BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-027F20
Chromosome16 (Build37)
Map Location 10,512,807 - 10,729,145
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCiita, Dexi, 4932416N17Rik
Upstream geneGrin2a, LOC665291, LOC100042534, 4930517K11Rik, Atf7ip2, Emp2, Tekt5, Nubp1, BC068110, LOC669998
Downstream geneSocs1, Tnp2, Prm3, Prm2, Prm1, A630055G03Rik, Litaf, LOC100043147, LOC100042597, Snn, Txndc11, Zc3h7a, LOC665450, LOC622271, Rsl1d1, Gspt1, Tnfrsf17, 4933437K13Rik, LOC100043171
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-027F20.bB6Ng01-027F20.g
ACCDH858126DH858127
length1,013988
definitionDH858126|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027F20, 5' end.DH858127|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027F20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,512,807 - 10,513,823)(10,728,152 - 10,729,145)
sequence
gaattcaggcagcagagccatcttccccgaatgtgaatctggtcagattc
cagtgctgcttgcagccctgcaaggactccctgtgcctctcgggatgggg
ggtctaagttcttccgttcagctcagtcaagtccatgttgcagcatgctg
gagcacagggtcatctccagaacagttcctcccacatccctgacactcac
gttagaaggcctgccacagttgtgcccagaatttagcactaagcttcctg
gcagccagagaaaaagtgaaccagtaagggctgatgtggtcgtggaagga
ggaggtcaagctaagaaaaggatcttacgaggtgggaggtccctttgcag
agccccacctgcccttgtaatctcgccttggtgctgtgcctgggtctgag
gccttccctccacagggcctccttgagtgatacaatggcattatgggagt
cccttcagcagcagggagaagcccagctactccaggcggcagaggagaag
ttcaccattgagccatttaaagccaaatccccaaaggatgtggaagacct
ggatcgtctcgtgcagacccagaggtgaggaggcaaggggtcagagttag
gtccagactgtgcaggcaagctatatatgtcacatgcacatcctagctac
agagctgcccaatagtcttacttggcatgcccacacaggccctccactgc
agtcccacccagccagggactccggttttgccctttgcccattctaagcc
tgacaccttgtatcagtctcttcacggctgaagccatggagatataacct
gctgggggctaacaaggagacctttctgcacctactaactggtgggaccc
tcctagcccccaggcagccacagacccagtgccagcaccatttcaaccgt
aacagagccaggtgcagaggacaggacacaaggacaagagagcattgtct
tagacctaagtgctgctgagcgcttctcaagtctctccatgagtcaaaaa
cagatagaacctt
gaattccacagggacaatcagccacagctttgcagtgaactttattgctg
cttacttcttaatcacgtacagtggtaaacccctgagtttacaagctgtt
tacttgcctcaaaaatgaattaccctgtaacaaatcaaaatgtcaggtgg
cttttcccaagccgccaatttatcacacatacaaacaagctgagtgttgg
agcagtgttgcgactggacttcgtgtgctcctgaatgaacatggtgagtg
aaaagctgggaccctgaggggggtctgtctctaaagacactgtcacatat
ttagagtgcgattcatgagggatgagcaagaatactaacgttctttgctg
ggtgggtggagcttagtggcacagcccttgcctagcatattaggttgccc
tgggttctgtacccaggatgctcttttgaaaagaagacaaaaggaagttc
tttaatttgggggtcagcatcaatagactagtaataaaatttacatgtaa
ttagagcatgcctacaaaggtcagataacaacttgcaggaggtggctctt
tccttctattgtgtaggacctgggcactgaaatgtcattggcttgttggt
tccaaccctgtcctattttgcagcataaactgagtagaggcactgagaat
gcatcccccccatgaacctccctccttcttcatcctctctgtatgttgca
atttcaaggggctctctttccacactaacttgccaaactgggggattagg
tgggtactagagagaaatgcagtgaatggcatggctgagccctggtcctc
agaattcttgtttcatccagcaaggcagttctagatgagctaactacagc
atggatgccagaggccttctgggtctatgtcacccacaaggactgccaag
tccttgcaacacacacagacacctagagattatgggtgggtacaggcaca
cggctctccagggtcttctctgctgattacaatatcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_10512807_10513823
seq2: B6Ng01-027F20.b_46_1058

seq1  GAATTCAGGCAGCAGAGCCATCTTCCCAGAATGTGAATCTGGTCAGATTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGCAGCAGAGCCATCTTCCCCGAATGTGAATCTGGTCAGATTC  50

seq1  CAGTGCTGCTTGCAGCCCTGCAAGGACTCCCTGTGCCTCTCGGGATGGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCTGCTTGCAGCCCTGCAAGGACTCCCTGTGCCTCTCGGGATGGGG  100

seq1  GGTCTAAGTTCTTCCGTTCAGCTCAGTCAAGTCCATGTTGCAGCATGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTAAGTTCTTCCGTTCAGCTCAGTCAAGTCCATGTTGCAGCATGCTG  150

seq1  GAGCACAGGGTCATCTCCAGAACAGTTCCTCCCACATCCCTGACACTCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACAGGGTCATCTCCAGAACAGTTCCTCCCACATCCCTGACACTCAC  200

seq1  GTTAGAAGGCCTGCCACAGTTGTGCCCAGAATTTAGCACTAAGCTTCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAAGGCCTGCCACAGTTGTGCCCAGAATTTAGCACTAAGCTTCCTG  250

seq1  GCAGCCAGAGAAAAAGTGAACCAGTAAGGGCTGATGTGGTCGTGGAAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCAGAGAAAAAGTGAACCAGTAAGGGCTGATGTGGTCGTGGAAGGA  300

seq1  GGAGGTCAAGCTAAGAAAAGGATCTTACGAGGTGGGAGGTCCCTTTGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTCAAGCTAAGAAAAGGATCTTACGAGGTGGGAGGTCCCTTTGCAG  350

seq1  AGCCCCACCTGCCCTTGTAATCTCGCCTTGGTGCTGTGCCTGGGTCTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCACCTGCCCTTGTAATCTCGCCTTGGTGCTGTGCCTGGGTCTGAG  400

seq1  GCCTTCCCTCCACAGGGCCTCCTTGAGTGATACAATGGCATTATGGGAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCCCTCCACAGGGCCTCCTTGAGTGATACAATGGCATTATGGGAGT  450

seq1  CCCTTCAGCAGCAGGGAGAAGCCCAGCTACTCCAGGCGGCAGAGGAGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCAGCAGCAGGGAGAAGCCCAGCTACTCCAGGCGGCAGAGGAGAAG  500

seq1  TTCACCATTGAGCCATTTAAAGCCAAATCCCCAAAGGATGTGGAAGACCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCATTGAGCCATTTAAAGCCAAATCCCCAAAGGATGTGGAAGACCT  550

seq1  GGATCGTCTCGTGCAGACCCAGAGGTGAGGAGGCAAGGGGTCAGAGTTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCGTCTCGTGCAGACCCAGAGGTGAGGAGGCAAGGGGTCAGAGTTAG  600

seq1  GTCCAGACTGTGCAGGCAAGCTATATATGTCACATGCACATCCTAGCTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGACTGTGCAGGCAAGCTATATATGTCACATGCACATCCTAGCTAC  650

seq1  AGAGCTGCCCAATAGTCTTACTTGGCATGCCCACACAGGCCCTCCACTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGCCCAATAGTCTTACTTGGCATGCCCACACAGGCCCTCCACTGC  700

seq1  AGTCCCACCCAGCCAGGGACTCCGGTTTTGCCCTTTGCCCATTCTAAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCACCCAGCCAGGGACTCCGGTTTTGCCCTTTGCCCATTCTAAGCC  750

seq1  TGACACCTTGTATCAGTCTCTTCACGGCTGAAGCCATGGAGATATAACCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACCTTGTATCAGTCTCTTCACGGCTGAAGCCATGGAGATATAACCT  800

seq1  GCTGGGGGCTAACAAGGAGACC-TTCTGCACCTACTAACTGGTGGGACCC  849
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGGCTAACAAGGAGACCTTTCTGCACCTACTAACTGGTGGGACCC  850

seq1  TCCTAGCCCCCCAGGCAGCCACAGACCCAGTGCCAGCACCATTTCAACCG  899
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAG-CCCCCAGGCAGCCACAGACCCAGTGCCAGCACCATTTCAACCG  899

seq1  TAACAGAGCCAAGGTGCAGAGGACAGGACACAAGGACAAGGAGAGCATTG  949
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TAACAGAGCC-AGGTGCAGAGGACAGGACACAAGGACAA-GAGAGCATTG  947

seq1  TCTAAGACCTAAGTGCTGCTGAGCGCTTTCTCCAAGTCTCTCCATGAGTC  999
      ||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGACCTAAGTGCTGCTGAGCGC-TTCT-CAAGTCTCTCCATGAGTC  995

seq1  AGACACAGATAGAACCCT  1017
      | | |||||||||||| |
seq2  AAAAACAGATAGAACCTT  1013

seq1: chr16_10728152_10729145
seq2: B6Ng01-027F20.g_67_1053 (reverse)

seq1  GGATCTTGTCATCAGCAGAGAAGACCCTGGGGAGCCTGTGTGCCTGTTAC  50
      |||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||
seq2  GGATATTGTAATCAGCAGAGAAGACCCTGGAGAGCC-GTGTGCCTG-TAC  48

seq1  CCATCCCATAATCTCTAGGTTGTCTGTGTGTGTTTGCAAGGACTTGGCAG  100
      ||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CCA-CCCATAATCTCTAGG-TGTCTGTGTGTG-TTGCAAGGACTTGGCAG  95

seq1  TCCTTGTGGGTTGACATAGACCCAGAAGGCCTCTGGCATCCCTGCTGTAG  150
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCCTTGTGGG-TGACATAGACCCAGAAGGCCTCTGGCATCCATGCTGTAG  144

seq1  TTAGCTCATCTAGAACTGCCTTGCTGGGATGAAACAAGAATTCTGAGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTCATCTAGAACTGCCTTGCT-GGATGAAACAAGAATTCTGAGGAC  193

seq1  CAGGGCTCAGCCATGCCATTCACCTGCATTTCTCTCTAGTACCCACCTAA  250
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCTCAGCCATGCCATTCA-CTGCATTTCTCTCTAGTACCCACCTAA  242

seq1  TCCCCCAGTTTGGCAAGTTAGTGTGG-AAGAGAGCCCCTTGAAATTGCAA  299
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCAGTTTGGCAAGTTAGTGTGGAAAGAGAGCCCCTTGAAATTGCAA  292

seq1  CATACAGAGAGGATGAAGAAGGAGGGAGGTTCATGGGGGGGATGCATTCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAGAGAGGATGAAGAAGGAGGGAGGTTCATGGGGGGGATGCATTCT  342

seq1  CAGTGCCTCTACTCAGTTTATGCTGCAAAATAGGACAGGGTTGGAACCAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCCTCTACTCAGTTTATGCTGCAAAATAGGACAGGGTTGGAACCAA  392

seq1  CAAGCCAATGACATTTCAGTGCCCAGGTCCTACACAATAGAAGGAAAGAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCAATGACATTTCAGTGCCCAGGTCCTACACAATAGAAGGAAAGAG  442

seq1  CCACCTCCTGCAAGTTGTTATCTGACCTTTGTAGGCATGCTCTAATTACA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTCCTGCAAGTTGTTATCTGACCTTTGTAGGCATGCTCTAATTACA  492

seq1  TGTAAATTTTATTACTAGTCTATTGATGCTGACCCCCAAATTAAAGAACT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATTTTATTACTAGTCTATTGATGCTGACCCCCAAATTAAAGAACT  542

seq1  TCCTTTTGTCTTCTTTTCAAAAGAGCATCCTGGGTACAGAACCCAGGGCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTGTCTTCTTTTCAAAAGAGCATCCTGGGTACAGAACCCAGGGCA  592

seq1  ACCTAATATGCTAGGCAAGGGCTGTGCCACTAAGCTCCACCCACCCAGCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAATATGCTAGGCAAGGGCTGTGCCACTAAGCTCCACCCACCCAGCA  642

seq1  AAGAACGTTAGTATTCTTGCTCATCCCTCATGAATCGCACTCTAAATATG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACGTTAGTATTCTTGCTCATCCCTCATGAATCGCACTCTAAATATG  692

seq1  TGACAGTGTCTTTAGAGACAGACCCCCCTCAGGGTCCCAGCTTTTCACTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGTGTCTTTAGAGACAGACCCCCCTCAGGGTCCCAGCTTTTCACTC  742

seq1  ACCATGTTCATTCAGGAGCACACGAAGTCCAGTCGCAACACTGCTCCAAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTTCATTCAGGAGCACACGAAGTCCAGTCGCAACACTGCTCCAAC  792

seq1  ACTCAGCTTGTTTGTATGTGTGATAAATTGGCGGCTTGGGAAAAGCCACC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGCTTGTTTGTATGTGTGATAAATTGGCGGCTTGGGAAAAGCCACC  842

seq1  TGACATTTTGATTTGTTACAGGGTAATTCATTTTTGAGGCAAGTAAACAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTTTGATTTGTTACAGGGTAATTCATTTTTGAGGCAAGTAAACAG  892

seq1  CTTGTAAACTCAGGGGTTTACCACTGTACGTGATTAAGAAGTAAGCAGCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAAACTCAGGGGTTTACCACTGTACGTGATTAAGAAGTAAGCAGCA  942

seq1  ATAAAGTTCACTGCAAAGCTGTGGCTGATTGTCCCTGTGGAATTC  994
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGTTCACTGCAAAGCTGTGGCTGATTGTCCCTGTGGAATTC  987