BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-090O13
Chromosome16 (Build37)
Map Location 66,654,988 - 66,792,842
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCadm2
Upstream geneEG383186, Vgll3, LOC664846, LOC100039035
Downstream gene9330155M09Rik
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-090O13.bB6Ng01-090O13.g
ACCDH903085DH903086
length1,1261,195
definitionDH903085|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090O13, 5' end.DH903086|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090O13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,791,706 - 66,792,842)(66,654,988 - 66,656,206)
sequence
gaattcatcttcaagatcttttcaagtacaacagagaaagtagttttcgt
tttgacatcgggttatgtgagacttcgtctcccttggtctctctattttg
tttggataacttttgaagttggtttaaaatcaaaaaaaaaaaattctctt
gaacaatagaaaatgtgaaggggatttgattacttaactttaacataaaa
gcgaggcaagccataatatcccctggtttcaggttttaaactttatatta
tgaagtgagccacacagttattttttcccaaaggtctgttagcaattaac
aactgtaggaaggaacagactcattttcttcagttatgtagctgctaata
agttgcttgtgctgaagtaaataacctttcacccactcgtaggcaagaaa
atctaattaaactcagtggatcacacagtataaaataaaagaaggacgta
ttgggaaataaaagggtttcatggggagagaaagaagaatgaggggaaag
aattgtggtgaattagaacaatatttattctatgtacatatgtaaaattt
caaaagcatttaaaatgagaattggttattccaagagtaaagtgttccgc
tttagaaaatggggtacacagaacttctgttaaacagtaatcacattcat
caacacctcagaatgctgtcttctccattatgacactaaagccaagacta
ggtcactttgtacattcagcttctgcacatctacagagactacatcgagt
cttcttttaggatatccagcagtgtttgtattgttagaaacatttagact
acatacctcgatttgctaattgggattattatttgaggcatcaagaatta
cttttacaaatcccatagtctagtaatattcatcaataaaatgtattaat
agatgatgttcatattgagttctgctgatctgtttattattagagaacat
aaggatcaaacagagagatgtctcatatcacacatatttctgaccaggtt
ctcatgatatggaacggacagcactctccacacagaaaagctgtatagac
cgctgtggttcccagtgtgatagtgcatagatgtaagaggatgttcttat
ctagtgctgctgatgtaggtctacgt
gaattctcttcctactttctcttcttcaagttttcaaaaatctagaagca
tataaatatctaaacattttcaaaacattatggttgaatattattttcca
gattttaaacatttcccagactctgttagttttaaagcacatcttgatat
atatactaaaattatatttgaatttttaaacagaaaaggctgctttcatg
taccaaaaacactatggaattaaagacataggaatcaagaaatagtcatt
gtgaattgtattagaaattatttgtttgaaacgttgaatttataatgcca
taaaattatcagaagttatctgccattatcacaagtttatccattcctat
agcatgattgttttgtgctttctcggtttggagcttacatggataggcac
gctgagcatcacaagaaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaaac
aaaaaacaggaacaacaacaacaacaaaaaccacaacaacaacaaaaaaa
accttttgtgaatatttccctgaaaatgttctcatttccttttaatatgt
gaaatctgatctttaagaaagcttcaaattaccaaacatcacatgccttc
tttcactggaaaaaatgtaaatggaaaataatataacatgttatttaata
aaaaataaaccagatacaaaatcttgccttgtatttacagacaaatttta
atggaatatttcatggtccaacacaaatatcagacccaatggcactaatt
cttgtacagcctttggcttaccctgtataacaaaatctgttacttaaagt
acactacaaaataccttatggtaagtgaacttccaaagacacaaagaaaa
tcttccataaatttaaaagcttatctcaaattcttattgttataagctcg
ggatgtatatatggttaatcgcattatcttagtagttgaaatatatcggt
tagagtgtagaaataaaaagtttgttttagatatttttgctctgttccta
gtcaacattagtaaacacaaatagtggatgtaaagtacttttacagattg
aatgtggcaatctcaagcaaaattctttatgtcagcgaacacttattttt
accttagcattcacaagtcatacatttcaaggagtatgattaggttatcg
aggataactagtagcctccattttttatgttccctttagagaatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_66791706_66792842
seq2: B6Ng01-090O13.b_48_1173 (reverse)

seq1  ACGTAGACCTACATCCCAGCCAGCAACTTAGATAAG-ACATCTCTTTACA  49
      ||||||||||||||  ||| |||||   |||||||| |||||   |||||
seq2  ACGTAGACCTACAT--CAG-CAGCA--CTAGATAAGAACATCCTCTTACA  45

seq1  TCTATTGCACTATTCACACTGGGAA-CACAGCGGGTCTTATACAGCTTTT  98
      |||| ||||||| |||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||
seq2  TCTA-TGCACTA-TCACACTGGGAACCACAGC-GGTC-TATACAGCTTTT  91

seq1  CTGTGTGGAGAGTGCTGTCCGTTCCATATCATGGAGAACCCTGGTCAGAA  148
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  CTGTGTGGAGAGTGCTGTCCGTTCCATATCAT-GAGAA-CCTGGTCAGAA  139

