BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-102I21
Chromosome16 (Build37)
Map Location 4,664,991 - 4,840,607
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCoro7, Dnaja3, Nmral1, Hmox2, 5730403B10Rik, 4930562C15Rik
Upstream geneMefv, EG620395, Zfp263, Olfr15, Zfp174, Zfp597, 1200013P24Rik, 1700037C18Rik, Cluap1, LOC664851, Nlrc3, Btbd12, Dnase1, Trap1, Crebbp, EG436332, Adcy9, EG620313, Srl, Tcfap4, Glis2, Magmas, Vasn
Downstream gene1500031H01Rik, Mgrn1, Nudt16l1, Anks3, 4930451G09Rik, Sept12, EG432995, Rogdi, 3930401K13Rik, Ubn1, Ppl, Sec14l5, Nagpa, AU021092, Alg1, 5730409G15Rik, LOC100042436
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-102I21.bB6Ng01-102I21.g
ACCDH911415DH911416
length1,0841,133
definitionDH911415|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102I21, 5' end.DH911416|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102I21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,839,523 - 4,840,607)(4,664,991 - 4,666,140)
sequence
gaattctttcaccatcagcagtcattcctcatgctgctgctgcttagaaa
ccacagatcctctctctggctcttcagatttgcctctgctagatacttta
tataaatggactcccagagcatgtgatcctcccgcctctcccccttcaca
gaacgactggcacttcttcctgtattgcttggctcttgcctggtttcaga
cctggctgtgttgaccagatggggtttctgtgccctgcagcacactacag
cctcaggcccccgtgttccttgtatccttgtttccctgccccggctaagt
ctctgaatgatgatatcaaccgcaggcagagcacctcgaatgtggcactg
tatgatttacagttagcggggaactttttttaaaggtggactcttatgtg
gtccagaccagtcctgaactatttatcaaggatgaccttgaaccccagaa
ctttctgtatcactcacatactggaatgtagcctccatacctggcttatg
tgttgctcggatagaactcagagcttcctgcatgctagatgggcatccta
ttggctgagctgtctctttaggcccagttcatgtgaattccaactacaat
cttggaataaagaaacatccaccaacagctatcaagctccaccctttcct
gccagcagagttattctcacatggctcagttaacctgtacttccacttca
ccatctgaaaactgggattaataaacacatgcctggtagggttactatag
agcttaaaagtgctaactggggcagtgtgtagctcacatggtatgcaatg
agcactgttctcctggctagaaagcaaagggagaaggaagtgggacaggc
caggcgcacaacccaggaaagtcacgaggcacaacactgagctaggaggg
cagcctgcttccttaatcatctctacaaactcctgagtgaagatttaact
aacacccacagcccctcggtcagacacagcagcttgtctgtggctggtgc
ccagctaaggctctcatctgagacttgctgggtgactggtgtaattctat
gactctgccacacattgggggggtgagaagagcc
gaattcactatgtagaccaggctggctttgaacttggagagacctcccta
cctctgcctcaggactgctgggaataaaagcatgcatcatgcctggtttg
ggggcgtgaaatgctgactcagtagttaagtgctcttatcgctgtcaaag
aggaccaggttcaatcaatccccagctctcattcacaaccattgttgact
ccaactgcaggggtccatagccctcttctgacctccatgagcaacaagca
tgcactggtgagcatacaaatatgcaggcaaaactcttgcacagaaaaga
aaatgaatatatactgggggaaaggtagacagtgattagagaaagccacc
aatgtccggtctacatgtactgcacacccctctccaacatggagacacat
cagcaaacaacctcatgaaaactggacttcagtttctaataatttatcaa
tatttatataattgtaacaatgtatctaactaatgcaaaaggtaataagg
agaagcaggcatgagatatgttggtaatcccagcacttgcaaggctgagg
cagtagaaggtttccaaattcaaggtcggcctgggttatataaaatacag
taacaggtctgagcatggaggcacatgcctttaatcccagcactaaggag
gcagaggcaggtggctctccatgaggtcagtctgatctatggagccagtt
ccaggtcagtcagggatacgtggtaagaacccgactcaaaacaattcatc
ttatatacaacaaggtaacaaaggaaatggatgtggaggggaaatatatg
aactttctgtattaccctgctatatttcctctacaaaacagtctgctaaa
taaaactaaaactgccaagaagtgactcgcacctacaatgccgtggtcag
aaagtggaagcagatcactttgatctgatgcccacttggattatgtaagt
ggagttacagtcagcttgagctaacaggctaagcttaaactatacctgag
atctgctcaaatatgtttgggggtgcttagaagatgctcagcagtttaga
gcacttgatttatccagagactcaggtttattcagcacacacattatctg
ttacaaccatctgtactccagtcagggattcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_4839523_4840607
seq2: B6Ng01-102I21.b_50_1133 (reverse)

