BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-088B11
Chromosome16 (Build37)
Map Location 5,064,805 - 5,209,596
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUbn1, Ppl, Sec14l5, Nagpa
Upstream geneTrap1, Crebbp, EG436332, Adcy9, EG620313, Srl, Tcfap4, Glis2, Magmas, Coro7, Vasn, Dnaja3, Nmral1, Hmox2, 5730403B10Rik, 4930562C15Rik, 1500031H01Rik, Mgrn1, Nudt16l1, Anks3, 4930451G09Rik, Sept12, EG432995, Rogdi, 3930401K13Rik
Downstream geneAU021092, Alg1, 5730409G15Rik, LOC100042436, A2bp1, LOC100042445
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-088B11.bB6Ng01-088B11.g
ACCDH901042DH901043
length1,0791,135
definitionDH901042|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088B11, 5' end.DH901043|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088B11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,208,498 - 5,209,596)(5,064,805 - 5,065,944)
sequence
gaattcaccccttcaaactgacttctgacctccacacatgggccttggca
tgcacagaacccacacacccctatatacaaataaatcacttttaaaagct
ggatgtggtgttgtatatccatatttccagctctcctacctggagatggg
aggcagagatcagactctaaaagccaccagcagcaggagtgagaaagcct
gactcaacaaagagaagctagatccaacttctgaaggctgccctttgaca
cccacacatccaagagagcatgcacacacataaactcatgctagattaaa
aaaaaaagtttaatgaagagatatgtcattaaggtttttttaaagattta
tttttatgtatttgaatacactgtcactgtcttcagacacatcagaagag
ggcatcagatcccattacagatggttgtgagccaccatgtggtttctggg
aattgaactcaggacctctggaagagaagccagtgctcttaacctctgag
ttaagacaggccatctctccagcctgtcactgagccatctctccagcccg
tcactgagccgtctctccagcccgtcactgagccgtctctccagcccgtc
actaaggttttagtaagtaaacaaccccctcttcttgtgccctgctgaaa
gccagtgatgtggaacggaccctttaaatctctcctttcgcctaatcttc
ccctactgtgcccaggatttcctaccacaatcccccataagttattaggc
ccaggagctgtgcctggcatggagtggcaaatgtgacatgcttctgaggc
tgctgccttcttaggggaccgggaaccagagcctaacacctattggcctt
taagattccttagcaccacttcatcaacacaaagtcaccaagacaggctc
tcagctttgggagaatcggcttcacacaaacagattacaggagaatctgc
ccacctcatctcctgagtgtgagctgggttagtgactgagctgaacatgg
tgtggtcccagcttagttactaccagctgaggaaggaggaggcctggctg
cagtcatttaagataaggcatcctctcag
gaattcaggcagccctcttccttccccgaaggcctgccgatacccctgga
gaagcgtgttaaggagctggctcaggtatggtgacatcatatggctgggc
ttttctggaagccatttcagtagattggcattagctctgcaccctgtgga
gcttgatgcccaagaaatcctttgtgaaagtgtaagcctttcccaagttc
tcatttcatcccaaggaggaaacagtttaagttttgcccaccaggattca
gtttttcaccttttttggttccctttacttctggaaattttattttgggg
acatttttctcttgttctgttttctgccagtttctttcttacaactccca
tttgcttttgttgatcagccccaatgttgacaagcaggcaactgaggtaa
aatctcatctttgaattcttccaaagattttgaaagttcactggtttgta
aacacattaagagcaagcacatgcttagctgttactgggttttcttgctc
tgatgtcatcattagtgctgaggtgcacctggttggtgatgaggggaagc
ttagtttgaacacctcctcctatcccagaaaacagcaagcagtctttagc
atggaatagccatgctgctgttttcctcctgtatctggagatgatgatct
cttgagtcctaagaactgtcagttaagcgatttactactagctataatct
aactggatcatgagttttaataccattgccttggttaaaatagcatttcc
ctgtagacactgatttggatggtagctctaagagtgtttgtgcccaacag
cagtacgttttgaactagtggtacttacagcattttcagaatcactattg
tgactatttcaagtttcaggacagtgcagaacatcagctttcagtaataa
atgttttgttttctcacctagagaaggcttttgaacaccagtggtacaaa
gcaaacaaaacaccttattcatagctatagtttctccttgttatccttgt
gtggtatatccagtgttcttgaatgtaacgctttaatgaactgggacatg
tcagggactcagtatctgactatgacttgaggagaggactggatctttac
ttgggcattttgagcattgtcttggtgctcagaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_5208498_5209596
seq2: B6Ng01-088B11.b_50_1128 (reverse)

seq1  CTGAGAGGATGCCCTTATCTTAAAATTGACCTGCCAGCCCAGGCTCTCCT  50
      ||||||||||| ||||||||||||  ||| ||| ||| |||||| |||||
seq2  CTGAGAGGATG-CCTTATCTTAAA--TGA-CTG-CAG-CCAGGC-CTCCT  43

