BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-112H15
Chromosome16 (Build37)
Map Location 6,747,103 - 6,898,364
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA2bp1
Upstream geneLOC100042445
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-112H15.bB6Ng01-112H15.g
ACCDH918530DH918531
length1,0941,172
definitionDH918530|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112H15, 5' end.DH918531|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112H15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,747,103 - 6,748,209)(6,897,179 - 6,898,364)
sequence
gaattcctaacccttctgcctccaagtgctagatttactgctgtatacca
ctttgaccatcctgtctgccttcctttatccagattcataaaatccacaa
aatgagtgctgaggtaaattatgggctgaagatagcaatggcttataatg
taggctcataagttttagcaaatgtaccactctggtggctgcttctagtc
taaaagggagtcttcttggaatgaggggacaaaggaaatctgtatacttc
ccattctggctgtggtaaactcaatatcgctctacaaaattgtctagtag
gtctttttgttttgtttcaaaaagaaaagtagcttggatttttcttgaca
aaatccttgtctcaagtggttggagatatttattgacaaagggtgtccct
cctgaaatgtggtccagaggtactggatccgggtctcctggtctcctgtt
agaagcttttcattgcttcttagcaaaaagcttaaagctgaaaatgcctt
gctttgaaaagagagttgaaacccctgctcaccaaccactgtgagatcct
ggcccagctgtaacttaacctcattaagcttgttttcctctttataaagt
taattccagttaattccttggaggatcaaatgaaacaaatgttgcacatc
atagatgcacagtgtgtggtgtgtactaggtgctcaataagtggcattta
ggatgatggttaagtgattatctataaattcccatgcactccctgcagtc
agaggtgggagggtaattagtcactttcctggagcatcaggtggcttgtt
cctgtgggtcatatttgagatagggtagaatggattcctaaataaaattc
tttagcttttttccctatttgaggtaaacaataaagaacttgaaactaga
aagacctacatagacacatcaagatttcattaagcatttagataatgagt
acaggggctgggaggtcaacttccttgtcactcatttagatcatctggga
gctcacctctggattgtctatgagacatttccaaacactaaaagcaaaag
gaaaatcccatcctgaatgtggctagattcttgaatgtgatctc

gaattccagagttttaaaatactgcttcccatcataaggaagggactcct
ccagaagaaaagaacaactgtagggccagtggaccagacattaccttctc
taaaaccactccatgaaccaagaaaggcagtgagcaatatggctcgaggt
atgcctatgttccttcctccttcaaaggaacacagcaggtcgaactcatt
ttaagcacatgcagagttgctggctgtctacctgtgcaggaggaggaatg
gaatagttgaccctggggtcgctctgctacaacacactcagagcctgtct
gcaccgagagcctgaggctgctgaattcaggatcagtctcaggcaagctc
tgcctcccaggcctctctgggtttctgctcaaacgattgcctcattttga
gatcattcaagcatgttaaaactgtagacagcagaactgcagatctattc
aatgaccacttaaactatacaactggaatttatcacaagtacaagggaaa
gggtgaatcgttaggaaatcagacttggaaaatctcctctccatcaaaca
agtatgctttgtgttcagggaactgggcgccacagccttaaaacatttac
tacgtgcatctttttttccctctgggtagaagagtgatctgggttagaaa
tgtgcagagaaaaagaggagcatgagataagaaaatcgaacacaggggaa
agcataggattgtgcaaacattcattctctagcagcccgtgtattgctaa
catcaggcttcttggagtttccttgtactgtacgttaataggaaaactct
tggggtgaagacctcttagttgataaagtgcttgtcatgcaaacacaagg
acatgagcgtgatcccccagaacccactttaatagctcctttggtgggtg
gtgcagaagcatgtcctagggccgaggaagcagaaagaggaggatcctgg
ggctcgctggccagccattctatctactcgcagagacaggctaatgagag
actcggatctgaaattaagtagagaaagggctcatgagaagctgactctg
accttctcatgcctgtgcacactcatgaacaacccataaaggaaactgtt
atagacaatatcaatagccctttcaccaccacccatctagtgaatctata
tggaacatctgtttctagctgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_6747103_6748209
seq2: B6Ng01-112H15.b_44_1137

