BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-038F21
Chromosome16 (Build37)
Map Location 73,680,897 - 73,829,448
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRobo1, LOC100039310, LOC100039318, LOC100039326
Downstream geneRobo2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-038F21.bB6Ng01-038F21.g
ACCDH865949DH865950
length9691,156
definitionDH865949|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038F21, 5' end.DH865950|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038F21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,680,897 - 73,681,861)(73,828,285 - 73,829,448)
sequence
gaattcccaaagcacatcttattcacacaaagaaacgaaacagataaaca
aaaccactgtggagcttgttgtaagctgttcagatgtgaatctttgagtg
cttatggatgcgtaacaagttagactgttttactttcacgaccctttagg
aaagagagccattttaactgtaaaatatagtaagacctgtgcaataagaa
cgtacattttgcgttgacttggcgcatgtcttgcttcacgttgcttactt
aatgagtaattcacattaagacatagcaattcctctgctgctgctctctt
cctagttattctgataaactaagatatatgcaaattctgtaaggtttcca
atctgtggttttcacttgccgaataaagttgagcggaactaatttttgaa
attgtacattttcaaaatatcaatattcggccaacatcttaagaaaagat
ctttttaaaaaccagacctatatcttgggtatccatagtttcttggctaa
tatccacttatcagtgagtacatattgtgagagttcctttgtgattgggt
tacctctctcaggatgatgccctccaggtccatccatttgcctaggatac
ccaagatataagatacaatttgctaaacacatgaaattcaagaagaacga
agaccaaagtgtggacactttgcccttcttagaaatgggaacaggatctt
ggtccgggacccgccgaacttaggaaattagtctgaacaggtgagagggt
gcgccagagaacctgacagcttctggaacaggcggaagcacagaggcgct
gaggcagcaccctttgtgggccggggacagccagccaccgtccggaccgg
aggacaggtgcccgcccggctggggaggcggcctaagccacagcagcagc
ggtcgccatcttggtccgagacccgccgaacttaggaaattagtctgaac
agtgagagggtgcgccaga
gaattctccaccacattgctgcccatcccctgcaccccccccccaaaaaa
aaatcttgggtgaagactatcaactttccactttaagtatttatttcagg
ttaatgagcttgggtatagctcagtagtagaatgcttgcttcacttgttc
aaagtcataagctccatctagaacatcgcacacatacaaaatccaaactt
cttactttttaaggatgttgtttggctatcaataaatccatatctgtgta
agtaagcagaattatttatctccattccaatctagtgctctggtttccct
cttgaatgataggtgtatgtcaactctttcgggataagaaggtcatgctg
attcctcctgacctgagtctgtgcatgcaaaggaagggtctcctgatgtg
tctcttcaagtggaggaatatttgttacaggggtcatcatacatcctaga
aatctatactgtttggcatggtcaacacagttactttgttaaaagttaaa
agcaaactaacattcaaaaacacatatcctttaattcatttccacttagt
ttctgtctgtatattatgtatctattatttatcacttcaaatttagcatc
ttgataaccaacatatatgtacaatgctgatgggtataattttatttgga
atttaagagaggagtatgtttacattatttaattactatattctgcttat
gagatatcttcactgtttttggttttattatttcccttttaaaaaaaaaa
ccttcttgacagtaaatgttattcagcataaatatcaaatggtaattaaa
taaattctagcttttaaaatgctagatgatgtgtttaaaattcatatttt
ctatattaatttgcaccaactgctcagttttgattgaatttttctatcta
taaacagacattttatgtgaacaaggacttttcttcaacatcagacttgc
agagagaaatcactggaatgtcacattcaggtgcatagttgaatcaaatt
agggaaatgcatgctagttttcttctatgaagcctgtggttccgcatatc
ttctaggtgtgcattgaatttttctaattgcctgtctttgggaatacgta
gctgactgtcgccctttcatacttacaaatgagcatctccatcagaagca
cattca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_73680897_73681861
seq2: B6Ng01-038F21.b_45_1008

seq1  GAATTCCCAAAGCACATCTTATTCACACAAAGAAACGAAACAGATAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAAAGCACATCTTATTCACACAAAGAAACGAAACAGATAAACA  50

seq1  AAACCACTGTGGAGCTTGTTGTAAGCTGTTCAGATGTGAATCTTTGAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCACTGTGGAGCTTGTTGTAAGCTGTTCAGATGTGAATCTTTGAGTG  100

seq1  CTTATGGATGCGTAACAAGTTAGACTGTTTTACTTTCACGACCCTTTAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGGATGCGTAACAAGTTAGACTGTTTTACTTTCACGACCCTTTAGG  150

