BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-021E05
Chromosome16 (Build37)
Map Location 50,001,986 - 50,114,120
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG224180, EG667802
Upstream geneC330027C09Rik, Myh15, 1700026J12Rik, LOC386061, EG216818, LOC628903, Ift57, LOC667796, LOC100043767, Cd47, EG433024, LOC100043769, LOC628951
Downstream geneLOC100043404, Bbx, LOC100043414, Ccdc54, LOC672778, 5330426P16Rik, EG639820
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-021E05.bB6Ng01-021E05.g
ACCDH853817DH853818
length1,047997
definitionDH853817|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021E05, 5' end.DH853818|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021E05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,113,081 - 50,114,120)(50,001,986 - 50,003,011)
sequence
gaattcagttcagctggtgctgtaaaagacactgtggaagagacaaatgc
atgatttctccacctctattaatctgttaatctcatactatatcaacata
aactaaagttcccttgatggctgctgggtcttcacttgtcttctttggga
agcagatattctctattattatattccaagagaggacaagtcaaaatgac
tctagaacccatagttgtggccctttgcattaagactttcagatgcaagg
gctgtcatcaaaaactatctttcagcccctaaggaaaacattgggctatg
ggtgaatttaaaggctgattatttaggacaccaaggtggcatcagtgaag
ggccagtgaggaaaacttttcctctaccctcttgggtatagaaatggaag
acctgaaaaagaggctaataaaagagattaatgcaagacaaagcagacag
taacagattttaattactgattcacttactttacttgtacctattgattg
atagattgatttgtgcatatgcatatgcatatgcatgcatacccatgctc
acaagacatgcaggtctaggaaaggagtttaaggaagcaagtgttttact
ggattagtcatctcccagattgcagcacacaattgttttttgttattgga
tgcatacatgtatttgtatatacatatatgttcataataccacctgttga
gtccatatattgttatttgtatgttcattttcagggaggacaatttagca
ctagacaaccaatcagtgtgcttatccctgggaagggccacctgcccccg
actcccaccctctctcatatctttgtgttgcttgtagatttttgtgtagg
gtgaggcttcatggccttttccctgttcatttcagcatgtttgttggtcc
attttggcatgtttgtggagtcgtacttgctcagctatgtttgggcagtc
acattgctgaatcttgcaggtgtacttctgagctataggagacatatcta
cagggaagtcctgatcgggctctgacattctcagtcacctcttttgc
gaattctctgaagagtgtttagtaaagagagtacagtttgaagtgaatag
aaatggttttgttcacaggctctgccttactgttggattcaaagagtgtt
cagccccagaaaagaacatcaatgtcttttttgaaaattaaacacacaag
aacttgcacacacacatgcacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacactatccttttctgcctacctctgagcactactta
accgtggaaaagctcataactctagaagaaatgtactttgatctaaagtg
agtgctttataggaataaagacatcacattgtctgtcattggtgaaatga
attaccaaggacttggcttcagaaagctaacaaaaagaccctagatgact
ttgctgagtgaggtctccaagtctgggagggggttggatggcaggggtcc
tgcaggaggtctcctcttagctttgtcaccagccagttcctgtcacctta
ggggagacacttaagctctttgtacttttgaaaactctgggataatgctt
gctgtccacttaacctcaaagggatatgtgaagattagccaattaaagtt
tgccagtgcctggaaatcaatggaggaaggcatctttataaatgtaaagc
atttctgccatgccctcttcctcccgctctgtctccttctccctctcctc
tgttcctcttgcctctgttccccttccaaagggtggttgtctcagaagac
ttggtgaggtctctttgtggtttctcttctggtgtctattgtgaaaatgc
ctgggtatcttctcctactaaatgacgtacttgaaatagctccttcatac
cacaggtgcagtttccaaatcaaacagttctatgctgtaatgaggcccac
cggcatgttccttgtgttcatggtaacatctggaatgaaacccatgtata
catataagtaatcaaatatttgctataggactcaagctatgaggttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_50113081_50114120
seq2: B6Ng01-021E05.b_65_1092 (reverse)

seq1  GCAAAAGAGGTGACATAGAGAATGTCAGAGCCCGATCAGGGACTTCACTG  50
      ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  GCAAAAGAGGTGAC--TGAGAATGTCAGAGCCCGATCA-GGACTTCCCTG  47

seq1  TGAGATTATGTCTCCTATTAGCTTCAGAAGTTACACCTGCAAGGTTTCAG  100
      | ||| ||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||| | |||||
seq2  T-AGA-TATGTCTCCTA-TAGC-TCAGAAG-TACACCTGCAA-GATTCAG  91

