BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-039E20
Chromosome16 (Build37)
Map Location 90,488,134 - 90,585,139
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHunk
Upstream gene5430433J05Rik, Tiam1, LOC100040496, LOC640694, LOC100040440, Sod1, Sfrs15, LOC545175
Downstream gene2610039C10Rik, Mrap, 4921511H13Rik, 4931408A02Rik, LOC665863, 1110004E09Rik, 4930534H18Rik, Synj1, 1810007M14Rik, 4932438H23Rik, H3f3a-ps2, Olig2, Olig1, Ifnar2, Il10rb, Ifnar1, LOC665939, LOC665947, Ifngr2, Tmem50b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-039E20.bB6Ng01-039E20.g
ACCDH866607DH866608
length9991,148
definitionDH866607|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039E20, 5' end.DH866608|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039E20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,584,581 - 90,585,139)(90,488,134 - 90,489,293)
sequence
gaattctttcaactgtctgagtcaatgttttctctgaggagtcctctctg
gggactcaccttgagtggaccttcctattaactttttgaaaactagaaaa
ctttaaaggttctctattgccatcatggcgggaaacatggtggcacggag
acagacatggtgctggagaaggagctgagagttctatatatatggatata
caggaagagagactgagccaccgggcctggcttgagcttctgaaacccca
aaccctatcccagtgacacacttcctacaacgagaccacacctactccaa
taagtacaacatctcccaataatgccatgccttaatgaccaagcattcaa
gtatatgagcctgtgggactcattcccattcaaacatccacattccactc
cctggtccccgtaggtttgtagctgtattatttatatatgcattcatatg
catttagtcccaaacttcaaaagtctccttagtctattacaatcccaata
ctgtttaaagtccaaagtccagtctctcttgagactcaaggcactctcga
aactgtaactgcctataaatcaaacttaaaaagtggataacacacttgca
acacacaatgacacagagtatccattaccattcccaaagggtgaaaaggc
agcatagtcaagaaatacaggaccaaagcaaagctaaaaccagctgggta
aactccaaactctgcatctccatggctcatgccaaagccttcctcagatc
tccaactcctttcagctctgttgactgctgcacacttctttcccttagac
tggttccgctccctgttagcacctctcctcctcaggtatcccagggctct
ggcatctctaacttctcggggtctccaaggcaatccaagcttcaccttca
tagcctcacacaatggcctgagtcagcctccctgcaggtcacccctgcca
catgcctgacctcagcacttttcctaccacagagagagatttcataacc
gaattccatgctgtgcaggtaagaatttggggatctctgatgggttagca
ggctctccagagagatgtgttctctctcacttgcatacacatatgaaaat
agagatatggtagaaagatagacagacagagaaccatctttttcattctt
gtgtgtgtggtgtatgtgcatgtatgtgcatgtatgtgtataactaggga
gaccagaagagtgcactgggtggcttcctctaccactttgtgccttcttt
tgaggcagggtctcttcctgagcctgtatctggtttttcagattggctgg
aagccccagaaatcctcttgtcttggtgctctcaaaacgccagggttaca
ggtatgcataaggccatggttggctcgtacatgagcgctaacatccaaac
ccaggtcctggtgcttggggagcaagcactccgaggcacagagtcagctt
tccaagcctgctggttctcttcttaaggctttcaattgattgtatgggac
gtagcacattaggaagaccgtcggctgtccttagctgatgtggatgctga
agagcctaaacatagcctttgcagcagcatttacaccggtgttggccaca
ctctagccaagctgacacatgcagttaactgtcccgtgatcctgagtatc
agccagtctcccctgaaccaacccctgcaaccatctttccttatcctgca
cagaatcctgtccatagctgatcagattccccctcggatggtggcttggt
gctaccgtgcaaaactgactctttctctgtcttttactcctggatctatg
aacagccaaatctggctttctctggcatgataggcacaaagaaaccaata
cagactggctaatgacatctgggaatgttgggccatgtagggttgggggt
aggcaaattggctgtcatgctgtaagcttcaggtaaagctctttgatcct
cagtcacggtcctggtgagctccttgaattcacacgctgactggagcatc
ttcagctgccctcagccctcaggctcaccctcagtatgggagaaaaagac
agtttccaagggccagttcctcttcagcctggcgtgatagaggtctgtct
tcgttaatcgactgtttgccactgatcactgcagggcggatggattct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_90584581_90585139
seq2: B6Ng01-039E20.b_45_603 (reverse)