seq1  ATATGTGTGATATGAGACATCCTCTTCTGTTTGATCCTTATGTTCTCTAA  198
      |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGTGATATGAGACAT-CTC-TCTGTTTGATCCTTATGTTCTCTAA  187

seq1  TAATAAACAGATCAGCAGAACTCAATATGAACATCATCTATTAATACATT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAACAGATCAGCAGAACTCAATATGAACATCATCTATTAATACATT  237

seq1  TTATTGATGAATATTACTAGACTATGGGATTTGTAAAAGTAATTCTTGAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGATGAATATTACTAGACTATGGGATTTGTAAAAGTAATTCTTGAT  287

seq1  GCCTCAAATAATAATCCCAATTAGCAAATCGAGGTATGTAGTCTAAATGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAAATAATAATCCCAATTAGCAAATCGAGGTATGTAGTCTAAATGT  337

seq1  TTCTAACAATACAAACACTGCTGGATATCCTAAAAGAAGACTCGATGTAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAACAATACAAACACTGCTGGATATCCTAAAAGAAGACTCGATGTAG  387

seq1  TCTCTGTAGATGTGCAGAAGCTGAATGTACAAAGTGACCTAGTCTTGGCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTAGATGTGCAGAAGCTGAATGTACAAAGTGACCTAGTCTTGGCT  437

seq1  TTAGTGTCATAATGGAGAAGACAGCATTCTGAGGTGTTGATGAATGTGAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTCATAATGGAGAAGACAGCATTCTGAGGTGTTGATGAATGTGAT  487

seq1  TACTGTTTAACAGAAGTTCTGTGTACCCCATTTTCTAAAGCGGAACACTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTTTAACAGAAGTTCTGTGTACCCCATTTTCTAAAGCGGAACACTT  537

seq1  TACTCTTGGAATAACCAATTCTCATTTTAAATGCTTTTGAAATTTTACAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTTGGAATAACCAATTCTCATTTTAAATGCTTTTGAAATTTTACAT  587

seq1  ATGTACATAGAATAAATATTGTTCTAATTCACCACAATTCTTTCCCCTCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACATAGAATAAATATTGTTCTAATTCACCACAATTCTTTCCCCTCA  637

seq1  TTCTTCTTTCTCTCCCCATGAAACCCTTTTATTTCCCAATACGTCCTTCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTTTCTCTCCCCATGAAACCCTTTTATTTCCCAATACGTCCTTCT  687

seq1  TTTATTTTATACTGTGTGATCCACTGAGTTTAATTAGATTTTCTTGCCTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTATACTGTGTGATCCACTGAGTTTAATTAGATTTTCTTGCCTA  737

seq1  CGAGTGGGTGAAAGGTTATTTACTTCAGCACAAGCAACTTATTAGCAGCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTGGGTGAAAGGTTATTTACTTCAGCACAAGCAACTTATTAGCAGCT  787

seq1  ACATAACTGAAGAAAATGAGTCTGTTCCTTCCTACAGTTGTTAATTGCTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAACTGAAGAAAATGAGTCTGTTCCTTCCTACAGTTGTTAATTGCTA  837

seq1  ACAGACCTTTGGGAAAAAATAACTGTGTGGCTCACTTCATAATATAAAGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACCTTTGGGAAAAAATAACTGTGTGGCTCACTTCATAATATAAAGT  887

seq1  TTAAAACCTGAAACCAGGGGATATTATGGCTTGCCTCGCTTTTATGTTAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACCTGAAACCAGGGGATATTATGGCTTGCCTCGCTTTTATGTTAA  937

seq1  AGTTAAGTAATCAAATCCCCTTCACATTTTCTATTGTTCAAGAGAATTTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAGTAATCAAATCCCCTTCACATTTTCTATTGTTCAAGAGAATTTT  987

seq1  TTTTTTTTGATTTTAAACCAACTTCAAAAGTTATCCAAACAAAATAGAGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTGATTTTAAACCAACTTCAAAAGTTATCCAAACAAAATAGAGA  1037

seq1  GACCAAGGGAGACGAAGTCTCACATAACCCGATGTCAAAACGAAAACTAC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAAGGGAGACGAAGTCTCACATAACCCGATGTCAAAACGAAAACTAC  1087

seq1  TTTCTCTGTTGTACTTGAAAAGATCTTGAAGATGAATTC  1137
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTGTTGTACTTGAAAAGATCTTGAAGATGAATTC  1126

seq1: chr16_66654988_66656206
seq2: B6Ng01-090O13.g_68_1262

seq1  GAATTCTCTTCCTACTTTCTCTTCTTCAAGTTTTCAAAAATCTAGAAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTCCTACTTTCTCTTCTTCAAGTTTTCAAAAATCTAGAAGCA  50

seq1  TATAAATATCTAAACATTTTCAAAACATTATGGTTGAATATTATTTTCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATATCTAAACATTTTCAAAACATTATGGTTGAATATTATTTTCCA  100

