgatgaatgcttgcacccc
aactgaaatcattctttcggtactttgtgggaactataagggttgcaacc
tagctggaggaagtagctcatgggggtgtatgtctttgcatgtcacatga
ggttctgttcctttcttactgtttcctgcctgccacgaagtgagcagcct
cttctactgcctactgtcatgatgctctgcccctctttgggtccagaatt
aacatggccaagaactatggagagaaatctccccaaatagagacaaaaat
aaatttctttcttcctttagtaatcttttcaagtatttttgtcatggcta
tacacaagttatatatgcagatagacataaaatgaacttggtgcatacag
tccctggcacaatggcagcatttcagtagttgacactgcagtggtgtgtg
tgtgttttattggttgttgt
gaattctaggaacccctattctaagacagtcatgggaaagagcctgggct
gaacacacttgatacaaaatgtgtattttctctgtccagagttccttggt
tttgctatatacacgagaaatcaaaataaaaatatgttatacttctgtgt
acttgatcttttcttcagaataggagtttgtgcttttgagggctacccat
ttaatattgctcaatgttattgttgcatagtatgtcattgggcaagtcca
cctcaaagtctgtcatcctcatgttgaccaatatttgagttgtgtgaaat
ggaagcagaagtgaaagttgtcagatactttctagctttgtatgattgga
taatttgtcctaactgaggggaatagtcacacatctaagtaactactggt
cttatggtctcttttcattctgatataagaattccaagctttctggccag
gcaatgtctacattataatttttcgttcagcccaggagtcatctacattt
tgcttgtgtgtttctggtgattgtacttactgccagcggcttccatcctt
taggtcctttttgtagctctctgtgtgtgtgtatgtggtgtgtatatgtg
gtat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_23656551_23657517
seq2: B6Ng01-017E09.b_50_1019

seq1  GAATTCAAGTCTTAGCAAAAACTAGCATGAGCTATACTGCTCTGGGTGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTCTTAGCAAAAACTAGCATGAGCTATACTGCTCTGGGTGGT  50

seq1  ATTGCAGTAGTTAGAGCCACATGGGCTGGATCCAGGACACCATAGCACCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAGTAGTTAGAGCCACATGGGCTGGATCCAGGACACCATAGCACCT  100

seq1  TCTTCGGTTGACTGTGATAAGCTTTAGTTAGGAGGACTTGACATGTGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCGGTTGACTGTGATAAGCTTTAGTTAGGAGGACTTGACATGTGGCT  150

seq1  GGCAACCACTGTTTCACAAATGAGCAGCAGCTAGTCTCCAGAGGGAACGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACCACTGTTTCACAAATGAGCAGCAGCTAGTCTCCAGAGGGAACGA  200

seq1  ACAATAATGCTCTCTCGCCAAGGATGCCAAGCCAAGCCATCCTCAGGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAATGCTCTCTCGCCAAGGATGCCAAGCCAAGCCATCCTCAGGCAG  250

seq1  CAGCCTTGCCTATGTGGCCCCGGCCCTAATCTCCTACCATCTTCCTTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTGCCTATGTGGCCCCGGCCCTAATCTCCTACCATCTTCCTTCTT  300

seq1  GACCCCAGCTCACAGGATGAGTGTTCAGTAACTGACCTTAAATTACTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCCAGCTCACAGGATGAGTGTTCAGTAACTGACCTTAAATTACTCAA  350

seq1  GGTGTTTGACCATTGGCAGGTCTTTTTCTCTAGGAATCCTTTCTCAGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTTGACCATTGGCAGGTCTTTTTCTCTAGGAATCCTTTCTCAGAGG  400

seq1  CTGGATGCTTCAAGACAGACTAGGTTCCCTCTGGAAAGCCAGTTTCCATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATGCTTCAAGACAGACTAGGTTCCCTCTGGAAAGCCAGTTTCCATA  450

seq1  TCTACTTGATAGGGATGATGCTTGCAGATGTTACCATAATTGAGCTGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTTGATAGGGATGATGCTTGCAGATGTTACCATAATTGAGCTGTGG  500

seq1  TTTGAGTATAAAATGTACTCACAAGCTCACTCGATGAATGCTTGCACCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGTATAAAATGTACTCACAAGCTCACTCGATGAATGCTTGCACCCC  550

seq1  AACTGAAATCATTCTTTCGGTACTTTGTGGGAACTATAAGGGTTGCAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAAATCATTCTTTCGGTACTTTGTGGGAACTATAAGGGTTGCAACC  600

