BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066J15
Chromosome16 (Build37)
Map Location 41,917,979 - 42,079,591
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLsamp
Upstream geneEG667450
Downstream geneGap43, BC002163
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066J15.bB6Ng01-066J15.g
ACCDH885735DH885736
length1,098308
definitionDH885735|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066J15, 5' end.DH885736|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066J15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,078,492 - 42,079,591)(41,917,979 - 41,918,286)
sequence
gaattcagtaaaagatgtcttctactgtgctcataactcaaccctgtgaa
gccatgaggtcttaagcatcaacttactaggaaatctaaatgggatgctg
ttttatgttgtcaattagaatgtttttagaagtccaatgtgctatccgtt
gttcagtcaggtgattacaatgtcttcatatccatctctatatatagtcc
aaacattagctttgcacagtcagcaacaatctaggttcctaaatatcaga
aggggatgtggcatctggctcaagcttaaattatgcttactgttgacaat
agaactctaaaaatggcatcggaatctatatttactcacttccaatttat
ttcagagcgacaggcccagtttccagacagaaatacgatgttcccagtag
tcattaggaatggcctgctttcttaagacatgacacagagggtcgggatt
tagcctctgtggattataaaccttttcatccttatagcagtgcttcaagc
atgagaaatagtgtgtttgtggaattataattagcatttaaccctaggat
gcttggttcttactttcttgctcaactcaatatggtggcagtttggagtg
gtttgaaaccttaatgatgctactttctagtctttgggcttctataaggg
aagacattgaggaagggcaagcagaacagtcccaagctcttacagttctc
tccctccacagctgggtttcccgatagattctaaccccaaagctggaaag
agtaggaagctgaggctcatctataattgccatcagctagcactaaggta
ggatgggagggtaagtgagaagggatacaaacaagaggagaggatgactg
cctcacttgcttgactcttttcttcagtatcagaggggaagcaaaaagca
aaagaatggcagtgaactggagaaaaaagttaccttctttccagtgctcg
tgtgggttatagcctcagcatcctgcctcagatgaatacagatggttgtg
tacatggctaagactgtacatctaaaatgtctggagccacatccatttcg
tccctggtttgggaagtactctttgctccaatgttttgaccttctcct
ataaggacaacctcccaaggcaaatacagaaggatctgaagataggtgcc
ctgtacaaacagaagacatccagcaaactaaataaccaataaataaccca
tgggcttcatatgacatttcactgtccttaaagtggcaacacatttttgc
tctgttaaagagagtaaatgagcaagatttttggcttttgtttatacata
gatatatatacatatatatacacatatatacgtatatatacatatatata
cgtatatgtgtgtgtatatatacatatgtatgtatatatatatatatatg
gggtggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_42078492_42079591
seq2: B6Ng01-066J15.b_47_1144 (reverse)

seq1  AGAAGAA-GTCAAAACATTTGAGCAAAGAGTACTTCCCAAAACAAGGACG  49
      || |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||
seq2  AGGAGAAGGTCAAAACATTGGAGCAAAGAGTACTTCCCAAACCAGGGACG  50

seq1  AAATGGATGTGGCTCCAGACATTTTTAGATGTACAGTCTAAGCCATGTAC  99
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAATGGATGTGGCTCCAGACA-TTTTAGATGTACAGTCTTAGCCATGTAC  99

seq1  ACAAACCATCTGTATTCATCTGGAGGCAGGATGCTGAGGCTATAACCCAC  149
      || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AC-AACCATCTGTATTCATCT-GAGGCAGGATGCTGAGGCTATAACCCAC  147

seq1  ACGAGCACTGGAAAGAAGGTAACTTTTTTCTCCAGTTCACTGCCATTCTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGCACTGGAAAGAAGGTAACTTTTTTCTCCAGTTCACTGCCATTCTT  197

seq1  TTGCTTTTTGCTTCCCCTCTGATACTGAAGAAAAGAGTCAAGCAAGTGAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTTTGCTTCCCCTCTGATACTGAAGAAAAGAGTCAAGCAAGTGAG  247

seq1  GCAGTCATCCTCTCCTCTTGTTTGTATCCCTTCTCACTTACCCTCCCATC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCATCCTCTCCTCTTGTTTGTATCCCTTCTCACTTACCCTCCCATC  297

seq1  CTACCTTAGTGCTAGCTGATGGCAATTATAGATGAGCCTCAGCTTCCTAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTTAGTGCTAGCTGATGGCAATTATAGATGAGCCTCAGCTTCCTAC  347

seq1  TCTTTCCAGCTTTGGGGTTAGAATCTATCGGGAAACCCAGCTGTGGAGGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCAGCTTTGGGGTTAGAATCTATCGGGAAACCCAGCTGTGGAGGG  397

