BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-031L02
Chromosome16 (Build37)
Map Location 7,533,393 - 7,548,809
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneA2bp1
Downstream gene4930511J11Rik, BC024814, Abat
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-031L02.bB6Ng01-031L02.g
ACCDH861235DH861236
length1,1551,032
definitionDH861235|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-031L02, 5' end.DH861236|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-031L02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,547,647 - 7,548,809)(7,533,393 - 7,534,432)
sequence
gaattcatggaggagctggagctggagatagaggcagaggatctgtagaa
gctcgtgggcctgctagccaggtgcatatagtaatagatgacaaaaacct
ctgcctcaaacaacgtagaaggtaaagaccaacagtagccatgcttcctg
cctgagtgtctgagtgcatatgtaaacatgcatacaagtacaatgtacaa
cgactaacatcatacacacatgctcaggtttacacgtgtgcatcatctgt
atgtgcacatgcatatagacatgctcttccactcaccaccacatgtgcac
acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacagacacacac
cattttcaacaaaaagtcagaaaggtccagagtcaggaaggctcagctag
tgaaggtgtttgccaccaagtgtgaagccctgagttcaattcttagaacc
agtgaggtagaaggagagaactaaccttaatgtctgaccttcacatgtgt
gcagggcagacatgtgtctgaatatatgtgtatatgtatgagtatgtgta
tatgtattgcatgttcatatgcatatgtatgtgtgtgcatacacaaataa
gtaaatgtaattttaaattaaaagggggaagaaaataacagaagcatttg
tatgtgaaggtctataagaaaattagcccttactactaaaaccatggttt
acaattgccatctgagagcaaagacaataagccaggtttactgaggaacc
atatgcagtgttgtagagctggccatttgcacatattccacagatctact
aagagaagccagggaacttaagagggaaagaaccacagagcagtaccagg
tgaatgtgcaacacagtctatggctttgtagatcccagatgtttggcatt
tatgaaagttgtggctacagaaccatgtaaatcatgacacacagcactgt
gaaaattaaatttgccacaccctgcaagtgtgaaaagtgagttcatgatc
atggatgctgagcatcatctcttatatccaaccacattccactgcagaag
gaatttagacatcgtgtatggtagtatttttggatatttttacagcatgt
tttctttaattagagaagactctccaatcccatgtcttcttagcaattga
cagct

gaattcactccatagtccaaaaacttcaatttgtttgaaaattttcataa
taaaaagtttgagaaaataaatagaatgcattctgttaaaggtttctata
tttagggaatgctactctctttatccttctcatcttccccttggggattt
tcagagcacagaagctattaaggggttgaagtcttgtatttaaagcaaat
gaagtgaactttatctaacttaacatttactaaaataaaactgtgagact
cctggctttgcttatatttttgttttttactgagtaagctcttgacccac
tgtgggtgagaggatatcataagaacactgtgcatgtagaatcaagttcc
aggaccacatagaccgcagaatacaccctgttcagaagtggtaatcatta
gaatccattcttgatccttgacattttgagcaggagtctgttgacctgtg
agatggataaaatggccccttctttgaggggatgttgttgggagcaaatg
aagtaattatgcaactctctgactgtaacaaaaagtttatagcagtcttt
gttgttcccaggaaaacagctcagttgtgcatggagtaagaaataagtcc
atctcaagatacggcagaaaacagtcaagatcaaagcagacagttgtggt
ggctcacccctgaaatcctagtgcttgggaaataaaggacctggagtcca
gagtcatagtcagctacaacagtgagttcctgaccagctgtggctagctg
agactgtgtctcaaaaaagtaaaaaaaaaaaaacatttaaaaatttacca
agacagcaacaacaaattcaggcagatatttagagaatgatgttaactcc
tcagaagaagagactgtgatgtgtacaggacaatatcccgacaagctatg
caaatgacgctcagaagaaattgaatatgtctccaaacacaagaaactgc
cagactgtgtataaccaggagaatggagaatgtattgtgcagtcatataa
tgatcagcatgatgtagggcattcaatgaatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_7547647_7548809
seq2: B6Ng01-031L02.b_41_1195 (reverse)

seq1  AGCTGTC-ATTGCTGAAGAAGACATGGTGATTTGAGAGTCTTCTCTAATA  49
      ||||||| |||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||| 
seq2  AGCTGTCAATTGCT-AAGAAGACATGG-GATTGGAGAGTCTTCTCTAATT  48

seq1  TAAGAAAACATGCTGTAAAAATTATCCAAAAATACTAACCAT-CACGATG  98
       |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||
seq2  AAAGAAAACATGCTGTAAAAA-TATCCAAAAATACT-ACCATACACGATG  96

