BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-038H17
Chromosome16 (Build37)
Map Location 89,485,128 - 89,617,859
singlet/doubletdoublet
Overlap gene5430433J05Rik
Upstream geneCldn17, Cldn8, Gm312, 2310079G19Rik, 2310002B14Rik, EG665513, 2310061N02Rik, Krtap13-1, Krtap13, 2310034C09Rik, 2310057N15Rik, EG546672, EG433047, 4930553J12Rik, Krtap14, Krtap15, Krtap16-9, Krtap16-1, Krtap16-5, Krtap16-4, Krtap8-2, LOC100040191, AY026312, Krtap16-10, EG621595, LOC100040167, 1110032D16Rik, LOC100040201, Krtap6-1, LOC100040214, Krtap16-8, 1110025L11Rik, LOC100040249, LOC100040267, EG622794, LOC100040281, ENSMUSG00000044227, EG665661, LOC100040288, EG622935, EG622981, EG622998, EG623011, EG623026, LOC100040346, EG623049, LOC100040415, EG640636, LOC640652, LOC640654, LOC100040425, LOC100040374, LOC640656, LOC100040445, LOC100040456, Krtap21-1, Krtap6-2
Downstream geneTiam1, LOC100040496, LOC640694, LOC100040440, Sod1, Sfrs15, LOC545175, Hunk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-038H17.bB6Ng01-038H17.g
ACCDH866028DH866029
length1,1721,187
definitionDH866028|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038H17, 5' end.DH866029|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038H17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,485,128 - 89,486,318)(89,616,669 - 89,617,859)
sequence
gaattcagaaactttgacaacaaaactactctatgaacagtgagaacacc
agtagagtaaaatgaggggggatcattttgttatttttcttaaatgtgtg
aacaatgaaatgtggttatgagatgccttacatctaatagcctctgctgc
cttcagatccccaactgtcttgttttatgagaaacacttttacaagttaa
tatgaccagatgcactcgtcacatacataatgccactcagagaatacttc
ccctaccttgtgagaaggaccgatgtgaacttcttcaaaacaaactttat
agaccactgggaaatgttcactaagatatagtgcagcagatattctgtta
aaactagctcaagactttagaacatccctgtgaaccaagacaggtaacta
gatcttaacattctcctatttagttgccactggggagttattcctgctaa
gtacccaagaagtttcaaggactaatgaccaaagtagagggtctacctga
gatgaatagaaaacataaaaatgggacacagaaaatcaaagacctggaga
gatggttttgatatgtagattgtagacatgtagaaataacttctaaagaa
ccttgaagcattcaaaaacctctccttttgtggtgagaagatgcccatga
gccatcatgagatgtcagtaagaaaaaatcatagagtggaaatcacacta
ctgcatgaggtttagacaagtgcaattgttcagctgataactcatcagag
aattctaaaaataccaggattcatccaagaataatctctttctttttatt
tctctctctacatatatacagacagatagatgatagatagatagatagat
agatagatacatacatacatacatacatacatacatgcatgcatacatgc
atacatatgtagatacataggaagatcatacataggtgatagatagatag
atagatagatagatagatagatagatagatagatagacgacgacgacggt
agatgaaagatagatgaaagaatagccagatgatagttgtggtaatgtgg
gtaaaatgtggcagtgtaatatgcatgggattatgcaatggcaccgagta
acaccaaccctgtgagctccgagccctggaccttatgaaatgtaaccaaa
tagactcctgggaagcgaggca
gaattctatttttagaactctagttcttccccggagtggagatgccatcc
gagtcatttagaaatgagatgaaatgcccttgctatccctgggctgatgt
ccagctggctcttctcgtcctgttcctgttgacagttattgcttgcttgt
gtgaactaaggtcaagtctagctcccttctctacaccatgcttttgtctg
cttaattcttatgagatccatggtcttataagtctttcatccctcaggaa
gtatgatggctattccaaatagattgtatctggaatgaactacagtccag
aaatggagcatacacctgtgatccagatcttggggctggaagacacagac
aggcttttgatccaggtcttgaagcagagtagccatgaaaagcttaggcc
taggcaaggtgatacacatctttaatcccaggaaactgaggcaagctgat
ctctaagttcaaggccagcctgggacagagcaagttccaagtaaagaaca
gtttaggtccaggcatggtggtataatcttggccacaccttctgctggag
gcctacattcataaagacattggaatctgcttgcacttacttgcccacac
atctgttggaagctacttctttagcattccagcttattcagaagaccaga
tgaaacacctagcctcgtgggactgagcaactactagattcttggacttt
ccattcacagctgaccagtgctgtgttagttggactgcagcctgtaagtc
ataccaacaatttcccttaatatagagagacattccctaagttctgtgac
tctagagaacccttactaatacagaaggaagtcaggaaaggccagcagtt
tcacacagacacacaggtgggtgtggtaaaaatagagtgtccattacaga
agcaaatacatgcatttttctttgactatttcgtgtagtgaggatgatct
tgcccgacacattgatgagtattgtagaagaaaatcaatacagtaagtga
tagacagatccacaattaccagaccttgaaccatttcttctgtatcaggg
gtcctccatgctgaaaactactaaaaaacgaacagcctatggtgagttgt
acctcaacatcgccttgtggtcaggaccggtagaggggttggggatagtc
aactggcttgtcccctcgcctagagcctccagttcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_89485128_89486318
seq2: B6Ng01-038H17.b_46_1217

