BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-046N15
Chromosome16 (Build37)
Map Location 11,893,362 - 12,043,706
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC530044N13Rik, 2700045P11Rik
Upstream geneLitaf, LOC100043147, LOC100042597, Snn, Txndc11, Zc3h7a, LOC665450, LOC622271, Rsl1d1, Gspt1, Tnfrsf17, 4933437K13Rik, LOC100043171
Downstream geneEG622509, LOC622553
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-046N15.bB6Ng01-046N15.g
ACCDH871889DH871890
length1,086474
definitionDH871889|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046N15, 5' end.DH871890|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046N15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,042,616 - 12,043,706)(11,893,362 - 11,893,841)
sequence
gaattcagtcaggcttttggactggaagattgggcaaggactgagctcca
atcaccagagcacgggctggtgagagcacacccatagggactaagagagc
tatgtcagagttccgagaggcagaacctctcgatgggagaggctttggca
acgggaatcatacagtctccatcttgggctacgtactgggctgggaacag
actgagactgccagccagtacctagccagcaatggcatggattggtttta
attaatacacacaacatttttctgggttcttcctgaatccttgcaggaaa
gcaagggcaggttcataccagagtccataaaagtgcttgaagaatagcaa
ccacctcactagtatctggacaaaggaagaatctttccaaaggctatgga
gtcaactgttagggaaagagaccagaatacagaacaccaaaatcctagtt
cagctttttatcctctggatccaaatcaatgatactaccccttcacagaa
ggaccttagcagcaagactgatgtctcaaaattgcccagtaatcaatcat
ctgtgtaggtaaagtgcttgtaaactctaatattttacacccacataagt
tgtacaactcacagccatcctgggcatctatagaccttactgggcatgga
gaggtctgtttactttccactcttttcttctttcagatctctccatcccc
agttaactaagaagtctctgtgctgaagccactgtgtccccctgagtctg
gacctgtgcaggcagccacagctgctgtgagttcctgaccacaggggctc
agtccagttcattaagacaccatttcccagcagacccctgagaccaatct
ttctataaaacattccctaagacttgaagtggggggaggatctagatgtt
ccatttaggaccgatcactctgcagacataatgagtcttttatcttctat
gtgtgtgtggaaggggagtaacccctgcttctactgctgccataaaatct
attcttcagatcagagattaaccccttcgatgagtcctcacaagcgacgt
caccgcttctggaatcgctgctgctgtgctcctatc
tttggtgactagtgagctctaatactttatattttatttacagtttgttg
ctgggaagtgacacatgtgagcttgcgcatagagggcacaggacaacctt
tgggaattagcttgctctgtccacaatgtgggtctcaggaattgaacttg
gtcattagacatggtggcaagcgcctttactcactcagctgtctcacact
ggccctggttctaacatttctgttcttcgacattgtgactcacagtgaaa
acagccataagcaaggacatgtctcccatacactagcacagcagcacagt
gtttacacatagtaaagtgtacatttgcttagctggaagacataagatac
tcatgtataaaaatgtccataatgaacggaattgtaatttttaactcttg
tgtgtatggtaactcactctctctctctctcctgcgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_12042616_12043706
seq2: B6Ng01-046N15.b_44_1129 (reverse)

seq1  GATAGTGAGCACAGCAGCAAGCGATCCAGGAAGCGGTGA-GGAGCTTGTG  49
      ||||| |||||||||||| |||||| |  |||||||||| |  |||||||
seq2  GATAG-GAGCACAGCAGC-AGCGATTCCAGAAGCGGTGACGTCGCTTGTG  48

seq1  GAGACTGCATTGGAGGGGTAGATCTTCTGTGTCTGGAGAATAGATTTTAT  99
        |||| ||| | ||||||  ||| ||||  |||| ||||||||||||||
seq2  AGGACT-CATCGAAGGGGTTAATC-TCTG-ATCTGAAGAATAGATTTTAT  95

seq1  GGCAGCAGTAGAAGCAGGGGTTACTCCCCCTCCAACACACACATAAGAAG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||
seq2  GGCAGCAGTAGAAGCAGGGGTTACTCCCCTTCC-ACACACACAT-AGAAG  143

seq1  AT-AAAGACTCATTATGTCTGCAGAGTGATCGGTCCTAAATGGAACATCT  198
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGACTCATTATGTCTGCAGAGTGATCGGTCCTAAATGGAACATCT  193

seq1  AGATCCTCCCCCCACTTCAAGTCTTAGGGAATGTTTTATAGAAAGATTGG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCTCCCCCCACTTCAAGTCTTAGGGAATGTTTTATAGAAAGATTGG  243

seq1  TCTCAGGGGTCTGCTGGGAAATGGTGTCTTAATGAACTGGACTGAGCCCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGGGGTCTGCTGGGAAATGGTGTCTTAATGAACTGGACTGAGCCCC  293

seq1  TGTGGTCAGGAACTCACAGCAGCTGTGGCTGCCTGCACAGGTCCAGACTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTCAGGAACTCACAGCAGCTGTGGCTGCCTGCACAGGTCCAGACTC  343

seq1  AGGGGGACACAGTGGCTTCAGCACAGAGACTTCTTAGTTAACTGGGGATG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGACACAGTGGCTTCAGCACAGAGACTTCTTAGTTAACTGGGGATG  393