seq1  TCTTAAATTCCCTTCCTTGCAGTGGAATGTGGTTGGATATAAGAGATGAT  148
      || |||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TC-TAAATT-CCTTC--TGCAGTGGAATGTGGTTGGATATAAGAGATGAT  142

seq1  GCTCAGCATTCATGGATCATGAACTCACTTTTTCACACTTTGCAGGTTGT  198
      ||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||
seq2  GCTCAGCATCCAT-GATCATGAACTCAC-TTTTCACAC-TTGCAGGGTGT  189

seq1  GCAAATTTTAATTTTCACAGTGCTGTGTGTCATGATTTACATTGTTCTGT  248
      |  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GGCAAATTTAATTTTCACAGTGCTGTGTGTCATGATTTACATGGTTCTGT  239

seq1  AGCCACAACTTTCATAAATGCCAAACATCTGGAATCTACAAAGCCATAGA  298
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGCCACAACTTTCATAAATGCCAAACATCTGGGATCTACAAAGCCATAGA  289

seq1  CTGTGTTGCACATTCACCTGGTACTGCTCTGTGGTTCTTTCCCTCTTAAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTGCACATTCACCTGGTACTGCTCTGTGGTTCTTTCCCTCTTAAG  339

seq1  TTCCCTGGCTTCTCTTAGTAGATCTGTGGAATATGTGCAAATGGCCAGCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTGGCTTCTCTTAGTAGATCTGTGGAATATGTGCAAATGGCCAGCT  389

seq1  CTACAACACTGCATATGGTTCCTCAGT-AACCTGGCTTATTGTCTTTGCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAACACTGCATATGGTTCCTCAGTAAACCTGGCTTATTGTCTTTGCT  439

seq1  CTCAGATGGCAATTGTAAACCATGGTTTTAGTAGTAAGGGCTAATTTTCT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGATGGCAATTGTAAACCATGGTTTTAGTAGTAAGGGCTAATTTTCT  489

seq1  TATAGACCTTCACATACAAATGCTTCTGTTATTTTCTTCCCCCTTTTAAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGACCTTCACATACAAATGCTTCTGTTATTTTCTTCCCCCTTTTAAT  539

seq1  TTAAAATTACATTTACTTATTTGTGTATGCACACACATACATATGCATAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATTACATTTACTTATTTGTGTATGCACACACATACATATGCATAT  589

seq1  GAACATGCAATACATATACACATACTCATACATATACACATATATTCAGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATGCAATACATATACACATACTCATACATATACACATATATTCAGA  639

seq1  CACATGTCTGCCCTGCACACATGTGAAGGTCAGACATTAAGGTTAGTTCT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTCTGCCCTGCACACATGTGAAGGTCAGACATTAAGGTTAGTTCT  689

seq1  CTCCTTCTACCTCACTGGTTCTAAGAATTGAACTCAGGGCTTCACACTTG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCTACCTCACTGGTTCTAAGAATTGAACTCAGGGCTTCACACTTG  739

seq1  GTGGCAAACACCTTCACTAGCTGAGCCTTCCTGACTCTGGACCTTTCTGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAAACACCTTCACTAGCTGAGCCTTCCTGACTCTGGACCTTTCTGA  789

seq1  CTTTTTGTTGAAAATGGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTGTTGAAAATGGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  839

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGCACATGTGGTGGTGAGTGGAAGAGCATGTCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGCACATGTGGTGGTGAGTGGAAGAGCATGTCT  889

seq1  ATATGCATGTGCACATACAGATGATGCACACGTGTAAACCTGAGCATGTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCATGTGCACATACAGATGATGCACACGTGTAAACCTGAGCATGTG  939

seq1  TGTATGATGTTAGTCGTTGTACATTGTACTTGTATGCATGTTTACATATG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGATGTTAGTCGTTGTACATTGTACTTGTATGCATGTTTACATATG  989

seq1  CACTCAGACACTCAGGCAGGAAGCATGGCTACTGTTGGTCTTTACCTTCT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAGACACTCAGGCAGGAAGCATGGCTACTGTTGGTCTTTACCTTCT  1039

seq1  ACGTTGTTTGAGGCAGAGGTTTTTGTCATCTATTACTATATGCACCTGGC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTGTTTGAGGCAGAGGTTTTTGTCATCTATTACTATATGCACCTGGC  1089

seq1  TAGCAGGCCCACGAGCTTCTACAGATCCTCTGCCTCTATCTCCAGCTCCA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGGCCCACGAGCTTCTACAGATCCTCTGCCTCTATCTCCAGCTCCA  1139

seq1  GCTCCTCCATGAATTC  1163
      ||||||||||||||||
seq2  GCTCCTCCATGAATTC  1155


seq1: chr16_7533393_7534432
seq2: B6Ng01-031L02.g_64_1095

seq1  GAATTCACTCCATAGTCCAAAAACTTCAATTTGTTTGAAAATTTTCATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCCATAGTCCAAAAACTTCAATTTGTTTGAAAATTTTCATAA  50