seq1  AGAGAACTGTAAGAGCTTGGGACTGTTCTGCTTGCCCTTCCTCAATGTCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAACTGTAAGAGCTTGGGACTGTTCTGCTTGCCCTTCCTCAATGTCT  447

seq1  TCCCTTATAGAAGCCCAAAGACTAGAAAGTAGCATCATTAAGGTTTCAAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTATAGAAGCCCAAAGACTAGAAAGTAGCATCATTAAGGTTTCAAA  497

seq1  CCACTCCAAACTGCCACCATATTGAGTTGAGCAAGAAAGTAAGAACCAAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCCAAACTGCCACCATATTGAGTTGAGCAAGAAAGTAAGAACCAAG  547

seq1  CATCCTAGGGTTAAATGCTAATTATAATTCCACAAACACACTATTTCTCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTAGGGTTAAATGCTAATTATAATTCCACAAACACACTATTTCTCA  597

seq1  TGCTTGAAGCACTGCTATAAGGATGAAAAGGTTTATAATCCACAGAGGCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGAAGCACTGCTATAAGGATGAAAAGGTTTATAATCCACAGAGGCT  647

seq1  AAATCCCGACCCTCTGTGTCATGTCTTAAGAAAGCAGGCCATTCCTAATG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCCGACCCTCTGTGTCATGTCTTAAGAAAGCAGGCCATTCCTAATG  697

seq1  ACTACTGGGAACATCGTATTTCTGTCTGGAAACTGGGCCTGTCGCTCTGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTGGGAACATCGTATTTCTGTCTGGAAACTGGGCCTGTCGCTCTGA  747

seq1  AATAAATTGGAAGTGAGTAAATATAGATTCCGATGCCATTTTTAGAGTTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATTGGAAGTGAGTAAATATAGATTCCGATGCCATTTTTAGAGTTC  797

seq1  TATTGTCAACAGTAAGCATAATTTAAGCTTGAGCCAGATGCCACATCCCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTCAACAGTAAGCATAATTTAAGCTTGAGCCAGATGCCACATCCCC  847

seq1  TTCTGATATTTAGGAACCTAGATTGTTGCTGACTGTGCAAAGCTAATGTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATATTTAGGAACCTAGATTGTTGCTGACTGTGCAAAGCTAATGTT  897

seq1  TGGACTATATATAGAGATGGATATGAAGACATTGTAATCACCTGACTGAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTATATATAGAGATGGATATGAAGACATTGTAATCACCTGACTGAA  947

seq1  CAACGGATAGCACATTGGACTTCTAAAAACATTCTAATTGACAACATAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGGATAGCACATTGGACTTCTAAAAACATTCTAATTGACAACATAAA  997

seq1  ACAGCATCCCATTTAGATTTCCTAGTAAGTTGATGCTTAAGACCTCATGG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCATCCCATTTAGATTTCCTAGTAAGTTGATGCTTAAGACCTCATGG  1047

seq1  CTTCACAGGGTTGAGTTATGAGCACAGTAGAAGACATCTTTTACTGAATT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACAGGGTTGAGTTATGAGCACAGTAGAAGACATCTTTTACTGAATT  1097

seq1  C  1100
      |
seq2  C  1098

seq1: chr16_41917979_41918286
seq2: B6Ng01-066J15.g_75_382

seq1  ATAAGGACAACCTCCCAAGGCAAATACAGAAGGATCTGAAGATAGGTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGACAACCTCCCAAGGCAAATACAGAAGGATCTGAAGATAGGTGCC  50

seq1  CTGTACAAACAGAAGACATCCAGCAAACTAAATAACCAATAAATAACCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACAAACAGAAGACATCCAGCAAACTAAATAACCAATAAATAACCCA  100

seq1  TGGGCTTCATATGACATTTCACTGTCCTTAAAGTGGCAACACATTTTTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTTCATATGACATTTCACTGTCCTTAAAGTGGCAACACATTTTTGC  150

seq1  TCTGTTAAAGAGAGTAAATGAGCAAGATTTTTGGCTTTTGTTTATACATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTAAAGAGAGTAAATGAGCAAGATTTTTGGCTTTTGTTTATACATA  200

seq1  GATATATATACATATATATACACATATATACGTATATATACATATATATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATATATACATATATATACACATATATACGTATATATACATATATATA  250

seq1  CGTATATGTGTGTGTATATATACATATGTATGTATATATATATATATATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTATATGTGTGTGTATATATACATATGTATGTATATATATATATATATG  300

seq1  GGGTGGTG  308
      ||||||||
seq2  GGGTGGTG  308