seq1  GAGAGATCTGAAAGAAGAAAAGAGTGGAAAGTAAACAGACCTCTCCATGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGATCTGAAAGAAGAAAAGAGTGGAAAGTAAACAGACCTCTCCATGC  443

seq1  CCAGTAAGGTCTATAGATGCCCAGGATGGCTGTGAGTTGTACAACTTATG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAAGGTCTATAGATGCCCAGGATGGCTGTGAGTTGTACAACTTATG  493

seq1  TGGGTGTAAAATATTAGAGTTTACAAGCACTTTACCTACACAGATGATTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGTAAAATATTAGAGTTTACAAGCACTTTACCTACACAGATGATTG  543

seq1  ATTACTGGGCAATTTTGAGACATCAGTCTTGCTGCTAAGGTCCTTCTGTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTGGGCAATTTTGAGACATCAGTCTTGCTGCTAAGGTCCTTCTGTG  593

seq1  AAGGGGTAGTATCATTGATTTGGATCCAGAGGATAAAAAGCTGAACTAGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGTAGTATCATTGATTTGGATCCAGAGGATAAAAAGCTGAACTAGG  643

seq1  ATTTTGGTGTTCTGTATTCTGGTCTCTTTCCCTAACAGTTGACTCCATAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGTGTTCTGTATTCTGGTCTCTTTCCCTAACAGTTGACTCCATAG  693

seq1  CCTTTGGAAAGATTCTTCCTTTGTCCAGATACTAGTGAGGTGGTTGCTAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGGAAAGATTCTTCCTTTGTCCAGATACTAGTGAGGTGGTTGCTAT  743

seq1  TCTTCAAGCACTTTTATGGACTCTGGTATGAACCTGCCCTTGCTTTCCTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAAGCACTTTTATGGACTCTGGTATGAACCTGCCCTTGCTTTCCTG  793

seq1  CAAGGATTCAGGAAGAACCCAGAAAAATGTTGTGTGTATTAATTAAAACC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGATTCAGGAAGAACCCAGAAAAATGTTGTGTGTATTAATTAAAACC  843

seq1  AATCCATGCCATTGCTGGCTAGGTACTGGCTGGCAGTCTCAGTCTGTTCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCATGCCATTGCTGGCTAGGTACTGGCTGGCAGTCTCAGTCTGTTCC  893

seq1  CAGCCCAGTACGTAGCCCAAGATGGAGACTGTATGATTCCCGTTGCCAAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCAGTACGTAGCCCAAGATGGAGACTGTATGATTCCCGTTGCCAAA  943

seq1  GCCTCTCCCATCGAGAGGTTCTGCCTCTCGGAACTCTGACATAGCTCTCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTCCCATCGAGAGGTTCTGCCTCTCGGAACTCTGACATAGCTCTCT  993

seq1  TAGTCCCTATGGGTGTGCTCTCACCAGCCCGTGCTCTGGTGATTGGAGCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCCTATGGGTGTGCTCTCACCAGCCCGTGCTCTGGTGATTGGAGCT  1043

seq1  CAGTCCTTGCCCAATCTTCCAGTCCAAAAGCCTGACTGAATTC  1091
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTTGCCCAATCTTCCAGTCCAAAAGCCTGACTGAATTC  1086

seq1: chr16_11893362_11893841
seq2: B6Ng01-046N15.g_69_548

seq1  GAATTCTTTGGTGACTAGTGAGCTCTAATACTTTATATTTTATTTACAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGGTGACTAGTGAGCTCTAATACTTTATATTTTATTTACAGT  50

seq1  TTGTTGCTGGGAAGTGACACATGTGAGCTTGCGCATAGAGGGCACAGGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGCTGGGAAGTGACACATGTGAGCTTGCGCATAGAGGGCACAGGAC  100

seq1  AACCTTTGGGAATTAGCTTGCTCTGTCCACAATGTGGGTCTCAGGAATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTTGGGAATTAGCTTGCTCTGTCCACAATGTGGGTCTCAGGAATTG  150

seq1  AACTTGGTCATTAGACATGGTGGCAAGCGCCTTTACTCACTCAGCTGTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGGTCATTAGACATGGTGGCAAGCGCCTTTACTCACTCAGCTGTCT  200

seq1  CACACTGGCCCTGGTTCTAACATTTCTGTTCTTCGACATTGTGACTCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGGCCCTGGTTCTAACATTTCTGTTCTTCGACATTGTGACTCACA  250

seq1  GTGAAAACAGCCATAAGCAAGGACATGTCTCCCATACACTAGCACAGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAACAGCCATAAGCAAGGACATGTCTCCCATACACTAGCACAGCAG  300

seq1  CACAGTGTTTACACATAGTAAAGTGTACATTTGCTTAGCTGGAAGACATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGTTTACACATAGTAAAGTGTACATTTGCTTAGCTGGAAGACATA  350

seq1  AGATACTCATGTATAAAAATGTCCATAATGAACGGAATTGTAATTTTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACTCATGTATAAAAATGTCCATAATGAACGGAATTGTAATTTTTAA  400

seq1  CTCTTGTGTGTATGGTAACTCACTCTCTCTCTCTCTCCTGCGTGTGTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTGTGTATGGTAACTCACTCTCTCTCTCTCTCCTGCGTGTGTGTG  450

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  480
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  480