seq1  GAATTCAGAAACTTTGACAACAAAACTACTCTATGAACAGTGAGAACACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAAACTTTGACAACAAAACTACTCTATGAACAGTGAGAACACC  50

seq1  AGTAGAGTAAAATGAGGGGGGATCATTTTGTTATTTTTCTTAAATGTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAGTAAAATGAGGGGGGATCATTTTGTTATTTTTCTTAAATGTGTG  100

seq1  AACAATGAAATGTGGTTATGAGATGCCTTACATCTAATAGCCTCTGCTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGAAATGTGGTTATGAGATGCCTTACATCTAATAGCCTCTGCTGC  150

seq1  CTTCAGATCCCCAACTGTCTTGTTTTATGAGAAACACTTTTACAAGTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGATCCCCAACTGTCTTGTTTTATGAGAAACACTTTTACAAGTTAA  200

seq1  TATGACCAGATGCACTCGTCACATACATAATGCCACTCAGAGAATACTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACCAGATGCACTCGTCACATACATAATGCCACTCAGAGAATACTTC  250

seq1  CCCTACCTTGTGAGAAGGACCGATGTGAACTTCTTCAAAACAAACTTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACCTTGTGAGAAGGACCGATGTGAACTTCTTCAAAACAAACTTTAT  300

seq1  AGACCACTGGGAAATGTTCACTAAGATATAGTGCAGCAGATATTCTGTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCACTGGGAAATGTTCACTAAGATATAGTGCAGCAGATATTCTGTTA  350

seq1  AAACTAGCTCAAGACTTTAGAACATCCCTGTGAACCAAGACAGGTAACTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAGCTCAAGACTTTAGAACATCCCTGTGAACCAAGACAGGTAACTA  400

seq1  GATCTTAACATTCTCCTATTTAGTTGCCACTGGGGAGTTATTCCTGCTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTAACATTCTCCTATTTAGTTGCCACTGGGGAGTTATTCCTGCTAA  450

seq1  GTACCCAAGAAGTTTCAAGGACTAATGACCAAAGTAGAGGGTCTACCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCCAAGAAGTTTCAAGGACTAATGACCAAAGTAGAGGGTCTACCTGA  500

seq1  GATGAATAGAAAACATAAAAATGGGACACAGAAAATCAAAGACCTGGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAATAGAAAACATAAAAATGGGACACAGAAAATCAAAGACCTGGAGA  550

seq1  GATGGTTTTGATATGTAGATTGTAGACATGTAGAAATAACTTCTAAAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTTTGATATGTAGATTGTAGACATGTAGAAATAACTTCTAAAGAA  600

seq1  CCTTGAAGCATTCAAAAACCTCTCCTTTTGTGGTGAGAAGATGCCCATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAAGCATTCAAAAACCTCTCCTTTTGTGGTGAGAAGATGCCCATGA  650

seq1  GCCATCATGAGATGTCAGTAAGAAAAAATCATAGAGTGGAAATCACACTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCATGAGATGTCAGTAAGAAAAAATCATAGAGTGGAAATCACACTA  700

