BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-100C10
Chromosome16 (Build37)
Map Location 23,138,812 - 23,245,675
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAdipoq, LOC100043541, EG625835, BC106179, St6gal1
Upstream geneIgf2bp2, EG545152, EG666421, Sfrs10, LOC100043507, Etv5, Dgkg, LOC671242, LOC666459, Crygs, Tbccd1, Dnajb11, Ahsg, Fetub, Hrg, Kng2, LOC624311, LOC666486, LOC666489, Kng1, LOC666493, Eif4a2, Rfc4
Downstream geneRtp1, Masp1, LOC100043018, Rtp4, EG625969, LOC100043023, Sst, Rtp2, Bcl6, EG433009
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-100C10.bB6Ng01-100C10.g
ACCDH909734DH909735
length1,0601,090
definitionDH909734|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100C10, 5' end.DH909735|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100C10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,138,812 - 23,139,868)(23,244,583 - 23,245,675)
sequence
gaattctcccacccctaagcccaggtgacagtagatggcctgggggaaca
ggagtcctgaggcagcactgacagccatacctgctcctggcagggaccaa
tgcacaggggcccacatcctccatctggctcctcaaggctgcttcagcag
ggagctgttcccatgaagattcctggaggtgtggcagaagcagaaactct
ggaaaggagaagagcacccagtgtaacttcctcttccctcccccataccc
tccctcattgccattcaccagctgcccccctctcctcagccccttcccct
gtctccaggattctctcccattaacacctggcctggccaggaagctgagt
tttgcatgggaccctgcactttcttgtcagtgctgggttttgatcacaac
caggggctcctgcttgggactccagtgacaaaagggcagcatcacccagt
ggccttctctgctctgagagaagacccttgctgctctgagatgagaccct
tgtccccgcttgccccacccccacccagctggacaacagttgtgaaactt
gtggcagagactcaagtcccttgtataaagtagtatttgtgtatcctgta
tatgttttccatgtgctccacctgacattgcatgtaaacctaacacaatg
taaatgggagtagttgtcagatgatgctgttagagaattataacaagaca
agcgtatacatgttcagatgcaatttaaacatttatttgttttgtgcatg
tgagtgcacgtgtgtgtgagagagtatgaacatgccatgggcatgtatgt
agaggtcagaggccaagcagtgtcagttctctaccaattccaatctcaca
ggatccaatctagcttggacattcaacaggtcaggaaatattcagagtcc
tttgctatgttaacatggacatgccaagtcaaaaatgtagccccacatga
tcaatgatggtgtgtcgtcacagatttcatactctattctccttgctgtc
tgtctcaatgtgtgggtgtgtctgtgagttctatgtgtgagatggggtgg
taacaacccc
gaattcctaacatgcagtacaatggccttagaagctggagctgatgaagt
ctgaaaggctcgtcactgatggtgttagtgttcttgtagaagaaacccga
gtgagccagcagctcttacgtataccagctgggaactaggaagtgatttt
ctcaatatcttaatcgtggctttctcaacctcagttgacactgcttgtta
cagtgacctgaactgactaagacacatgacaccaatgcttctcttcaggc
aaatgtgaagcaaggttgctaggtaagagtaagacagtaaaccctaggcc
gtgtggtttcagtgcatgcttttaataccagcacttgggagacagaagta
gttccaggacaacgtgatctacatgagcgagttccaggacagccaaggct
acacagagaaaccctgtctcagagagagagacaggcagacagagacagag
agacagagaaccctagctatcaagaaggtgatgtgagccttctgaagaga
aagaagagagcataaagaagagagcagacagcagaacaatggttcctgtc
cacgactgcctggggaacaactgccgagttttaagaaaaggctagtgccc
agaaccaccctacagagacttcaatttcattagcttagggcagaatcgag
actacattgagatatactaacagaagccagaggtaggacacaggaccaag
gagatggcatctgagctagggagaccagcaggatggaggtgagtcaccat
gtctcgcctttatttcctttgtgaggcaggcatggtgcagactggattta
attggaccgaattagagaaacacaaagccctgtactctgcctgggcaggg
agtggagcccagcaactgaagatgccctacatttgcttttctcctcatca
gctaaatgacccgtaacagccttgtagatcttatgtttctgtctcaaata
actcatcaaatgcccgccccagggcgtgcgccaaattgttagtagattac
tgagaccttgaatccccagttcttcttgacattaaatgcagctgcgatgt
ccttgaactttcacaacaagaagacatcactcttggccac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_23138812_23139868
seq2: B6Ng01-100C10.b_47_1106

seq1  GAATTCTCCCACCCCTAAGCCCAGGTGACAGTAGATGGCCTGGGGGAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCACCCCTAAGCCCAGGTGACAGTAGATGGCCTGGGGGAACA  50

seq1  GGAGTCCTGAGGCAGCACTGACAGCCATACCTGCTCCTGGCAGGGACCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCCTGAGGCAGCACTGACAGCCATACCTGCTCCTGGCAGGGACCAA  100