seq1  GAATTCCTAACCCTTCTGCCTCCAAGTGCTAGATTTACTGCTGTATACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAACCCTTCTGCCTCCAAGTGCTAGATTTACTGCTGTATACCA  50

seq1  CTTTGACCATCCTGTCTGCCTTCCTTTATCCAGATTCATAAAATCCACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGACCATCCTGTCTGCCTTCCTTTATCCAGATTCATAAAATCCACAA  100

seq1  AATGAGTGCTGAGGTAAATTATGGGCTGAAGATAGCAATGGCTTATAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGTGCTGAGGTAAATTATGGGCTGAAGATAGCAATGGCTTATAATG  150

seq1  TAGGCTCATAAGTTTTAGCAAATGTACCACTCTGGTGGCTGCTTCTAGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTCATAAGTTTTAGCAAATGTACCACTCTGGTGGCTGCTTCTAGTC  200

seq1  TAAAAGGGAGTCTTCTTGGAATGAGGGGACAAAGGAAATCTGTATACTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGGGAGTCTTCTTGGAATGAGGGGACAAAGGAAATCTGTATACTTC  250

seq1  CCATTCTGGCTGTGGTAAACTCAATATCGCTCTACAAAATTGTCTAGTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCTGGCTGTGGTAAACTCAATATCGCTCTACAAAATTGTCTAGTAG  300

seq1  GTCTTTTTGTTTTGTTTCAAAAAGAAAAGTAGCTTGGATTTTTCTTGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTTTGTTTTGTTTCAAAAAGAAAAGTAGCTTGGATTTTTCTTGACA  350

seq1  AAATCCTTGTCTCAAGTGGTTGGAGATATTTATTGACAAAGGGTGTCCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCTTGTCTCAAGTGGTTGGAGATATTTATTGACAAAGGGTGTCCCT  400

seq1  CCTGAAATGTGGTCCAGAGGTACTGGATCCGGGTCTCCTGGTCTCCTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAATGTGGTCCAGAGGTACTGGATCCGGGTCTCCTGGTCTCCTGTT  450

seq1  AGAAGCTTTTCATTGCTTCTTAGCAAAAAGCTTAAAGCTGAAAATGCCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTTTTCATTGCTTCTTAGCAAAAAGCTTAAAGCTGAAAATGCCTT  500

seq1  GCTTTGAAAAGAGAGTTGAAACCCCTGCTCACCAACCACTGTGAGATCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGAAAAGAGAGTTGAAACCCCTGCTCACCAACCACTGTGAGATCCT  550

seq1  GGCCCAGCTGTAACTTAACCTCATTAAGCTTGTTTTCCTCTTTATAAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAGCTGTAACTTAACCTCATTAAGCTTGTTTTCCTCTTTATAAAGT  600

seq1  TAATTCCAGTTAATTCCTTGGAGGATCAAATGAAACAAATGTTGCACATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCCAGTTAATTCCTTGGAGGATCAAATGAAACAAATGTTGCACATC  650

seq1  ATAGATGCACAGTGTGTGGTGTGTACTAGGTGCTCAATAAGTGGCATTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATGCACAGTGTGTGGTGTGTACTAGGTGCTCAATAAGTGGCATTTA  700

seq1  GGATGATGGTTAAGTGATTATCTATAAATTCCCATGCACTCCCTGCAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGATGGTTAAGTGATTATCTATAAATTCCCATGCACTCCCTGCAGTC  750