seq1  GTTACAGTTTCGAGAGTGCCTTGAGTCTCAAGAGAGACTGGACTTTGGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACAGTTTCGAGAGTGCCTTGAGTCTCAAGAGAGACTGGACTTTGGAC  50

seq1  TTTAAACAGTATTGGGATTGTAATAGACTAAGGAGACTTTTGAAGTTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACAGTATTGGGATTGTAATAGACTAAGGAGACTTTTGAAGTTTGG  100

seq1  GACTAAATGCATATGAATGCATATATAAATAATACAGCTACAAACCTACG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAAATGCATATGAATGCATATATAAATAATACAGCTACAAACCTACG  150

seq1  GGGACCAGGGAGTGGAATGTGGATGTTTGAATGGGAATGAGTCCCACAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCAGGGAGTGGAATGTGGATGTTTGAATGGGAATGAGTCCCACAGG  200

seq1  CTCATATACTTGAATGCTTGGTCATTAAGGCATGGCATTATTGGGAGATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATATACTTGAATGCTTGGTCATTAAGGCATGGCATTATTGGGAGATG  250

seq1  TTGTACTTATTGGAGTAGGTGTGGTCTCGTTGTAGGAAGTGTGTCACTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACTTATTGGAGTAGGTGTGGTCTCGTTGTAGGAAGTGTGTCACTGG  300

seq1  GATAGGGTTTGGGGTTTCAGAAGCTCAAGCCAGGCCCGGTGGCTCAGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGGTTTGGGGTTTCAGAAGCTCAAGCCAGGCCCGGTGGCTCAGTCT  350

seq1  CTCTTCCTGTATATCCATATATATAGAACTCTCAGCTCCTTCTCCAGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCTGTATATCCATATATATAGAACTCTCAGCTCCTTCTCCAGCAC  400

seq1  CATGTCTGTCTCCGTGCCACCATGTTTCCCGCCATGATGGCAATAGAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCTGTCTCCGTGCCACCATGTTTCCCGCCATGATGGCAATAGAGAA  450

seq1  CCTTTAAAGTTTTCTAGTTTTCAAAAAGTTAATAGGAAGGTCCACTCAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAAAGTTTTCTAGTTTTCAAAAAGTTAATAGGAAGGTCCACTCAAG  500

seq1  GTGAGTCCCCAGAGAGGACTCCTCAGAGAAAACATTGACTCAGACAGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTCCCCAGAGAGGACTCCTCAGAGAAAACATTGACTCAGACAGTTG  550

seq1  AAAGAATTC  559
      |||||||||
seq2  AAAGAATTC  559

seq1: chr16_90488134_90489293
seq2: B6Ng01-039E20.g_66_1213

seq1  GAATTCCATGCTGTGCAGGTAAGAATTTGGGGATCTCTGATGGGTTAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGCTGTGCAGGTAAGAATTTGGGGATCTCTGATGGGTTAGCA  50

seq1  GGCTCTCCAGAGAGATGTGTTCTCTCTCACTTGCATACACATATGAAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTCCAGAGAGATGTGTTCTCTCTCACTTGCATACACATATGAAAAT  100

seq1  AGAGATATGGTAGAAAGATAGACAGACAGAGAACCATCTTTTTCATTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATATGGTAGAAAGATAGACAGACAGAGAACCATCTTTTTCATTCTT  150

seq1  GTGTGTGTGGTGTATGTGCATGTATGTGCATGTATGTGTATAACTAGGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGGTGTATGTGCATGTATGTGCATGTATGTGTATAACTAGGGA  200

seq1  GACCAGAAGAGTGCACTGGGTGGCTTCCTCTACCACTTTGTGCCTTCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGAAGAGTGCACTGGGTGGCTTCCTCTACCACTTTGTGCCTTCTTT  250

seq1  TGAGGCAGGGTCTCTTCCTGAGCCTGTATCTGGTTTTTCAGATTGGCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCAGGGTCTCTTCCTGAGCCTGTATCTGGTTTTTCAGATTGGCTGG  300