seq1  CCCTTCCTCCAGCCTGGTTAGTAACTTAAGCCTTGGGACCACACCATTGT  100
       ||||||| ||| |||| ||||||| |||||  ||||||||||||| |||
seq2  -CCTTCCT-CAG-CTGG-TAGTAAC-TAAGC--TGGGACCACACCA-TGT  85

seq1  TCAGCTCAGTCACTAACCCAGCTCACACTCAGGAAGAATGGGGTGGGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||
seq2  TCAGCTCAGTCACTAACCCAGCTCACACTCAGGA--GATGAGGTGGGCAG  133

seq1  AATTCTCCTGTAATCTGTTTGTGTGAAGCCGATTTCTCCCAAAGCTGAGA  200
       ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  -ATTCTCCTGTAATCTGTTTGTGTGAAGCCGA-TTCTCCCAAAGCTGAGA  181

seq1  GCCTGTCTTGGTGACTTTGTGTTGATGAAGTGGTGCTAAGGAAATCTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GCCTGTCTTGGTGACTTTGTGTTGATGAAGTGGTGCTAAGG-AATCTTAA  230

seq1  AGGCCAATAGGTGTTAGGCTCTGGTTCCCGGTCCCCTAAGAAGGCAGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAATAGGTGTTAGGCTCTGGTTCCCGGTCCCCTAAGAAGGCAGCAG  280

seq1  CCTCAGAAGCATGTCACATTTGCCACTCCATGCCAGGCACAGCTCCTGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGAAGCATGTCACATTTGCCACTCCATGCCAGGCACAGCTCCTGGG  330

seq1  CCTAATAACTTATGGGGGATTGTGGTAGGAAATCCTGGGCACAGTAGGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATAACTTATGGGGGATTGTGGTAGGAAATCCTGGGCACAGTAGGGG  380

seq1  AAGATTAGGCGAAAGGAGAGATTTAAAGGGTCCGTTCCACATCACTGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTAGGCGAAAGGAGAGATTTAAAGGGTCCGTTCCACATCACTGGCT  430

seq1  TTCAGCAGGGCACAAGAAGAGGGGGTTGTTTACTTACTAAAACCTTAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCAGGGCACAAGAAGAGGGGGTTGTTTACTTACTAAAACCTTAGTG  480

seq1  ACGGGCTGGAGAGACGGCTCAGTGACGGGCTGGAGAGACGGCTCAGTGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGCTGGAGAGACGGCTCAGTGACGGGCTGGAGAGACGGCTCAGTGAC  530

seq1  GGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGACAGGCTGGAGAGATGGCCTGTCTTAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGACAGGCTGGAGAGATGGCCTGTCTTAAC  580

seq1  TCAGAGGTTAAGAGCACTGGCTTCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGGTTAAGAGCACTGGCTTCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTC  630

seq1  CCAGAAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCC  680

seq1  TCTTCTGATGTGTCTGAAGACAGTGACAGTGTATTCAAATACATAAAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGATGTGTCTGAAGACAGTGACAGTGTATTCAAATACATAAAAAT  730

seq1  AAATCTTTAAAAAAACCTTAATGACATATCTCTTCATTAAACTTTTTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTTAAAAAAACCTTAATGACATATCTCTTCATTAAACTTTTTTTT  780

seq1  TTAATCTAGCATGAGTTTATGTGTGTGCATGCTCTCTTGGATGTGTGGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCTAGCATGAGTTTATGTGTGTGCATGCTCTCTTGGATGTGTGGGT  830

seq1  GTCAAAGGGCAGCCTTCAGAAGTTGGATCTAGCTTCTCTTTGTTGAGTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAGGGCAGCCTTCAGAAGTTGGATCTAGCTTCTCTTTGTTGAGTCA  880

seq1  GGCTTTCTCACTCCTGCTGCTGGTGGCTTTTAGAGTCTGATCTCTGCCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTCTCACTCCTGCTGCTGGTGGCTTTTAGAGTCTGATCTCTGCCTC  930

seq1  CCATCTCCAGGTAGGAGAGCTGGAAATATGGATATACAACACCACATCCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCCAGGTAGGAGAGCTGGAAATATGGATATACAACACCACATCCA  980

seq1  GCTTTTAAAAGTGATTTATTTGTATATAGGGGTGTGTGGGTTCTGTGCAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTAAAAGTGATTTATTTGTATATAGGGGTGTGTGGGTTCTGTGCAT  1030

seq1  GCCAAGGCCCATGTGTGGAGGTCAGAAGTCAGTTTGAAGGGGTGAATTC  1099
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGGCCCATGTGTGGAGGTCAGAAGTCAGTTTGAAGGGGTGAATTC  1079

seq1: chr16_5064805_5065944
seq2: B6Ng01-088B11.g_70_1204

seq1  GAATTCAGGCAGCCCTCTTCCTTCCCCGAAGGCCTGCCGATACCCCTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGCAGCCCTCTTCCTTCCCCGAAGGCCTGCCGATACCCCTGGA  50

seq1  GAAGCGTGTTAAGGAGCTGGCTCAGGTATGGTGACATCATATGGCTGGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCGTGTTAAGGAGCTGGCTCAGGTATGGTGACATCATATGGCTGGGC  100

