BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-024B18
Chromosome16 (Build37)
Map Location 40,809,117 - 40,935,336
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667400
Downstream geneEG667450, Lsamp
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-024B18.bB6Ng01-024B18.g
ACCDH855841DH855842
length1,1811,071
definitionDH855841|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-024B18, 5' end.DH855842|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-024B18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,934,145 - 40,935,336)(40,809,117 - 40,810,195)
sequence
gaattcttttaaaaaaataatgtttctaggaagataaaatgacatgcctc
tggtcaggactctggaaagaatgcaaacaagtaaccatatatgagtgtgt
actgttatgctccacagttatagttttctaataattagagtatctttata
gagtaacaagatcagtgaagacattctcactccaatgcccactgggcctc
agacatcagctgcatttgggatcaaatcaggctattaaaccacagggcag
agtgtctgtgatttgcatgagtaattagaaatgattaatagaacaccttg
cttaattaaacttatctcataaggacacctcttaaaaacgtatgagcttg
gcaattcataatcaccttaggtgtgttagatataatgtttttaggctcca
gtgaatcatttttgactatttaaaatagatgtgattgaatggtacatgta
tattagatatcttgaaattttacaaatacagtataagggtgtgctgagtg
agaaatgatgctgctgttttggaaaacactgtaagttagaaagggctgta
taatctttcagtgaactagctaccaatcaagatatttctttaacatagat
atagtcatattaaaggaaaatattcaatcaaatatttgctgaatttttaa
tttaacagtttaaaatcttaaaatgaagcaaaaaaaatcagacttgagct
tagtatcaggtagtaaattatacataaatatgtagacgaatataaatatt
gcctagtagcatggaaataatatctaaaaatgtattatgctatgtgactt
acttgtgatttagatttagattgataacaggtacaggcacttgttaccca
accctgctaatgagatttgaatacacagaacaaaagtgatggaagaaaat
aatcaactcctataagttatgtgttttaatctctacacatgtcctacaat
acacacatacatacacacaaaatacacacacagttttgtgaaacaacagg
accattgaattgtgacctaacagttgctatgtttgcctgtttatgaccta
cacaagattagccagccaaaccccagctaactagagaggactcaggaaga
tcactcctagagaatctttgcagttgatagcttgttggaaaggagagtct
aattttctccaaggaaatagtccttatcggg
gaattcaggacaggaatttaagcagggctagaacctggagacaggagctg
atgctgaggccatggaggggtactgcttactggcttgtttcctctggctt
gttcagtttgccttcatatacgactcagcactgccagcccaggcatggca
acaaccatgataggccaggcccaaccctttaatcacaaatttttaaaaaa
tgccctacagctggatttcatggaagcatttcctcaactgaggctccttt
ctctgtgatgactctagcttgtgtcaagttcacaagcaaaagcagacagt
acaacccataatatattgaattagggtcagatttgtggttaatgacatat
ctattaaatatggaggtaatggagtaggacacttaagaagttctggacca
gaaatttatattttatttgcctgtatactcttctagctgtagaagaaaaa
aacagtgttcaaacaagtgaaatgactggtggtgaatccagaaggagctt
acactttagaacggtgattctcaacctatggtcttgcctcccacagagct
tgcatatcatctagcctacatatcagatattacattatgatttataacag
tatcaaaattacagttatgaagtaccaatgaaacattctaaggattgggg
tcatctcagatgggaaattgcattaaactgttggagcattaggaaggtta
agaaccactgttttagcaaatggaactaaacgaagcattaaaagagaaaa
atcaaattgtacaatattttaaggtgatatgggtttaagaaaaaaaatca
caagtaaggaaatgccatagatatagtcaaacatggaataatcttaatat
attctgagtataaaataaagtctcatgaaagagtgatagttatttcttca
aataagttagagaataaaccatgaagatggtcagaaagtattatgctaag
gtcaagtgtccagagtctagtatgtgtgatcatagctaggcaagaggaag
aatgggtgatataggaatggtgccagaatgggatgggtcccagagccttt
ctaagacaatctgctagagtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_40934145_40935336
seq2: B6Ng01-024B18.b_31_1211 (reverse)

seq1  CCCGATAGGGACTATTTCACTGGAGAAAAATGAGTCTCCCTTCTCCAAC-  49
      ||||||| ||||||||||  ||||| ||||| || ||| | | |||||| 
seq2  CCCGATAAGGACTATTTCCTTGGAG-AAAATTAGACTCTCCTTTCCAACA  49

seq1  AGCTATCAACTGCCAAGAGTCCTACCTAGGAGTTGATCTTCCTGAGTCCT  99
      ||||||||||||| |||| ||    ||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGCTATCAACTGCAAAGATTC---TCTAGGAG-TGATCTTCCTGAGTCCT  95

seq1  CTCTTATGTTTGCTGGGGTTTTGGCTGGCTTAATCTTGTGTAGGTCATAT  149
      ||||   ||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  CTCT--AGTTAGCTGGGG-TTTGGCTGGC-TAATCTTGTGTAGGTCATAA  141

seq1  ACAGGCAACCATAGCCACTGTAAGGTCACAAATTCAATGGTCCTGGTGTG  199
      |||||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||| 
seq2  ACAGGCAAACATAGCAACTGTTAGGTCAC-AATTCAATGGTCCTGTTGT-  189

seq1  TTCACAAAACTGTGTGTGTATGTTTGTGTGTATGTATGTGTGTATTGTAG  249
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAAAACTGTGTGTGTAT-TTTGTGTGTATGTATGTGTGTATTGTAG  238

seq1  GACATGTGTAGAGATTAAAACACATAACTTATAGGAGTTGATTATTTTCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGTGTAGAGATTAAAACACATAACTTATAGGAGTTGATTATTTTCT  288

seq1  TCCATCACTTTTGTTCTGTGTATTCAAATCTCATTAGCAGGGTTGGGTAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCACTTTTGTTCTGTGTATTCAAATCTCATTAGCAGGGTTGGGTAA  338

seq1  CAAGTGCCTGTACCTGTTATCAATCTAAATCTAAATCACAAGTAAGTCAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGCCTGTACCTGTTATCAATCTAAATCTAAATCACAAGTAAGTCAC  388

seq1  ATAGCATAATACATTTTTAGATATTATTTCCATGCTACTAGGCAATATTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCATAATACATTTTTAGATATTATTTCCATGCTACTAGGCAATATTT  438

seq1  ATATTCGTCTACATATTTATGTATAATTTACTACCTGATACTAAGCTCAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCGTCTACATATTTATGTATAATTTACTACCTGATACTAAGCTCAA  488

seq1  GTCTGATTTTTTTTGCTTCATTTTAAGATTTTAAACTGTTAAATTAAAAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGATTTTTTTTGCTTCATTTTAAGATTTTAAACTGTTAAATTAAAAA  538

seq1  TTCAGCAAATATTTGATTGAATATTTTCCTTTAATATGACTATATCTATG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCAAATATTTGATTGAATATTTTCCTTTAATATGACTATATCTATG  588

seq1  TTAAAGAAATATCTTGATTGGTAGCTAGTTCACTGAAAGATTATACAGCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGAAATATCTTGATTGGTAGCTAGTTCACTGAAAGATTATACAGCC  638

seq1  CTTTCTAACTTACAGTGTTTTCCAAAACAGCAGCATCATTTCTCACTCAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTAACTTACAGTGTTTTCCAAAACAGCAGCATCATTTCTCACTCAG  688

seq1  CACACCCTTATACTGTATTTGTAAAATTTCAAGATATCTAATATACATGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCCTTATACTGTATTTGTAAAATTTCAAGATATCTAATATACATGT  738

seq1  ACCATTCAATCACATCTATTTTAAATAGTCAAAAATGATTCACTGGAGCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTCAATCACATCTATTTTAAATAGTCAAAAATGATTCACTGGAGCC  788

seq1  TAAAAACATTATATCTAACACACCTAAGGTGATTATGAATTGCCAAGCTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACATTATATCTAACACACCTAAGGTGATTATGAATTGCCAAGCTC  838

seq1  ATACGTTTTTAAGAGGTGTCCTTATGAGATAAGTTTAATTAAGCAAGGTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGTTTTTAAGAGGTGTCCTTATGAGATAAGTTTAATTAAGCAAGGTG  888

seq1  TTCTATTAATCATTTCTAATTACTCATGCAAATCACAGACACTCTGCCCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTAATCATTTCTAATTACTCATGCAAATCACAGACACTCTGCCCT  938

seq1  GTGGTTTAATAGCCTGATTTGATCCCAAATGCAGCTGATGTCTGAGGCCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTTAATAGCCTGATTTGATCCCAAATGCAGCTGATGTCTGAGGCCC  988

seq1  AGTGGGCATTGGAGTGAGAATGTCTTCACTGATCTTGTTACTCTATAAAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGCATTGGAGTGAGAATGTCTTCACTGATCTTGTTACTCTATAAAG  1038

seq1  ATACTCTAATTATTAGAAAACTATAACTGTGGAGCATAACAGTACACACT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCTAATTATTAGAAAACTATAACTGTGGAGCATAACAGTACACACT  1088

seq1  CATATATGGTTACTTGTTTGCATTCTTTCCAGAGTCCTGACCAGAGGCAT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATGGTTACTTGTTTGCATTCTTTCCAGAGTCCTGACCAGAGGCAT  1138

seq1  GTCATTTTATCTTCCTAGAAACATTATTTTTTTAAAAGAATTC  1192
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTTTATCTTCCTAGAAACATTATTTTTTTAAAAGAATTC  1181

seq1: chr16_40809117_40810195
seq2: B6Ng01-024B18.g_67_1137

seq1  GAATTCAGGACAGGAATTTAAGCAGGGCTAGAACCTGGAGACAGGAGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGACAGGAATTTAAGCAGGGCTAGAACCTGGAGACAGGAGCTG  50

seq1  ATGCTGAGGCCATGGAGGGGTACTGCTTACTGGCTTGTTTCCTCTGGCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGAGGCCATGGAGGGGTACTGCTTACTGGCTTGTTTCCTCTGGCTT  100

seq1  GTTCAGTTTGCCTTCATATACGACTCAGCACTGCCAGCCCAGGCATGGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGTTTGCCTTCATATACGACTCAGCACTGCCAGCCCAGGCATGGCA  150

seq1  ACAACCATGATAGGCCAGGCCCAACCCTTTAATCACAAATTTTTAAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCATGATAGGCCAGGCCCAACCCTTTAATCACAAATTTTTAAAAAA  200

seq1  TGCCCTACAGCTGGATTTCATGGAAGCATTTCCTCAACTGAGGCTCCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTACAGCTGGATTTCATGGAAGCATTTCCTCAACTGAGGCTCCTTT  250

seq1  CTCTGTGATGACTCTAGCTTGTGTCAAGTTCACAAGCAAAAGCAGACAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGATGACTCTAGCTTGTGTCAAGTTCACAAGCAAAAGCAGACAGT  300

seq1  ACAACCCATAATATATTGAATTAGGGTCAGATTTGTGGTTAATGACATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCCATAATATATTGAATTAGGGTCAGATTTGTGGTTAATGACATAT  350

seq1  CTATTAAATATGGAGGTAATGGAGTAGGACACTTAAGAAGTTCTGGACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAAATATGGAGGTAATGGAGTAGGACACTTAAGAAGTTCTGGACCA  400

seq1  GAAATTTATATTTTATTTGCCTGTATACTCTTCTAGCTGTAGAAGAAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTTATATTTTATTTGCCTGTATACTCTTCTAGCTGTAGAAGAAAAA  450

seq1  AACAGTGTTCAAACAAGTGAAATGACTGGTGGTGAATCCAGAAGGAGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTGTTCAAACAAGTGAAATGACTGGTGGTGAATCCAGAAGGAGCTT  500

seq1  ACACTTTAGAACGGTGATTCTCAACCTATGGTCTTGCCTCCCACAGAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTTAGAACGGTGATTCTCAACCTATGGTCTTGCCTCCCACAGAGCT  550

seq1  TGCATATCATCTAGCCTACATATCAGATATTACATTATGATTTATAACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATCATCTAGCCTACATATCAGATATTACATTATGATTTATAACAG  600

seq1  TATCAAAATTACAGTTATGAAGTACCAATGAAACATTCTAAGGATTGGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAAATTACAGTTATGAAGTACCAATGAAACATTCTAAGGATTGGGG  650

seq1  TCATCTCAGATGGGAAATTGCATTAAACTGTTGGAGCATTAGGAAGGTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCAGATGGGAAATTGCATTAAACTGTTGGAGCATTAGGAAGGTTA  700

seq1  AGAACCACTGTTTTAGCAAATGGAACTAAACGAAGCATTAAAAGAGAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCACTGTTTTAGCAAATGGAACTAAACGAAGCATTAAAAGAGAAAA  750

seq1  ATCAAATTGTACAATATTTTAAGGTGATATGGGTTTAAGAAAAAAAATCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAATTGTACAATATTTTAAGGTGATATGGGTTTAAGAAAAAAAATCA  800

seq1  CAAGTAAGGAAATGCCATAGATATAGTCAAACATGGAATAATCTTAATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTAAGGAAATGCCATAGATATAGTCAAACATGGAATAATCTTAATAT  850

seq1  ATTCTGAGTATAAAATAAAGTCTCATGAAAGAGTGATAGTTATTTCTTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGAGTATAAAATAAAGTCTCATGAAAGAGTGATAGTTATTTCTTCA  900

seq1  AATAAGTTAGAGAATAAACCATGAAGATGGTCAGAAAGTATTATGCTAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGTTAGAGAATAAACCATGAAGATGGTCAGAAAGTATTATGCTAAG  950

seq1  GTCCAAGTGTCCAGAGTCTAGTATGTGTGATCATAGCTTAGGCAAGAGGG  1000
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  GT-CAAGTGTCCAGAGTCTAGTATGTGTGATCATAGC-TAGGCAAGA-GG  997

seq1  AAGAATGGGTGATATAGGAATGGTGGCCAAGATGGGATGGGTCCCCAGAG  1050
      |||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||
seq2  AAGAATGGGTGATATAGGAATGGT-GCCAGAATGGGATGGGT-CCCAGAG  1045

seq1  CTCTTTCTAAGGACAAAACTGCTAGAGTT  1079
      | |||||||| ||| || |||||||||||
seq2  C-CTTTCTAA-GAC-AATCTGCTAGAGTT  1071