seq1  TAAAAAGTTTGAGAAAATAAATAGAATGCATTCTGTTAAAGGTTTCTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGTTTGAGAAAATAAATAGAATGCATTCTGTTAAAGGTTTCTATA  100

seq1  TTTAGGGAATGCTACTCTCTTTATCCTTCTCATCTTCCCCTTGGGGATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGGAATGCTACTCTCTTTATCCTTCTCATCTTCCCCTTGGGGATTT  150

seq1  TCAGAGCACAGAAGCTATTAAGGGGTTGAAGTCTTGTATTTAAAGCAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCACAGAAGCTATTAAGGGGTTGAAGTCTTGTATTTAAAGCAAAT  200

seq1  GAAGTGAACTTTATCTAACTTAACATTTACTAAAATAAAACTGTGAGACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGAACTTTATCTAACTTAACATTTACTAAAATAAAACTGTGAGACT  250

seq1  CCTGGCTTTGCTTATATTTTTGTTTTTTACTGAGTAAGCTCTTGACCCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTTTGCTTATATTTTTGTTTTTTACTGAGTAAGCTCTTGACCCAC  300

seq1  TGTGGGTGAGAGGATATCATAAGAACACTGTGCATGTAGAATCAAGTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGTGAGAGGATATCATAAGAACACTGTGCATGTAGAATCAAGTTCC  350

seq1  AGGACCACATAGACCGCAGAATACACCCTGTTCAGAAGTGGTAATCATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCACATAGACCGCAGAATACACCCTGTTCAGAAGTGGTAATCATTA  400

seq1  GAATCCATTCTTGATCCTTGACATTTTGAGCAGGAGTCTGTTGACCTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCATTCTTGATCCTTGACATTTTGAGCAGGAGTCTGTTGACCTGTG  450

seq1  AGATGGATAAAATGGCCCCTTCTTTGAGGGGATGTTGTTGGGAGCAAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGATAAAATGGCCCCTTCTTTGAGGGGATGTTGTTGGGAGCAAATG  500

seq1  AAGTAATTATGCAACTCTCTGACTGTAACAAAAAGTTTATAGCAGTCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATTATGCAACTCTCTGACTGTAACAAAAAGTTTATAGCAGTCTTT  550

seq1  GTTGTTCCCAGGAAAACAGCTCAGTTGTGCATGGAGTAAGAAATAAGTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTCCCAGGAAAACAGCTCAGTTGTGCATGGAGTAAGAAATAAGTCC  600

seq1  ATCTCAAGATACGGCAGAAAACAGTCAAGATCAAAGCAGACAGTTGTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAAGATACGGCAGAAAACAGTCAAGATCAAAGCAGACAGTTGTGGT  650

seq1  GGCTCACCCCTGAAATCCTAGTGCTTGGGAAATAAAGGACCTGGAGTCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACCCCTGAAATCCTAGTGCTTGGGAAATAAAGGACCTGGAGTCCA  700

seq1  GAGTCATAGTCAGCTACAACAGTGAGTTCCTGACCAGCTGTGGCTAGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCATAGTCAGCTACAACAGTGAGTTCCTGACCAGCTGTGGCTAGCTG  750

seq1  AGACTGTGTCTCAAAAAAAGTAAAAAAAAAAAAACATTTAAAAATTAACC  800
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGACTGTGTCTC-AAAAAAGTAAAAAAAAAAAAACATTTAAAAATTTACC  799

seq1  AAGACAGCAACAACAAATTCAGGCAGATATTTAGAGAATGATGTTAACTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGCAACAACAAATTCAGGCAGATATTTAGAGAATGATGTTAACTC  849

seq1  CTCAGAAG-AGAGACTGTGATGTGTACAGGACAATATTCCGACAAGCTAT  899
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTCAGAAGAAGAGACTGTGATGTGTACAGGACAATATCCCGACAAGCTAT  899

seq1  GCAAATGACGCTCAGAAGAAAATGAAATATTGTCTCCAAACACAAGAAAC  949
      ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGACGCTCAGAAGAAATTG-AATA-TGTCTCCAAACACAAGAAAC  947

seq1  TGCCAGACTGTGTATAACCAGGAGAATGGGAGAATGTATTGTGGCAGTCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  TGCCAGACTGTGTATAACCAGGAGAAT-GGAGAATGTATTGT-GCAGTCA  995

seq1  TAATAATGATCAGCAGTGATGTAGGGCAATACAAATGAATT  1040
      | ||||||||||||| |||||||||||| |   ||||||||
seq2  T-ATAATGATCAGCA-TGATGTAGGGCATT--CAATGAATT  1032


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |