BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-029D24
Chromosome16 (Build37)
Map Location 78,743,268 - 78,901,349
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC435483, LOC100039561, Cxadr, Btg3, D16Ertd472e, LOC100039605, 4930570E03Rik
Downstream geneChodl, Prss7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-029D24.bB6Ng01-029D24.g
ACCDH859503DH859504
length1,0911,098
definitionDH859503|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029D24, 5' end.DH859504|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029D24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,743,268 - 78,744,392)(78,900,245 - 78,901,349)
sequence
gaattcactcttctgtttttaaaaaaggcagcaaacatttccaaaggctc
tagaaattgtgtaacatttacccacaggcttcatatctgaaatgtcacat
tgtttctgacctgtgattggaaggccattttgctcagtggttgccgctag
ctgtcgttggcagactaacctgtagtcccaaccttcccaatgtgaggagt
gttgaatacagctcttcatgttgtggtgacccacaaccataaaattaatc
ttgtttctgcttcatgtctgtaactttgatacctttatgaatcatacagc
aagggtatgatatgcaggatatctcaaatcatcatatgattctttgatac
ttgaatgagacccctgtgaaaggggtcatgacgtaaggttgagaactgct
gcctagactcagttaaaagggtggtcactgcagatggaggacttgtgaag
gaatcttgactcgatctccatgtcgatgggacttgattaggttgcttcag
cactttaagcaccagttttcttgaatatgatataaaataactatgatcat
ctcacaaggatgccataaaatgtgacaatggttttaatgtaaagcactta
ataaaaataatatttcaggaaaaatattctcttggttaaggcttcatctt
attgcatacagagaaacacacatatgtatgcacacacacacatacacatg
cacacataggcacacatacatatacatgtgcattcacaaacacacacaca
tacaggcacacattcacaatatgtgcctggacacagatatacacacaggc
acagatttatgtatacacacacatcttttctttacctctcccaaacaaca
aacaacaacaaacaaacaaaccaacaaccaacaacaacccttcttaacat
attaattggaagctctatctggctcataggtagagtcgtccttatgttta
gatccacgagcccaggcctgcctgggttagtattcagtgtcatggatcat
gtgatgacaatcagaaatgtacttagaaacgttgtgtcctgctttgcagt
gaaggttgagggctgatagtctatgctgccattgcccctca
gaattctagggtttatatcggttattttggagatggcattgtcaaatcag
aataatccaatgtaatcctatgtctcctaaggtttgatgtggatcaagct
actcctgttgtttccatacagtagtattttcttttaaacaaacatatcaa
tgtagtgatcaagtagacaatcatactgagtggatgcaaagagatatgtt
ccgttgattagtttcaaattagatatgcattaatctctaaattctactga
gtggataaagccttacaaagtatgaagtaaatgggataaagtaatcaaaa
gattcttcatgtgaaaaatcacagagttttaagaagctattacactgtcg
tcgaaggcccctttcaattataacaaggaaatggaatgtgtagtcagcag
caaaccataaagccataaatccatgttactgttgtctgagaagatttaaa
ggcagcaaaaagtctgcctggaactttaaagggtagtgtacaattatcta
catgcacttttatacaagtaagcactttagtaattatttttaaaatactg
cagaattcctctccatatttgattgaaaaaagatatatcagccttctgag
ccgacttttcactcaagtattaaaggcctcaaaatattcgatgtctcctt
ataaactttgcttctgcatttcttggtcttctaatggtctcaagaattta
tctgagccaggatctgcctgttttaatcaaaataaaatacttaagctacc
agatatattaaataacatatgtgacttattttgatagtataaataatcac
aaatataaaaaaacattgaattgaaaatacagagtttatttagtgattcc
actgatctttatatatgatttattattttatatcagataataaaaacaat
ttttaacttgaacttttctttaaattattgaaaatgacattggacagtta
ctagcttttgtagatgcagccaattattatctattttaagttgaacagaa
tattatgccttgaagacaaagatgccttattataaaacaaattacgttct
ttaatctcattcctctatgtataggaatacctgaataaactttccaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_78743268_78744392
seq2: B6Ng01-029D24.b_44_1134

seq1  GAATTCACTCTTCTGTTTTTAAAAAAGGCAGCAAACATTTCCAAAGGCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTTCTGTTTTTAAAAAAGGCAGCAAACATTTCCAAAGGCTC  50

seq1  TAGAAATTGTGTAACATTTACCCACAGGCTTCATATCTGAAATGTCACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATTGTGTAACATTTACCCACAGGCTTCATATCTGAAATGTCACAT  100

seq1  TGTTTCTGACCTGTGATTGGAAGGCCATTTTGCTCAGTGGTTGCCGCTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTGACCTGTGATTGGAAGGCCATTTTGCTCAGTGGTTGCCGCTAG  150