seq1  TTTTCTGGAAGCCATTTCAGTAGATTGGCATTAGCTCTGCACCCTGTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGGAAGCCATTTCAGTAGATTGGCATTAGCTCTGCACCCTGTGGA  150

seq1  GCTTGATGCCCAAGAAATCCTTTGTGAAAGTGTAAGCCTTTCCCAAGTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGATGCCCAAGAAATCCTTTGTGAAAGTGTAAGCCTTTCCCAAGTTC  200

seq1  TCATTTCATCCCAAGGAGGAAACAGTTTAAGTTTTGCCCACCAGGATTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTCATCCCAAGGAGGAAACAGTTTAAGTTTTGCCCACCAGGATTCA  250

seq1  GTTTTTCACCTTTTTTGGTTCCCTTTACTTCTGGAAATTTTATTTTGGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTCACCTTTTTTGGTTCCCTTTACTTCTGGAAATTTTATTTTGGGG  300

seq1  ACATTTTTCTCTTGTTCTGTTTTCTGCCAGTTTCTTTCTTACAACTCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTTCTCTTGTTCTGTTTTCTGCCAGTTTCTTTCTTACAACTCCCA  350

seq1  TTTGCTTTTGTTGATCAGCCCCAATGTTGACAAGCAGGCAACTGAGGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTTTGTTGATCAGCCCCAATGTTGACAAGCAGGCAACTGAGGTAA  400

seq1  AATCTCATCTTTGAATTCTTCCAAAGATTTTGAAAGTTCACTGGTTTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCATCTTTGAATTCTTCCAAAGATTTTGAAAGTTCACTGGTTTGTA  450

seq1  AACACATTAAGAGCAAGCACATGCTTAGCTGTTACTGGGTTTTCTTGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATTAAGAGCAAGCACATGCTTAGCTGTTACTGGGTTTTCTTGCTC  500

seq1  TGATGTCATCATTAGTGCTGAGGTGCACCTGGTTGGTGATGAGGGGAAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTCATCATTAGTGCTGAGGTGCACCTGGTTGGTGATGAGGGGAAGC  550

seq1  TTAGTTTGAACACCTCCTCCTATCCCAGAAAACAGCAAGCAGTCTTTAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTGAACACCTCCTCCTATCCCAGAAAACAGCAAGCAGTCTTTAGC  600

seq1  ATGGAATAGCCATGCTGCTGTTTTCCTCCTGTATCTGGAGATGATGATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATAGCCATGCTGCTGTTTTCCTCCTGTATCTGGAGATGATGATCT  650

seq1  CTTGAGTCCTAAGAACTGTCAGTTAAGCGATTTACTACTAGCTATAATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGTCCTAAGAACTGTCAGTTAAGCGATTTACTACTAGCTATAATCT  700

seq1  AACTGGATCATGAGTTTTAATACCATTGCCTTGGTTAAAATAGCATTTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGATCATGAGTTTTAATACCATTGCCTTGGTTAAAATAGCATTTCC  750

seq1  CTGTAGACACTGATTTGGATGGTAGCTCTAAGAGTGTTTGTGCCCAACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGACACTGATTTGGATGGTAGCTCTAAGAGTGTTTGTGCCCAACAG  800

seq1  CAGTACGTTTTGAACTAGTGGTACTTACAGCATTTTCAGAATCACTATTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACGTTTTGAACTAGTGGTACTTACAGCATTTTCAGAATCACTATTG  850

seq1  TGACTATTTCAAGTTTCAGGACAGTGCAGAACATCAGC-TTCAGT-ATAA  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  TGACTATTTCAAGTTTCAGGACAGTGCAGAACATCAGCTTTCAGTAATAA  900

seq1  ATGTTTTGTTTTCTCACCTAGAGAAGGCATTTGAACA-CAGT-GTACAAA  946
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||
seq2  ATGTTTTGTTTTCTCACCTAGAGAAGGCTTTTGAACACCAGTGGTACAAA  950

seq1  GCAAACAAAACACCTTATTCATAGCTATAGTTTCTCCTTGTTATCCTATG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCAAACAAAACACCTTATTCATAGCTATAGTTTCTCCTTGTTATCCT-TG  999

seq1  TGTGGTATATCCAAGTGTTCTTGAATGTAACGCTTTAATGAACTGTGACA  1046
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGTGGTATATCC-AGTGTTCTTGAATGTAACGCTTTAATGAACTGGGACA  1048

seq1  TGTCAGGGACTCAGTTATCTGACTATGACATTGAAGGAAGAGGAATTGAA  1096
      |||||||||||||| |||||||||||||| ||||  | ||||| | || |
seq2  TGTCAGGGACTCAG-TATCTGACTATGAC-TTGA--GGAGAGG-ACTGGA  1093

seq1  TCTTTACTT-GGCATATTTGAGCATATTGTCTTGTTGCTCAGAAT  1140
      ||||||||| ||||| |||||||  ||||||||| ||||||||||
seq2  TCTTTACTTGGGCAT-TTTGAGC--ATTGTCTTGGTGCTCAGAAT  1135