seq1  GGCTCTTCTCA-CCCCCCAATGTGTGGCAGAGTCATTAGAATTACACCAG  49
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGCTCTTCTCACCCCCCCAATGTGTGGCAGAGTCA-TAGAATTACACCAG  49

seq1  TCACCCAGCAAGTCTCAGATGAGAGCCTAAGCTGGGCACCAGCCACAGAC  99
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCAGCAAGTCTCAGATGAGAGCCTTAGCTGGGCACCAGCCACAGAC  99

seq1  AGGCTGCTGTGTCTGACCGAGGGGCTGTGGGTGTTAGTTAAATCTTCAAC  149
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAGCTGCTGTGTCTGACCGAGGGGCTGTGGGTGTTAGTTAAATCTTC-AC  148

seq1  TCAGGAGTTTGTAGAGATGATTAAGGAAGCAGGCTGCCCTCCTAGCTCAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGTTTGTAGAGATGATTAAGGAAGCAGGCTGCCCTCCTAGCTCAG  198

seq1  TGTTGTGCCTCGTGACTTTCCTGGGTTGTGCGCCTGGCCTGTCCCACTTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTGCCTCGTGACTTTCCTGGGTTGTGCGCCTGGCCTGTCCCACTTC  248

seq1  CTTCTCCCTTTGCTTTCTAGCCAGGAGAACAGTGCTCATTGCATACCATG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCCCTTTGCTTTCTAGCCAGGAGAACAGTGCTCATTGCATACCATG  298

seq1  TGAGCTACACACTGCCCCAGTTAGCACTTTTAAGCTCTATAGTAACCCTA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTACACACTGCCCCAGTTAGCACTTTTAAGCTCTATAGTAACCCTA  348

seq1  CCAGGCATGTGTTTATTAATCCCAGTTTTCAGATGGTGAAGTGGAAGTAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCATGTGTTTATTAATCCCAGTTTTCAGATGGTGAAGTGGAAGTAC  398

seq1  AGGTTAACTGAGCCATGTGAGAATAACTCTGCTGGCAGGAAAGGGTGGAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTAACTGAGCCATGTGAGAATAACTCTGCTGGCAGGAAAGGGTGGAG  448

seq1  CTTGATAGCTGTTGGTGGATGTTTCTTTATTCCAAGATTGTAGTTGGAAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATAGCTGTTGGTGGATGTTTCTTTATTCCAAGATTGTAGTTGGAAT  498

seq1  TCACATGAACTGGGCCTAAAGAGACAGCTCAGCCAATAGGATGCCCATCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGAACTGGGCCTAAAGAGACAGCTCAGCCAATAGGATGCCCATCT  548

seq1  AGCATGCAGGAAGCTCTGAGTTCTATCCGAGCAACACATAAGCCAGGTAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGCAGGAAGCTCTGAGTTCTATCCGAGCAACACATAAGCCAGGTAT  598

seq1  GGAGGCTACATTCCAGTATGTGAGTGATACAGAAAGTTCTGGGGTTCAAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCTACATTCCAGTATGTGAGTGATACAGAAAGTTCTGGGGTTCAAG  648

seq1  GTCATCCTTGATAAATAGTTCAGGACTGGTCTGGACCACATAAGAGTCCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCCTTGATAAATAGTTCAGGACTGGTCTGGACCACATAAGAGTCCA  698

seq1  CCTTTAAAAAAAGTTCCCCGCTAACTGTAAATCATACAGTGCCACATTCG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAAAAAAAGTTCCCCGCTAACTGTAAATCATACAGTGCCACATTCG  748

seq1  AGGTGCTCTGCCTGCGGTTGATATCATCATTCAGAGACTTAGCCGGGGCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCTCTGCCTGCGGTTGATATCATCATTCAGAGACTTAGCCGGGGCA  798

seq1  GGGAAACAAGGATACAAGGAACACGGGGGCCTGAGGCTGTAGTGTGCTGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAACAAGGATACAAGGAACACGGGGGCCTGAGGCTGTAGTGTGCTGC  848

seq1  AGGGCACAGAAACCCCATCTGGTCAACACAGCCAGGTCTGAAACCAGGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCACAGAAACCCCATCTGGTCAACACAGCCAGGTCTGAAACCAGGCA  898

seq1  AGAGCCAAGCAATACAGGAAGAAGTGCCAGTCGTTCTGTGAAGGGGGAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCAAGCAATACAGGAAGAAGTGCCAGTCGTTCTGTGAAGGGGGAGA  948

seq1  GGCGGGAGGATCACATGCTCTGGGAGTCCATTTATATAAAGTATCTAGCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGGGAGGATCACATGCTCTGGGAGTCCATTTATATAAAGTATCTAGCA  998

seq1  GAGGCAAATCTGAAGAGCCAGAGAGAGGATCTGTGGTTTCTAAGCAGCAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAAATCTGAAGAGCCAGAGAGAGGATCTGTGGTTTCTAAGCAGCAG  1048

seq1  CAGCATGAGGAATGACTGCTGATGGTGAAAGAATTC  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGAGGAATGACTGCTGATGGTGAAAGAATTC  1084

seq1: chr16_4664991_4666140
seq2: B6Ng01-102I21.g_68_1200

seq1  GAATTCACTATGTAGACCAGGCTGGCTTTGAACTTGGAGAGACCTCCCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATGTAGACCAGGCTGGCTTTGAACTTGGAGAGACCTCCCTA  50

seq1  CCTCTGCCTCAGGACTGCTGGGAATAAAAGCATGCATCATGCCTGGTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCCTCAGGACTGCTGGGAATAAAAGCATGCATCATGCCTGGTTTG  100

seq1  GGGGCGTGAAATGCTGACTCAGTAGTTAAGTGCTCTTATCGCTGTCAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCGTGAAATGCTGACTCAGTAGTTAAGTGCTCTTATCGCTGTCAAAG  150

seq1  AGGACCAGGTTCAATCAATCCCCAGCTCTCATTCACAACCATTGTTGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCAGGTTCAATCAATCCCCAGCTCTCATTCACAACCATTGTTGACT  200

seq1  CCAACTGCAGGGGTCCATAGCCCTCTTCTGACCTCCATGAGCAACAAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTGCAGGGGTCCATAGCCCTCTTCTGACCTCCATGAGCAACAAGCA  250

seq1  TGCACTGGTGAGCATACAAATATGCAGGCAAAACTCTTGCACAGAAAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTGGTGAGCATACAAATATGCAGGCAAAACTCTTGCACAGAAAAGA  300

seq1  AAATGAATATATACTGGGGGAAAGGTAGACAGTGATTAGAGAAAGCCACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAATATATACTGGGGGAAAGGTAGACAGTGATTAGAGAAAGCCACC  350