seq1  AAAGAGAGCCATTTTAACTGTAAAATATAGTAAGACCTGTGCAATAAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAGCCATTTTAACTGTAAAATATAGTAAGACCTGTGCAATAAGAA  200

seq1  CGTACATTTTGCGTTGACTTGGCGCATGTCTTGCTTCACGTTGCTTACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTACATTTTGCGTTGACTTGGCGCATGTCTTGCTTCACGTTGCTTACTT  250

seq1  AATGAGTAATTCACATTAAGACATAGCAATTCCTCTGCTGCTGCTCTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGTAATTCACATTAAGACATAGCAATTCCTCTGCTGCTGCTCTCTT  300

seq1  CCTAGTTATTCTGATAAACTAAGATATATGCAAATTCTGTAAGGTTTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTTATTCTGATAAACTAAGATATATGCAAATTCTGTAAGGTTTCCA  350

seq1  ATCTGTGGTTTTCACTTGCCGAATAAAGTTGAGCGGAACTAATTTTTGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGGTTTTCACTTGCCGAATAAAGTTGAGCGGAACTAATTTTTGAA  400

seq1  ATTGTACATTTTCAAAATATCAATATTCGGCCAACATCTTAAGAAAAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTACATTTTCAAAATATCAATATTCGGCCAACATCTTAAGAAAAGAT  450

seq1  CTTTTTAAAAACCAGACCTATATCTTGGGTATCCATAGTTTCTTGGCTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTAAAAACCAGACCTATATCTTGGGTATCCATAGTTTCTTGGCTAA  500

seq1  TATCCACTTATCAGTGAGTACATATTGTGAGAGTTCCTTTGTGATTGGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCACTTATCAGTGAGTACATATTGTGAGAGTTCCTTTGTGATTGGGT  550

seq1  TACCTCTCTCAGGATGATGCCCTCCAGGTCCATCCATTTGCCTAGGATAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCTCTCAGGATGATGCCCTCCAGGTCCATCCATTTGCCTAGGATAC  600

seq1  CCAAGATATAAGATACAATTTGCTAAACACATGAAATTCAAGAAGAACGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGATATAAGATACAATTTGCTAAACACATGAAATTCAAGAAGAACGA  650

seq1  AGACCAAAGTGTGGACACTTTGCCCTTCTTAGAAATGGGAACAGGATCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAAAGTGTGGACACTTTGCCCTTCTTAGAAATGGGAACAGGATCTT  700

seq1  GGTCCGGGACCCGCCGAACTTAGGAAATTAGTCTGAACAGGTGAGAGGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCGGGACCCGCCGAACTTAGGAAATTAGTCTGAACAGGTGAGAGGGT  750

seq1  GCGCCAGAGAACCTGACAGCTTCTGGAACAGGCGGAAGCACAGAGGCGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCCAGAGAACCTGACAGCTTCTGGAACAGGCGGAAGCACAGAGGCGCT  800

seq1  GAGGCAGCACCCTTTGTGGGCCGGGGACAGCCAGCCACCGTCCGGACCGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGCACCCTTTGTGGGCCGGGGACAGCCAGCCACCGTCCGGACCGG  850

seq1  AGGACAGGTGCCCGCCCGGCTGGGGAGGCGGCCTAAGCCACAGCAGCAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAGGTGCCCGCCCGGCTGGGGAGGCGGCCTAAGCCACAGCAGCAGC  900

seq1  GGTCGCCATCTTGGTCCGAGACCCGCCGAACTTAGGAAATTAGTCTGAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCGCCATCTTGGTCCGAGACCCGCCGAACTTAGGAAATTAGTCTGAAC  950

seq1  AGGTGAGAGGGTGCG  965
      | |||||||||||||
seq2  A-GTGAGAGGGTGCG  964

seq1: chr16_73828285_73829448
seq2: B6Ng01-038F21.g_66_1221 (reverse)

seq1  TGAATGTTGCTTACTGGATGGAGATGCTTCATTTTGTAAGTATGAAAGGG  50
      |||||| ||||| || ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
seq2  TGAATG-TGCTT-CT-GATGGAGATGC-TCA-TTTGTAAGTATGAAAGGG  45

seq1  CGACAGTCAGCTACGTATTCCCAAAGAACAGCAATTAGAAATATTCAATT  100
      |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||| |
seq2  CGACAGTCAGCTACGTATTCCCAAAGACAGGCAATTAGAAAAATTCAA-T  94

seq1  GCACACTATGAAGATATGCGGAACCACAGCCTTCATAGAAGAAAACTAGC  150
      ||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GCACACCTAGAAGATATGCGGAACCACAGGCTTCATAGAAGAAAACTAGC  144

