BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-100H10
Chromosome16 (Build37)
Map Location 48,501,529 - 48,630,217
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMorc1
Upstream geneLOC628776, EG667741, EG639644, EG637273, Dppa4, Dppa2, EG433023
Downstream geneTrat1, EG667501, Retnlb, Retnla, Retnlg, 2310047C04Rik, C330027C09Rik, Myh15, 1700026J12Rik, LOC386061, EG216818, LOC628903
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-100H10.bB6Ng01-100H10.g
ACCDH909956DH909957
length1,0841,093
definitionDH909956|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100H10, 5' end.DH909957|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100H10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,501,529 - 48,502,616)(48,629,116 - 48,630,217)
sequence
gaattccttttgtgctctacccctccccttttaacttaaaagacagtata
agtgctgttctgtcagggatgcagccaagagtgccaccatcaagagatgc
tctcagtaaaatatggtaggtgaagctctttgaatgtcttttttattagc
atatgctgtgtacactaatgaatctcagtagaatatttgcatacatgcat
aggatacatttgatcacattagctccattaccatccccctctgagtccct
atgaaggtcttctctttccaggtgctccctataaaaatctgttattatct
atgagaacagtaataatggatacttccccttgagcatagttcgagggaat
gggaacatactacagatggggaggggataaatcaatgtatcagattaaaa
tcaagtcaggctggaggctggctttagagcattctgaaaagaaaaagccc
gaggaacctataaatggaacatttgggtagtgtcagtccagcatttgata
tggaggggacataagagagggatactaacaaaagttattgctgaaatata
tctcagtgactgcagagttcatgcattgaataagtcactcaagttttcat
gtagtttgtgttaaaaaaaccttctgcttcatagggagtaaaatgaaggc
agagagggtatcttagaatgtgaaacaaaagagtatggtagacttggact
tagggtgtattctagaaacactgggatgaagcctattgctgtgtgcctgt
tgagttcctgccattcgaactgcatcagacacgatgagctgtctctgcta
ccccagaaccttcggataatagggtatcagctcaactgacatccattcaa
tgtccttatggttcctctcaatcaaatatccttctccaggatgcattaca
gaaagctctgcaagacgtggacacaaagcataaaagtcttcgccagaaac
agaggtaaggctgcggctttctgtggtgaggaccccatgctgggtcaggt
cttatttctaagtgggcagatgttatggtagttatatatgaacatttctc
tttattagcatgtggaatattattgatagcaaat
gaattcttggtgaagctgaagatgaggatattagagaaaatgaactcacg
cacttcagcatgttcacaacttaagacatgagaaggctaagctgattcca
tgacagacttcaaattggcagttaaggagacgaggcctaaacacttcgca
agtccaggcaagcccaggcaagtcaattactaatagaaaaaaaaaaaaaa
aaaaaaaaaaagcccaggctccaacgtcatgaccaggtaatggagtgtcc
cagccacctggcctgaagcagtttccagacttcctcagctacttcctcag
taatggttccctccacagtacgttcccagcttccctacccccaacaccct
cacacacacacacacacacacacacacacacacacacaatggaatatccg
tagagatgaatgcaacagattaacacagaggtcacctgccctggaattcc
ctaatgtgctttaaatcacattttaggccagcaagctcacttgggtgtct
ctgtcttggtaatgggagaccccaacatgctggatttctgctgaataaaa
cactcttgcatttacatactatttgagtcagggtatcattcttcatcgaa
tcatgaacccttacagacagaaacccaggcaggctggattcaactctgtc
gtgatatatggcagatttgcctgtctcttttccagccccttcaaggataa
agccaccccaattctccaagttttccataaggtcggtccctgccttctca
cagtgtgcgacgctcaggaagacttagctcatgacttaaatctaaaatac
cacaggctccttaaactcagttttgactctgatttctccatatatttcta
gaatccacagaaagcctttacagctttggctactatatttaaggttttta
tatacccagattccttatgtgctatctagaaactgggccactctttatag
gtctagagggacatggaaagggcatgatatactgtggaaatgtagctggt
ctccagtcgagctgagtctgaaccgatgtcattattcacctacatgacat
gtagggtttccctcatgctcctgggactcccagcccctgccta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_48501529_48502616
seq2: B6Ng01-100H10.b_42_1125

seq1  GAATTCCTTTTGTGCTCTACCCCTCCCCTTTTAACTTAAAAGACAGTATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTTGTGCTCTACCCCTCCCCTTTTAACTTAAAAGACAGTATA  50

seq1  AGTGCTGTTCTGTCAGGGATGCAGCCAAGAGTGCCACCATCAAGAGATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTGTTCTGTCAGGGATGCAGCCAAGAGTGCCACCATCAAGAGATGC  100

seq1  TCTCAGTAAAATATGGTAGGTGAAGCTCTTTGAATGTCTTTTTTATTAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTAAAATATGGTAGGTGAAGCTCTTTGAATGTCTTTTTTATTAGC  150