seq1  CTGCATGAGGTTTAGACAAGTGCAATTGTTCAGCTGATAACTCATCAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATGAGGTTTAGACAAGTGCAATTGTTCAGCTGATAACTCATCAGAG  750

seq1  AATTCTAAAAATACCAGGATTCATCCAAGAATAATCTCTTTCTTTTTATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTAAAAATACCAGGATTCATCCAAGAATAATCTCTTTCTTTTTATT  800

seq1  TCTCTCTCTACATATATACAGACAGATAGATGATAGATAGATAGATAGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTACATATATACAGACAGATAGATGATAGATAGATAGATAGAT  850

seq1  AGATAGATACATACATACATACATACATACATACATGCATGCATACATGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATACATACATACATACATACATACATACATGCATGCATACATGC  900

seq1  ATACATATGTAGATACATAGGAAGATCATACATAGGTGATAGATAGATAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATATGTAGATACATAGGAAGATCATACATAGGTGATAGATAGATAG  950

seq1  ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGACAGAC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||| |||
seq2  ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA-----CGAC-GAC  994

seq1  AGACAGGTAGATGATAGATAGATGATAGATAGGCAAGATGATAGTCTGTG  1050
       ||| ||||||||| |||||||||| |||   || |||||||||| ||||
seq2  -GAC-GGTAGATGAAAGATAGATGAAAGAATAGCCAGATGATAGT-TGTG  1041

seq1  TATATGTGTGTATATTTGTGCATGTGTATATATGCATGGGATGTATGCAT  1100
         ||||| ||| |  ||||   ||||| ||||||||||||| |||||| 
seq2  GTAATGTGGGTA-AAATGTGGCAGTGTA-ATATGCATGGGAT-TATGCA-  1087

seq1  ATGCACACAGAGTAGCACCAACACTGTGAGCTTCAGAAGCCCTGGACCTT  1150
      |||  ||| ||||| ||||||| ||||||||| |   |||||||||||||
seq2  ATG-GCACCGAGTAACACCAACCCTGTGAGCTCC--GAGCCCTGGACCTT  1134

seq1  ATGAAAATGTACACCAAATCAGACTCCCTGGAGACGAGGCA  1191
      ||| ||||||| ||||||| |||||||  |||  |||||||
seq2  ATG-AAATGTA-ACCAAAT-AGACTCCTGGGAAGCGAGGCA  1172

seq1: chr16_89616669_89617859
seq2: B6Ng01-038H17.g_67_1253 (reverse)

seq1  CTGAACTGGAGACCCTGAGGCG-GGAGAC-AGCCATGTTGGC-ATCCCCA  47
      ||||||||||| | || ||||| || ||| ||||| |||| | |||||||
seq2  CTGAACTGGAGGCTCT-AGGCGAGGGGACAAGCCA-GTTGACTATCCCCA  48

seq1  A-CCCTCTAACCGGTCCTGA-CACAAGCTGATGTTTGAGTACCACTCA-C  94
      | |||||| ||||||||||| ||||||  ||||||   |||| ||||| |
seq2  ACCCCTCT-ACCGGTCCTGACCACAAGGCGATGTTGAGGTACAACTCACC  97

seq1  ATAAGCTG-TCGTTTTTTATGTAGTTTTCAGCATGGAGGACCCCTGAATA  143
      ||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   
seq2  ATAGGCTGTTCGTTTTTTA-GTAGTTTTCAGCATGGAGGACCCCTGA--T  144

seq1  ACAGAAGAAATTGTGTCAGGTCTTGGTAATTGT-GATCTGTCTATCACTT  192
      ||||||||||| ||   ||||| |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGAAATGGTTCAAGGTC-TGGTAATTGTGGATCTGTCTATCACTT  193

seq1  ACTGTATTGAATTTTCTTCTAACAATACTCATCATTGTGTTCGTGCAAGA  242
      ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| ||| ||||||
seq2  ACTGTATTG-ATTTTCTTCT-ACAATACTCATCAATGTG-TCGGGCAAGA  240

seq1  TCATCCTCACTACACCGAAATAGTCAAAG-AAAATGCATTGTATTTGCTT  291
      |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  TCATCCTCACTACA-CGAAATAGTCAAAGAAAAATGCA-TGTATTTGCTT  288