seq1  CAATGTGACTGCCCAAACATTAGCTGAGCAAGTACGACTCCAACAAACAT  150
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAATGTGACTGCCCAAACA-TAGCTGAGCAAGTACGACTCC-ACAAACAT  139

seq1  GCCAAAATGGACCAACAAACATGCTGAAATGGACAGGGAAAAGGCCATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAATGGACCAACAAACATGCTGAAATGAACAGGGAAAAGGCCATGA  189

seq1  AGCCTCAACCCTACACAAAAATCTACAAGCAACACAAAGATATGAGAGAG  250
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTC-ACCCTACACAAAAATCTACAAGCAACACAAAGATATGAGAGAG  238

seq1  GGTGGGAGTCGGGGGCAGGTGGCCCTTCCCAGGGATAAGCACACTGATTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGAGTCGGGGGCAGGTGGCCCTTCCCAGGGATAAGCACACTGATTG  288

seq1  GTTGTCTAGTGCTAAATTGTCCTCCCTGAAAATGAACATACAAATAACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCTAGTGCTAAATTGTCCTCCCTGAAAATGAACATACAAATAACAA  338

seq1  TATATGGACTCAACAGGTGGTATTATGAACATATATGTATATACAAATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGGACTCAACAGGTGGTATTATGAACATATATGTATATACAAATAC  388

seq1  ATGTATGCATCCAATAACAAAAAACAATTGTGTGCTGCAATCTGGGAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGCATCCAATAACAAAAAACAATTGTGTGCTGCAATCTGGGAGAT  438

seq1  GACTAATCCAGTAAAACACTTGCTTCCTTAAACTCCTTTCCTAGACCTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAATCCAGTAAAACACTTGCTTCCTTAAACTCCTTTCCTAGACCTGC  488

seq1  ATGTCTTGTGAGCATGGGTATGCATGCATATGCATATGCATATGCACAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTGTGAGCATGGGTATGCATGCATATGCATATGCATATGCACAAA  538

seq1  TCAATCTATCAATCAATAGGTACAAGTAAAGTAAGTGAATCAGTAATTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTATCAATCAATAGGTACAAGTAAAGTAAGTGAATCAGTAATTAA  588

seq1  AATCTGTTACTGTCTGCTTTGTCTTGCATTAATCTCTTTTATTAGCCTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGTTACTGTCTGCTTTGTCTTGCATTAATCTCTTTTATTAGCCTCT  638

seq1  TTTTCAGGTCTTCCATTTCTATACCCAAGAGGGTAGAGGAAAAGTTTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGGTCTTCCATTTCTATACCCAAGAGGGTAGAGGAAAAGTTTTCC  688

seq1  TCACTGGCCCTTCACTGATGCCACCTTGGTGTCCTAAATAATCAGCCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGCCCTTCACTGATGCCACCTTGGTGTCCTAAATAATCAGCCTTT  738

seq1  AAATTCACCCATAGCCCAATGTTTTCCTTAGGGGCTGAAAGATAGTTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCACCCATAGCCCAATGTTTTCCTTAGGGGCTGAAAGATAGTTTTT  788

seq1  GATGACAGCCCTTGCATCTGAAAGTCTTAATGCAAAGGGCCACAACTATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACAGCCCTTGCATCTGAAAGTCTTAATGCAAAGGGCCACAACTATG  838

seq1  GGTTCTAGAGTCATTTTGACTTGTCCTCTCTTGGAATATAATAATAGAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTAGAGTCATTTTGACTTGTCCTCTCTTGGAATATAATAATAGAGA  888

seq1  ATATCTGCTTCCCAAAGAAGACAAGTGAAGACCCAGCAGCCATCAAGGGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGCTTCCCAAAGAAGACAAGTGAAGACCCAGCAGCCATCAAGGGA  938

seq1  ACTTTAGTTTATGTTGATATAGTATGAGATTAACAGATTAATAGAGGTGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTAGTTTATGTTGATATAGTATGAGATTAACAGATTAATAGAGGTGG  988

seq1  AGAAATCATGCATTTGTCTCTTCCACAGTGTCTTTTACAG  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATCATGCATTTGTCTCTTCCACAGTGTCTTTTACAG  1028

seq1: chr16_50001986_50003011
seq2: B6Ng01-021E05.g_67_1063

seq1  GAATTCTCTGAAGAGTGTTTAGTAAAGAGAGTACAGTTTGAAGTGAATAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGAAGAGTGTTTAGTAAAGAGAGTACAGTTTGAAGTGAATAG  50