seq1  AAGCCCCAGAAATCCTCTTGTCTTGGTGCTCTCAAAACGCCAGGGTTACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCCAGAAATCCTCTTGTCTTGGTGCTCTCAAAACGCCAGGGTTACA  350

seq1  GGTATGCATAAGGCCATGGTTGGCTCGTACATGAGCGCTAACATCCAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGCATAAGGCCATGGTTGGCTCGTACATGAGCGCTAACATCCAAAC  400

seq1  CCAGGTCCTGGTGCTTGGGGAGCAAGCACTCCGAGGCACAGAGTCAGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTCCTGGTGCTTGGGGAGCAAGCACTCCGAGGCACAGAGTCAGCTT  450

seq1  TCCAAGCCTGCTGGTTCTCTTCTTAAGGCTTTCAATTGATTGTATGGGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGCCTGCTGGTTCTCTTCTTAAGGCTTTCAATTGATTGTATGGGAC  500

seq1  GTAGCACATTAGGAAGACCGTCGGCTGTCCTTAGCTGATGTGGATGCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCACATTAGGAAGACCGTCGGCTGTCCTTAGCTGATGTGGATGCTGA  550

seq1  AGAGCCTAAACATAGCCTTTGCAGCAGCATTTACACCGGTGTTGGCCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCTAAACATAGCCTTTGCAGCAGCATTTACACCGGTGTTGGCCACA  600

seq1  CTCTAGCCAAGCTGACACATGCAGTTAACTGTCCCGTGATCCTGAGTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGCCAAGCTGACACATGCAGTTAACTGTCCCGTGATCCTGAGTATC  650

seq1  AGCCAGTCTCCCCTGAACCAACCCCTGCAACCATCTTTCCTTATCCTGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGTCTCCCCTGAACCAACCCCTGCAACCATCTTTCCTTATCCTGCA  700

seq1  CAGAATCCTGTCCATAGCTGATCAGATTCCCCCTCGGATGGTGGCTTGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATCCTGTCCATAGCTGATCAGATTCCCCCTCGGATGGTGGCTTGGT  750

seq1  GCTACCGTGCAAAACTGACTCTTTCTCTGTCTTTTACTCCTGGATCTATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCGTGCAAAACTGACTCTTTCTCTGTCTTTTACTCCTGGATCTATG  800

seq1  AACAGCCAAATCTGGCTTTCTCTGGCATGATAGGCACAAAGAAACCAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCCAAATCTGGCTTTCTCTGGCATGATAGGCACAAAGAAACCAATA  850

seq1  CAGACTGGCTAATGACATCTGGGAATGTT-GGCCATGTAGGGTTGGGGGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTGGCTAATGACATCTGGGAATGTTGGGCCATGTAGGGTTGGGGGT  900

seq1  AGGCAAATTGGCTGTCATGCTGTAAGCATCCAGGTAAAGCTCTTTGATCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAATTGGCTGTCATGCTGTAAGC-TTCAGGTAAAGCTCTTTGATCC  949

seq1  TCAGTCACGGTCCTGGTGAGCTTCACTTGAATTCACACGCTGACTGGAGC  999
      ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCACGGTCCTGGTGAGCT--CCTTGAATTCACACGCTGACTGGAGC  997

seq1  ATCTTCAGCTGCCCTCAGCCCCCAGGGCTCACCCTCAGTATGGGAG-AGA  1048
      ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| | |
seq2  ATCTTCAGCTGCCCTCAGCCCTCA-GGCTCACCCTCAGTATGGGAGAAAA  1046

seq1  AGACAGTTTCCCAAGGGGCAGTTCCTCCTTCAGCCTGGCGTGATAGGAGG  1098
      ||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||
seq2  AGACAGTTT-CCAAGGGCCAGTTCCT-CTTCAGCCTGGCGTGATA-GAGG  1093

seq1  TCTGTCTCTGTTAGTCAGACTGTTTGCCAATCTGATCAGCTTGCAGGTGC  1148
      |||||||  |||| || ||||||||||||  |||||||   |||||| ||
seq2  TCTGTCTTCGTTAATC-GACTGTTTGCCA--CTGATCA--CTGCAGG-GC  1137

seq1  AGGATGGATTCT  1160
       |||||||||||
seq2  -GGATGGATTCT  1148