seq1  CTGTAATGGACACTCTATTTTTACCACACCCACCTGTGTGTCTGTGTGAA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAATGGACACTCTATTTTTACCACACCCACCTGTGTGTCTGTGTGAA  338

seq1  ACTTGCTGGCCTTTCCTGACTTCCTTCTGTATTAGTAAGGGTTCTCTAGA  391
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AC-TGCTGGCCTTTCCTGACTTCCTTCTGTATTAGTAAGGGTTCTCTAGA  387

seq1  GTCACAGAACTTAGGGAATGTCTCTCTATATTAAGGGAAATTGTTGGTAT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGAACTTAGGGAATGTCTCTCTATATTAAGGGAAATTGTTGGTAT  437

seq1  GACTTACAGGCTGCAGTCCAACTAACACAGCACTGGTCAGCTGTGAATGG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTACAGGCTGCAGTCCAACTAACACAGCACTGGTCAGCTGTGAATGG  487

seq1  AAAGTCCAAGAATCTAGTAGTTGCTCAGTCCCACGAGGCTAGGTGTTTCA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCAAGAATCTAGTAGTTGCTCAGTCCCACGAGGCTAGGTGTTTCA  537

seq1  TCTGGTCTTCTGAATAAGCTGGAATGCTAAAGAAGTAGCTTCCAACAGAT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTCTTCTGAATAAGCTGGAATGCTAAAGAAGTAGCTTCCAACAGAT  587

seq1  GTGTGGGCAAGTAAGTGCAAGCAGATTCCAATGTCTTTATGAATGTAGGC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGGCAAGTAAGTGCAAGCAGATTCCAATGTCTTTATGAATGTAGGC  637

seq1  CTCCAGCAGAAGGTGTGGCCAAGATTATACCACCATGCCTGGACCTAAAC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGCAGAAGGTGTGGCCAAGATTATACCACCATGCCTGGACCTAAAC  687

seq1  TGTTCTTTACTTGGAACTTGCTCTGTCCCAGGCTGGCCTTGAACTTAGAG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTTACTTGGAACTTGCTCTGTCCCAGGCTGGCCTTGAACTTAGAG  737

seq1  ATCAGCTTGCCTCAGTTTCCTGGGATTAAAGATGTGTATCACCTTGCCTA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCTTGCCTCAGTTTCCTGGGATTAAAGATGTGTATCACCTTGCCTA  787

seq1  GGCCTAAGCTTTTCATGGCTACTCTGCTTCAAGACCTGGATCAAAAGCCT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTAAGCTTTTCATGGCTACTCTGCTTCAAGACCTGGATCAAAAGCCT  837

seq1  GTCTGTGTCTTCCAGCCCCAAGATCTGGATCACAGGTGTATGCTCCATTT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGTCTTCCAGCCCCAAGATCTGGATCACAGGTGTATGCTCCATTT  887

seq1  CTGGACTGTAGTTCATTCCAGATACAATCTATTTGGAATAGCCATCATAC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACTGTAGTTCATTCCAGATACAATCTATTTGGAATAGCCATCATAC  937

seq1  TTCCTGAGGGATGAAAGACTTATAAGACCATGGATCTCATAAGAATTAAG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGAGGGATGAAAGACTTATAAGACCATGGATCTCATAAGAATTAAG  987

seq1  CAGACAAAAGCATGGTGTAGAGAAGGGAGCTAGACTTGACCTTAGTTCAC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAAAAGCATGGTGTAGAGAAGGGAGCTAGACTTGACCTTAGTTCAC  1037

seq1  ACAAGCAAGCAATAACTGTCAACAGGAACAGGACGAGAAGAGCCAGCTGG  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCAAGCAATAACTGTCAACAGGAACAGGACGAGAAGAGCCAGCTGG  1087

seq1  ACATCAGCCCAGGGATAGCAAGGGCATTTCATCTCATTTCTAAATGACTC  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAGCCCAGGGATAGCAAGGGCATTTCATCTCATTTCTAAATGACTC  1137

seq1  GGATGGCATCTCCACTCCGGGGAAGAACTAGAGTTCTAAAAATAGAATTC  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGCATCTCCACTCCGGGGAAGAACTAGAGTTCTAAAAATAGAATTC  1187