seq1  AATGTCCGGTCTACATGTACTGCACACCCCTCTCCAACATGGAGACACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCCGGTCTACATGTACTGCACACCCCTCTCCAACATGGAGACACAT  400

seq1  CAGCAAACAACCTCATGAAAACTGGACTTCAGTTTCTAATAATTTATCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAACAACCTCATGAAAACTGGACTTCAGTTTCTAATAATTTATCAA  450

seq1  TATTTATATAATTGTAACAATGTATCTAACTAATGCAAAAGGTAATAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATATAATTGTAACAATGTATCTAACTAATGCAAAAGGTAATAAGG  500

seq1  AGAAGCAGGCATGAGATATGTTGGTAATCCCAGCACTTGCAAGGCTGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAGGCATGAGATATGTTGGTAATCCCAGCACTTGCAAGGCTGAGG  550

seq1  CAGTAGAAGGTTTCCAAATTCAAGGTCGGCCTGGGTTATATAAAATACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGAAGGTTTCCAAATTCAAGGTCGGCCTGGGTTATATAAAATACAG  600

seq1  TAACAGGTCTGAGCATGGAGGCACATGCCTTTAATCCCAGCACTAAGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGGTCTGAGCATGGAGGCACATGCCTTTAATCCCAGCACTAAGGAG  650

seq1  GCAGAGGCAGGTGGCTCTCCATGAGGTCAGTCTGATCTATGGAGCCAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGCAGGTGGCTCTCCATGAGGTCAGTCTGATCTATGGAGCCAGTT  700

seq1  CCAGGTCAGTCAGGGATACGTGGTAAGAACCCGACTCAAAACAATTCATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTCAGTCAGGGATACGTGGTAAGAACCCGACTCAAAACAATTCATC  750

seq1  TTATATACAACAAGGTAACAAAGGAAATGGATGTGGAGGGGAAATATATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATACAACAAGGTAACAAAGGAAATGGATGTGGAGGGGAAATATATG  800

seq1  AACTTTCTGTATTA-CCTGCTATATTTCCTCTACAAAACAGTCTGCTAAA  849
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTCTGTATTACCCTGCTATATTTCCTCTACAAAACAGTCTGCTAAA  850

seq1  TAAAACTAAAACTGCCAAGAAGTGACTCGCACCTACAATGCCGGTGGTCA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TAAAACTAAAACTGCCAAGAAGTGACTCGCACCTACAATGCC-GTGGTCA  899

seq1  GAAAGTGGAAGCAGATCACTTTGAATCTGATGCCAACTTGGATTATGTAA  949
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
seq2  GAAAGTGGAAGCAGATCACTTTG-ATCTGATGCCCACTTGGATTATGTAA  948

seq1  GTGAAGTTACAGGTCAGCTTGAGCT-ACAGGCTAAGGCTTAAACTATAAC  998
      ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||
seq2  GTGGAGTTACA-GTCAGCTTGAGCTAACAGGCTAA-GCTTAAACTAT-AC  995

seq1  CTGAGATCCTGCCTCAAAATATGTTTTGGGGGTGC-TAGAGAGATGGCTC  1047
      ||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||| |||| |||| ||||
seq2  CTGAGAT-CTG-CTC-AAATATG-TTTGGGGGTGCTTAGA-AGAT-GCTC  1039

seq1  AGCAGTTTAGAGCACTGGATATTATTCCAGAGGACTCAAGTTTAATTCCC  1097
      |||||||||||||||| ||| ||| |||||| |||||| ||||| |   |
seq2  AGCAGTTTAGAGCACTTGAT-TTA-TCCAGA-GACTCAGGTTTATT---C  1083

seq1  AGCACACACA-TATCTGTTTACAACCATCTGTAACTCCAGTTCCAGGGAT  1146
      |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||
seq2  AGCACACACATTATCTG-TTACAACCATCTGT-ACTCCAGT--CAGGGAT  1129

seq1  CCAT  1150
       |||
seq2  TCAT  1133