seq1  AAATGGTTTTGTTCACAGGCTCTGCCTTACTGTTGGATTCAAAGAGTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGTTTTGTTCACAGGCTCTGCCTTACTGTTGGATTCAAAGAGTGTT  100

seq1  CAGCCCCAGAAAAGAACATCAATGTCTTTTTTGAAAATTAAACACACAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCCAGAAAAGAACATCAATGTCTTTTTTGAAAATTAAACACACAAG  150

seq1  AACTTGCACACACACATGCACACACACACACACACACACACACACACACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGCACACACACATGCACACACACACACACACACACACACACACACA  200

seq1  CACACACACACACACACTATCCTTTTCTGCCTACCTCTGAGCACTACTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACTATCCTTTTCTGCCTACCTCTGAGCACTACTTA  250

seq1  ACCGTGGAAAAGCTCATAACTCTAGAAGAAATGTACTTTGATCTAAAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTGGAAAAGCTCATAACTCTAGAAGAAATGTACTTTGATCTAAAGTG  300

seq1  AGTGCTTTATAGGAATAAAGACATCACATTGTCTGTCATTGGTGAAATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTTATAGGAATAAAGACATCACATTGTCTGTCATTGGTGAAATGA  350

seq1  ATTACCAAGGACTTGGCTTCAGAAAGCTAACAAAAAGACCCTAGATGACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCAAGGACTTGGCTTCAGAAAGCTAACAAAAAGACCCTAGATGACT  400

seq1  TTGCTGAGTGAGGTCTCCAAGTCTGGGAGGGGGTTGGATGGCAGGGGTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGAGTGAGGTCTCCAAGTCTGGGAGGGGGTTGGATGGCAGGGGTCC  450

seq1  TGCAGGAGGTCTCCTCTTAGCTTTGTCACCAGCCAGTTCCTGTCACCTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGAGGTCTCCTCTTAGCTTTGTCACCAGCCAGTTCCTGTCACCTTA  500

seq1  GGGGAGACACTTAAGCTCTTTGTACTTTTGAAAACTCTGGGATAATGCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGACACTTAAGCTCTTTGTACTTTTGAAAACTCTGGGATAATGCTT  550

seq1  GCTGTCCACTTAACCTCAAAGGGATATGTGAAGATTAGCCAATTAAAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCCACTTAACCTCAAAGGGATATGTGAAGATTAGCCAATTAAAGTT  600

seq1  TGCCAGTGCCTGGAAATCAATGGAGGAAGGCATCTTTATAAATGTAAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGTGCCTGGAAATCAATGGAGGAAGGCATCTTTATAAATGTAAAGC  650

seq1  ATTTCTGCCATGCCCTCTTCCTCCCGCTCTGTCTCCTTCTCCCTCTCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGCCATGCCCTCTTCCTCCCGCTCTGTCTCCTTCTCCCTCTCCTC  700

seq1  TGTTCCTCTTGCCTCTGTTCCCCTTCCAAAGGGTGGTTGTCCCAGAAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGTTCCTCTTGCCTCTGTTCCCCTTCCAAAGGGTGGTTGTCTCAGAAGAC  750

seq1  TTGGTGAGGTCTCTTTGTGGTTTCTCTTCTGGTGTCTATTGTGAAAATGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGAGGTCTCTTTGTGGTTTCTCTTCTGGTGTCTATTGTGAAAATGC  800

seq1  CTGGGTATCTTCTCCTACTAAATGACGTACTTGAAATAGCTCCTTTCTAT  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||
seq2  CTGGGTATCTTCTCCTACTAAATGACGTACTTGAAATAGCTCCTT--CAT  848

seq1  ACCACAAGGGGCAGTTTCCAAATCAAACAGTTCTATGCTGTCAATGAGGC  900
      ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACCAC-AGGTGCAGTTTCCAAATCAAACAGTTCTATGCTGT-AATGAGGC  896

seq1  CCACCGGGCATGTTTTCCTTTGTGTTCATGGTTAACATCCTGGAAAATGG  950
      ||||| ||||||||   | |||||||||||| |||||| ||||||     
seq2  CCACC-GGCATGTT---CCTTGTGTTCATGG-TAACAT-CTGGAA-----  935

seq1  AGAAACCCATTGTAATAGCATAGTAAGTATAATTCAGAAATATTTGCCTA  1000
       |||||||| ||| ||| |||| ||||  ||||    ||||||||| |||
seq2  TGAAACCCA-TGT-ATA-CATA-TAAG--TAAT---CAAATATTTG-CTA  975

seq1  TTAGGGACTCAAAGCTAATGAGGTTT  1026
      |   |||||| ||||| |||||||||
seq2  T--AGGACTC-AAGCT-ATGAGGTTT  997