seq1  ATGCATTTCCCTAATTTGATTCCACTATGCACCTGAATGTGACATTCCAG  200
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATTTCCCTAATTTGATTCAACTATGCACCTGAATGTGACATTCCAG  194

seq1  TGATTTCTCTCTGCAAGTCTTGATGTTGAAGGAAAAGTCCTTGTTCACAT  250
      ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGATTTCTCTCTGCAAGTC-TGATGTTGAA-GAAAAGTCCTTGTTCACAT  242

seq1  AAAATGTCTGTTTATAGATAGAAAAATTCAATCAAAACTGAGCAGTTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTCTGTTTATAGATAGAAAAATTCAATCAAAACTGAGCAGTTGGT  292

seq1  GCAAATTAATATAGAAAATATGAATTTTAAACACATCATCTAGCATTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATTAATATAGAAAATATGAATTTTAAACACATCATCTAGCATTTTA  342

seq1  AAAGCTAGAATTTATTTAATTACCATTTGATATTTATGCTGAATAACATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTAGAATTTATTTAATTACCATTTGATATTTATGCTGAATAACATT  392

seq1  TACTGTCAAGAAGGTTTTTTTTTTAAAAGGGAAATAATAAAACCAAAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTCAAGAAGGTTTTTTTTTTAAAAGGGAAATAATAAAACCAAAAAC  442

seq1  AGTGAAGATATCTCATAAGCAGAATATAGTAATTAAATAATGTAAACATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGATATCTCATAAGCAGAATATAGTAATTAAATAATGTAAACATA  492

seq1  CTCCTCTCTTAAATTCCAAATAAAATTATACCCATCAGCATTGTACATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCTCTTAAATTCCAAATAAAATTATACCCATCAGCATTGTACATAT  542

seq1  ATGTTGGTTATCAAGATGCTAAATTTGAAGTGATAAATAATAGATACATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGGTTATCAAGATGCTAAATTTGAAGTGATAAATAATAGATACATA  592

seq1  ATATACAGACAGAAACTAAGTGGAAATGAATTAAAGGATATGTGTTTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACAGACAGAAACTAAGTGGAAATGAATTAAAGGATATGTGTTTTTG  642

seq1  AATGTTAGTTTGCTTTTAACTTTTAACAAAGTAACTGTGTTGACCATGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTAGTTTGCTTTTAACTTTTAACAAAGTAACTGTGTTGACCATGCC  692

seq1  AAACAGTATAGATTTCTAGGATGTATGATGACCCCTGTAACAAATATTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTATAGATTTCTAGGATGTATGATGACCCCTGTAACAAATATTCC  742

seq1  TCCACTTGAAGAGACACATCAGGAGACCCTTCCTTTGCATGCACAGACTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTTGAAGAGACACATCAGGAGACCCTTCCTTTGCATGCACAGACTC  792

seq1  AGGTCAGGAGGAATCAGCATGACCTTCTTATCCCGAAAGAGTTGACATAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCAGGAGGAATCAGCATGACCTTCTTATCCCGAAAGAGTTGACATAC  842

seq1  ACCTATCATTCAAGAGGGAAACCAGAGCACTAGATTGGAATGGAGATAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATCATTCAAGAGGGAAACCAGAGCACTAGATTGGAATGGAGATAAA  892

seq1  TAATTCTGCTTACTTACACAGATATGGATTTATTGATAGCCAAACAACAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCTGCTTACTTACACAGATATGGATTTATTGATAGCCAAACAACAT  942

seq1  CCTTAAAAAGTAAGAAGTTTGGATTTTGTATGTGTGCGATGTTCTAGATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAAAAGTAAGAAGTTTGGATTTTGTATGTGTGCGATGTTCTAGATG  992

seq1  GAGCTTATGACTTTGAACAAGTGAAGCAAGCATTCTACTACTGAGCTATA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTATGACTTTGAACAAGTGAAGCAAGCATTCTACTACTGAGCTATA  1042

seq1  CCCAAGCTCATTAACCTGAAATAAATACTTAAAGTGGAAAGTTGATAGTC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGCTCATTAACCTGAAATAAATACTTAAAGTGGAAAGTTGATAGTC  1092

seq1  TTCACCCAAGATTTTTTTTTGGGGGGGGGGTGCAGGGGATGGGCAGCAAT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCCAAGATTTTTTTTTGGGGGGGGGGTGCAGGGGATGGGCAGCAAT  1142

seq1  GTGGTGGAGAATTC  1164
      ||||||||||||||
seq2  GTGGTGGAGAATTC  1156