seq1  CTGTCGTTGGCAGACTAACCTGTAGTCCCAACCTTCCCAATGTGAGGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCGTTGGCAGACTAACCTGTAGTCCCAACCTTCCCAATGTGAGGAGT  200

seq1  GTTGAATACAGCTCTTCATGTTGTGGTGACCCACAACCATAAAATTAATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAATACAGCTCTTCATGTTGTGGTGACCCACAACCATAAAATTAATC  250

seq1  TTGTTTCTGCTTCATGTCTGTAACTTTGATACCTTTATGAATCATACAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCTGCTTCATGTCTGTAACTTTGATACCTTTATGAATCATACAGC  300

seq1  AAGGGTATGATATGCAGGATATCTCAAATCATCATATGATTCTTTGATAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTATGATATGCAGGATATCTCAAATCATCATATGATTCTTTGATAC  350

seq1  TTGAATGAGACCCCTGTGAAAGGGGTCATGACGTAAGGTTGAGAACTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATGAGACCCCTGTGAAAGGGGTCATGACGTAAGGTTGAGAACTGCT  400

seq1  GCCTAGACTCAGTTAAAAGGGTGGTCACTGCAGATGGAGGACTTGTGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGACTCAGTTAAAAGGGTGGTCACTGCAGATGGAGGACTTGTGAAG  450

seq1  GAATCTTGACTCGATCTCCATGTCGATGGGACTTGATTAGGTTGCTTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTTGACTCGATCTCCATGTCGATGGGACTTGATTAGGTTGCTTCAG  500

seq1  CACTTTAAGCACCAGTTTTCTTGAATATGATATAAAATAACTATGATCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTAAGCACCAGTTTTCTTGAATATGATATAAAATAACTATGATCAT  550

seq1  CTCACAAGGATGCCATAAAATGTGACAATGGTTTTAATGTAAAGCACTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAAGGATGCCATAAAATGTGACAATGGTTTTAATGTAAAGCACTTA  600

seq1  ATAAAAATAATATTTCAGGAAAAATATTCTCTTGGTTAAGGCTTCATCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAATAATATTTCAGGAAAAATATTCTCTTGGTTAAGGCTTCATCTT  650

seq1  ATTGCATACAGAGAAACACACATATGTATGCACACACACACATACACATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCATACAGAGAAACACACATATGTATGCACACACACACATACACATG  700

seq1  CACACATAGGCACACATACATATACATGTGCATTCACAAACACACACACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATAGGCACACATACATATACATGTGCATTCACAAACACACACACA  750

seq1  TACAGGCACACATTCACAATATGTGCCTGGACACAGATATACACACAGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGCACACATTCACAATATGTGCCTGGACACAGATATACACACAGGC  800

seq1  ACAGATTTATGTATACACACACATCTTTTCTTTACCTCTCCCAAAACAAA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||
seq2  ACAGATTTATGTATACACACACATCTTTTCTTTACCTCTCCCAAA--CAA  848

seq1  CAAACAAACAAACAAACAAACAAACCAACAAACCAACAAACAAACCCTTC  900
      |||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||
seq2  CAAACAA--CAACAAACAAACAAACCAAC-AACCAACAA--CAACCCTTC  893

seq1  TTTAACCATATTTAATTGGAAGCTCCTATCTTGGGCTCATAGGTAGGAGT  950
      ||  | |||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||
seq2  TT--AACATA-TTAATTGGAAGCT-CTATCT--GGCTCATAGGTA-GAGT  936

seq1  CGTCCTTATGTTTTAGATCCACGGAAGCCCAGGCCTGCCTGGGTTTAGTA  1000
      |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||
seq2  CGTCCTTATG-TTTAGATCCACG--AGCCCAGGCCTGCCTGGG-TTAGTA  982

seq1  TTCAAGTGTCAATGGATCATGTGATGACAAATCAGAAAATGGTACCTTAG  1050
      ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||   ||| |||||
seq2  TTC-AGTGTC-ATGGATCATGTGATGAC-AATCAGAAA--TGTA-CTTAG  1026

seq1  AAAACGTTTGTGTCCTTGCTTTGCCAGTGAAAAGTTTGAAGTGCTGAATA  1100
       ||||| |||||||| ||||||| |||||  ||| ||| || |||| |||
seq2  -AAACG-TTGTGTCC-TGCTTTG-CAGTG--AAGGTTG-AGGGCTG-ATA  1068

seq1  GTCTAATGCCTGCCATTGCCTCTCA  1125
      |||| ||| ||||||||||| ||||
seq2  GTCT-ATG-CTGCCATTGCCCCTCA  1091

seq1: chr16_78900245_78901349
seq2: B6Ng01-029D24.g_64_1161 (reverse)

seq1  CTTGGAAAGTTTATTTAAGTATTACTATTACCATAGAGGATTGAAGATAA  50
      ||||||||||||||| | ||||| ||||   ||||||||| || |||| |
seq2  CTTGGAAAGTTTATTCAGGTATTCCTAT--ACATAGAGGAATG-AGATTA  47

seq1  TAGAAACGTAATTTGTTTTATAATAAGGCATCTTTGTCTTCAAAGGCATA  100
       || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AAG-AACGTAATTTGTTTTATAATAAGGCATCTTTGTCTTC-AAGGCATA  95

seq1  ATATTCTGTTCAACTTAAAATAGATAATAAATTGGCTGCATCTACAAAAG  150
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCTGTTCAACTTAAAATAGATAAT-AATTGGCTGCATCTACAAAAG  144

seq1  CTAGTAACTGTCCAATGTCATTTTCAATAATTTAAAAGAAAAGTTCAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTAGTAACTGTCCAATGTCATTTTCAATAATTT-AAAGAAAAGTTCAAGT  193

seq1  TAAAAATTGTTTTTATTATCTGATATAAAATAATAAATCATATATAAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATTGTTTTTATTATCTGATATAAAATAATAAATCATATATAAAGA  243

seq1  TCAGTGGAATCACTAAATAAACTCTGTATTTTCAATTCAATGTTTTTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGGAATCACTAAATAAACTCTGTATTTTCAATTCAATGTTTTTTTA  293

seq1  TATTTGTGATTATTTATACTATCAAAATAAGTCACATATGTTATTTAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTGATTATTTATACTATCAAAATAAGTCACATATGTTATTTAATA  343

seq1  TATCTGGTAGCTTAAGTATTTTATTTTGATTAAAACAGGCAGATCCTGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGGTAGCTTAAGTATTTTATTTTGATTAAAACAGGCAGATCCTGGC  393

seq1  TCAGATAAATTCTTGAGACCATTAGAAGACCAAGAAATGCAGAAGCAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATAAATTCTTGAGACCATTAGAAGACCAAGAAATGCAGAAGCAAAG  443

seq1  TTTATAAGGAGACATCGAATATTTTGAGGCCTTTAATACTTGAGTGAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAGGAGACATCGAATATTTTGAGGCCTTTAATACTTGAGTGAAAA  493

seq1  GTCGGCTCAGAAGGCTGATATATCTTTTTTCAATCAAATATGGAGAGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGGCTCAGAAGGCTGATATATCTTTTTTCAATCAAATATGGAGAGGAA  543

seq1  TTCTGCAGTATTTTAAAAATAATTACTAAAGTGCTTACTTGTATAAAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCAGTATTTTAAAAATAATTACTAAAGTGCTTACTTGTATAAAAGT  593

seq1  GCATGTAGATAATTGTACACTACCCTTTAAAGTTCCAGGCAGACTTTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTAGATAATTGTACACTACCCTTTAAAGTTCCAGGCAGACTTTTTG  643

seq1  CTGCCTTTAAATCTTCTCAGACAACAGTAACATGGATTTATGGCTTTATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTTAAATCTTCTCAGACAACAGTAACATGGATTTATGGCTTTATG  693

seq1  GTTTGCTGCTGACTACACATTCCATTTCCTTGTTATAATTGAAAGGGGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCTGCTGACTACACATTCCATTTCCTTGTTATAATTGAAAGGGGCC  743

seq1  TTCGACGACAGTGTAATAGCTTCTTAAAACTCTGTGATTTTTCACATGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGACGACAGTGTAATAGCTTCTTAAAACTCTGTGATTTTTCACATGAA  793

seq1  GAATCTTTTGATTACTTTATCCCATTTACTTCATACTTTGTAAGGCTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTTTTGATTACTTTATCCCATTTACTTCATACTTTGTAAGGCTTTA  843

seq1  TCCACTCAGTAGAATTTAGAGATTAATGCATATCTAATTTGAAACTAATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTCAGTAGAATTTAGAGATTAATGCATATCTAATTTGAAACTAATC  893

seq1  AACGGAACATATCTCTTTGCATCCACTCAGTATGATTGTCTACTTGATCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGGAACATATCTCTTTGCATCCACTCAGTATGATTGTCTACTTGATCA  943

seq1  CTACATTGATATGTTTGTTTAAAAGAAAATACTACTGTATGGAAACAACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATTGATATGTTTGTTTAAAAGAAAATACTACTGTATGGAAACAACA  993

seq1  GGAGTAGCTTGATCCACATCAAACCTTAGGAGACATAGGATTACATTGGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTAGCTTGATCCACATCAAACCTTAGGAGACATAGGATTACATTGGA  1043

seq1  TTATTCTGATTTGACAATGCCATCTCCAAAATAACCGATATAAACCCTAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCTGATTTGACAATGCCATCTCCAAAATAACCGATATAAACCCTAG  1093

seq1  AATTC  1105
      |||||
seq2  AATTC  1098