seq1  TAGCTGGAGGAAGTAGCTCATGGGGGTGTATGTCTTTGCATGTCACATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGGAGGAAGTAGCTCATGGGGGTGTATGTCTTTGCATGTCACATGA  650

seq1  GGTTCTGTTCCTTTCTTACTGTTTCCTGCCTGCCACGAAGTGAGCAGCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTGTTCCTTTCTTACTGTTTCCTGCCTGCCACGAAGTGAGCAGCCT  700

seq1  CTTCTACTGCCTACTGTCATGATGCTCTGCCCCTCTTTGGGTCCAGAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTACTGCCTACTGTCATGATGCTCTGCCCCTCTTTGGGTCCAGAATT  750

seq1  AACATGGCCAAGAACTATGGAGAGAAATCTCCCCAAATAGAGACAAAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGGCCAAGAACTATGGAGAGAAATCTCCCCAAATAGAGACAAAAAT  800

seq1  AAA-TTCTTTCTTCCTTTAAGTAATCTTTTCAAGTATTTTTGTCATGGCT  849
      ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTCTTTCTTCCTTT-AGTAATCTTTTCAAGTATTTTTGTCATGGCT  849

seq1  ATACACAAG-TATATATGCAGATAGACATAAAATGAACTTGGTGCATACA  898
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACAAGTTATATATGCAGATAGACATAAAATGAACTTGGTGCATACA  899

seq1  GTCCCTGGCACAATGGCAGCA-TTCAGTAGTTGACACTGCAGTGGTGTGT  947
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTGGCACAATGGCAGCATTTCAGTAGTTGACACTGCAGTGGTGTGT  949

seq1  GTGTGTTTTATT-GTTGTTGT  967
      |||||||||||| ||||||||
seq2  GTGTGTTTTATTGGTTGTTGT  970

seq1: chr16_23855193_23855796
seq2: B6Ng01-017E09.g_67_670 (reverse)

seq1  ATACCACATATACACACCACATACACACACACAGAGAGCTACAAAAAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCACATATACACACCACATACACACACACAGAGAGCTACAAAAAGGA  50

seq1  CCTAAAGGATGGAAGCCGCTGGCAGTAAGTACAATCACCAGAAACACACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAGGATGGAAGCCGCTGGCAGTAAGTACAATCACCAGAAACACACA  100

seq1  AGCAAAATGTAGATGACTCCTGGGCTGAACGAAAAATTATAATGTAGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAATGTAGATGACTCCTGGGCTGAACGAAAAATTATAATGTAGACA  150

seq1  TTGCCTGGCCAGAAAGCTTGGAATTCTTATATCAGAATGAAAAGAGACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTGGCCAGAAAGCTTGGAATTCTTATATCAGAATGAAAAGAGACCA  200

seq1  TAAGACCAGTAGTTACTTAGATGTGTGACTATTCCCCTCAGTTAGGACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACCAGTAGTTACTTAGATGTGTGACTATTCCCCTCAGTTAGGACAA  250

seq1  ATTATCCAATCATACAAAGCTAGAAAGTATCTGACAACTTTCACTTCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCCAATCATACAAAGCTAGAAAGTATCTGACAACTTTCACTTCTGC  300

seq1  TTCCATTTCACACAACTCAAATATTGGTCAACATGAGGATGACAGACTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATTTCACACAACTCAAATATTGGTCAACATGAGGATGACAGACTTT  350

seq1  GAGGTGGACTTGCCCAATGACATACTATGCAACAATAACATTGAGCAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGGACTTGCCCAATGACATACTATGCAACAATAACATTGAGCAATA  400

seq1  TTAAATGGGTAGCCCTCAAAAGCACAAACTCCTATTCTGAAGAAAAGATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGGGTAGCCCTCAAAAGCACAAACTCCTATTCTGAAGAAAAGATC  450

seq1  AAGTACACAGAAGTATAACATATTTTTATTTTGATTTCTCGTGTATATAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACACAGAAGTATAACATATTTTTATTTTGATTTCTCGTGTATATAG  500

seq1  CAAAACCAAGGAACTCTGGACAGAGAAAATACACATTTTGTATCAAGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACCAAGGAACTCTGGACAGAGAAAATACACATTTTGTATCAAGTGT  550

seq1  GTTCAGCCCAGGCTCTTTCCCATGACTGTCTTAGAATAGGGGTTCCTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGCCCAGGCTCTTTCCCATGACTGTCTTAGAATAGGGGTTCCTAGA  600

seq1  ATTC  604
      ||||
seq2  ATTC  604