seq1  GATTTTAAACATTTCCCAGACTCTGTTAGTTTTAAAGCACATCTTGATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTAAACATTTCCCAGACTCTGTTAGTTTTAAAGCACATCTTGATAT  150

seq1  ATATACTAAAATTATATTTGAATTTTTAAACAGAAAAGGCTGCTTTCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACTAAAATTATATTTGAATTTTTAAACAGAAAAGGCTGCTTTCATG  200

seq1  TACCAAAAACACTATGGAATTAAAGACATAGGAATCAAGAAATAGTCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAAAACACTATGGAATTAAAGACATAGGAATCAAGAAATAGTCATT  250

seq1  GTGAATTGTATTAGAAATTATTTGTTTGAAACGTTGAATTTATAATGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATTGTATTAGAAATTATTTGTTTGAAACGTTGAATTTATAATGCCA  300

seq1  TAAAATTATCAGAAGTTATCTGCCATTATCACAAGTTTATCCATTCCTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTATCAGAAGTTATCTGCCATTATCACAAGTTTATCCATTCCTAT  350

seq1  AGCATGATTGTTTTGTGCTTTCTCGGTTTGGAGCTTACATGGATAGGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGATTGTTTTGTGCTTTCTCGGTTTGGAGCTTACATGGATAGGCAC  400

seq1  GCTGAGCATCACAAGAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGCATCACAAGAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAC  450

seq1  AAAAAACAGGAACAACAACAACAACAAAAACCACAACAACAACAAAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACAGGAACAACAACAACAACAAAAACCACAACAACAACAAAAAAA  500

seq1  ACCTTTTGTGAATATTTCCCTGAAAATGTTCTCATTTCCTTTTAATATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTTGTGAATATTTCCCTGAAAATGTTCTCATTTCCTTTTAATATGT  550

seq1  GAAATCTGATCTTTAAGAAAGCTTCAAATTACCAAACATCACATGCCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCTGATCTTTAAGAAAGCTTCAAATTACCAAACATCACATGCCTTC  600

seq1  TTTCACTGGAAAAAATGTAAATGGAAAATAATATAACATGTTATTTAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTGGAAAAAATGTAAATGGAAAATAATATAACATGTTATTTAATA  650

seq1  AAAAATAAACCAGATACAAAATCTTGCCTTGTATTTACAGACAAATTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAAACCAGATACAAAATCTTGCCTTGTATTTACAGACAAATTTTA  700

seq1  ATGGAATATTTCATGGTCCAACACAAATATCAGACCCAATGGCACTAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATATTTCATGGTCCAACACAAATATCAGACCCAATGGCACTAATT  750

seq1  CTTGTACAGCCTTTGGCTTACCCTGTATAACAAAATCTGTTACTTAAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTACAGCCTTTGGCTTACCCTGTATAACAAAATCTGTTACTTAAAGT  800

seq1  ACACTACAAAATACCTTATGGTAAGTGAACTTCCAAAGACACAAAGAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTACAAAATACCTTATGGTAAGTGAACTTCCAAAGACACAAAGAAAA  850

seq1  TCTTCCATAAATTTAAAAGCTTATCTCAAATTCTTATTGTTATAAGCTCG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCATAAATTTAAAAGCTTATCTCAAATTCTTATTGTTATAAGCTCG  900

seq1  GGATGTATATATGGTTAATCGCATTATCTTAGGTAGTTGAAATATATCGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGATGTATATATGGTTAATCGCATTATCTTA-GTAGTTGAAATATATCGG  949

seq1  TTAGAGTGTAGAAATAAAAAAGTTTGTTTTAGATATTTTTGCTTCTGTTC  1000
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTAGAGTGTAGAAAT-AAAAAGTTTGTTTTAGATATTTTTGC-TCTGTTC  997

seq1  CTAGTCAACATTAGTAAACACAAATAAGTGGATGTAAAAGTACTTTTACA  1050
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTAGTCAACATTAGTAAACACAAAT-AGTGGATGT-AAAGTACTTTTACA  1045

seq1  GAATTTTGAATGTTGGCAATCTCAAGCAAAATTCTTTATGTCAGCG-ACA  1099
      ||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GA---TTGAATG-TGGCAATCTCAAGCAAAATTCTTTATGTCAGCGAACA  1091

seq1  CTTATTTTTTAACCCTTAGCATATCACAAGGTTCATACATTTCAAGGAGT  1149
      |||||||||    ||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTTT---ACCTTAGCAT-TCACAAG--TCATACATTTCAAGGAGT  1135

seq1  AATGATTAAATGTTTTATCAGAAAGATAACATTTAGTAGCTCTCATTTTT  1199
       |||||||      |||||   | ||||||   ||||||| |||  ||||
seq2  -ATGATTA----GGTTATC--GAGGATAAC---TAGTAGC-CTCCATTTT  1174

seq1  TTAAGTTCCCTTTAGA-AATT  1219
      ||| |||||||||||| ||||
seq2  TTATGTTCCCTTTAGAGAATT  1195