seq1  ATATGCTGTGTACACTAATGAATCTCAGTAGAATATTTGCATACATGCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCTGTGTACACTAATGAATCTCAGTAGAATATTTGCATACATGCAT  200

seq1  AGGATACATTTGATCACATTAGCTCCATTACCATCCCCCTCTGAGTCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATACATTTGATCACATTAGCTCCATTACCATCCCCCTCTGAGTCCCT  250

seq1  ATGAAGGTCTTCTCTTTCCAGGTGCTCCCTATAAAAATCTGTTATTATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGGTCTTCTCTTTCCAGGTGCTCCCTATAAAAATCTGTTATTATCT  300

seq1  ATGAGAACAGTAATAATGGATACTTCCCCTTGAGCATAGTTCGAGGGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAACAGTAATAATGGATACTTCCCCTTGAGCATAGTTCGAGGGAAT  350

seq1  GGGAACATACTACAGATGGGGAGGGGATAAATCAATGTATCAGATTAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACATACTACAGATGGGGAGGGGATAAATCAATGTATCAGATTAAAA  400

seq1  TCAAGTCAGGCTGGAGGCTGGCTTTAGAGCATTCTGAAAAGAAAAAGCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTCAGGCTGGAGGCTGGCTTTAGAGCATTCTGAAAAGAAAAAGCCC  450

seq1  GAGGAACCTATAAATGGAACATTTGGGTAGTGTCAGTCCAGCATTTGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAACCTATAAATGGAACATTTGGGTAGTGTCAGTCCAGCATTTGATA  500

seq1  TGGAGGGGACATAAGAGAGGGATACTAACAAAAGTTATTGCTGAAATATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGGGACATAAGAGAGGGATACTAACAAAAGTTATTGCTGAAATATA  550

seq1  TCTCAGTGACTGCAGAGTTCATGCATTGAATAAGTCACTCAAGTTTTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTGACTGCAGAGTTCATGCATTGAATAAGTCACTCAAGTTTTCAT  600

seq1  GTAGTTTGTGTTAAAAAAACCTTCTGCTTCATAGGGAGTAAAATGAAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTTGTGTTAAAAAAACCTTCTGCTTCATAGGGAGTAAAATGAAGGC  650

seq1  AGAGAGGGTATCTTAGAATGTGAAACAAAAGAGTATGGTAGACTTGGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGGTATCTTAGAATGTGAAACAAAAGAGTATGGTAGACTTGGACT  700

seq1  TAGGGTGTATTCTAGAAACACTGGGATGAAGCCTATTGCTGTGTGCCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTGTATTCTAGAAACACTGGGATGAAGCCTATTGCTGTGTGCCTGT  750

seq1  TGAGTTCCTGCCATTCGAACTGCATCAGACACGATGAGCTGTCTCTGCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTCCTGCCATTCGAACTGCATCAGACACGATGAGCTGTCTCTGCTA  800

seq1  CCCCAGAACCTTCGGATAATAGGGTATCAGCTCAACTGACATCCATTCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGAACCTTCGGATAATAGGGTATCAGCTCAACTGACATCCATTCAA  850

seq1  TGTCCTTATGGTTCCTCTCAATCAAATATCCTTCTCCAGGATGCATTACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTATGGTTCCTCTCAATCAAATATCCTTCTCCAGGATGCATTACA  900

seq1  GAAAGCTCTGCAAGACGTGGACACAAAGCATAAAAGTCTTCGCCAGAAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCTCTGCAAGACGTGGACACAAAGCATAAAAGTCTTCGCCAGAAAC  950

seq1  AGAGGTAAGGCTGCGGCTTTCTGTTGGTGAGGAACCCCATGCTGGGTCAA  1000
      ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |
seq2  AGAGGTAAGGCTGCGGCTTTCTG-TGGTGAGG-ACCCCATGCTGGGTC-A  997

seq1  GTTCTTATTTCTAAGTGGGCAGATGTTATGGTAGTTATTATTATGAACAT  1050
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||
seq2  GGTCTTATTTCTAAGTGGGCAGATGTTATGGTAGTTAT--ATATGAACAT  1045

seq1  TTCTCTTTATTAGCATGTGATATATTA-TGATAGTAAAT  1088
      |||||||||||||||||||  |||||| |||||| ||||
seq2  TTCTCTTTATTAGCATGTGGAATATTATTGATAGCAAAT  1084

seq1: chr16_48629116_48630217
seq2: B6Ng01-100H10.g_70_1162 (reverse)

seq1  TAGGCAGGGGCT-GGAGTTCCAGGAGCATGAGGGAACCCCTACCATGTCA  49
      |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||
seq2  TAGGCAGGGGCTGGGAGTCCCAGGAGCATGAGGGAAACCCTA-CATGTCA  49