seq1  TGCACAGGGGCCCACATCCTCCATCTGGCTCCTCAAGGCTGCTTCAGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAGGGGCCCACATCCTCCATCTGGCTCCTCAAGGCTGCTTCAGCAG  150

seq1  GGAGCTGTTCCCATGAAGATTCCTGGAGGTGTGGCAGAAGCAGAAACTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTGTTCCCATGAAGATTCCTGGAGGTGTGGCAGAAGCAGAAACTCT  200

seq1  GGAAAGGAGAAGAGCACCCAGTGTAACTTCCTCTTCCCTCCCCCATACCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGAGAAGAGCACCCAGTGTAACTTCCTCTTCCCTCCCCCATACCC  250

seq1  TCCCTCATTGCCATTCACCAGCTGCCCCCCTCTCCTCAGCCCCTTCCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCATTGCCATTCACCAGCTGCCCCCCTCTCCTCAGCCCCTTCCCCT  300

seq1  GTCTCCAGGATTCTCTCCCATTAACACCTGGCCTGGCCAGGAAGCTGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCAGGATTCTCTCCCATTAACACCTGGCCTGGCCAGGAAGCTGAGT  350

seq1  TTTGCATGGGACCCTGCACTTTCTTGTCAGTGCTGGGTTTTGATCACAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATGGGACCCTGCACTTTCTTGTCAGTGCTGGGTTTTGATCACAAC  400

seq1  CAGGGGCTCCTGCTTGGGACTCCAGTGACAAAAGGGCAGCATCACCCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGCTCCTGCTTGGGACTCCAGTGACAAAAGGGCAGCATCACCCAGT  450

seq1  GGCCTTCTCTGCTCTGAGAGAAGACCCTTGCTGCTCTGAGATGAGACCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTCTCTGCTCTGAGAGAAGACCCTTGCTGCTCTGAGATGAGACCCT  500

seq1  TGTCCCCGCTTGCCCCACCCCCACCCAGCTGGACAACAGTTGTGAAACTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCCGCTTGCCCCACCCCCACCCAGCTGGACAACAGTTGTGAAACTT  550

seq1  GTGGCAGAGACTCAAGTCCCTTGTATAAAGTAGTATTTGTGTATCCTGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAGAGACTCAAGTCCCTTGTATAAAGTAGTATTTGTGTATCCTGTA  600

seq1  TATGTTTTCCATGTGCTCCACCTGACATTGCATGTAAACCTAACACAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTTTCCATGTGCTCCACCTGACATTGCATGTAAACCTAACACAATG  650

seq1  TAAATGGGAGTAGTTGTCAGATGATGCTGTTAGAGAATTATAACAAGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGGGAGTAGTTGTCAGATGATGCTGTTAGAGAATTATAACAAGACA  700

seq1  AGCGTATACATGTTCAGATGCAATTTAAACATTTATTTGTTTTGTGCATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTATACATGTTCAGATGCAATTTAAACATTTATTTGTTTTGTGCATG  750

seq1  TGAGTGCACGTGTGTGTGAGAGAGTATGAACATGCCAT-GGCATGTATGT  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGAGTGCACGTGTGTGTGAGAGAGTATGAACATGCCATGGGCATGTATGT  800

seq1  AGAGGTCAGAGGCCAAGCAGTGTCAGTTCTCTACCAATTCCAATCTCACA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTCAGAGGCCAAGCAGTGTCAGTTCTCTACCAATTCCAATCTCACA  850

seq1  GGATCCAATCTAGCTTGGACATTCAACAGGTCAGGAAAATATTCAGAGTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGATCCAATCTAGCTTGGACATTCAACAGGTCAGG-AAATATTCAGAGTC  899

seq1  CTTTGCTATGTTAACATGGACATGCCAAGTCAAAAATGTAG-CCCACATG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTTTGCTATGTTAACATGGACATGCCAAGTCAAAAATGTAGCCCCACATG  949

seq1  ATCAATGATGGTGTGTCGTCACAGATTTCATACTCTATTCTCC-TGCTGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATCAATGATGGTGTGTCGTCACAGATTTCATACTCTATTCTCCTTGCTGT  999

seq1  CTGTCTCAATGTGTGGGTGTGTCTGTGAG-TCTATGTGTGAGATGGGGTG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCAATGTGTGGGTGTGTCTGTGAGTTCTATGTGTGAGATGGGGTG  1049

seq1  GGAACAACCCC  1057
      | |||||||||
seq2  GTAACAACCCC  1060

seq1: chr16_23244583_23245675
seq2: B6Ng01-100C10.g_68_1157 (reverse)

seq1  GTGGGCAAGAGTGATGTCTGCTGTTGTTG-GAAAGTTCAGGGACATCGCA  49
      |||| ||||||||||||||  | |||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  GTGGCCAAGAGTGATGTCT--TCTTGTTGTGAAAGTTCAAGGACATCGCA  48

seq1  GGCTGCATTTAATGTCAAGAAGAACTGGGGGATTCAAGGTCTCAGTAATC  99
       ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  -GCTGCATTTAATGTCAAGAAGAACT-GGGGATTCAAGGTCTCAGTAATC  96

seq1  TACTAACAATTTGGCGCACGCCCTGGGGCGGGCATTTGATGAGTTATTTG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAACAATTTGGCGCACGCCCTGGGGCGGGCATTTGATGAGTTATTTG  146

seq1  AGACAGAAACATAAGATCTACAAGGCTGTTACGGGTCATTTAGCTGATGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAAACATAAGATCTACAAGGCTGTTACGGGTCATTTAGCTGATGA  196

seq1  GGAGAAGAGCAAATGTAGGGCATCTTCAGTTGCTGGGCTCCACTCCCTGC  249
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAAAGCAAATGTAGGGCATCTTCAGTTGCTGGGCTCCACTCCCTGC  246

seq1  CCAGGCAGAGTACAGGGCTTTGTGTTTCTCTAATTCGGTCCAATTAAATC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCAGAGTACAGGGCTTTGTGTTTCTCTAATTCGGTCCAATTAAATC  296

seq1  CAGTCTGCACCATGCCTGCCTCACAAAGGAAATAAAGGCGAGACATGGTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTGCACCATGCCTGCCTCACAAAGGAAATAAAGGCGAGACATGGTG  346

seq1  ACTCACCTCCATCCTGCTGGTCTCCCTAGCTCAGATGCCATCTCCTTGGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACCTCCATCCTGCTGGTCTCCCTAGCTCAGATGCCATCTCCTTGGT  396

seq1  CCTGTGTCCTACCTCTGGCTTCTGTTAGTATATCTCAATGTAGTCTCGAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGTCCTACCTCTGGCTTCTGTTAGTATATCTCAATGTAGTCTCGAT  446

seq1  TCTGCCCTAAGCTAATGAAATTGAAGTCTCTGTAGGGTGGTTCTGGGCAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCCTAAGCTAATGAAATTGAAGTCTCTGTAGGGTGGTTCTGGGCAC  496

seq1  TAGCCTTTTCTTAAAACTCGGCAGTTGTTCCCCAGGCAGTCGTGGACAGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTTTTCTTAAAACTCGGCAGTTGTTCCCCAGGCAGTCGTGGACAGG  546

seq1  AACCATTGTTCTGCTGTCTGCTCTCTTCTTTATGCTCTCTTCTTTCTCTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATTGTTCTGCTGTCTGCTCTCTTCTTTATGCTCTCTTCTTTCTCTT  596

seq1  CAGAAGGCTCACATCACCTTCTTGATAGCTAGGGTTCTCTGTCTCTCTGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGGCTCACATCACCTTCTTGATAGCTAGGGTTCTCTGTCTCTCTGT  646

seq1  CTCTGTCTGCCTGTCTCTCTCTCTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTCTGCCTGTCTCTCTCTCTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCTT  696

seq1  GGCTGTCCTGGAACTCGCTCATGTAGATCACGTTGTCCTGGAACTACTTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTCCTGGAACTCGCTCATGTAGATCACGTTGTCCTGGAACTACTTC  746

seq1  TGTCTCCCAAGTGCTGGTATTAAAAGCATGCACTGAAACCACACGGCCTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCCCAAGTGCTGGTATTAAAAGCATGCACTGAAACCACACGGCCTA  796

seq1  GGGTTTACTGTCTTACTCTTACCTAGCAACCTTGCTTCACATTTGCCTGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTACTGTCTTACTCTTACCTAGCAACCTTGCTTCACATTTGCCTGA  846

seq1  AGAGAAGCATTGGTGTCATGTGTCTTAGTCAGTTCAGGTCACTGTAACAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGCATTGGTGTCATGTGTCTTAGTCAGTTCAGGTCACTGTAACAA  896

seq1  GCAGTGTCAACTGAGGTTGAGAAAGCCACGATTAAGATATTGAGAAAATC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGTCAACTGAGGTTGAGAAAGCCACGATTAAGATATTGAGAAAATC  946

seq1  ACTTCCTAGTTCCCAGCTGGTATACGTAAGAGCTGCTGGCTCACTCGGGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTAGTTCCCAGCTGGTATACGTAAGAGCTGCTGGCTCACTCGGGT  996

seq1  TTCTTCTACAAGAACACTAACACCATCAGTGACGAGCCTTTCAGACTTCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTACAAGAACACTAACACCATCAGTGACGAGCCTTTCAGACTTCA  1046

seq1  TCAGCTCCAGCTTCTAAGGCCATTGTACTGCATGTTAGGAATTC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTCCAGCTTCTAAGGCCATTGTACTGCATGTTAGGAATTC  1090