seq1  AGAGGTGGGAGGGTAATTAGTCACTTTCCTGGAGCATCAGGTGGCTTGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTGGGAGGGTAATTAGTCACTTTCCTGGAGCATCAGGTGGCTTGTT  800

seq1  CCTGTGGGTCATATTTGAGATAGGGTAGAATGGATTCCTAAATAAAATTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGGGTCATATTTGAGATAGGGTAGAATGGATTCCTAAATAAAATTC  850

seq1  TTTAGCTTTTTTCCCTATTTTGAGGTAAACAATAAAGAACTTGAAACTAG  900
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCTTTTTTCCCTA-TTTGAGGTAAACAATAAAGAACTTGAAACTAG  899

seq1  AAAGACCTAACATAGACACATCAAGATTTCATTAAGCATTTAGATAATGA  950
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACCT-ACATAGACACATCAAGATTTCATTAAGCATTTAGATAATGA  948

seq1  GTACAGGGGCTGGGAGGGTCAATCTTCCTTGTCAACTCAATTTAGAATCA  1000
      ||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||| |||||| ||||
seq2  GTACAGGGGCTGGGA-GGTCAA-CTTCCTTGTC-ACTC-ATTTAG-ATCA  993

seq1  TCTGGGAAGCTCACCTCTGGATTGTCTATGAGAACATTTCCAGACAACTA  1050
      |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||
seq2  TCTGGG-AGCTCACCTCTGGATTGTCTATGAG-ACATTTCCAAAC-ACTA  1040

seq1  AAAAGGAAAAAAGGAAAATCCCATCCTGAATGTGGCTAGAATTCTGGAAT  1100
      |||     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
seq2  AAA---GCAAAAGGAAAATCCCATCCTGAATGTGGCTAG-ATTCTTGAAT  1086

seq1  G-GATCTC  1107
      | ||||||
seq2  GTGATCTC  1094


seq1: chr16_6897179_6898364
seq2: B6Ng01-112H15.g_67_1238 (reverse)

seq1  GCAGCTATAGAAACAGAATGTCAATATAGATATACATAGATGGGTGATGT  50
      |||||  ||||||||||   || ||||||||  || |||||||||| || 
seq2  GCAGC--TAGAAACAGATGTTCCATATAGATTCAC-TAGATGGGTGGTGG  47

seq1  TGAAAGGGGCTATGGATATTGTCTATAACAGTTTTCCTTTATGTGTTTGT  100
      ||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||
seq2  TGAAA-GGGCTATTGATATTGTCTATAACAG-TTTCCTTTATG-GGTTGT  94

seq1  TCATGAGTGTGCACAGGCATGGAGAGGTCAGAGGTCAAGCTTCCTCATGA  150
      |||||||||||||||||||||   |||||||| ||| ||||| |||||||
seq2  TCATGAGTGTGCACAGGCATGAGAAGGTCAGA-GTC-AGCTT-CTCATGA  141

seq1  GCCCTTTCTCTACTTAATTTTCAGAATCCGAGTCTCTCATTAGCCTGTCT  200
      ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTTCTCTACTTAA-TTTCAG-ATCCGAGTCTCTCATTAGCCTGTCT  189

seq1  CTTGCCGAGTAGGTTAGAATGGCTGGCCAGCGAGCCCCAGGATCCTCCTC  250
      ||   |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CT--GCGAGTA-GATAGAATGGCTGGCCAGCGAGCCCCAGGATCCTCCTC  236

seq1  TTTCTGCTTCCTCGGCCCTAGGACATGCTTCTGCACCACCCACCAAAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCTTCCTCGGCCCTAGGACATGCTTCTGCACCACCCACCAAAGGA  286

seq1  GCTATTTAAGTGGGTTCTGGGGGATCACGCTCATGTCCTTGTGTTTGCAT  350
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTAAAGTGGGTTCTGGGGGATCACGCTCATGTCCTTGTGTTTGCAT  336