seq1  TGTAGGTGAATTATGACCATCGGGGTTCAGACCTCAGCTCGACTGGAGAC  99
      ||||||||||| |||| ||||  |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGTGAATAATGA-CATC--GGTTCAGA-CTCAGCTCGACTGGAGAC  95

seq1  CAGCCTGCAATTTCCCACAGTATATCATGCCCCTTTCCCATGTCCCTCTA  149
      ||| || ||  || ||||||||||||||||||  || |||||||||||||
seq2  CAG-CTACA--TTTCCACAGTATATCATGCCC--TTTCCATGTCCCTCTA  140

seq1  GACCTATAAAGAGTGGCCCAGTTTCTAGATAGCACAT-AGGAATCTTGGT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| 
seq2  GACCTATAAAGAGTGGCCCAGTTTCTAGATAGCACATAAGGAATC-TGGG  189

seq1  TATATCAAAAACTTAAATATAGTAGCCAAAGCTGTAAAGGCTTTCTGTGG  248
      ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAAAAACCTTAAATATAGTAGCCAAAGCTGTAAAGGCTTTCTGTGG  239

seq1  ATTCTAGAAATATATGGAGAAATCAGAGTCAAAACTGAGTTTAAGGAGCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAGAAATATATGGAGAAATCAGAGTCAAAACTGAGTTTAAGGAGCC  289

seq1  TGTGGTATTTTAGATTTAAGTCATGAGCTAAGTCTTCCTGAGCGTCGCAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTATTTTAGATTTAAGTCATGAGCTAAGTCTTCCTGAGCGTCGCAC  339

seq1  ACTGTGAGAAGGCAGGGACCGACCTTATGGAAAACTTGGAGAATTGGGGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGAGAAGGCAGGGACCGACCTTATGGAAAACTTGGAGAATTGGGGT  389

seq1  GGCTTTATCCTTGAAGGGGCTGGAAAAGAGACAGGCAAATCTGCCATATA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTATCCTTGAAGGGGCTGGAAAAGAGACAGGCAAATCTGCCATATA  439

seq1  TCACGACAGAGTTGAATCCAGCCTGCCTGGGTTTCTGTCTGTAAGGGTTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGACAGAGTTGAATCCAGCCTGCCTGGGTTTCTGTCTGTAAGGGTTC  489

seq1  ATGATTCGATGAAGAATGATACCCTGACTCAAATAGTATGTAAATGCAAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTCGATGAAGAATGATACCCTGACTCAAATAGTATGTAAATGCAAG  539

seq1  AGTGTTTTATTCAGCAGAAATCCAGCATGTTGGGGTCTCCCATTACCAAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTTATTCAGCAGAAATCCAGCATGTTGGGGTCTCCCATTACCAAG  589

seq1  ACAGAGACACCCAAGTGAGCTTGCTGGCCTAAAATGTGATTTAAAGCACA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGACACCCAAGTGAGCTTGCTGGCCTAAAATGTGATTTAAAGCACA  639

seq1  TTAGGGAATTCCAGGGCAGGTGACCTCTGTGTTAATCTGTTGCATTCATC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGAATTCCAGGGCAGGTGACCTCTGTGTTAATCTGTTGCATTCATC  689

seq1  TCTACGGATATTCCATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACGGATATTCCATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  739

seq1  TGTGAGGGTGTTGGGGGTAGGGAAGCTGGGAACGTACTGTGGAGGGAACC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGGGTGTTGGGGGTAGGGAAGCTGGGAACGTACTGTGGAGGGAACC  789

seq1  ATTACTGAGGAAGTAGCTGAGGAAGTCTGGAAACTGCTTCAGGCCAGGTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTGAGGAAGTAGCTGAGGAAGTCTGGAAACTGCTTCAGGCCAGGTG  839

seq1  GCTGGGACACTCCATTACCTGGTCATGACGTTGGAGCCTGGGCTTTTTTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGACACTCCATTACCTGGTCATGACGTTGGAGCCTGGGCTTTTTTT  889

seq1  TTTTTTTTTTTTTTTTTTCTATTAGTAATTGACTTGCCTGGGCTTGCCTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTTTTTTTTCTATTAGTAATTGACTTGCCTGGGCTTGCCTG  939

seq1  GACTTGCGAAGTGTTTAGGCCTCGTCTCCTTAACTGCCAATTTGAAGTCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGCGAAGTGTTTAGGCCTCGTCTCCTTAACTGCCAATTTGAAGTCT  989

seq1  GTCATGGAATCAGCTTAGCCTTCTCATGTCTTAAGTTGTGAACATGCTGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGGAATCAGCTTAGCCTTCTCATGTCTTAAGTTGTGAACATGCTGA  1039

seq1  AGTGCGTGAGTTCATTTTCTCTAATATCCTCATCTTCAGCTTCACCAAGA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCGTGAGTTCATTTTCTCTAATATCCTCATCTTCAGCTTCACCAAGA  1089

seq1  ATTC  1102
      ||||
seq2  ATTC  1093