seq1  GACAAGCACTTTATCAACTAAGAGGTCTTCACCCCAAGAGTTTTCCTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGCACTTTATCAACTAAGAGGTCTTCACCCCAAGAGTTTTCCTATT  386

seq1  AACGTACAGTACAAGGAAACTCCAAGAAGCCTGATGTTAGCAATACACGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTACAGTACAAGGAAACTCCAAGAAGCCTGATGTTAGCAATACACGG  436

seq1  GCTGCTAGAGAATGAATGTTTGCACAATCCTATGCTTTCCCCTGTGTTCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTAGAGAATGAATGTTTGCACAATCCTATGCTTTCCCCTGTGTTCG  486

seq1  ATTTTCTTATCTCATGCTCCTCTTTTTCTCTGCACATTTCTAACCCAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTTATCTCATGCTCCTCTTTTTCTCTGCACATTTCTAACCCAGAT  536

seq1  CACTCTTCTACCCAGAGGGAAAAAAAGATGCACGTAGTAAATGTTTTAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTTCTACCCAGAGGGAAAAAAAGATGCACGTAGTAAATGTTTTAAG  586

seq1  GCTGTGGCGCCCAGTTCCCTGAACACAAAGCATACTTGTTTGATGGAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGCGCCCAGTTCCCTGAACACAAAGCATACTTGTTTGATGGAGAG  636

seq1  GAGATTTTCCAAGTCTGATTTCCTAACGATTCACCCTTTCCCTTGTACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTTTCCAAGTCTGATTTCCTAACGATTCACCCTTTCCCTTGTACTT  686

seq1  GTGATAAATTCCAGTTGTATAGTTTAAGTGGTCATTGAATAGATCTGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAAATTCCAGTTGTATAGTTTAAGTGGTCATTGAATAGATCTGCAG  736

seq1  TTCTGCTGTCTACAGTTTTAACATGCTTGAATGATCTCAAAATGAGGCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTGTCTACAGTTTTAACATGCTTGAATGATCTCAAAATGAGGCAA  786

seq1  TCGTTTGAGCAGAAACCCAGAGAGGCCTGGGAGGCAGAGCTTGCCTGAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTTGAGCAGAAACCCAGAGAGGCCTGGGAGGCAGAGCTTGCCTGAGA  836

seq1  CTGATCCTGAATTCAGCAGCCTCAGGCTCTCGGTGCAGACAGGCTCTGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCCTGAATTCAGCAGCCTCAGGCTCTCGGTGCAGACAGGCTCTGAG  886

seq1  TGTGTTGTAGCAGAGCGACCCCAGGGTCAACTATTCCATTCCTCCTCCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTGTAGCAGAGCGACCCCAGGGTCAACTATTCCATTCCTCCTCCTG  936

seq1  CACAGGTAGACAGCCAGCAACTCTGCATGTGCTTAAAATGAGTTCGACCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGTAGACAGCCAGCAACTCTGCATGTGCTTAAAATGAGTTCGACCT  986

seq1  GCTGTGTTCCTTTGAAGGAGGAAGGAACATAGGCATACCTCGAGCCATAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTTCCTTTGAAGGAGGAAGGAACATAGGCATACCTCGAGCCATAT  1036

seq1  TGCTCACTGCCTTTCTTGGTTCATGGAGTGGTTTTAGAGAAGGTAATGTC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCACTGCCTTTCTTGGTTCATGGAGTGGTTTTAGAGAAGGTAATGTC  1086

seq1  TGGTCCACTGGCCCTACAGTTGTTCTTTTCTTCTGGAGGAGTCCCTTCCT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCACTGGCCCTACAGTTGTTCTTTTCTTCTGGAGGAGTCCCTTCCT  1136

seq1  TATGATGGGAAGCAGTATTTTAAAACTCTGGAATTC  1186
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATGGGAAGCAGTATTTTAAAACTCTGGAATTC  1172


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |